genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17153750--17153827	39	2.0	39	100	0	156	35	12	12	38	1.82
17160412--17160454	21	2.0	21	86	8	61	34	4	25	34	1.77
17165274--17165382	57	1.9	57	88	5	166	41	6	4	47	1.49
17176944--17176985	19	2.3	18	84	8	50	52	0	0	47	1.00
17179389--17179479	14	6.2	16	72	19	83	26	25	9	38	1.87
17179389--17179479	29	3.1	29	95	0	155	26	25	9	38	1.87
17180773--17180813	21	1.9	21	85	5	55	60	0	9	29	1.28
17194177--17194323	36	4.0	37	86	6	192	44	21	12	21	1.84
17194179--17194323	72	2.0	75	87	4	215	44	21	11	22	1.84
17198517--17198586	11	6.0	11	76	15	52	38	2	0	58	1.13
17198518--17198593	6	12.8	6	74	13	68	39	2	1	56	1.21
17198518--17198592	17	4.6	17	85	9	102	38	2	1	57	1.21
17198551--17198578	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
17198534--17198592	31	1.9	31	92	0	100	38	3	1	55	1.26
17200554--17200963	90	4.5	90	87	3	551	41	18	0	38	1.57
17200554--17200963	30	13.6	30	85	7	483	41	18	0	38	1.57
17203729--17203873	23	6.4	23	71	19	126	43	22	22	11	1.85
17206502--17206572	17	4.2	17	76	1	81	42	1	5	50	1.34
17207231--17207265	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
17208458--17208752	30	10.0	30	69	12	85	34	23	3	37	1.73
17208487--17208722	59	4.0	59	77	7	210	33	24	4	37	1.75
17208636--17208721	29	2.9	30	71	20	90	34	24	2	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17208517--17208746	59	3.9	58	75	6	214	33	24	3	38	1.74
17211686--17211731	21	2.0	23	84	12	60	30	4	15	50	1.63
17217216--17217266	18	2.8	18	77	8	59	33	7	3	54	1.47
17219796--17219821	12	2.2	12	100	0	52	23	19	23	34	1.96
17224763--17224809	13	3.6	13	75	8	51	63	4	0	31	1.13
17225263--17225302	15	2.6	15	85	14	55	47	2	0	50	1.14
17229649--17229674	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
17235516--17235553	20	1.9	20	100	0	76	34	23	21	21	1.97
17236147--17236171	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17236121--17238961	816	3.5	813	81	6	3060	38	15	12	33	1.85
17243574--17243711	61	2.3	60	81	3	152	44	12	4	38	1.62
17248695--17248741	22	2.0	22	84	8	58	48	2	2	46	1.25
17248688--17248757	24	2.9	24	75	18	65	51	2	1	44	1.25
17249810--17249884	18	3.9	19	87	6	93	5	1	18	74	1.08
17249852--17249939	11	8.3	11	73	12	69	3	2	19	75	1.06
17249822--17249939	60	1.9	64	84	8	163	4	2	18	74	1.10
17249808--17249939	9	14.1	9	67	20	58	4	2	19	73	1.12
17249810--17249939	20	6.4	20	81	11	131	4	2	19	73	1.11
17249861--17249992	54	2.5	54	83	10	148	7	2	18	71	1.21
17249947--17250004	20	2.8	21	87	10	75	10	1	18	68	1.26
17250145--17250174	12	2.6	11	90	10	51	20	0	10	70	1.16
17250577--17250625	14	3.1	16	80	17	57	51	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17250954--17250983	14	2.1	14	100	0	60	46	0	0	53	1.00
17251575--17251619	21	2.1	21	83	0	54	28	2	22	46	1.63
17251540--17251620	35	2.3	36	79	10	96	29	1	24	44	1.62
17252066--17252151	24	3.7	22	80	7	82	67	12	8	11	1.42
17252089--17252173	36	2.4	34	79	12	91	67	14	7	11	1.42
17252108--17252163	24	2.4	23	75	3	58	64	19	7	8	1.45
17252168--17252248	22	3.8	20	81	9	99	66	24	6	2	1.27
17252168--17252252	42	2.0	42	86	8	120	67	24	5	2	1.25
17252465--17252532	14	4.9	14	73	20	52	22	0	27	50	1.49
17252480--17252532	28	2.0	26	82	14	63	20	0	26	52	1.46
17252473--17252566	35	2.7	35	74	11	84	23	1	23	52	1.54
17252486--17252567	35	2.3	36	80	12	89	24	1	21	52	1.54
17252808--17252851	21	2.1	21	91	0	70	22	15	38	22	1.92
17254920--17254957	5	7.6	5	90	0	58	63	0	0	36	0.95
17256817--17256876	15	4.1	15	78	8	70	33	15	16	35	1.90
17262482--17262627	58	2.5	58	82	11	183	46	2	1	50	1.21
17262797--17262868	16	4.5	16	89	0	117	27	29	5	37	1.79
17266969--17267232	58	4.5	59	85	5	358	37	3	26	31	1.74
