genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27191511--27191574	24	2.7	24	77	0	74	21	9	15	53	1.70
27192538--27192611	21	3.6	21	83	7	89	31	25	13	29	1.94
27196603--27196643	18	2.3	18	87	4	57	39	2	2	56	1.26
27197340--27197366	13	2.1	13	100	0	54	70	0	0	29	0.88
27198370--27198452	29	2.8	30	74	9	71	33	19	3	43	1.68
27198377--27198825	87	5.2	87	79	9	382	34	24	2	38	1.67
27198401--27198798	29	13.8	29	75	10	300	35	24	1	38	1.64
27205494--27206159	50	13.3	49	71	9	289	34	15	31	18	1.92
27205489--27205974	149	3.2	149	88	1	621	33	16	32	17	1.92
27205565--27206045	149	3.2	149	83	4	416	35	14	32	17	1.91
27205529--27206144	99	6.2	100	73	9	436	34	15	32	17	1.91
27208179--27208493	29	10.9	29	77	5	248	34	26	3	35	1.75
27208217--27208424	113	1.8	115	84	7	289	33	25	3	37	1.74
27214200--27214238	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
27215923--27215990	13	4.9	14	67	15	52	63	16	5	14	1.49
27215926--27215990	28	2.4	28	89	2	96	66	12	6	15	1.43
27219356--27219456	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
27221507--27221543	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
27223581--27223662	23	3.7	21	75	15	60	26	18	12	42	1.85
27225119--27225194	6	13.0	6	72	10	68	43	2	2	51	1.29
27225119--27225206	35	2.5	35	77	3	97	43	2	3	51	1.31
27225119--27225206	18	5.1	17	78	5	95	43	2	3	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27225851--27225948	3	31.7	3	73	6	70	56	4	3	36	1.34
27227027--27227124	30	3.3	30	80	7	83	40	23	1	34	1.62
27227089--27227599	176	2.9	173	80	10	565	32	23	2	41	1.68
27227087--27227571	29	16.6	30	66	18	127	32	23	2	41	1.66
27227187--27227576	29	13.3	30	68	18	164	32	24	2	40	1.67
27227090--27227579	58	8.4	59	78	9	436	32	23	2	41	1.67
27227500--27227617	28	4.1	28	73	12	96	33	24	7	33	1.84
27232090--27232191	48	2.1	48	83	1	123	39	26	23	10	1.87
27232144--27232527	99	3.9	99	79	3	405	41	20	22	16	1.90
27232153--27232579	49	8.6	49	72	8	240	40	19	22	16	1.91
27232999--27233097	17	5.7	17	76	17	89	42	2	3	52	1.28
27233017--27233091	6	12.8	6	75	10	75	44	2	1	52	1.23
27232999--27233090	12	8.0	11	70	20	64	42	2	3	52	1.30
27232999--27233091	35	2.7	34	81	8	107	43	2	3	51	1.29
27234936--27235085	29	5.1	29	70	13	94	35	24	2	38	1.67
27234950--27235133	58	3.1	58	78	12	180	34	26	1	37	1.67
27234960--27235133	29	5.9	30	70	16	98	33	25	1	39	1.66
27235110--27235175	28	2.3	29	81	5	80	31	24	10	33	1.89
27236581--27236622	15	2.8	15	82	10	50	52	2	0	45	1.13
27245811--27246154	60	5.7	59	76	9	286	29	18	15	36	1.91
27248177--27248204	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27256667--27256710	23	1.9	23	95	0	79	13	22	20	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27256679--27256771	23	4.0	23	78	0	87	10	21	22	45	1.83
27277256--27277321	32	2.1	32	82	5	80	19	22	1	56	1.51
27281783--27281836	26	2.1	25	89	3	81	29	14	9	46	1.76
27286640--27286708	17	4.1	17	88	0	102	39	0	2	57	1.13
27286642--27286709	6	11.8	6	73	14	54	39	0	2	57	1.14
27286638--27286717	34	2.3	35	84	4	108	42	0	2	55	1.13
27288303--27288818	29	17.7	28	71	14	159	35	25	3	35	1.73
27288296--27288818	30	17.9	30	73	11	272	35	25	3	35	1.73
27288332--27288818	59	8.3	59	72	16	247	35	26	3	34	1.74
27288410--27288823	174	2.4	171	81	10	498	34	27	4	33	1.77
27288509--27288899	29	13.5	29	72	14	177	35	27	5	31	1.80
27293600--27293633	16	2.2	15	89	5	50	44	2	0	52	1.16
27294996--27295022	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
27296099--27296128	12	2.5	12	94	0	51	40	3	0	56	1.16
27301156--27301403	4	63.0	4	81	3	153	49	20	0	29	1.49
27301157--27301415	28	9.1	28	88	6	387	49	19	0	30	1.48
27301193--27301413	54	4.1	54	92	2	361	49	19	0	31	1.48
