genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8728311--8728431	63	1.9	63	91	0	197	41	14	15	28	1.87
8728320--8728447	63	2.0	63	83	5	161	45	14	14	25	1.83
8728642--8728683	19	2.2	19	83	8	50	66	2	4	26	1.23
8735476--8735501	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8741921--8741967	5	9.8	5	97	2	80	14	42	0	42	1.46
8749455--8749504	22	2.3	22	86	3	66	36	2	52	10	1.47
8749967--8750010	23	1.9	23	85	0	61	52	4	0	43	1.22
8750340--8750402	33	1.9	33	87	6	92	30	14	14	41	1.85
8751569--8751605	18	2.0	20	84	10	51	48	13	10	27	1.75
8757051--8757090	15	2.6	15	88	4	53	52	2	0	45	1.14
8757107--8757146	21	2.0	21	90	5	64	52	0	0	47	1.00
8758951--8758985	18	2.1	16	89	10	52	28	11	5	54	1.59
8760481--8760519	20	2.0	20	94	0	69	41	0	7	51	1.31
8760505--8760573	23	2.8	24	75	14	70	49	2	0	47	1.16
8760910--8760943	15	2.3	15	90	10	52	64	0	0	35	0.94
8771734--8771952	109	2.0	109	99	0	429	32	12	19	35	1.90
8771766--8771989	109	2.0	108	86	7	310	36	12	19	32	1.88
8790921--8791057	58	2.3	58	86	7	188	47	0	1	50	1.15
8791153--8791245	46	2.2	44	81	12	106	37	20	4	37	1.72
8791235--8791278	16	2.8	16	82	0	52	25	27	2	45	1.65
8792691--8792737	22	2.3	22	85	10	64	51	8	0	40	1.33
8792729--8792773	21	2.1	21	84	12	56	55	4	0	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8793366--8793401	16	2.2	17	90	5	56	52	0	5	41	1.24
8797986--8798355	183	2.0	183	87	0	533	25	25	18	31	1.97
8803633--8803661	6	4.8	6	100	0	58	34	17	48	0	1.47
8840002--8840042	8	5.2	8	77	16	50	63	0	0	36	0.95
8840029--8840072	23	1.9	23	85	0	61	52	2	0	45	1.13
8858584--8858639	29	2.0	27	86	6	76	46	1	0	51	1.11
8858583--8858650	30	2.3	30	84	5	84	42	1	0	55	1.08
8859082--8859159	29	2.6	30	84	9	97	48	7	11	32	1.68
8861824--8861877	24	2.2	24	86	6	72	33	0	1	64	1.04
8862598--8862673	31	2.5	30	82	6	82	40	2	0	56	1.13
8877523--8877556	15	2.3	15	89	0	50	58	2	0	38	1.13
8886346--8886385	20	2.0	21	85	5	55	40	15	30	15	1.87
8889783--8889814	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
8893964--8894017	20	2.7	19	77	11	54	31	1	5	61	1.30
8895278--8895317	20	2.0	21	90	5	64	27	17	2	52	1.57
8903805--8903838	17	1.9	18	88	5	52	20	0	0	79	0.73
8911051--8911106	26	2.1	28	86	6	80	60	3	14	21	1.49
8911378--8911415	15	2.4	16	86	8	51	39	5	0	55	1.23
8911411--8911477	32	2.1	33	83	8	84	40	1	10	47	1.47
8914515--8914584	33	2.1	33	100	0	140	32	24	2	40	1.70
8920120--8920153	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
8925290--8925349	31	1.9	31	93	0	102	33	15	10	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8928083--8928121	6	6.5	6	100	0	78	15	15	17	51	1.77
8930630--8930674	22	2.0	23	87	8	67	35	4	2	57	1.31
8930815--8930839	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
8943816--8943846	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8951135--8951189	27	2.0	27	100	0	110	41	3	7	47	1.49
8953790--8953865	17	4.5	17	75	3	73	42	1	5	51	1.33
8955865--8955974	30	3.7	30	82	8	136	38	24	1	35	1.66
8955934--8956112	29	6.2	29	73	18	142	30	31	2	34	1.72
8955939--8956120	59	3.1	58	89	3	267	31	31	3	32	1.74
8958647--8958675	13	2.2	13	100	0	58	37	27	6	27	1.82
8959463--8959497	2	17.5	2	93	0	52	48	5	0	45	1.26
8959999--8960102	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
8965374--8965457	30	2.8	30	88	1	123	32	7	10	50	1.64
8976200--8976242	20	2.1	20	82	4	50	69	0	2	27	1.00
8988892--8988951	30	2.0	30	93	0	102	60	3	6	30	1.39
8989030--8989059	14	2.1	14	93	0	51	43	13	13	30	1.82
