genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1842250--1842306	27	2.1	27	100	0	114	35	17	10	36	1.84
1850590--1850618	14	2.1	14	93	6	51	37	6	0	55	1.27
1854610--1854638	15	2.0	15	93	6	51	24	6	0	68	1.13
1859649--1859787	72	1.9	72	94	0	242	48	26	16	8	1.75
1860283--1860338	28	2.0	28	89	3	87	50	3	14	32	1.60
1860529--1860571	19	2.3	19	84	8	52	44	2	4	48	1.36
1885683--1885708	10	2.6	10	100	0	52	0	57	0	42	0.98
1885779--1885822	9	4.9	9	85	0	52	34	13	34	18	1.90
1886855--1886897	22	1.9	23	90	4	70	62	6	16	13	1.51
1888152--1888199	23	2.0	23	84	4	60	60	2	8	29	1.37
1888662--1888716	23	2.4	23	87	6	76	52	0	1	45	1.11
1889669--1889741	32	2.4	30	81	6	85	50	24	1	23	1.57
1894874--1894992	48	2.5	46	81	10	127	12	21	21	45	1.84
1894866--1895038	23	7.4	24	75	14	132	12	23	20	43	1.86
1894866--1895040	71	2.5	71	83	6	196	12	22	20	44	1.85
1897944--1898000	23	2.5	23	94	2	98	36	26	21	15	1.93
1897916--1898042	23	5.4	23	79	6	96	40	20	25	14	1.90
1906688--1906713	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
1913379--1913415	10	3.9	10	86	10	51	83	0	16	0	0.64
1913453--1913482	6	5.0	6	100	0	60	33	16	33	16	1.92
1918253--1918317	16	3.9	16	76	21	62	35	3	0	61	1.12
1918258--1918319	17	3.5	18	72	24	60	37	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931268--1931326	29	1.9	32	83	16	81	40	3	3	52	1.35
1945655--1945685	16	1.9	16	93	0	53	0	16	6	77	0.97
1946007--1946049	14	3.1	14	81	18	54	44	0	11	44	1.40
1948780--1948830	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
1951637--1951675	17	2.2	18	86	4	53	43	2	0	53	1.14
1953051--1953085	18	1.9	18	88	0	52	31	17	0	51	1.45
1954542--1954589	17	2.8	17	82	17	55	35	2	0	62	1.07
1962998--1963049	25	2.1	24	85	7	68	53	3	5	36	1.43
1964036--1964068	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1981870--1982083	23	9.5	23	72	14	151	41	21	25	11	1.87
1981924--1981998	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
1981963--1982083	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
1986504--1986734	88	2.6	89	84	6	306	41	18	10	29	1.84
1986821--1986954	30	4.6	29	74	13	123	59	1	2	35	1.22
1986796--1986966	10	17.7	10	70	16	58	63	1	3	31	1.18
1987178--1987224	19	2.5	19	79	6	60	36	0	2	61	1.08
1987178--1987271	29	3.2	28	80	12	93	39	1	1	58	1.12
1987451--1987641	88	2.2	88	83	6	226	31	6	18	43	1.75
1995077--1995127	22	2.3	22	80	12	68	27	1	1	68	1.11
1998014--1998083	29	2.3	31	80	4	90	40	11	8	40	1.72
2003788--2003844	28	2.0	28	82	0	69	38	1	8	50	1.44
2009130--2009163	16	2.2	16	90	10	54	61	8	20	8	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013815--2013848	17	1.9	17	88	5	50	11	8	0	79	0.94
2029433--2029475	22	2.0	21	82	13	52	39	0	0	60	0.97
2049521--2049551	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
2059040--2059265	89	2.5	89	84	4	269	26	13	10	49	1.74
2077330--2077369	19	2.2	19	86	8	57	22	5	7	65	1.38
2088179--2088207	14	2.1	14	100	0	58	41	13	13	31	1.84
2098560--2098604	23	2.0	23	86	0	63	42	6	2	48	1.41
2111166--2111206	22	1.9	22	85	5	57	9	9	4	75	1.17
2121815--2121870	29	1.9	30	82	13	73	51	1	3	42	1.29
2123494--2123575	31	2.8	28	73	14	74	46	7	3	42	1.49
2125344--2125372	15	1.9	15	100	0	58	6	51	0	41	1.28
2133133--2133175	20	2.0	22	86	8	63	44	2	0	53	1.13
2133268--2133320	26	2.0	26	88	7	79	37	3	15	43	1.64
2138148--2138191	5	8.8	5	97	0	70	0	75	0	25	0.81
2144266--2144307	3	14.0	3	89	0	66	61	4	33	0	1.17
2146883--2146919	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
