genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22785351--22786663	611	2.1	612	84	2	1614	30	16	24	28	1.96
22790841--22790865	11	2.3	11	100	0	50	56	0	44	0	0.99
22794423--22794603	90	2.0	90	90	2	283	25	14	27	32	1.94
22802764--22802937	59	2.9	57	84	8	215	37	25	2	34	1.69
22802764--22802937	29	5.9	29	81	6	183	37	25	2	34	1.69
22803037--22803101	29	2.2	31	76	15	75	32	29	10	27	1.90
22807003--22807067	3	22.3	3	90	9	100	70	0	29	0	0.87
22807000--22807067	22	3.1	22	85	12	95	70	0	29	0	0.87
22807000--22807067	25	2.7	25	95	0	118	70	0	29	0	0.87
22807860--22807930	33	2.2	33	82	5	81	83	4	11	1	0.86
22807885--22807930	8	5.6	8	87	5	65	89	2	6	2	0.64
22807874--22807932	25	2.4	24	80	8	73	84	5	8	1	0.82
22807879--22807912	15	2.3	15	89	0	50	85	5	5	2	0.83
22807891--22807932	17	2.5	17	92	7	68	88	0	9	2	0.61
22808944--22809123	48	3.7	48	74	14	172	40	21	23	13	1.90
22808837--22809162	101	3.3	99	77	10	281	39	20	26	13	1.89
22808943--22809374	148	2.9	148	80	6	421	40	21	24	12	1.89
22808840--22809395	51	11.1	51	71	9	324	40	21	25	12	1.88
22808842--22809408	249	2.3	248	84	4	714	40	21	24	13	1.89
22809879--22811012	205	5.5	204	87	2	1411	36	19	22	21	1.95
22811375--22811441	34	2.0	34	88	5	100	34	2	8	53	1.47
22811861--22811919	31	1.9	31	86	6	84	37	22	11	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818964--22819105	30	4.8	29	77	10	117	38	23	3	33	1.72
22821762--22821788	13	2.1	13	100	0	54	0	40	0	59	0.98
22822910--22822955	15	3.1	15	70	17	51	58	13	4	23	1.52
22827397--22827436	20	2.1	19	85	4	53	42	2	22	32	1.67
22833548--22833601	21	2.5	21	80	16	58	22	11	1	64	1.35
22833643--22833722	20	4.2	17	77	20	63	25	13	3	57	1.53
22833892--22833944	19	2.7	20	79	2	63	22	16	7	52	1.69
22833892--22833951	19	3.1	19	75	2	57	23	15	8	53	1.68
22833892--22833952	20	3.1	19	76	4	59	22	14	8	54	1.67
22838599--22838675	17	4.6	16	82	12	86	40	1	2	55	1.22
22838618--22838713	11	8.5	11	78	15	90	40	0	4	55	1.19
22838618--22838713	6	16.8	6	76	14	87	40	0	4	55	1.19
22839102--22839153	25	2.1	25	85	7	70	51	25	1	21	1.57
22840216--22840562	162	2.1	162	89	0	525	25	17	13	42	1.86
22840666--22840791	29	4.5	28	73	19	84	35	27	3	33	1.73
22840693--22840885	58	3.3	58	85	5	248	34	28	3	34	1.73
22840722--22840811	29	3.1	28	73	20	87	36	27	3	32	1.73
22840789--22840881	29	3.2	29	70	18	75	32	24	4	38	1.75
22853154--22853259	31	3.4	31	74	14	101	38	10	20	30	1.86
22853116--22853278	62	2.5	62	87	6	218	35	11	21	31	1.89
22853116--22853599	76	6.8	64	85	8	278	34	14	18	33	1.90
22853284--22853638	38	9.4	38	69	15	252	33	14	16	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853240--22853663	76	5.6	76	91	1	656	32	15	17	34	1.91
22853021--22853668	151	4.4	152	82	10	830	33	14	17	33	1.91
22853021--22853663	227	2.9	225	82	9	832	33	14	17	34	1.91
22853953--22854025	6	12.8	6	76	15	66	42	0	5	52	1.24
22853951--22854014	5	12.0	5	80	18	58	43	0	3	53	1.16
22853953--22854011	17	3.6	16	80	13	66	44	0	3	52	1.17
22853953--22854025	11	6.5	11	78	12	69	42	0	5	52	1.24
22855561--22855892	159	2.1	159	88	3	481	27	16	13	42	1.86
22855964--22856064	29	3.5	27	77	13	78	37	24	8	28	1.86
22856022--22856390	59	6.3	58	87	5	478	34	28	2	33	1.73
22855997--22856359	29	12.5	30	66	18	157	34	29	3	32	1.74
22861916--22861988	32	2.2	33	80	7	78	61	6	5	26	1.43
22876919--22876970	16	3.2	16	78	10	61	38	3	1	55	1.29
22876919--22876989	33	2.2	33	85	10	92	38	2	5	53	1.39
22877654--22877700	13	3.7	13	80	13	53	57	0	0	42	0.98
22877652--22877700	25	2.1	24	85	11	66	57	0	0	42	0.99
22878836--22879134	29	10.2	29	80	4	246	35	28	3	33	1.74
