genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26033992--26034271	148	1.9	147	81	5	341	45	18	16	20	1.86
26035130--26035170	14	2.9	13	83	16	55	17	0	4	78	0.93
26035124--26035169	19	2.4	19	85	7	67	21	0	4	73	1.00
26035130--26035170	10	4.2	10	76	17	50	17	0	4	78	0.93
26039169--26039383	5	41.4	5	67	15	98	61	17	13	8	1.55
26039299--26039355	22	2.6	22	94	2	98	63	12	15	8	1.52
26039169--26039380	73	2.8	74	77	13	209	61	16	13	8	1.55
26040067--26040299	55	4.2	55	81	3	245	19	17	37	25	1.93
26040098--26040297	110	1.8	109	84	3	276	19	17	36	27	1.94
26043214--26043319	56	1.9	56	90	0	167	21	18	33	25	1.96
26043270--26043407	43	3.2	43	86	1	177	18	17	35	28	1.94
26043997--26044073	40	2.0	38	84	5	100	37	14	16	31	1.89
26044188--26044293	29	3.7	29	84	2	133	25	16	16	40	1.90
26047726--26047881	76	2.1	76	90	0	240	28	19	21	30	1.97
26050413--26050468	24	2.2	25	84	6	69	28	5	14	51	1.64
26050701--26050837	68	2.0	68	98	0	265	39	5	11	43	1.63
26055744--26055770	14	1.9	14	100	0	54	29	0	14	55	1.40
26055820--26055882	30	2.1	31	82	14	78	22	14	17	46	1.84
26056086--26056113	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
26060890--26060961	30	2.4	31	85	2	92	20	12	18	48	1.80
26061811--26061928	31	3.9	31	76	19	140	25	20	11	43	1.84
26079068--26079098	15	2.1	15	93	0	53	22	29	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26086860--26086899	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
26087751--26087792	21	2.0	22	90	4	68	33	9	0	57	1.31
26088935--26088971	5	7.2	5	87	6	56	59	2	0	37	1.12
26089700--26089747	20	2.5	19	83	6	62	52	0	2	45	1.12
26089700--26089746	19	2.5	18	83	10	58	51	0	2	46	1.13
26090801--26090838	10	3.9	10	83	16	53	31	0	0	68	0.90
26090800--26090837	20	1.9	19	94	5	67	31	0	0	68	0.90
26090800--26090839	9	4.2	9	87	12	62	35	0	0	65	0.93
26092577--26092612	18	1.9	19	88	5	56	30	0	5	63	1.17
26092861--26092904	12	3.9	11	80	13	54	36	0	2	61	1.09
26093349--26093415	28	2.3	30	78	19	88	47	0	1	50	1.10
26093366--26093422	28	2.0	28	80	12	64	54	0	0	45	0.99
26103690--26103766	31	2.5	32	81	10	90	50	11	2	35	1.53
26104674--26104719	22	2.0	22	83	4	56	67	2	15	15	1.33
26105059--26105111	23	2.3	23	76	0	61	47	11	0	41	1.39
26109949--26109975	6	4.5	6	100	0	54	14	66	0	18	1.25
26112474--26112504	16	1.9	16	93	0	53	19	3	9	67	1.33
26112571--26112615	24	1.9	24	90	4	74	42	0	4	53	1.21
26114456--26114488	15	2.1	15	94	5	57	36	0	0	63	0.95
26114456--26114488	8	4.2	8	92	7	59	36	0	0	63	0.95
26114906--26114936	13	2.4	13	100	0	62	19	16	6	58	1.59
26118043--26118080	16	2.6	14	81	18	51	39	5	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119557--26119594	17	2.2	18	90	4	60	55	7	10	26	1.61
26133631--26133774	72	2.0	72	97	0	270	25	16	22	35	1.95
26139268--26139304	18	2.1	18	100	0	74	32	10	32	24	1.90
26139552--26139586	16	2.1	17	89	5	54	37	0	17	45	1.48
26144222--26144260	18	2.1	19	85	9	53	66	0	0	33	0.92
26144304--26144346	9	4.6	9	80	8	50	62	4	2	30	1.28
26144301--26144355	19	2.8	20	80	8	67	63	3	1	30	1.22
26144470--26144518	9	5.4	9	83	16	66	81	0	0	18	0.69
26144471--26144520	16	3.1	16	86	11	66	80	0	0	20	0.72
26144535--26144589	28	2.0	27	89	3	83	29	1	0	69	0.99
26144535--26144589	10	5.8	9	78	8	56	29	1	0	69	0.99
26144537--26144678	10	14.7	10	68	11	55	31	3	3	61	1.30
26144644--26144711	31	2.3	29	85	10	84	33	0	1	64	1.02
26148957--26149092	69	2.0	69	89	0	209	20	36	8	34	1.82
26155507--26155709	100	2.0	100	100	0	406	22	28	15	33	1.94
26157896--26157980	25	4.0	22	67	19	54	51	1	7	40	1.37
26157968--26158218	121	2.1	122	87	5	368	44	2	8	44	1.48