17266969--17267232	117	2.3	117	89	2	406	37	3	26	31	1.74
17267053--17267213	30	5.5	29	72	22	124	37	4	25	31	1.77
17266930--17267337	29	14.0	29	71	16	202	37	3	25	33	1.74
17267002--17267290	117	2.5	117	84	5	345	37	4	25	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17266973--17267337	58	6.3	57	81	9	291	38	4	24	32	1.75
17267208--17267360	58	2.6	59	84	5	195	39	4	20	35	1.73
17267255--17267370	29	4.0	30	75	9	114	39	2	20	37	1.67
17278474--17278535	29	2.1	29	85	5	81	45	1	22	30	1.62
17278474--17278728	30	8.7	30	72	18	110	36	3	26	32	1.75
17278513--17278757	30	8.3	30	73	13	145	34	4	27	33	1.77
17278502--17278725	59	3.8	58	82	7	229	34	4	27	33	1.76
17278555--17278783	59	3.9	59	83	7	213	34	5	26	33	1.80
17278647--17278791	30	4.9	29	80	6	139	36	4	22	35	1.76
17278681--17278791	29	3.8	28	79	11	116	36	4	21	37	1.74
17279954--17280004	24	2.1	24	96	0	93	47	13	3	35	1.62
17280701--17280729	11	2.5	12	94	5	51	51	0	0	48	1.00
17280702--17280749	17	2.7	18	87	6	62	52	4	4	39	1.40
17280701--17280729	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
17284281--17284319	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
17289680--17289843	62	2.7	60	90	3	251	43	13	7	35	1.73
17291572--17291616	14	3.2	14	78	9	56	64	4	0	31	1.13
17293712--17293757	19	2.6	18	83	12	60	60	4	4	30	1.35
17293679--17293965	73	4.0	69	81	11	330	59	4	3	32	1.34
17293796--17293847	20	2.5	20	82	17	63	63	3	0	32	1.12
17293796--17293847	21	2.6	19	80	17	52	63	3	0	32	1.12
17293681--17293959	142	1.9	144	89	4	429	60	4	3	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17293712--17293965	17	14.2	18	67	22	65	59	4	3	32	1.35
17293696--17294013	73	4.4	69	76	14	277	59	3	4	31	1.36
17293722--17294036	142	2.2	140	83	7	370	59	3	4	33	1.35
17294001--17294031	14	2.3	14	94	5	55	58	0	6	35	1.24
17294254--17294298	21	2.1	21	88	8	65	33	4	0	62	1.15
17296334--17296366	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
17303772--17303796	13	1.9	13	100	0	50	32	16	4	48	1.64
17310515--17310556	14	3.1	14	82	3	50	42	0	4	52	1.22
17317066--17317095	7	4.3	7	100	0	60	46	40	0	13	1.43
17320823--17320879	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
17330874--17331533	329	2.0	329	96	0	1214	29	15	20	34	1.94
17332576--17332807	82	2.8	81	79	7	254	35	7	12	44	1.70
17340276--17340306	4	7.8	4	100	0	62	0	51	22	25	1.48
17340519--17340558	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
17347832--17347872	19	2.0	21	90	9	68	19	4	34	41	1.73
17349670--17349783	23	5.0	23	81	8	126	10	24	24	40	1.87
17349670--17349783	46	2.5	45	79	12	142	10	24	24	40	1.87
17354064--17354097	16	2.1	16	88	0	50	52	0	23	23	1.47
17357448--17357499	14	3.9	13	74	20	54	25	3	1	69	1.16
17357620--17357678	30	2.0	30	93	0	100	54	13	3	28	1.55
17357711--17357753	22	2.0	22	85	0	59	55	11	11	20	1.66
17363987--17364044	29	2.0	29	82	0	71	41	6	10	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17366102--17366138	16	2.3	16	100	0	74	48	8	5	37	1.56
17366934--17366990	23	2.6	21	76	13	69	45	1	0	52	1.11
17369114--17369162	24	2.0	25	84	15	66	34	4	6	55	1.44
17387673--17387715	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
17392893--17392918	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17395040--17395183	57	2.5	59	79	8	168	25	14	11	48	1.77
17403500--17403587	38	2.3	39	94	4	151	38	0	6	54	1.27
17403648--17403691	16	2.8	15	80	12	52	61	0	0	38	0.96
17404292--17404334	13	3.4	13	80	6	61	60	9	0	30	1.28
17404402--17404445	15	2.9	16	80	19	58	29	0	4	65	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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