genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33246654--33248061	469	3.0	469	95	0	2474	37	21	12	28	1.90
33247633--33247670	20	1.9	20	94	0	67	47	42	0	10	1.38
33248330--33248469	55	2.6	54	81	4	156	28	34	15	21	1.94
33248423--33248512	41	2.2	41	82	3	121	26	33	18	21	1.96
33250823--33251007	53	3.5	53	84	2	235	30	36	14	17	1.90
33252990--33253115	53	2.4	52	79	2	135	34	30	12	22	1.91
33255868--33256020	36	4.2	36	78	4	148	26	16	27	30	1.97
33255868--33256020	72	2.1	72	83	4	184	26	16	27	30	1.97
33255917--33256037	36	3.4	36	84	2	145	26	16	26	30	1.97
33259786--33259839	27	2.0	27	100	0	108	29	11	18	40	1.85
33262488--33262534	19	2.5	19	77	19	53	61	4	0	34	1.15
33270891--33270932	17	2.4	17	88	4	57	21	28	2	47	1.63
33277554--33277623	18	3.8	18	81	9	79	28	24	21	25	1.99
33277554--33277623	36	1.9	37	85	2	97	28	24	21	25	1.99
33284382--33284416	18	1.9	18	94	0	61	34	31	20	14	1.92
33289981--33290039	28	2.1	28	96	0	109	32	20	20	27	1.97
33294242--33294341	51	2.0	51	92	4	166	42	18	20	20	1.90
33315102--33315136	18	1.9	18	94	0	61	25	5	2	65	1.28
33321035--33321077	12	3.6	12	80	0	50	0	37	0	62	0.95
33330116--33330140	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
33332768--33332801	14	2.3	15	85	5	52	47	2	2	47	1.32
33333308--33333343	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33333532--33333599	22	3.1	22	77	8	75	16	25	17	41	1.89
33338597--33338636	18	2.2	18	95	0	71	32	15	22	30	1.94
33353122--33353328	107	1.9	108	86	1	292	40	14	12	33	1.83
33353453--33353497	22	2.0	22	100	0	90	42	4	26	26	1.74
33353746--33353859	31	3.7	32	73	14	89	64	4	8	21	1.39
33353906--33353962	30	1.9	30	82	7	71	61	0	10	28	1.29
33355298--33355326	15	2.0	15	93	6	51	0	0	13	86	0.58
33355776--33356328	79	6.9	78	84	3	669	24	18	25	30	1.98
33355801--33356328	234	2.2	237	84	5	690	25	18	26	30	1.98
33356597--33356929	98	3.4	97	79	4	348	21	25	15	38	1.92
33356597--33356929	49	6.8	49	73	3	258	21	25	15	38	1.92
33358257--33358477	41	5.3	42	87	2	257	27	26	11	35	1.90
33361261--33361307	10	4.8	10	78	5	51	6	12	0	80	0.88
33361248--33361309	20	3.2	20	81	4	63	4	16	0	79	0.90
33368370--33368581	108	2.0	108	85	5	286	43	11	11	33	1.77
33368951--33368994	19	2.4	19	88	3	63	65	0	9	25	1.21
33368973--33369068	31	3.2	28	77	12	93	63	3	10	22	1.40
33369174--33369234	27	2.3	27	80	11	72	57	4	11	26	1.54
33370390--33370428	11	3.5	11	82	3	51	12	2	43	41	1.56
33371869--33372146	53	5.1	53	80	9	312	33	16	16	33	1.92
33371869--33372151	106	2.6	107	83	9	351	33	16	15	33	1.91
33371891--33372190	53	5.4	57	77	14	215	31	18	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33373026--33373117	30	3.1	30	90	0	139	63	3	5	28	1.32
33374260--33374331	36	2.0	36	86	5	101	56	4	5	33	1.41
33374184--33374505	155	2.1	156	92	2	531	54	3	5	36	1.42
33375353--33375991	93	6.8	93	92	3	987	46	5	4	44	1.45
33375353--33375991	284	2.3	283	93	2	1081	46	5	4	44	1.45
33376254--33376343	25	3.6	25	93	1	146	42	6	1	50	1.36
33376309--33376380	19	3.9	19	74	13	53	43	6	4	45	1.50
33376252--33376339	6	14.3	6	73	4	59	39	5	1	53	1.32
33376329--33376403	37	2.0	38	85	10	102	41	4	6	48	1.48
33376253--33376406	18	8.4	17	69	20	53	40	5	3	50	1.43
33376328--33376406	36	2.2	36	82	13	99	39	3	6	50	1.46
33376400--33376434	17	2.1	16	89	5	52	37	8	0	54	1.31
33380385--33380877	55	8.5	59	79	12	479	35	17	16	30	1.92
33380420--33380885	116	4.1	115	82	7	542	35	16	16	31	1.91
33381447--33381511	25	2.5	26	79	13	73	40	3	4	52	1.38
33385408--33385483	38	2.0	38	97	0	143	28	14	23	32	1.94
33386428--33386472	23	2.0	23	90	0	72	40	20	22	17	1.92
