genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876746--876818	24	3.1	23	82	7	85	12	5	12	69	1.34
876755--876919	12	14.1	12	68	12	83	11	3	15	69	1.31
876766--876842	34	2.2	35	83	2	93	12	3	11	71	1.27
876754--876876	23	5.3	23	78	3	95	11	4	14	69	1.31
876735--876889	46	3.4	45	77	6	123	12	3	12	70	1.29
876781--876876	35	2.8	36	84	4	117	11	2	14	71	1.22
876815--876915	23	4.3	23	75	14	89	10	2	14	71	1.26
876815--876917	48	2.2	47	87	1	143	10	2	15	70	1.26
876880--876933	21	2.4	23	79	14	60	12	1	18	66	1.33
877688--877743	19	2.8	20	81	8	60	33	0	1	64	1.04
878737--878761	12	2.1	12	100	0	50	52	24	16	8	1.70
883932--883969	20	1.9	20	84	10	51	31	0	0	68	0.90
889803--890056	84	3.0	83	85	1	337	35	13	8	42	1.75
891154--891196	21	2.0	21	82	8	52	60	2	2	34	1.22
891171--891236	29	2.4	28	78	12	73	59	3	3	34	1.28
895736--895780	19	2.2	22	84	11	60	51	2	0	46	1.13
904828--904877	18	2.7	19	72	6	50	66	4	4	26	1.27
905640--905749	31	3.5	31	65	16	82	46	10	6	37	1.63
905840--905892	24	2.2	25	86	3	72	67	13	1	16	1.31
906972--907028	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
919144--919200	11	5.0	11	76	16	53	61	3	0	35	1.13
919143--919189	24	1.9	25	91	4	78	57	4	0	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919150--919203	12	4.6	12	77	13	58	64	3	0	31	1.11
922815--922849	18	1.9	18	88	0	52	20	2	17	60	1.49
938623--938672	23	2.1	24	92	7	93	40	4	14	42	1.64
945865--945897	17	1.9	17	93	0	57	12	3	6	78	1.04
950424--950457	16	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
953309--953344	13	2.6	14	86	13	56	47	16	8	27	1.75
953614--953736	62	2.0	62	91	0	201	18	24	12	44	1.84
953895--953967	31	2.3	32	79	6	78	53	6	6	32	1.54
953915--953980	31	2.1	31	97	0	123	42	6	10	40	1.64
958651--958736	10	9.5	8	74	18	55	66	0	1	32	1.00
958655--958727	19	3.8	20	73	21	59	63	0	1	35	1.04
958651--958765	10	12.1	9	68	13	54	66	0	1	31	1.08
958651--958791	18	7.4	19	70	21	75	64	1	2	31	1.14
958651--958765	28	4.0	28	79	13	103	66	0	1	31	1.08
958658--958791	49	2.8	49	79	15	129	64	1	2	32	1.15
964894--964994	34	3.1	33	95	4	186	68	0	26	4	1.10
964894--964994	33	3.0	34	97	2	188	68	0	26	4	1.10
974860--974907	25	2.0	24	87	4	69	47	6	0	45	1.27
976839--976872	18	1.9	18	88	5	52	52	8	0	38	1.33
976889--976941	21	2.8	18	82	17	72	69	0	5	24	1.09
977290--977436	75	2.0	75	93	0	249	27	21	17	33	1.96
991357--991397	21	2.0	20	86	13	57	26	14	0	58	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995493--995535	14	3.2	13	80	6	50	34	0	2	62	1.08
999220--999259	21	1.9	21	94	0	71	32	5	40	22	1.76
999271--999305	15	2.3	15	90	0	52	45	2	45	5	1.41
1023055--1023095	16	2.4	17	84	12	57	70	0	4	24	1.06
1023066--1023096	16	1.9	16	100	0	62	67	0	6	25	1.14
1025850--1025901	18	2.8	18	85	11	70	19	3	7	69	1.29
1032541--1032585	23	2.0	22	86	4	63	53	2	4	40	1.33
1033640--1033717	22	3.4	22	79	10	77	43	0	2	53	1.14
1033681--1033717	12	3.0	12	88	7	56	45	0	0	54	1.00
1047018--1047070	16	3.3	16	80	15	56	50	0	0	49	1.00
1047943--1048035	37	2.4	38	80	8	100	21	22	27	27	1.99
1064901--1064934	8	4.2	8	84	0	50	41	2	8	47	1.50
1067111--1067258	28	5.2	27	68	20	88	21	11	11	55	1.67
1067102--1067258	58	2.7	59	76	6	160	23	12	10	53	1.69
1075798--1075835	17	2.2	17	100	0	76	44	15	0	39	1.47
1076495--1076530	17	2.1	17	100	0	72	41	5	25	27	1.77
1080275--1080309	8	4.4	8	85	0	52	54	0	0	45	0.99
1085405--1085435	16	2.0	16	93	6	55	77	0	3	19	0.90
1090866--1090897	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
