genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14588101--14588127	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14605134--14605198	31	2.1	31	82	0	76	47	1	4	46	1.32
14610657--14610700	23	1.9	23	95	0	79	54	0	11	34	1.36
14610906--14610942	17	2.1	18	90	5	58	43	2	0	54	1.14
14635879--14635920	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
14639204--14639284	29	2.8	28	76	17	67	38	2	4	54	1.35
14646550--14646614	25	2.4	27	80	14	73	63	6	1	29	1.28
14646558--14646614	26	2.2	26	87	9	82	61	7	0	31	1.23
14647163--14647195	12	2.5	13	90	9	50	45	0	0	54	0.99
14651454--14651486	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
14651854--14651896	21	2.1	21	86	4	61	23	2	16	58	1.50
14651879--14652025	49	3.1	47	65	24	128	36	2	13	48	1.54
14652228--14652277	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
14653574--14653658	43	2.0	43	83	4	109	31	11	10	45	1.75
14654282--14654328	21	2.2	21	85	7	60	25	34	12	27	1.92
14663178--14663240	30	2.1	29	85	8	83	41	6	7	44	1.59
14665075--14665195	45	2.7	43	84	6	145	14	24	24	36	1.93
14665094--14665195	22	4.5	22	88	3	141	14	23	26	35	1.94
14671293--14671368	23	3.4	22	87	5	98	13	25	27	34	1.93
14674540--14674665	62	2.0	62	96	0	234	30	23	8	36	1.85
14680416--14680479	23	2.8	23	79	6	76	10	12	1	75	1.13
14680869--14680899	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14692980--14693037	20	3.2	18	79	11	64	36	1	5	56	1.32
14698750--14698945	48	4.2	45	78	11	175	12	25	20	41	1.87
14698750--14698947	23	8.5	23	77	9	177	12	24	20	42	1.86
14698757--14698947	71	2.7	68	81	10	199	12	24	20	42	1.87
14700993--14701034	16	2.6	16	84	0	57	38	4	7	50	1.51
14714594--14714634	21	2.0	21	100	0	82	51	14	14	19	1.77
14741725--14741848	48	2.6	46	78	7	115	12	24	19	43	1.86
14746914--14747339	93	4.7	93	90	4	581	42	17	23	16	1.89
14747382--14747478	32	3.0	33	93	3	169	42	46	6	5	1.51
14747404--14747459	16	3.5	16	80	0	76	48	42	7	1	1.41
14762776--14762822	23	2.0	24	83	4	60	46	10	8	34	1.69
14763929--14764004	21	3.7	20	76	11	66	7	9	17	65	1.44
14763949--14764007	21	2.9	21	87	10	86	10	6	16	66	1.43
14763929--14764006	20	3.8	19	81	13	84	7	8	17	65	1.44
14764014--14764083	24	3.0	24	78	4	88	10	7	14	68	1.38
14764014--14764083	12	5.9	12	79	3	79	10	7	14	68	1.38
14764061--14764144	44	1.9	44	82	0	105	13	3	17	65	1.40
14764149--14764192	22	2.0	22	81	0	52	25	6	4	63	1.38
14766706--14766745	17	2.4	16	81	18	55	67	2	0	30	1.04
14766708--14766746	18	2.3	17	82	8	53	69	2	0	28	1.02
14779029--14779061	7	4.7	7	100	0	66	27	42	0	30	1.56
14781005--14781062	23	2.6	21	78	10	62	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14784775--14784799	8	3.1	8	100	0	50	52	0	48	0	1.00
14795936--14795983	22	2.1	23	88	3	71	6	12	16	64	1.46
14799172--14799213	20	2.1	20	100	0	84	52	19	14	14	1.75
14807844--14807930	42	2.1	42	82	4	104	31	20	19	28	1.97
14810372--14810406	16	2.1	17	89	5	54	40	2	0	57	1.14
14813392--14813419	5	5.6	5	100	0	56	64	35	0	0	0.94
14821208--14821232	13	1.9	13	100	0	50	32	40	12	16	1.84
14827002--14827095	40	2.4	38	79	8	93	27	29	22	20	1.98
14827240--14827276	12	3.1	12	92	0	65	21	27	0	51	1.48
14827240--14827272	6	5.5	6	92	0	57	21	30	0	48	1.50
14835679--14835720	19	2.3	19	88	8	61	11	14	4	69	1.34
14836661--14836753	48	1.9	48	86	4	134	44	13	13	27	1.83
14839952--14840003	26	2.0	26	100	0	104	53	3	7	34	1.48
14846765--14846804	14	2.9	13	85	10	53	2	17	0	80	0.83
14857111--14857212	40	2.5	41	93	1	179	45	13	9	31	1.76
14883757--14883783	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
14894142--14894191	21	2.4	21	83	12	59	50	2	2	46	1.24
