genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  57  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22644123--22644233	17	6.6	17	75	16	81	49	4	0	45	1.22
22644153--22644233	6	14.3	6	73	20	68	50	4	0	44	1.23
22644158--22644209	11	4.8	11	81	13	72	53	1	0	44	1.11
22644749--22645097	126	2.7	126	84	5	400	12	9	40	37	1.76
22644923--22645078	78	2.0	78	81	5	181	13	7	41	37	1.72
22645022--22645180	84	1.9	83	87	3	230	13	9	42	34	1.76
22645546--22645646	46	2.2	46	90	1	157	30	1	11	55	1.47
22648370--22648430	32	1.9	32	89	0	95	26	9	11	52	1.68
22651711--22651976	48	5.8	47	70	16	137	12	9	40	36	1.76
22651723--22652072	132	2.7	126	85	5	427	12	9	40	37	1.75
22651898--22652138	78	3.0	78	80	8	254	12	8	42	36	1.73
22651995--22652155	48	3.7	46	74	19	164	13	9	43	34	1.75
22651923--22652158	84	2.9	82	82	8	268	12	8	42	36	1.73
22652522--22652623	46	2.2	46	91	1	159	31	1	11	54	1.47
22654148--22654193	18	2.6	18	80	10	51	10	52	10	26	1.69
22658095--22658197	29	3.5	28	69	18	84	31	6	29	33	1.83
22658072--22658201	59	2.2	59	86	5	174	34	6	26	31	1.83
22658178--22658354	29	6.1	29	77	9	139	33	2	25	37	1.71
22658104--22658333	58	3.9	58	83	5	252	31	4	26	36	1.76
22658177--22658339	87	1.9	87	80	10	190	33	2	25	38	1.69
22659524--22659603	11	7.0	11	78	12	65	52	0	1	46	1.08
22659511--22659595	17	5.1	17	77	13	79	49	1	1	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22659521--22659603	6	14.3	6	75	14	77	53	0	1	45	1.08
22659944--22660531	206	2.9	206	91	1	914	22	23	19	34	1.96
22660647--22660701	28	2.0	28	92	0	92	21	25	27	25	2.00
22660608--22660740	67	2.0	67	87	0	194	25	24	25	24	2.00
22661003--22661156	49	3.1	49	79	0	155	12	26	20	39	1.89
22664351--22664565	23	9.5	23	73	15	162	42	20	25	11	1.86
22664406--22664480	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
22664445--22664565	48	2.6	46	88	7	181	40	23	24	11	1.88
22667317--22667383	1	67.0	1	78	0	71	1	7	1	89	0.60
22667317--22667383	13	5.0	13	87	5	89	1	7	1	89	0.60
22672578--22672718	59	2.4	59	82	9	164	36	5	25	32	1.80
22672612--22672713	29	3.5	27	70	18	80	30	4	28	36	1.78
22672609--22672877	59	4.6	58	80	6	276	32	4	26	36	1.76
22672634--22672877	30	8.4	30	67	17	138	32	3	27	36	1.74
22672630--22672846	58	3.8	56	82	6	224	32	4	25	37	1.75
22672830--22672895	30	2.2	29	84	10	80	30	3	28	37	1.72
22674068--22674142	6	12.5	6	72	13	57	54	1	1	42	1.17
22674084--22674132	7	7.6	7	73	17	52	55	0	0	44	0.99
22674068--22674151	31	2.8	31	82	5	102	54	2	1	41	1.21
22674084--22674132	13	3.8	14	76	15	52	55	0	0	44	0.99
22674098--22674142	18	2.6	18	96	3	83	55	0	0	44	0.99
22697421--22697478	30	1.9	30	85	0	80	27	8	8	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22697431--22697489	30	2.0	30	83	3	75	30	6	8	54	1.57
22697805--22697871	25	2.6	25	79	6	64	56	5	8	28	1.53
