genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  54  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21839916--21840026	31	3.4	31	70	16	105	28	20	15	35	1.93
21839916--21840073	69	2.3	69	97	1	300	31	18	17	32	1.94
21840015--21840112	38	2.5	39	81	4	119	31	18	18	31	1.95
21852023--21852449	58	7.3	58	81	8	467	36	6	26	30	1.81
21852082--21852178	29	3.3	29	68	12	74	32	5	30	30	1.80
21852139--21852352	30	7.3	29	65	25	87	38	5	25	30	1.79
21852269--21852421	30	5.2	30	68	21	108	35	7	26	29	1.85
21852431--21852512	30	2.7	30	87	7	105	34	3	25	36	1.74
21852582--21852926	161	2.1	161	84	4	446	46	12	15	26	1.81
21853733--21853797	34	1.9	34	83	0	85	41	10	3	44	1.55
21854230--21854279	20	2.5	20	90	3	75	22	18	42	18	1.90
21854324--21854350	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
21854386--21854492	6	18.0	6	74	16	89	49	1	0	47	1.18
21854415--21854477	31	2.0	31	84	6	83	52	3	0	44	1.17
21854411--21854484	37	2.0	36	87	7	105	51	2	0	45	1.15
21854416--21854492	17	4.4	17	76	15	77	54	2	0	42	1.14
21856367--21856477	35	3.2	34	70	18	104	53	10	6	29	1.60
21861669--21861736	22	3.3	21	82	9	70	7	8	17	66	1.42
21861702--21861755	18	3.0	18	94	0	90	3	3	18	74	1.12
21861791--21861844	12	4.8	12	82	11	69	5	1	16	75	1.07
21861860--21861899	20	2.0	21	85	5	55	12	2	22	62	1.42
21863931--21863967	18	2.0	20	89	10	60	5	2	2	89	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21866658--21866700	18	2.4	18	84	7	52	51	2	0	46	1.13
21869176--21869215	2	20.5	2	89	5	64	55	0	0	45	0.99
21879366--21879394	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21880422--21880861	30	15.1	28	76	9	332	37	25	1	36	1.64
21880426--21880861	58	7.5	57	76	11	305	37	24	1	36	1.63
21880407--21880861	29	15.6	30	75	10	247	37	24	1	36	1.65
21881939--21881978	21	1.9	21	100	0	80	20	25	10	45	1.81
21884990--21885035	24	1.9	24	82	8	58	65	0	0	34	0.93
21884962--21885026	31	2.1	31	82	5	78	66	0	0	33	0.92
21888211--21888251	21	2.0	21	85	0	55	43	0	9	46	1.36
21889109--21889136	12	2.3	12	100	0	56	28	10	17	42	1.83
21889716--21889745	15	2.0	15	93	0	51	30	13	0	56	1.37
21896467--21896570	11	10.4	10	68	21	58	28	3	2	64	1.25
21896651--21896721	19	3.8	18	75	14	56	30	1	1	66	1.09
21897745--21897783	20	1.9	21	84	5	53	46	5	5	43	1.48
21910645--21910992	189	1.8	192	90	1	567	45	15	14	24	1.84
21914184--21914217	18	1.9	18	88	5	52	11	8	2	76	1.12
21919130--21919204	33	2.2	33	81	9	89	58	2	1	37	1.20
21934593--21934633	8	5.0	9	82	17	54	26	0	0	73	0.84
21934593--21934625	13	2.5	13	90	9	50	24	0	0	75	0.80
21934583--21934632	21	2.4	21	78	15	59	24	0	2	74	0.93
21934925--21935322	139	2.9	136	85	8	565	54	4	3	37	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21938457--21938504	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
21938606--21938639	16	2.1	16	88	0	50	35	2	2	58	1.28
21944750--21944800	24	2.2	23	85	3	66	33	1	7	56	1.39
21945261--21945302	18	2.3	19	80	12	52	59	2	9	28	1.41
21958394--21958437	22	2.0	22	95	0	79	50	15	18	15	1.79
21966350--21966431	12	6.9	12	71	2	58	36	53	6	3	1.43
21967886--21967977	32	2.9	30	82	11	87	32	15	8	43	1.77
21971190--21971232	6	7.2	6	78	0	50	0	23	34	41	1.55
21971951--21971995	22	2.0	22	83	8	56	46	8	11	33	1.70
21980204--21980260	29	1.9	30	89	3	89	56	5	1	36	1.32
21984782--21984889	56	1.9	56	92	3	182	22	24	1	51	1.57
21987225--21987345	23	5.2	23	82	11	156	12	24	22	40	1.88
21987225--21987345	48	2.6	46	87	7	172	12	24	22	40	1.88
21987310--21987384	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
21987344--21987437	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
21988653--21988699	17	2.8	16	81	9	58	40	2	0	57	1.11
