genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25779529--25779620	45	2.0	45	93	4	159	35	17	11	34	1.87
25781040--25781090	23	2.2	23	82	0	66	27	39	17	15	1.90
25781127--25781219	13	7.2	12	76	17	80	20	20	12	46	1.83
25781127--25781219	26	3.6	25	78	16	100	20	20	12	46	1.83
25781127--25781190	20	3.2	20	84	8	87	20	21	14	43	1.87
25781124--25781219	33	2.9	33	84	7	117	20	20	12	45	1.83
25787168--25787590	81	5.2	81	88	0	596	25	16	26	31	1.96
25787168--25787590	42	10.5	42	74	8	349	25	16	26	31	1.96
25787169--25787588	161	2.6	162	88	1	610	25	16	25	31	1.96
25789703--25789772	25	2.8	25	76	10	79	2	12	30	54	1.53
25789763--25789867	22	5.1	21	74	17	78	6	11	13	68	1.38
25789763--25789925	10	16.2	10	65	18	54	7	11	13	68	1.40
25789763--25789925	63	2.6	63	81	7	183	7	11	13	68	1.40
25789823--25789925	42	2.4	43	82	6	120	8	10	13	66	1.43
25789887--25789978	27	3.4	28	79	11	111	10	11	17	59	1.60
25789971--25790020	15	3.4	14	83	10	55	8	12	16	64	1.49
25789977--25790033	25	2.2	26	81	6	71	12	10	14	63	1.53
25793199--25793256	29	2.1	27	90	6	89	63	1	0	34	1.04
25793431--25793466	17	2.1	18	89	5	56	63	8	16	11	1.49
25793425--25793500	22	3.5	21	80	8	82	61	13	14	10	1.56
25793409--25793504	22	4.2	22	68	20	54	63	14	11	10	1.52
25794772--25794827	27	2.1	27	86	6	78	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25795014--25795106	26	3.4	26	73	19	73	65	4	15	15	1.42
25795031--25795123	30	3.2	28	78	17	93	65	4	16	13	1.42
25795066--25795109	21	2.0	22	91	4	72	72	2	15	9	1.19
25795015--25795123	56	1.9	56	85	7	150	66	4	15	13	1.41
25797010--25797052	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
25799974--25800019	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
25801049--25801105	19	3.0	20	82	12	77	7	12	0	80	0.89
25802046--25802115	5	12.8	5	88	11	86	75	2	1	20	1.00
25802046--25802115	12	6.4	10	87	11	86	75	2	1	20	1.00
25803688--25803723	17	2.1	17	100	0	72	16	16	30	36	1.91
25805034--25805073	18	2.2	18	100	0	80	52	25	10	12	1.70
25805463--25805496	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
25806541--25806584	20	2.2	20	87	0	61	4	13	31	50	1.62
25806539--25806599	25	2.4	25	73	10	61	3	14	31	50	1.59
25806581--25806725	43	3.4	42	75	11	116	5	13	15	65	1.44
25806623--25806730	22	5.1	22	78	15	129	8	12	13	64	1.48
25806686--25806765	27	3.0	27	83	0	106	11	12	12	63	1.52
25806622--25806730	43	2.6	41	88	10	150	8	12	13	65	1.47
25806627--25806755	22	5.8	22	73	17	113	9	13	13	64	1.50
25806797--25806846	15	3.4	14	86	10	64	8	12	14	66	1.45
25806803--25806859	25	2.2	26	87	6	80	12	10	12	64	1.49
25806796--25806891	15	6.3	15	73	14	54	11	13	11	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25809809--25809842	15	2.4	14	90	5	50	58	14	2	23	1.50
25811742--25811782	15	2.7	15	80	0	55	65	9	12	12	1.46
25813471--25813527	5	10.8	5	76	14	53	57	15	19	7	1.60
25813471--25813527	16	3.6	16	77	15	64	57	15	19	7	1.60
25813510--25813604	44	2.2	44	96	0	172	65	12	11	10	1.48
25813656--25813699	22	2.0	23	86	4	63	63	13	11	11	1.52
25813736--25813926	20	8.9	20	73	13	130	63	11	13	11	1.53
25813739--25813792	19	2.8	19	81	8	56	64	14	11	9	1.48
25813743--25813830	23	3.9	23	76	15	76	62	13	13	10	1.54
25813761--25813964	25	7.6	26	69	21	88	62	12	13	11	1.55
25813831--25813900	15	4.7	15	77	7	70	65	10	11	12	1.47
25813813--25813921	35	3.3	35	79	12	138	64	9	14	11	1.50
25813893--25813990	5	19.6	5	71	15	60	59	13	16	11	1.62
25813863--25813951	15	5.6	15	75	17	72	60	10	17	11	1.57
25813805--25813995	50	4.0	50	73	14	125	62	11	14	12	1.55
25813677--25813995	20	15.2	20	69	13	90	62	12	12	12	1.54