26158842--26158903	21	3.0	20	81	13	72	41	0	8	50	1.32
26158842--26158903	22	2.8	23	80	7	67	41	0	8	50	1.32
26159422--26159475	21	2.6	21	80	14	58	20	7	1	70	1.21
26162660--26162816	59	2.7	59	83	4	192	36	3	27	33	1.73
26162720--26162818	30	3.3	29	70	24	89	35	2	30	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26166403--26166471	24	2.9	24	76	4	77	40	15	13	30	1.86
26172138--26172287	69	2.2	69	86	6	205	18	39	8	34	1.80
26174500--26174540	17	2.5	15	85	14	55	78	0	2	19	0.87
26175048--26175099	26	2.0	26	92	0	86	23	19	19	38	1.93
26175104--26175147	17	2.6	17	77	0	52	40	2	6	50	1.42
26175919--26175976	3	18.7	3	76	13	55	58	3	0	37	1.15
26175919--26175968	19	2.6	20	84	9	77	58	2	0	40	1.10
26175919--26175975	22	2.6	22	85	0	78	57	3	0	38	1.16
26177145--26177265	30	4.1	29	76	13	106	33	26	2	38	1.70
26177168--26177462	30	10.2	29	69	20	147	31	24	2	41	1.69
26177180--26177520	57	5.9	56	80	11	318	31	24	2	40	1.70
26177384--26177520	29	4.8	28	65	20	77	32	23	2	41	1.69
26179965--26180007	18	2.3	19	80	4	52	58	2	34	4	1.32
26183160--26183472	43	7.2	43	90	1	464	18	29	24	27	1.98
26183160--26183474	87	3.6	86	90	1	486	19	29	24	27	1.98
26183160--26183472	130	2.4	130	89	1	475	18	29	24	27	1.98
26183787--26183824	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
26183773--26183825	21	2.5	21	93	0	88	0	47	20	32	1.51
26183821--26183967	66	2.2	66	86	3	208	17	23	15	44	1.86
26189480--26189853	18	21.4	17	66	23	147	47	2	1	48	1.22
26189512--26190370	48	17.8	48	91	2	1256	45	5	0	48	1.30
26189485--26190391	97	9.4	93	88	7	1049	45	4	0	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26189512--26190370	145	5.9	145	91	1	1287	45	5	0	48	1.30
26190312--26190417	18	5.3	21	72	17	84	49	0	1	48	1.18
26190437--26190466	4	7.5	4	100	0	60	46	0	0	53	1.00
26190391--26190492	46	2.2	48	78	3	109	45	0	6	48	1.29
26190525--26190550	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
26190513--26190567	16	4.1	12	77	22	56	50	0	1	47	1.11
26190388--26190661	151	1.8	149	89	3	435	41	0	9	47	1.42
26190862--26190942	40	2.0	40	100	0	162	61	12	2	23	1.42
26192583--26192679	41	2.4	41	84	6	126	16	28	19	35	1.94
26194063--26194097	18	1.9	18	94	0	61	20	11	11	57	1.64
26194976--26195014	15	2.6	15	100	0	78	33	35	20	10	1.86
26195641--26195684	16	2.7	15	82	10	52	56	4	0	38	1.20
26195645--26195696	23	2.3	22	80	6	68	57	5	0	36	1.23
26196805--26197107	59	5.1	59	83	8	305	30	26	3	38	1.75
26196785--26197009	30	7.6	29	71	13	131	32	26	4	37	1.75
26196805--26197106	118	2.5	118	83	4	358	30	26	3	38	1.75
26196818--26197107	30	9.8	29	70	14	134	30	26	3	38	1.74
26202120--26202168	11	4.4	11	76	5	53	75	6	2	16	1.09
26202120--26202168	23	2.2	23	85	3	64	75	6	2	16	1.09
26205731--26205773	22	2.0	22	86	9	61	37	0	2	60	1.10
26206300--26206352	21	2.5	21	78	12	54	54	28	0	16	1.43
26206365--26206425	21	2.9	21	77	0	68	42	37	1	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26207001--26207101	6	17.2	6	73	7	82	40	1	1	55	1.22
26206977--26207069	24	3.7	24	76	14	80	40	2	2	54	1.24
26206989--26207076	41	2.1	41	85	0	113	42	2	1	54	1.20
26207002--26207045	17	2.5	18	88	3	63	43	2	0	54	1.12
26207036--26207116	17	4.7	17	83	6	92	43	1	2	53	1.22
26207001--26207086	41	2.1	41	91	0	136	40	2	0	56	1.12
26208634--26208967	162	2.1	162	90	0	533	26	17	11	43	1.84
26209038--26209355	59	5.4	59	90	1	469	33	30	2	33	1.72
26209041--26209325	29	9.7	28	71	20	165	32	29	2	35	1.72
26209210--26209354	29	4.9	30	68	25	94	32	33	2	31	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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