genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22103946--22103988	13	3.2	13	75	12	50	69	11	0	18	1.17
22107256--22107304	25	1.9	25	87	4	71	36	0	6	57	1.24
22109826--22109880	17	3.5	17	72	18	57	41	0	0	58	0.98
22109838--22109884	13	3.4	13	83	16	67	40	0	0	59	0.97
22109827--22109884	16	3.9	15	82	10	66	41	0	0	58	0.98
22110407--22110457	15	3.5	15	70	5	50	31	1	7	58	1.37
22110592--22110624	10	3.2	10	91	8	57	54	3	0	42	1.15
22117751--22118219	28	16.9	28	82	5	461	47	8	13	31	1.72
22120414--22120483	33	2.2	31	87	10	97	57	1	0	41	1.08
22124025--22124185	54	3.0	53	82	8	191	34	17	14	33	1.90
22124229--22124436	94	2.2	93	92	1	355	43	6	3	46	1.47
22125672--22125717	19	2.5	19	82	3	58	23	4	4	67	1.27
22125751--22125794	19	2.4	18	88	3	61	20	6	6	65	1.39
22125661--22125805	77	1.9	76	85	4	202	29	6	4	59	1.42
22126885--22127029	29	5.0	29	85	8	179	30	4	2	62	1.27
22127893--22128215	53	6.2	52	80	9	318	35	15	16	33	1.90
22127952--22128215	102	2.5	101	82	8	309	32	17	16	33	1.92
22127952--22128216	53	5.1	53	83	5	321	32	16	16	33	1.92
22134892--22134921	6	5.0	6	95	0	51	13	0	20	66	1.24
22141182--22141234	12	4.5	11	77	15	52	5	16	1	75	1.08
22142067--22142094	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
22142038--22142267	55	4.1	56	89	5	297	33	0	19	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22142062--22142267	113	1.8	110	89	5	324	33	0	18	47	1.49
22142489--22142514	9	2.9	9	100	0	52	42	23	11	23	1.86
22145851--22145921	28	2.5	29	86	6	92	38	8	5	47	1.57
22145878--22145966	27	3.2	28	80	6	83	31	12	7	48	1.69
22145961--22146374	28	14.9	28	81	4	437	51	3	11	33	1.56
22145977--22146357	166	2.3	166	85	4	500	51	3	11	33	1.57
22146374--22146465	28	3.3	26	80	11	94	25	16	15	43	1.86
22146463--22146628	28	5.9	28	80	4	156	34	13	6	44	1.70
22151586--22151634	19	2.6	18	76	17	55	34	2	2	61	1.19
22151701--22151775	9	8.2	9	72	20	50	36	2	0	61	1.10
22151736--22151792	8	6.0	10	86	13	61	40	0	0	59	0.97
22151730--22151800	28	2.7	27	76	20	78	39	0	0	60	0.97
22151732--22151789	20	3.0	20	87	12	77	39	0	0	60	0.97
22163096--22163147	19	2.5	21	82	17	65	48	1	1	48	1.24
22163101--22163194	32	2.9	33	77	17	83	48	2	2	46	1.25
22164616--22164675	29	2.1	29	87	0	84	38	11	20	30	1.88
22167165--22167199	17	2.1	17	88	0	52	57	2	2	37	1.29
22184495--22184611	30	3.9	30	81	0	126	35	6	19	37	1.79
22184535--22184623	30	3.0	29	83	6	106	35	3	20	40	1.69
22188175--22188236	30	2.1	29	84	3	79	69	4	1	24	1.17
22188164--22188238	23	3.1	24	81	13	82	66	5	1	26	1.21
22188169--22188236	28	2.5	28	81	11	70	69	4	1	25	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22188253--22188452	30	6.7	30	85	4	192	35	4	21	39	1.73
22188257--22188450	89	2.2	89	83	6	232	35	4	20	40	1.71
22188287--22188478	60	3.2	61	77	9	189	35	3	20	40	1.69
22197096--22197133	4	9.0	4	94	5	58	52	23	0	23	1.47
22199215--22199277	32	1.9	33	87	6	92	39	3	3	53	1.33
22203283--22203339	31	1.9	28	86	10	78	49	3	8	38	1.51
22217891--22217934	21	2.1	21	86	0	61	50	2	0	47	1.13
22217912--22217973	29	2.1	31	81	6	74	51	3	0	45	1.17
22220510--22220597	45	2.0	45	86	0	122	48	12	19	19	1.80
22225507--22225578	11	6.4	11	77	19	69	4	26	0	69	1.06
22225508--22225577	24	3.1	23	83	16	94	4	27	0	68	1.08
22225512--22225577	21	3.0	21	82	12	80	4	27	0	68	1.09
22225513--22225578	17	3.8	17	72	24	50	4	25	0	69	1.07
22226907--22226996	6	14.8	6	74	15	69	48	0	3	47	1.18
22226912--22226974	31	2.0	31	87	0	90	46	0	3	50	1.17
22226911--22226973	11	5.8	11	71	16	51	46	0	3	50	1.17
22226910--22226990	37	2.2	37	82	10	96	50	0	3	45	1.19
22227166--22227221	20	2.8	20	91	2	85	16	46	17	19	1.84