22878836--22879087	86	2.9	89	80	7	273	35	26	2	35	1.71
22878836--22879134	59	5.1	57	77	6	260	35	28	3	33	1.74
22878869--22879134	145	1.8	146	80	7	326	35	28	3	33	1.73
22881957--22882276	147	2.2	145	83	7	391	38	8	24	29	1.84
22882306--22882789	29	16.5	29	74	10	322	34	5	25	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22882317--22882785	88	5.3	88	76	10	359	34	5	25	34	1.79
22882318--22882755	117	3.7	117	76	9	383	34	5	25	34	1.79
22883813--22883846	15	2.2	16	89	5	52	41	5	0	52	1.25
22884235--22884271	17	2.2	17	90	4	58	16	5	10	67	1.38
22890335--22890371	14	2.6	14	91	0	56	64	10	5	18	1.43
22897266--22897307	22	1.9	22	85	9	59	0	19	2	78	0.86
22906343--22906798	231	2.0	233	99	0	898	32	27	13	27	1.93
22923722--22923795	26	2.8	26	78	12	78	68	1	4	25	1.15
22930254--22930303	21	2.4	21	90	3	75	34	14	46	6	1.69
22930254--22930310	21	2.7	21	86	5	71	35	14	45	5	1.67
22930593--22930773	43	4.2	43	83	0	200	25	17	27	28	1.98
22937577--22937627	25	2.2	22	86	13	68	25	21	21	31	1.98
22937583--22937654	25	2.9	25	85	0	90	22	18	25	34	1.96
22940826--22940850	11	2.3	11	100	0	50	16	0	28	56	1.41
22943408--22943636	78	2.9	78	79	2	219	23	20	20	34	1.96
22947880--22948073	23	8.3	23	80	8	180	42	21	24	11	1.86
22947880--22948073	69	2.8	68	81	10	205	42	21	24	11	1.86
22951406--22951590	78	2.4	78	77	1	183	27	20	18	33	1.96
22951449--22951656	78	2.7	77	84	3	238	25	18	19	36	1.95
22951844--22952023	64	2.8	63	77	5	175	24	27	17	30	1.97
22954251--22954275	11	2.3	11	100	0	50	16	0	28	56	1.41
22957961--22958122	29	5.5	29	71	18	102	32	4	29	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22957961--22958110	59	2.6	59	82	5	196	33	4	30	32	1.76
22958058--22958129	30	2.4	29	86	9	92	27	4	29	38	1.75
22960016--22960063	18	2.7	18	90	0	69	37	0	2	60	1.09
22960450--22961564	200	5.5	200	87	2	1545	20	22	21	35	1.96
22960451--22961564	404	2.8	401	88	2	1664	20	22	21	35	1.96
22961995--22962297	49	6.2	49	80	0	318	13	26	20	39	1.90
22962008--22962295	147	2.0	148	83	2	373	13	26	21	39	1.90
22968548--22968586	13	3.0	13	92	0	60	46	5	10	38	1.60
22969372--22969428	30	1.9	30	96	0	105	52	15	7	24	1.67
22970083--22970387	151	2.0	151	98	1	594	41	8	3	46	1.50
22973180--22973240	28	2.2	28	88	2	88	26	11	29	32	1.91
22973249--22973386	58	2.4	57	81	6	161	33	7	24	34	1.85
22973367--22973600	60	3.8	60	79	8	217	37	2	26	33	1.70
22973493--22973596	29	3.5	29	72	10	84	41	2	24	31	1.69
22973469--22973600	61	2.2	60	83	5	169	40	3	24	31	1.73
22975353--22975420	17	3.9	17	79	9	75	50	2	4	42	1.37
22975343--22975441	6	17.0	6	69	14	64	47	3	5	44	1.40
22975343--22975437	34	2.8	36	79	12	101	48	3	5	43	1.41
22975388--22975441	23	2.3	23	87	0	72	50	1	5	42	1.36
22979633--22979688	23	2.4	23	85	11	71	64	0	3	32	1.11
22980808--22980860	22	2.4	22	83	0	70	33	13	18	33	1.90
22980961--22981004	23	1.9	23	90	0	70	31	22	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22981027--22981066	16	2.5	16	87	0	62	30	15	20	35	1.93
23045818--23045876	6	10.5	6	72	20	56	42	1	1	54	1.20
23045801--23045904	16	6.9	16	72	22	75	42	1	0	54	1.17
23045822--23045903	28	3.2	26	80	15	98	43	1	1	53	1.16
23045801--23045902	44	2.3	44	88	6	143	42	1	0	54	1.18
23045878--23045915	19	2.0	19	89	0	58	50	0	2	47	1.15
23045845--23045907	15	4.3	15	76	11	58	44	1	0	53	1.10
23046577--23046626	3	17.0	3	79	4	57	62	2	0	36	1.07
23046572--23046620	12	4.1	12	81	0	62	57	2	0	40	1.10
23047689--23047850	29	5.6	30	77	6	138	38	21	3	36	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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