14894483--14894536	26	2.1	25	86	10	74	22	3	5	68	1.26
14894483--14894536	25	2.1	26	89	3	83	22	3	5	68	1.26
14896810--14896844	2	17.5	2	93	0	61	0	54	0	45	0.99
14898418--14898442	6	4.2	6	100	0	50	16	16	52	16	1.76
14906468--14906548	36	2.2	37	91	2	128	51	3	3	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14906467--14906526	17	3.4	17	71	8	57	50	1	5	43	1.34
14916343--14916408	31	2.1	31	83	5	80	48	10	4	36	1.58
14916885--14916920	16	2.2	16	90	5	54	22	8	5	63	1.43
14923195--14923226	16	2.0	16	93	0	55	34	6	9	50	1.60
14923490--14923524	17	2.1	17	100	0	70	20	11	40	28	1.87
14924023--14924073	26	1.9	26	84	4	66	64	11	11	11	1.50
14936869--14936900	9	3.6	9	100	0	64	25	25	0	50	1.50
14943532--14943585	25	2.2	24	83	6	72	53	0	1	44	1.11
14943719--14943759	18	2.3	18	82	0	55	34	0	9	56	1.32
14946580--14946617	19	2.0	20	89	5	60	28	7	26	36	1.84
14965204--14965238	3	11.7	3	88	11	54	68	0	28	2	1.04
14965202--14965240	12	3.4	11	86	13	60	71	0	25	2	0.98
14965999--14966034	17	2.1	17	100	0	72	22	16	47	13	1.82
14968667--14968787	23	5.2	23	82	11	156	11	25	23	39	1.88
14968667--14968787	48	2.6	46	87	7	172	11	25	23	39	1.88
14968752--14968826	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
14975118--14975238	23	5.2	23	82	11	156	11	25	23	39	1.88
14975118--14975238	48	2.6	46	87	7	172	11	25	23	39	1.88
14987396--14987426	3	10.7	3	93	6	55	70	0	29	0	0.87
14992571--14992626	27	2.0	28	93	6	96	53	7	14	25	1.66
14992574--14992637	29	2.3	27	86	5	83	57	4	9	28	1.50
14993050--14993101	25	2.0	25	85	7	68	38	9	3	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14994196--14994228	17	1.9	17	93	0	57	36	9	0	54	1.32
14994197--14994234	17	2.3	17	86	4	51	42	7	0	50	1.31
14995023--14995083	22	2.7	22	80	12	70	57	4	0	37	1.20
15010576--15010602	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
15024409--15024493	10	8.3	10	77	11	66	34	1	1	63	1.10
15031590--15031645	28	2.0	28	100	0	112	32	21	10	35	1.88
15031770--15031809	20	2.0	21	90	5	64	22	10	12	55	1.67
15032312--15032416	12	9.1	12	66	19	62	36	11	14	38	1.82
15032312--15032371	21	2.7	22	87	10	86	33	10	15	41	1.80
15039054--15039099	20	2.3	20	84	0	65	71	6	2	19	1.18
15039315--15039356	22	1.9	22	90	0	66	47	4	7	40	1.52
15041320--15041368	25	2.0	25	87	0	71	40	4	0	55	1.19
15043422--15043717	29	10.0	29	71	18	132	35	25	2	36	1.70
15043542--15043610	34	2.0	34	100	0	138	31	20	5	42	1.76
15043425--15043716	151	1.9	150	83	10	382	35	24	2	37	1.70
15043485--15043657	93	1.9	92	88	1	265	35	24	2	38	1.68
15043576--15043735	58	2.7	59	78	9	184	36	23	2	37	1.68
15043576--15043751	59	3.0	59	77	10	191	34	23	2	38	1.70
15049270--15049324	6	9.5	6	79	13	62	81	0	18	0	0.68
15049270--15049319	8	6.4	8	86	6	59	82	0	18	0	0.68
15050461--15051033	100	5.8	100	84	1	722	41	21	23	13	1.89
15050459--15051033	199	2.9	198	85	3	744	41	21	23	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15050963--15051073	49	2.3	49	87	3	152	42	20	24	12	1.87
15051324--15051923	200	3.0	200	89	0	903	36	20	23	20	1.96
15051750--15052097	173	2.0	173	92	1	581	39	19	21	19	1.92
15052626--15052658	17	1.9	17	93	0	57	36	3	3	57	1.29
15052628--15052667	17	2.4	16	84	12	53	40	5	5	50	1.46
15054670--15054793	30	4.2	30	83	6	130	34	25	2	37	1.69
15054670--15054793	29	4.2	29	83	6	124	34	25	2	37	1.69
15054753--15055001	59	4.2	60	74	8	202	31	28	3	36	1.73
15060856--15060916	31	2.0	31	86	0	86	52	6	4	36	1.49
15068988--15069029	22	2.0	22	85	4	59	30	0	4	64	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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