27321153--27321204	22	2.3	22	83	3	59	15	19	21	44	1.87
27321169--27321220	22	2.4	22	90	0	77	7	26	21	44	1.79
27322028--27322075	26	1.9	25	84	16	64	39	2	6	52	1.39
27324839--27324947	54	2.0	54	91	3	175	32	24	17	25	1.97
27326320--27326351	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27331789--27331830	18	2.3	18	80	8	50	71	2	2	23	1.10
27334573--27334603	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
27335135--27335193	31	1.9	30	89	3	91	33	47	8	10	1.68
27336297--27336372	39	1.9	38	82	15	93	28	5	7	57	1.49
27336847--27336886	19	2.1	18	86	9	53	47	0	5	47	1.24
27339240--27339275	17	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
27345364--27345405	18	2.3	18	80	8	50	71	2	2	23	1.10
27348148--27348178	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
27348710--27348768	31	1.9	30	89	3	91	33	47	8	10	1.68
27349872--27349947	39	1.9	38	82	15	93	28	5	7	57	1.49
27350422--27350461	19	2.1	18	86	9	53	47	0	5	47	1.24
27352815--27352850	17	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
27353444--27353476	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
27358995--27359038	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
27363399--27363433	18	1.9	18	88	0	52	17	11	0	71	1.14
27363398--27363442	19	2.4	19	80	0	54	13	11	0	75	1.05
27369290--27369829	49	10.9	50	75	8	399	34	17	30	18	1.93
27369280--27369829	99	5.6	99	81	4	529	34	17	30	18	1.94
27369294--27369857	147	3.8	147	81	4	512	34	17	29	18	1.94
27369983--27370149	84	2.0	85	80	3	194	35	15	22	26	1.94
27370068--27370467	122	3.3	120	84	3	478	36	16	23	23	1.94
27375411--27375474	3	22.0	3	93	6	114	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27375815--27375858	22	2.0	22	81	4	52	47	0	2	50	1.13
27377787--27377827	22	1.9	22	90	5	66	9	41	24	24	1.85
27377840--27377955	54	2.1	54	85	6	155	19	30	24	25	1.98
27377859--27377965	54	2.0	54	88	3	162	19	29	25	25	1.98
27378721--27378786	33	2.0	32	97	2	123	45	34	6	13	1.68
27380486--27380520	17	1.9	19	88	11	56	77	0	14	8	0.99
27381684--27381721	5	7.6	5	93	0	67	2	81	15	0	0.80
27383335--27383391	28	2.1	27	86	3	78	56	1	17	24	1.51
27385929--27385970	18	2.3	18	87	0	57	23	9	45	21	1.81
27385943--27385993	24	2.1	24	85	7	68	19	7	52	19	1.70
27386910--27386948	19	2.1	19	85	9	53	53	0	0	46	1.00
27402717--27402776	29	2.1	29	96	0	111	33	28	20	18	1.96
27407027--27407256	88	2.7	86	83	2	255	33	26	18	21	1.96
27407027--27407256	43	5.3	43	83	4	266	33	26	18	21	1.96
27413407--27413981	120	4.8	119	74	13	462	45	1	7	45	1.39
27413521--27413981	177	2.5	182	82	11	604	45	1	7	45	1.37
27413811--27414074	22	11.6	22	67	16	110	48	0	5	46	1.28
27413787--27414104	69	4.6	69	94	1	521	46	0	5	47	1.29
27413832--27414033	47	4.4	46	66	14	128	46	0	6	47	1.28
27413997--27414216	111	2.0	111	91	1	361	42	0	5	50	1.31
27413928--27414286	180	2.0	183	86	4	505	44	0	5	49	1.32
27414192--27414249	25	2.4	23	78	13	62	48	1	1	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27414107--27414286	72	2.5	73	85	3	233	43	1	5	50	1.31
27414284--27414402	8	15.1	8	76	5	82	48	0	3	47	1.24
27414272--27414298	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
27414284--27414400	45	2.7	43	82	10	132	48	0	3	47	1.24
27414747--27414815	33	2.1	33	100	0	138	26	18	14	40	1.89
27417193--27417241	19	2.7	18	78	9	55	32	2	2	63	1.17
27417628--27417677	21	2.3	22	80	13	59	58	4	8	30	1.45
27417875--27418206	168	2.0	168	89	1	513	31	21	16	30	1.96
27418837--27419032	41	4.8	41	83	1	232	19	26	27	26	1.99
27419017--27419145	40	3.2	40	77	3	134	23	19	18	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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