22228027--22228088	24	2.6	25	82	12	69	69	0	25	4	1.08
22228795--22229159	29	12.4	30	83	6	437	36	23	2	37	1.68
22228795--22229136	60	5.8	59	84	6	426	37	23	2	36	1.68
22236715--22236860	69	2.1	69	81	6	170	17	6	15	60	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22237205--22237255	22	2.4	22	87	9	70	60	7	11	19	1.55
22238641--22238665	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
22261374--22261415	8	5.2	8	77	11	50	64	0	0	35	0.94
22261374--22261415	15	2.6	17	81	11	61	64	0	0	35	0.94
22262525--22262838	83	4.0	82	87	7	438	31	14	7	47	1.71
22262949--22262984	18	2.0	18	89	10	56	25	2	5	66	1.27
22266735--22266759	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
22274287--22274316	13	2.4	13	94	5	53	53	3	0	43	1.17
22274325--22274358	17	1.9	17	88	5	50	35	0	8	55	1.31
22274798--22274852	26	2.1	26	86	6	76	30	0	9	60	1.28
22275033--22275092	21	2.8	20	80	14	68	43	0	1	55	1.10
22279110--22279144	18	1.9	18	88	0	52	37	14	5	42	1.69
22287052--22287321	91	2.9	93	97	2	517	33	22	14	29	1.94
22288234--22288268	17	2.0	18	94	5	63	54	0	0	45	0.99
22289571--22289687	50	2.4	50	92	5	195	41	13	7	37	1.74
22295791--22295944	76	2.0	75	81	10	181	35	23	16	24	1.95
22297762--22298574	406	2.0	406	100	0	1626	26	17	18	37	1.93
22301550--22301633	38	2.2	39	95	4	161	29	26	7	36	1.83
22303333--22303408	37	2.1	37	97	0	143	38	22	5	34	1.77
22311740--22311771	6	5.2	6	96	3	55	37	0	0	62	0.95
22311867--22311959	39	2.3	41	87	5	136	34	1	7	56	1.34
22319543--22319594	17	3.1	17	72	10	52	63	0	1	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22321684--22321723	21	2.0	20	90	5	62	32	2	2	62	1.22
22326328--22326481	84	1.8	84	81	10	190	40	2	6	50	1.42
22329312--22329361	16	3.2	15	85	5	64	58	0	20	22	1.40
22329325--22329353	15	1.9	15	100	0	58	62	0	17	20	1.33
22330394--22330435	19	2.3	19	80	12	52	50	2	11	35	1.52
22337418--22337457	21	1.9	21	100	0	80	62	5	0	32	1.17
22340089--22340133	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
22346545--22346583	20	1.9	20	84	5	51	25	5	17	51	1.66
22347857--22347925	23	3.2	23	65	23	67	39	4	11	44	1.61
22348736--22348761	12	2.2	12	100	0	52	7	23	7	61	1.49
22349466--22349541	29	2.6	29	87	0	116	26	38	21	14	1.91
22354501--22354565	25	2.5	26	90	5	96	35	4	3	56	1.35
22357208--22357547	29	11.3	29	69	23	190	35	2	29	31	1.72
22357296--22357590	59	5.0	59	87	6	375	36	1	28	33	1.67
22357304--22357585	118	2.4	117	89	4	424	36	1	28	33	1.68
22357303--22357576	29	9.3	28	67	24	95	36	1	28	32	1.68
22358531--22358585	23	2.6	22	86	11	71	18	12	1	67	1.32
22359022--22359075	22	2.3	23	84	6	65	37	7	1	53	1.40
22359719--22359807	6	15.0	6	71	19	71	49	1	4	44	1.29
22359733--22359807	31	2.3	32	88	4	107	52	1	4	42	1.28
22359762--22359817	11	5.1	11	76	8	51	55	1	1	41	1.21
22359734--22359807	17	4.6	17	83	11	93	52	1	4	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22359771--22359825	27	2.0	27	85	0	74	52	5	1	40	1.35
22368370--22368428	27	2.1	27	84	9	75	22	15	15	47	1.82
22372773--22372897	23	5.4	23	84	1	117	16	19	22	42	1.89
22372788--22372901	46	2.5	46	85	0	156	14	19	21	43	1.87
22380064--22380154	23	4.0	23	88	1	139	13	17	24	45	1.84
22380052--22380150	46	2.2	46	90	0	153	13	19	24	43	1.86
22381445--22381483	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
22383854--22383922	32	2.2	32	83	0	93	30	17	31	20	1.95
22386895--22386976	26	3.2	26	61	19	62	26	12	24	36	1.91
22386872--22387057	52	3.6	52	89	2	293	26	13	24	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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