33393412--33393446	18	1.9	18	88	11	54	51	8	0	40	1.33
33394768--33394824	20	2.9	19	76	5	51	59	1	1	36	1.18
33397325--33397387	19	3.2	19	75	13	56	38	1	11	49	1.48
33399448--33399735	30	9.8	29	78	4	245	36	1	24	37	1.66
33399451--33399735	59	4.8	59	78	3	234	36	1	24	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33400503--33400563	25	2.3	26	83	8	79	18	6	11	63	1.47
33401669--33401998	125	2.6	123	82	6	371	24	21	17	37	1.94
33401791--33402597	210	3.8	210	88	1	1143	22	21	17	37	1.94
33414502--33414785	30	9.8	29	77	8	265	37	2	22	37	1.67
33414506--33414763	86	3.0	87	84	5	324	37	2	23	36	1.68
33415549--33415601	27	2.0	27	92	0	88	18	3	7	69	1.28
33420626--33420659	15	2.3	15	94	0	59	35	5	17	41	1.74
33420718--33420767	20	2.5	19	84	9	64	48	18	10	24	1.78
33425306--33425418	54	2.1	55	84	3	147	38	8	19	32	1.83
33427615--33427677	26	2.4	26	84	7	74	65	0	0	34	0.93
33427637--33427740	31	3.5	30	74	13	83	56	0	0	42	1.05
33431360--33431440	38	2.1	38	82	11	94	37	0	1	61	1.04
33438542--33438594	21	2.5	21	85	11	65	33	22	15	28	1.94
33453843--33453889	22	2.2	21	81	11	51	10	4	6	78	1.06
33455922--33455973	18	2.8	19	72	21	56	55	7	30	5	1.52
33456101--33456133	17	1.9	17	93	0	57	18	18	12	51	1.76
33456467--33456496	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
33456486--33456555	35	2.0	35	100	0	140	51	5	11	31	1.61
33459067--33459137	36	2.0	36	100	0	142	39	11	35	14	1.81
33465620--33465679	28	2.1	28	87	6	86	28	11	28	31	1.92
33465685--33465772	29	3.1	28	73	19	83	39	5	27	27	1.79
33465666--33466034	59	6.3	59	89	2	494	35	3	27	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33465666--33466034	117	3.1	117	88	2	510	35	3	27	32	1.75
33465666--33466034	176	2.1	176	88	2	535	35	3	27	32	1.75
33467909--33467967	6	9.8	6	73	14	50	57	1	1	38	1.19
33467916--33467968	11	5.0	11	76	17	58	60	0	1	37	1.08
33469796--33469846	22	2.3	21	87	12	68	56	0	1	41	1.10
33475079--33475128	25	2.0	25	88	0	73	66	12	4	18	1.39
33482364--33482428	32	2.0	32	100	0	130	41	15	18	24	1.89
33483074--33483138	29	2.2	30	88	2	96	27	30	26	15	1.96
33485644--33485678	12	2.8	12	91	4	52	28	0	20	51	1.47
33487991--33488024	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
33495939--33495980	19	2.2	19	86	4	57	59	0	0	40	0.97
33496917--33496991	9	7.3	10	71	16	64	46	0	0	53	1.00
33496918--33496991	31	2.4	31	86	4	105	45	0	0	54	1.00
33496949--33496992	21	2.0	21	86	4	61	45	0	0	54	0.99
33496919--33496992	22	3.5	22	76	12	68	45	0	0	54	1.00
33499675--33499768	49	1.9	49	84	4	127	31	19	19	29	1.96
33500905--33501081	76	2.4	75	84	3	234	44	6	7	41	1.60
33505336--33505365	16	1.9	16	93	6	53	70	6	23	0	1.11
33506633--33506661	4	7.5	4	92	7	51	20	0	0	79	0.74
33512563--33512798	128	1.9	126	83	3	312	39	17	24	18	1.92
33513849--33514105	50	5.1	50	67	10	123	36	16	19	27	1.93
33513706--33514106	201	2.0	201	90	1	626	36	16	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33513705--33514104	100	4.0	101	77	4	405	36	16	18	28	1.93
33513663--33514181	100	5.2	100	74	4	366	37	17	17	27	1.92
33514808--33514837	16	1.9	16	93	6	53	70	6	23	0	1.11
33515574--33515603	14	2.1	14	93	0	51	20	36	16	26	1.93
33516302--33516350	25	2.0	25	84	8	64	24	0	6	69	1.11
33518057--33518114	25	2.4	25	78	13	59	46	3	0	50	1.18
33519245--33519281	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
33521195--33521273	37	2.1	38	80	2	88	34	25	18	21	1.96
33521401--33521463	6	10.5	6	92	0	99	20	31	0	47	1.51
33522785--33522815	14	2.2	14	100	0	62	32	0	45	22	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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