2151288--2151314	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2153852--2154119	134	2.0	134	97	1	502	29	17	16	36	1.92
2154573--2154606	18	1.9	17	88	5	50	26	2	2	67	1.19
2156177--2156244	30	2.2	31	84	7	86	22	14	17	45	1.85
2160313--2160375	24	2.6	24	84	0	90	25	11	11	52	1.70
2160844--2160890	21	2.2	21	92	0	76	23	12	25	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162236--2162290	24	2.3	24	80	0	65	32	5	7	54	1.51
2167985--2168015	7	4.4	7	95	0	53	32	9	12	45	1.75
2168279--2168328	2	25.5	2	95	4	93	50	0	50	0	1.00
2185270--2185318	26	1.9	26	84	12	66	44	6	10	38	1.63
2187462--2187558	11	8.5	11	65	13	52	63	4	3	28	1.27
2187462--2187490	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2187465--2187505	18	2.2	18	87	12	57	65	0	0	34	0.93
2188168--2189817	822	2.0	822	99	0	3282	36	10	19	33	1.86
2195257--2195295	20	2.0	19	85	5	51	25	5	5	64	1.35
2199430--2199480	15	3.4	15	73	10	50	21	39	0	39	1.54
2199429--2199495	30	2.2	29	79	10	73	23	38	1	35	1.64
2203898--2203949	20	2.7	20	78	3	61	48	1	3	46	1.31
2207803--2207863	30	2.0	30	90	0	95	40	6	27	24	1.80
2212609--2212919	155	2.0	155	93	2	527	42	16	15	24	1.87
2218154--2218196	17	2.6	16	82	10	50	20	4	11	62	1.46
2222633--2222675	17	2.6	16	85	10	59	18	4	13	62	1.48
2227124--2227186	33	1.9	32	84	12	83	55	4	0	39	1.21
2227202--2227232	12	2.7	11	90	9	53	70	0	0	29	0.87
2228483--2228512	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
2228602--2228639	18	2.1	19	85	5	51	60	2	0	36	1.11
2259078--2259349	151	1.8	151	90	0	445	36	6	21	35	1.80
2259333--2259361	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263111--2263152	19	2.2	20	86	4	59	57	2	4	35	1.33
2264252--2264294	5	8.8	5	85	12	54	74	2	2	20	1.04
2264252--2264287	18	2.0	18	94	0	63	75	2	0	22	0.94
2265209--2265241	16	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
2272777--2272827	19	2.8	18	79	5	59	52	1	3	41	1.31
2272927--2272963	19	2.0	19	89	5	58	59	8	5	27	1.48
2278297--2278381	6	15.0	6	70	16	65	42	2	2	52	1.27
2278304--2278381	17	4.7	16	84	10	95	41	2	2	53	1.28
2280260--2280573	30	10.4	30	87	3	443	37	21	3	37	1.70
2282944--2283016	34	2.2	33	83	14	87	49	1	2	46	1.24
2285161--2285196	19	1.9	18	88	5	54	25	0	0	75	0.81
2287927--2287986	2	30.0	2	100	0	120	0	50	0	50	1.00
2309042--2309117	38	2.0	38	89	0	116	30	18	23	27	1.98
2313878--2313943	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2325316--2325350	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2331174--2331215	17	2.5	16	85	11	57	73	0	11	14	1.09
2332488--2332533	23	2.1	23	84	8	60	32	6	6	54	1.52
2335108--2335397	59	4.9	59	88	2	404	32	2	33	31	1.72
2335113--2335212	28	3.5	28	73	16	78	34	4	30	32	1.76
2335074--2335391	117	2.7	116	86	7	401	32	3	32	32	1.74
2335140--2335304	30	5.6	29	70	11	129	31	3	33	31	1.75
2335077--2335406	59	5.6	59	84	6	375	32	2	32	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335198--2335363	31	5.6	29	65	24	78	33	1	32	32	1.69
2337345--2337407	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
2337329--2337400	27	2.7	27	77	0	72	52	4	1	41	1.29
2345128--2345184	19	3.2	19	82	12	75	28	0	3	68	1.06
2345130--2345209	35	2.2	36	82	2	99	25	1	2	71	1.06
2345128--2345265	9	15.1	9	71	16	79	29	0	2	67	1.08
2345142--2345265	26	4.6	25	68	19	81	29	0	1	67	1.05
2345234--2345266	16	2.0	17	88	5	50	21	0	3	75	0.93
2347305--2347338	15	2.3	15	89	0	50	58	8	0	32	1.29
2356773--2356823	15	3.4	15	88	0	66	25	15	3	54	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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