genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27682809--27683146	119	2.8	120	88	3	497	36	2	23	37	1.67
27682809--27683148	149	2.3	148	87	4	470	36	2	23	37	1.67
27684947--27685038	6	15.8	6	70	18	61	47	1	2	48	1.20
27684970--27685040	23	3.1	23	68	22	51	53	1	1	43	1.18
27685165--27685207	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
27686190--27686228	6	6.5	6	87	0	51	23	25	0	51	1.49
27695835--27695882	25	2.0	24	87	4	69	54	0	2	43	1.12
27696093--27696118	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27696210--27696399	31	6.3	30	68	12	122	25	17	10	46	1.79
27696210--27696399	91	2.1	90	82	4	222	25	17	10	46	1.79
27696586--27696687	31	3.4	31	69	17	97	44	14	19	21	1.87
27696575--27696687	60	1.9	60	88	3	174	46	14	19	20	1.84
27700787--27700823	18	2.1	18	90	5	58	27	8	5	59	1.48
27702011--27702186	26	6.8	26	77	10	139	33	24	18	23	1.97
27702027--27702180	78	2.0	78	83	5	195	34	24	17	23	1.96
27704609--27704676	34	2.0	34	100	0	136	41	8	20	29	1.82
27709897--27709938	22	1.9	22	85	9	59	16	7	16	59	1.58
27710922--27711048	64	2.0	64	90	0	200	33	15	22	28	1.95
27719537--27719566	14	2.1	14	93	6	51	76	0	6	16	0.99
27722435--27722460	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27726355--27726628	103	2.6	104	83	2	327	35	16	19	28	1.94
27726568--27726729	87	1.9	86	85	3	227	43	12	11	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27728671--27728709	18	2.2	18	95	4	71	20	7	0	71	1.10
27729424--27729460	8	4.5	8	96	3	65	56	0	0	43	0.99
27733858--27733933	27	2.8	27	100	0	152	47	2	7	42	1.46
27735388--27735756	58	6.3	58	81	7	365	35	3	28	32	1.75
27735388--27735724	117	2.9	117	83	7	409	35	3	29	32	1.76
27735446--27735636	29	6.6	28	72	11	134	37	3	29	29	1.75
27735555--27735871	30	10.7	30	71	16	121	36	2	25	35	1.71
27735425--27735783	117	3.1	115	79	8	388	35	3	28	33	1.74
27735681--27735881	90	2.2	88	82	6	235	36	2	22	38	1.68
27735690--27735881	30	6.4	30	77	10	164	35	2	22	39	1.68
27735688--27735882	60	3.3	56	80	11	203	36	2	22	38	1.68
27737624--27737697	6	13.2	6	69	13	59	48	2	1	47	1.24
27737621--27737673	28	1.9	27	92	3	88	45	3	1	49	1.31
27737639--27737712	17	4.4	17	79	8	80	54	4	0	41	1.19
27737626--27737689	27	2.3	28	83	2	76	50	3	1	45	1.27
27737702--27737735	17	2.0	17	88	0	50	52	11	0	35	1.38
27738545--27738590	19	2.4	19	77	0	56	58	4	0	36	1.18
27747996--27748032	19	1.9	19	88	0	56	64	18	0	16	1.29
27751725--27751977	59	4.3	58	72	9	183	38	7	24	28	1.84
27751959--27752198	29	8.1	29	73	14	145	34	3	26	35	1.74
27751959--27752224	30	9.0	29	72	14	179	34	3	24	36	1.73
27754115--27754194	11	7.1	11	82	10	99	53	2	1	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27754115--27754194	23	3.5	23	83	6	101	53	2	1	42	1.22
27754115--27754194	17	4.7	17	86	4	90	53	2	1	42	1.22
27754450--27755600	92	12.5	92	92	0	1872	33	19	14	32	1.92
27759347--27759390	13	3.3	13	78	6	52	36	27	20	15	1.93
27759334--27759407	27	2.7	27	83	8	96	37	24	16	21	1.93
27761164--27761322	29	5.4	30	73	17	109	38	27	3	30	1.74
27761296--27761383	28	3.1	28	68	27	69	29	27	4	38	1.76
27761295--27761444	29	5.2	29	68	24	86	30	26	4	38	1.77
27761275--27761597	58	5.6	57	79	6	321	30	26	3	39	1.74
27761362--27761460	29	3.4	28	68	25	71	29	27	5	38	1.78
27761380--27761473	29	3.2	28	71	24	79	32	26	4	36	1.76
27761391--27761482	29	3.2	29	73	22	84	31	25	4	39	1.75
27773778--27774497	200	3.6	200	90	1	1095	36	21	22	19	1.95
27774940--27775013	27	2.7	27	79	8	87	36	24	16	22	1.94
27776781--27776908	29	4.4	29	79	6	118	37	24	3	35	1.71
27776836--27777089	59	4.4	58	77	8	214	35	27	0	37	1.63
27776809--27777088	29	9.6	28	66	12	109	35	26	1	37	1.64