1097029--1097053	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
1098998--1099024	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
1101386--1101543	77	2.1	77	100	0	316	29	11	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1108395--1108432	19	2.0	19	89	0	58	71	0	18	10	1.14
1110230--1110284	20	2.8	18	83	13	56	54	0	0	45	0.99
1111637--1111663	6	4.5	6	100	0	54	33	33	0	33	1.58
1116984--1117012	14	2.1	14	100	0	58	27	6	20	44	1.77
1124010--1124043	5	6.8	5	100	0	68	58	20	0	20	1.39
1124280--1124315	19	1.9	18	88	5	54	33	36	5	25	1.79
1127975--1128058	42	2.0	42	88	4	125	30	0	21	47	1.51
1130965--1131007	22	1.9	23	85	4	61	53	2	2	41	1.26
1131117--1131159	21	2.0	22	81	4	52	37	6	0	55	1.27
1132863--1132921	18	3.4	17	71	19	50	22	5	3	69	1.23
1133034--1133058	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
1134891--1134963	30	2.4	29	76	10	76	9	5	17	67	1.38
1134856--1134975	21	5.9	21	69	18	83	11	5	17	65	1.41
1134966--1135042	12	6.8	11	71	14	50	7	2	18	71	1.22
1134958--1135045	44	2.0	43	80	10	99	7	2	18	71	1.21
1134918--1135049	35	4.1	33	70	17	80	9	3	18	69	1.28
1136165--1136235	24	2.9	24	80	4	79	36	18	30	14	1.90
1136221--1136305	22	3.9	22	82	0	107	43	24	17	14	1.86
1148257--1148339	30	2.7	31	87	5	116	48	3	14	33	1.61
1152223--1152394	62	2.8	62	85	3	238	32	8	20	38	1.83
1156339--1156369	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
1156870--1156904	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1172230--1172260	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
1176439--1176472	15	2.3	15	89	0	50	70	0	0	29	0.87
1179645--1179694	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
1198274--1198407	60	2.3	60	86	2	182	57	0	10	31	1.38
1199493--1199608	53	2.2	53	84	3	162	59	0	7	32	1.26
1215858--1215886	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1220082--1220119	14	2.7	14	84	11	51	36	0	2	60	1.11
1221413--1221472	31	2.0	30	87	9	86	45	10	3	41	1.54
1223656--1223721	30	2.2	31	91	2	107	37	24	12	25	1.90
1225400--1225565	23	7.4	23	74	14	150	42	22	24	11	1.86
1225406--1225480	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
1225445--1225565	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
1228425--1228457	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
1228503--1228561	26	2.2	28	84	6	77	52	5	0	42	1.23
1230365--1230398	15	2.1	17	89	10	54	47	0	2	50	1.16
1230756--1230999	87	2.8	85	80	10	235	39	20	7	32	1.81
1231092--1231155	20	3.2	20	76	8	67	31	1	1	65	1.11
1237245--1237300	27	2.1	27	93	6	96	50	17	10	21	1.77
1240861--1240889	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
1256832--1256858	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
1271860--1271904	23	2.0	23	86	0	63	64	0	4	31	1.13
1273378--1273591	23	9.5	23	72	14	151	41	21	25	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273432--1273506	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
1273471--1273591	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
1275446--1275491	19	2.5	19	82	3	58	52	6	0	41	1.27
1276011--1276094	22	3.8	21	76	11	78	8	7	15	69	1.36
1276017--1276112	24	4.0	23	71	22	65	9	6	15	68	1.36
1276090--1276146	21	2.8	21	86	2	80	10	1	14	73	1.17
1276052--1276177	11	11.1	12	66	23	60	8	4	16	69	1.31
1276091--1276191	20	4.8	21	79	12	86	9	2	17	69	1.29
1276137--1276199	20	2.9	22	76	11	58	9	4	20	65	1.41
1291997--1292026	10	3.0	10	95	0	51	13	16	40	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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