genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  16  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7561401--7561462	24	2.6	25	76	7	65	48	6	4	40	1.50
7562858--7562892	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
7564455--7564525	23	3.0	25	73	21	73	35	0	1	63	1.03
7567053--7567080	6	4.7	6	100	0	56	35	35	14	14	1.86
7569799--7570012	62	3.5	62	82	5	256	26	20	16	36	1.94
7569799--7569982	61	3.0	59	82	6	233	26	19	16	37	1.93
7570429--7570486	23	2.5	22	81	13	55	25	3	5	65	1.29
7570421--7570504	30	2.8	30	80	14	93	26	5	3	64	1.33
7571401--7571692	62	4.8	61	82	5	349	34	16	21	27	1.95
7571401--7571692	123	2.4	121	85	6	408	34	16	21	27	1.95
7571650--7571785	47	2.8	48	76	12	152	45	13	12	27	1.80
7571650--7571791	51	2.9	46	78	12	151	45	13	14	27	1.82
7575450--7575492	23	1.9	22	85	4	59	55	2	2	39	1.25
7576266--7576290	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
7581167--7584219	717	4.3	718	89	1	4545	37	17	15	29	1.91
7586405--7586473	29	2.4	29	73	4	68	49	11	2	36	1.54
7589406--7589443	18	2.1	18	90	0	58	39	13	26	21	1.89
7590345--7590599	47	5.5	47	76	9	236	53	13	7	25	1.66
7590256--7590465	115	1.8	116	82	5	273	52	13	8	25	1.68
7590376--7590547	89	1.9	90	85	3	240	54	13	5	25	1.61
7590580--7590620	21	2.0	21	90	0	64	51	17	4	26	1.65
7590506--7591049	191	2.8	192	81	7	593	49	12	11	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7590849--7590909	30	2.0	30	83	0	77	47	9	16	26	1.77
7590787--7590959	77	2.2	77	83	3	213	49	11	13	25	1.75
7605384--7605455	34	2.1	34	82	7	85	69	1	4	25	1.14
7605409--7605455	17	2.8	17	75	12	51	74	2	4	19	1.09
7605410--7605449	17	2.3	17	86	4	53	77	2	2	17	0.99
7605419--7605482	32	2.0	32	81	9	76	68	3	3	25	1.18
7605428--7605489	17	3.8	16	79	10	63	67	3	1	27	1.15
7605573--7605608	13	2.8	13	86	0	54	55	5	5	33	1.46
7627584--7627625	10	4.1	10	82	14	50	26	0	2	71	0.98
7634113--7634148	18	2.0	18	94	0	63	52	2	0	44	1.15
7635363--7635398	18	2.0	18	94	0	63	52	0	0	47	1.00
7635759--7635790	17	1.9	16	93	6	55	25	9	0	65	1.22
7635756--7635797	17	2.5	17	85	11	52	23	9	2	64	1.35
7636821--7636845	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7639239--7639312	28	2.5	29	77	18	73	35	1	5	58	1.30
7639935--7639971	13	2.9	13	88	4	58	37	18	8	35	1.81
7640082--7640127	17	2.8	16	86	3	56	54	6	2	36	1.39
7640347--7640403	29	1.9	30	82	10	73	43	3	8	43	1.52
7653505--7653547	20	2.2	19	87	4	59	13	2	20	62	1.42
7653635--7653719	28	3.1	28	93	1	145	18	1	18	61	1.42
7653665--7653732	21	3.2	21	79	8	77	17	0	20	61	1.34
7655042--7655067	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660162--7660575	206	2.0	207	96	1	758	32	18	14	35	1.91
7662930--7662987	30	1.9	31	85	3	82	37	0	0	62	0.96
7662935--7663003	14	4.9	15	70	15	58	37	1	0	60	1.06
7662935--7662981	20	2.3	21	89	7	71	38	0	0	61	0.96
7662934--7662989	21	2.7	21	81	10	71	37	0	0	62	0.95
7663694--7663756	26	2.5	24	87	5	81	41	0	0	58	0.98
7664033--7664098	28	2.4	28	82	5	80	40	12	3	43	1.57
7664346--7664401	13	4.3	13	71	8	51	35	0	1	62	1.06
7665802--7665848	25	1.9	25	86	4	69	57	2	0	40	1.11
7665831--7665865	9	3.9	9	88	11	54	77	0	0	22	0.78
7669609--7669709	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
7677876--7677936	26	2.3	28	77	8	65	62	0	0	37	0.96
7677998--7678033	18	2.0	18	100	0	72	55	0	0	44	0.99
7678144--7678169	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7678042--7678405	94	3.9	94	86	3	484	48	7	7	35	1.60
7678237--7678262	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7678042--7678405	187	1.9	186	86	5	511	48	7	7	35	1.60