27786649--27786959	59	5.3	58	72	16	171	37	7	24	30	1.83
27786728--27786809	30	2.7	30	75	17	89	34	6	28	31	1.82
27786912--27787232	30	10.7	30	77	11	241	36	4	23	35	1.76
27786732--27787201	59	7.9	58	71	12	235	37	5	23	33	1.79
27786912--27787206	59	5.0	58	76	8	245	36	4	23	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27787689--27787721	16	2.1	16	100	0	66	12	6	45	36	1.66
27789132--27789186	6	9.7	6	90	7	71	56	0	0	43	0.99
27789131--27789186	11	5.0	11	86	4	85	57	0	0	42	0.99
27789132--27789186	17	3.2	17	89	0	92	56	0	0	43	0.99
27789135--27789203	17	4.1	16	83	7	57	56	1	1	40	1.17
27789262--27789327	29	2.2	30	84	7	82	60	4	7	27	1.43
27797021--27797074	21	2.6	21	80	11	74	22	18	11	48	1.79
27803234--27803278	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27804090--27804136	22	2.2	22	84	3	60	19	6	2	72	1.17
27805615--27805657	21	2.0	21	90	0	68	39	13	20	25	1.90
27807113--27807140	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
27808409--27808453	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27809251--27809310	22	2.8	21	80	14	61	18	10	1	70	1.24
27811612--27811678	35	1.9	35	82	8	84	13	19	16	50	1.77
27814154--27814254	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
27816987--27817043	24	2.4	24	90	0	87	50	10	14	24	1.73
27816999--27817049	24	2.1	24	100	0	102	56	7	11	23	1.61
27821141--27821185	19	2.3	20	84	3	56	40	6	0	53	1.27
27822544--27822583	15	2.6	15	82	17	55	62	0	0	37	0.95
27822544--27822582	16	2.5	15	84	15	53	61	0	0	38	0.96
27828563--27828698	31	4.5	29	72	11	103	25	16	12	45	1.82
27828563--27828755	89	2.1	91	83	5	241	24	18	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27828724--27828917	95	2.0	95	95	0	352	29	15	7	47	1.73
27832272--27832329	2	29.0	2	89	0	89	46	1	50	1	1.22
27832788--27832849	29	2.4	25	74	25	65	50	3	3	43	1.34
27837187--27837239	23	2.2	23	86	6	70	50	13	22	13	1.75
27846398--27846596	103	1.9	102	91	1	326	40	12	17	29	1.87
27848822--27848878	28	2.0	28	96	0	105	47	12	14	26	1.79
27854094--27854169	34	2.2	34	88	0	116	44	17	11	26	1.83
27854447--27854489	6	7.3	6	81	5	52	18	20	0	60	1.36
27854455--27854492	17	2.2	18	81	13	53	21	23	0	55	1.44
27855157--27855287	65	2.0	65	98	0	253	31	12	12	43	1.80
27855798--27855844	8	6.0	8	77	5	51	80	0	2	17	0.80
27856252--27856293	11	3.8	11	75	12	50	45	0	0	54	0.99
27856251--27856305	22	2.5	22	87	3	74	47	0	0	52	1.00
27856863--27856896	17	2.0	17	88	0	50	55	0	2	41	1.15
27870098--27870264	30	5.6	30	81	8	155	33	22	3	40	1.72
27870088--27870264	60	3.0	58	82	8	196	33	24	3	38	1.72
27870096--27870264	90	1.9	89	83	8	218	33	22	3	40	1.71
27874415--27874450	15	2.4	15	90	0	54	83	0	13	2	0.76
27876304--27877035	99	7.4	99	78	5	615	32	17	31	18	1.94
27876304--27876972	295	2.3	294	85	2	912	32	16	31	19	1.94
27876634--27877040	50	8.2	50	75	7	184	33	17	30	17	1.94
27876306--27877085	49	15.8	49	75	4	516	33	17	30	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27876304--27877064	295	2.6	292	82	4	891	33	16	31	18	1.94
27877302--27877469	85	2.0	85	85	2	230	36	15	22	25	1.94
27877124--27877622	209	2.4	208	88	3	709	38	15	21	24	1.92
27877558--27877659	37	2.8	37	90	0	150	35	15	23	25	1.94
27877632--27877745	48	2.4	48	85	2	140	36	14	21	27	1.92
27877850--27878086	37	5.8	37	67	19	132	37	15	21	24	1.93
27877806--27878141	85	4.0	85	84	1	415	38	15	22	23	1.92
27877347--27878056	294	2.4	283	78	9	760	38	16	20	24	1.92
27877976--27878468	207	2.4	207	85	1	648	38	17	21	23	1.93
27879684--27879713	12	2.6	12	94	5	53	70	0	16	13	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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