8999293--8999320	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9007933--9007979	18	2.5	19	93	6	78	38	0	2	59	1.09
9012129--9012159	16	1.9	16	93	0	53	35	9	3	51	1.51
9021660--9021715	24	2.2	27	87	9	82	48	0	0	51	1.00
9026559--9026615	15	3.9	14	77	13	53	49	0	3	47	1.18
9026822--9026924	54	1.9	53	82	5	127	53	3	4	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9026185--9026984	398	2.0	389	90	3	1244	40	9	8	41	1.68
9027795--9027822	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
9029515--9029549	8	4.4	8	85	0	52	42	0	0	57	0.99
9034969--9035008	3	13.0	3	94	5	71	0	32	2	65	1.06
9047365--9047402	18	2.2	18	86	13	53	26	2	7	63	1.35
9047379--9047418	19	2.1	19	85	0	53	22	5	12	60	1.52
9051674--9051725	16	3.2	16	82	12	54	48	0	7	44	1.31
9051674--9051725	17	3.2	16	82	12	54	48	0	7	44	1.31
9057930--9058077	76	2.0	76	89	1	226	40	8	6	45	1.59
9062276--9062324	22	2.1	24	81	7	57	30	8	2	59	1.38
9063998--9064029	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9076862--9076914	21	2.5	21	81	0	70	28	15	28	28	1.96
9100134--9100168	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
9121564--9121605	21	2.0	21	86	9	59	16	38	0	45	1.48
9123130--9123169	18	2.2	18	86	0	53	45	27	5	22	1.73
9138892--9139040	57	2.6	57	92	0	244	23	14	19	42	1.88
9140581--9140626	23	1.9	25	82	8	60	36	4	6	52	1.47
9142336--9142405	28	2.4	29	80	7	70	51	5	10	32	1.59
9142403--9142489	28	3.2	26	70	12	75	34	11	9	44	1.72
9146259--9146284	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
9147059--9147130	34	2.1	34	85	10	94	31	6	12	48	1.67
9152991--9153019	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9153445--9153495	18	2.8	19	79	8	61	45	7	13	33	1.73
9153602--9153645	18	2.5	18	92	3	72	36	9	2	52	1.46
9154882--9154921	2	20.0	2	94	0	71	0	52	0	47	1.00
9158801--9158837	5	7.4	5	100	0	74	0	0	18	81	0.70
9164199--9164244	18	2.4	19	82	7	58	41	4	2	52	1.33
9173338--9173367	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
9182040--9182098	31	1.9	31	92	0	100	28	6	10	54	1.59
9182040--9182109	31	2.2	31	87	5	95	27	8	10	54	1.63
9183731--9183766	19	2.0	19	89	10	58	66	11	0	22	1.22
9185299--9185350	25	2.2	25	86	10	74	38	1	0	59	1.08
9185390--9185433	22	1.9	24	86	9	65	31	18	2	47	1.61
9194186--9194238	23	2.3	23	93	6	90	11	26	22	39	1.88
9194204--9194274	36	2.0	36	88	0	106	8	25	21	45	1.80
9195658--9195807	23	6.4	23	81	11	139	40	23	24	11	1.87
9199919--9199959	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
9210142--9210218	9	8.4	9	72	7	57	29	2	0	67	1.04
9211391--9211477	42	2.1	40	89	4	129	33	10	16	40	1.82
9212435--9212494	30	2.0	30	86	0	84	65	3	6	25	1.33
9212476--9212541	30	2.2	30	86	10	91	60	6	4	28	1.40
9214670--9214727	20	2.9	20	86	0	89	32	22	32	12	1.91
9214890--9215658	83	9.3	82	92	2	1220	51	4	5	38	1.45
9214890--9215658	165	4.7	165	91	2	1213	51	4	5	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9215789--9215836	12	3.7	12	77	20	51	41	10	0	47	1.37
9215799--9215833	17	2.1	16	89	5	52	48	8	0	42	1.33
9215789--9215846	28	2.1	28	83	0	71	43	12	0	44	1.41
9219570--9220059	61	8.2	60	81	8	484	32	16	21	28	1.96
9219866--9219997	57	2.4	54	87	6	185	33	16	24	25	1.96
9221929--9222010	23	3.5	23	83	5	94	40	18	10	30	1.85
9222026--9222063	19	2.0	19	89	0	58	73	5	0	21	1.02
9228834--9228876	21	2.0	21	90	0	68	27	37	6	27	1.83
9230044--9230080	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
9234752--9234805	21	2.6	21	82	8	67	59	1	3	35	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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