21989754--21989818	30	2.2	30	100	0	130	40	6	6	47	1.53
21997214--21997288	23	3.3	23	92	1	116	36	28	18	17	1.94
21997305--21997353	23	2.1	23	84	0	62	38	20	28	12	1.89
22000462--22000513	23	2.3	23	86	0	68	40	23	26	9	1.85
22011857--22011969	34	3.5	35	66	23	102	53	10	3	32	1.53
22011835--22011975	62	2.3	62	98	1	275	51	8	2	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22012055--22012096	13	3.2	13	89	3	66	35	9	4	50	1.56
22012056--22012103	13	3.7	13	85	0	60	39	12	4	43	1.62
22012295--22012356	2	31.0	2	96	0	115	0	48	0	51	1.00
22012356--22012388	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
22019263--22019305	20	2.2	20	87	8	61	74	0	2	23	0.93
22023083--22023111	6	4.8	6	100	0	58	48	0	34	17	1.47
22032506--22032620	3	38.7	3	78	1	115	66	10	0	22	1.21
22032510--22032544	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
22044745--22044801	29	2.0	29	83	10	73	45	1	1	50	1.22
22049984--22050018	18	1.9	18	94	0	61	48	5	45	0	1.26
22051179--22051236	19	3.2	19	85	4	75	56	0	1	41	1.09
22051182--22051216	17	2.1	17	100	0	70	54	0	0	45	0.99
22051180--22051215	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
22053858--22053930	19	3.7	18	77	17	58	32	1	6	58	1.33
22054911--22054962	8	6.0	8	76	12	50	32	5	1	59	1.32
22058817--22058876	20	2.9	22	76	16	65	63	0	1	35	1.05
22058975--22059021	23	2.0	23	83	8	58	40	2	4	53	1.32
22059744--22059776	16	2.1	16	100	0	66	30	6	24	39	1.79
22059785--22059809	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
22067771--22067800	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
22068531--22068565	12	2.9	12	86	0	52	60	0	2	37	1.12
22068554--22068592	19	2.0	20	95	5	71	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22069540--22069737	29	6.8	29	71	16	113	36	25	2	35	1.68
22069536--22069741	59	3.5	59	87	1	290	35	27	2	34	1.70
22069579--22070004	59	7.3	58	78	8	359	31	28	3	35	1.74
22069811--22069969	29	5.4	29	67	17	96	30	30	4	34	1.77
22069635--22070005	58	6.4	56	76	10	238	31	29	3	35	1.74
22082523--22082930	54	7.3	54	77	11	313	31	14	15	37	1.88
22082587--22082937	55	6.2	57	79	7	252	31	14	15	38	1.88
22082526--22082817	55	5.3	55	78	9	254	33	14	15	36	1.88
22083798--22083875	30	2.6	30	93	0	129	61	3	5	29	1.35
22084695--22084761	21	3.1	21	70	8	62	52	4	7	35	1.50
22084832--22084874	19	2.3	19	84	8	52	67	6	6	18	1.37
22084912--22084960	20	2.5	20	83	6	64	65	6	6	22	1.38
22086109--22086157	22	2.2	22	96	0	89	18	4	46	30	1.67
22086225--22086407	94	1.9	95	94	1	323	45	5	5	43	1.50
22086453--22086506	18	2.9	20	84	13	71	42	7	3	46	1.49
22088458--22088544	23	3.7	23	82	8	95	12	26	19	41	1.87
22088492--22088560	23	3.0	23	85	6	70	10	23	21	44	1.82
22091491--22091540	26	2.0	25	84	4	64	30	4	2	64	1.23
22092343--22092527	63	3.0	61	75	14	180	41	13	15	30	1.85
22092346--22092592	61	4.0	59	75	13	180	40	13	15	29	1.86
22092343--22092585	123	2.0	124	84	8	327	41	13	14	30	1.85
22092386--22092626	59	4.0	60	73	12	145	42	14	13	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22092624--22092947	57	5.9	56	73	11	267	39	16	16	28	1.89
22092389--22093009	109	5.5	110	83	9	609	40	15	15	28	1.87
22093851--22093932	39	2.0	41	86	4	114	54	6	0	39	1.25
22099982--22100036	27	2.0	27	100	0	110	34	7	7	50	1.58
22100115--22100205	10	10.0	9	69	14	62	61	0	1	37	1.03
22100115--22100277	19	8.3	19	68	17	73	59	1	3	36	1.21
22100116--22100168	18	2.9	18	88	2	70	60	0	1	37	1.08
22100244--22100288	20	2.2	20	88	7	65	64	4	2	28	1.25
22100390--22100432	9	4.7	9	80	5	50	76	4	0	18	0.95
22100504--22100686	9	20.6	9	72	13	87	33	3	2	60	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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