25815077--25815132	27	2.1	27	86	6	78	62	0	1	35	1.06
25815370--25815413	21	2.0	22	86	4	63	70	4	15	9	1.30
25815395--25815482	45	2.0	45	81	0	104	62	7	12	17	1.52
25816648--25816708	28	2.2	28	82	5	70	26	14	31	27	1.95
25816804--25816997	57	3.4	56	79	7	192	34	3	26	35	1.72
25816832--25816995	29	5.7	29	84	5	181	34	3	25	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25816832--25816995	86	1.9	86	84	3	222	34	3	25	35	1.74
25818983--25819085	6	18.0	6	66	16	58	51	1	2	43	1.27
25818991--25819081	37	2.4	38	76	7	96	51	2	3	42	1.30
25819011--25819077	18	3.7	18	78	9	73	53	2	2	40	1.31
25819364--25820081	92	7.8	92	91	0	1096	33	19	15	32	1.93
25819367--25820081	275	2.6	276	91	0	1135	33	19	15	31	1.93
25820046--25820115	34	2.1	34	100	0	140	32	22	12	31	1.92
25819954--25820207	126	2.0	126	92	0	427	33	21	14	30	1.93
25819862--25820299	218	2.0	218	95	0	777	33	20	15	31	1.93
25820080--25820453	92	4.1	92	94	0	667	33	19	15	31	1.93
25819771--25820391	310	2.0	309	92	0	1046	33	20	14	31	1.93
25826415--25826537	61	2.0	61	93	0	210	13	25	16	45	1.83
25827429--25827665	29	8.1	29	77	10	216	35	2	23	38	1.70
25827442--25827664	88	2.5	87	84	7	288	35	3	22	39	1.70
25827411--25827661	59	4.3	59	80	10	264	35	2	21	39	1.68
25829633--25829784	6	26.0	6	67	15	86	54	2	2	40	1.28
25829662--25829764	37	2.8	37	85	11	133	59	0	2	36	1.19
25829661--25829764	20	5.7	18	84	9	131	58	0	2	37	1.19
25838930--25838971	10	4.2	10	85	14	52	80	0	19	0	0.70
25838933--25838971	11	3.6	11	86	3	53	79	0	20	0	0.73
25838930--25838971	19	2.2	20	86	4	59	80	0	19	0	0.70
25838887--25838962	38	2.0	38	85	10	102	67	7	19	5	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25841165--25841233	17	4.1	16	69	9	57	39	5	5	49	1.51
25842869--25843091	29	7.7	28	82	9	254	36	25	2	35	1.69
25842869--25843091	58	3.8	59	90	5	339	36	25	2	35	1.69
25842841--25843091	88	2.8	86	84	7	283	36	24	3	35	1.72
25842869--25843091	117	1.9	117	88	7	337	36	25	2	35	1.69
25846336--25846567	5	45.4	5	67	13	71	6	12	17	63	1.49
25846436--25846475	11	3.6	11	80	12	55	10	12	10	67	1.42
25846430--25846568	62	2.2	63	87	6	194	8	12	12	66	1.45
25846430--25846568	20	6.7	21	77	16	146	8	12	12	66	1.45
25846545--25846632	27	3.3	26	75	12	81	10	11	17	61	1.56
25846614--25846666	15	3.6	14	82	10	61	7	11	11	69	1.35
25846623--25846673	25	2.0	26	84	7	68	11	9	7	70	1.33
25846628--25846693	27	2.5	27	78	9	66	13	10	10	65	1.48
25849584--25849617	15	2.4	14	90	5	50	58	14	2	23	1.50
25853910--25854015	15	7.2	15	67	19	62	65	14	12	8	1.48
25853919--25853989	30	2.3	31	80	7	83	66	15	11	7	1.44
25853950--25854026	27	2.9	27	84	1	102	64	11	11	11	1.49
25854089--25854127	21	1.9	21	89	5	62	66	7	7	17	1.40
25854130--25854279	28	5.3	27	71	15	101	65	8	9	16	1.46
25854086--25854238	60	2.6	59	80	8	170	64	10	8	16	1.48
25854206--25854257	24	2.2	24	86	3	70	63	9	15	11	1.52
25854290--25854657	25	14.4	25	67	17	130	64	10	11	13	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25854363--25854616	20	12.6	20	69	12	117	65	10	10	13	1.48
25854428--25854572	30	4.9	29	80	8	143	64	8	11	15	1.48
25854369--25854474	45	2.4	44	87	6	142	65	12	10	12	1.48
25854485--25854612	40	3.2	40	78	4	159	64	9	11	14	1.49
25854580--25854642	30	2.1	30	90	0	99	66	7	9	15	1.42
25854615--25854653	20	2.0	20	94	0	69	61	7	17	12	1.54
25854620--25854666	20	2.3	20	85	0	58	63	10	17	8	1.49
25855035--25855069	13	2.7	13	100	0	70	45	0	8	45	1.34
25855426--25855481	27	2.1	27	86	6	78	62	0	1	35	1.06
25855680--25855819	66	2.1	65	84	1	172	65	7	14	12	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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