7678668--7678725	29	2.0	29	86	6	82	55	3	3	37	1.34
7684052--7684092	19	2.2	19	86	0	55	56	0	17	26	1.41
7684136--7684201	11	5.6	12	72	16	50	37	3	1	57	1.23
7684189--7684247	7	8.3	7	81	3	73	32	1	0	66	1.02
7684187--7684229	22	2.0	22	86	4	61	34	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684189--7684247	29	2.0	29	93	0	100	32	1	0	66	1.02
7684389--7684443	28	2.0	28	88	0	83	50	0	7	41	1.30
7693254--7693286	7	4.9	7	96	3	59	0	0	15	84	0.61
7704768--7704874	54	2.0	54	81	3	126	42	4	9	43	1.57
7706598--7706640	19	2.2	20	87	4	61	55	4	0	39	1.20
7709108--7709132	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
7713529--7713580	18	3.0	18	83	10	65	48	0	0	51	1.00
7719701--7719735	15	2.2	16	90	5	54	40	0	2	57	1.14
7722033--7722066	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
7734850--7735119	41	6.6	41	84	5	307	32	19	30	17	1.94
7734850--7735119	82	3.3	82	88	1	382	32	19	30	17	1.94
7734850--7735119	123	2.2	123	88	2	400	32	19	30	17	1.94
7737234--7737523	41	7.1	41	80	3	241	30	15	30	23	1.95
7737234--7737510	80	3.4	80	80	3	286	30	15	30	24	1.95
7737613--7737651	15	2.5	15	87	4	51	35	25	0	38	1.56
7739568--7739733	30	5.4	30	71	11	120	49	9	0	41	1.34
7739621--7739666	20	2.2	22	92	7	78	43	0	0	56	0.99
7739647--7739761	34	3.3	34	78	9	131	49	10	0	40	1.37
7739712--7739740	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
7739640--7739835	38	5.2	38	73	11	152	48	8	0	42	1.32
7739753--7739816	18	3.2	20	86	13	96	42	1	0	56	1.09
7739767--7739802	8	4.2	8	86	13	54	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7754846--7755287	221	2.0	222	97	0	841	37	19	19	23	1.94
7758956--7758993	18	2.2	18	85	4	51	10	7	5	76	1.15
7759327--7759477	82	1.8	82	85	2	214	29	11	9	50	1.69
7760070--7760134	18	3.9	17	84	7	89	41	7	0	50	1.31
7772101--7772165	32	2.0	32	100	0	130	50	12	9	27	1.70
7782751--7782775	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7790406--7790466	24	2.6	22	76	16	61	54	1	0	44	1.10
7790387--7790468	29	2.9	28	74	15	87	52	2	1	43	1.22
7798246--7798309	30	2.1	31	85	8	87	40	1	1	56	1.18
7799019--7799068	22	2.3	22	80	12	59	42	0	2	56	1.11
7811247--7811280	16	2.1	16	94	0	59	58	8	5	26	1.51
7814622--7814655	18	1.9	18	88	5	52	64	8	5	20	1.43
7815014--7815056	18	2.5	17	85	7	52	23	0	9	67	1.19
7815115--7815158	22	2.0	22	86	0	61	47	4	0	47	1.22
7815637--7815693	30	1.9	30	89	7	89	8	1	21	68	1.26
7816517--7816574	26	2.2	26	82	17	68	22	3	1	72	1.09
7817089--7817158	35	2.0	35	97	0	131	34	17	12	35	1.88
7817124--7817238	61	1.9	61	90	3	187	40	13	8	36	1.76
7817217--7817280	31	2.1	30	85	5	85	48	7	1	42	1.41
7817719--7817744	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7817739--7817781	22	2.0	21	86	4	59	69	0	2	27	1.00
7817737--7817790	24	2.3	23	78	15	58	66	1	1	29	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7820663--7820817	80	1.9	80	90	0	247	25	18	12	43	1.85
7823941--7823983	21	2.0	21	90	0	68	37	0	0	62	0.95
7823941--7823981	22	1.9	21	90	5	64	36	0	0	63	0.95
7824959--7825021	27	2.3	29	78	15	71	25	7	3	63	1.37
7825755--7825806	22	2.4	22	81	9	70	46	1	3	48	1.31
7829546--7829580	18	1.9	18	88	0	52	48	14	8	28	1.73
7833034--7833074	15	2.7	15	78	14	57	39	9	0	51	1.35
7838285--7838318	2	17.0	2	93	0	50	50	5	0	44	1.26
7840027--7840106	3	26.7	3	100	0	160	33	0	0	66	0.92
7842155--7842193	17	2.2	19	86	9	55	33	2	5	58	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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