22698209--22698315	55	2.0	55	94	1	189	58	9	2	28	1.43
22704708--22704751	2	23.0	2	86	9	65	47	0	0	52	1.00
22706778--22706846	12	5.8	12	68	11	52	40	11	13	34	1.80
22706755--22706841	23	3.7	23	86	7	97	41	12	11	34	1.79
22707350--22707404	19	2.7	20	77	8	58	52	1	0	45	1.11
22715979--22716017	6	6.7	6	94	5	71	15	0	0	84	0.62
22715979--22716016	11	3.4	11	92	7	67	15	0	0	84	0.63
22716690--22716731	19	2.2	20	91	4	68	71	2	0	26	0.98
22716690--22716742	20	2.7	19	85	11	63	67	3	0	28	1.07
22717336--22717383	24	2.0	24	84	11	64	12	31	2	54	1.49
22718388--22718630	30	8.1	30	77	8	201	39	3	22	34	1.71
22718392--22718619	89	2.5	89	74	11	223	40	3	21	33	1.71
22720756--22721193	49	8.9	48	74	6	315	17	32	15	33	1.92
22720756--22721193	99	4.4	98	85	4	508	17	32	15	33	1.92
22720756--22721185	148	2.9	145	76	7	402	18	32	15	33	1.92
22722155--22722188	17	1.9	17	94	5	59	0	17	0	82	0.67
22722146--22722188	6	7.2	6	82	10	52	2	18	0	79	0.85
22722151--22722200	12	4.0	12	82	10	64	0	16	0	84	0.63
22725718--22725756	6	6.7	6	91	2	62	30	2	33	33	1.72
22729595--22729946	30	12.0	29	78	9	304	36	2	23	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22731806--22731857	22	2.5	21	84	9	70	63	0	0	36	0.95
22731343--22739088	407	19.2	404	77	9	6496	42	8	15	34	1.76
22733829--22733877	22	2.2	22	78	7	55	65	0	4	30	1.11
22733830--22733872	23	1.9	22	85	4	59	65	0	0	34	0.93
22735058--22739501	815	5.5	813	83	7	5305	42	7	15	34	1.76
22737055--22739089	410	4.9	409	85	4	2659	43	7	15	33	1.76
22738658--22738707	23	2.2	23	85	0	64	68	0	4	28	1.08
22737055--22739501	818	3.0	811	84	7	3111	43	7	15	33	1.76
22740784--22740898	45	2.5	46	81	8	135	41	23	24	10	1.85
22740784--22740898	23	4.9	23	85	7	135	41	23	24	10	1.85
22741339--22741367	10	2.7	11	89	10	51	24	17	0	58	1.38
22746963--22747054	22	3.9	23	81	9	107	41	23	23	10	1.86
22746991--22747066	23	3.4	22	80	5	89	38	25	23	13	1.91
22747496--22747524	10	2.7	11	89	10	51	24	17	0	58	1.38
22748699--22751351	406	6.5	411	86	3	3478	42	7	15	34	1.75
22752643--22752714	25	2.9	25	78	10	67	77	5	1	15	1.01
22752674--22752738	9	7.4	9	77	6	53	69	7	0	23	1.14
22752669--22752731	26	2.5	25	84	5	74	73	6	0	20	1.05
22752674--22752738	17	3.7	18	73	6	53	69	7	0	23	1.14
22752669--22752731	25	2.5	24	82	14	67	73	6	0	20	1.05
22753000--22753024	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
22755555--22755653	47	2.1	47	98	0	189	27	13	29	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22756588--22756633	19	2.5	19	85	3	67	60	2	0	36	1.09
22761596--22761642	24	2.0	24	86	0	67	48	0	2	48	1.13
22761718--22761763	15	3.0	15	75	25	51	67	0	0	32	0.91
22762183--22762226	12	3.9	12	78	21	51	68	6	0	25	1.14
22762169--22762226	11	5.5	10	75	17	55	65	8	0	25	1.21
22762169--22762233	20	3.1	20	81	16	78	64	7	0	27	1.20
22762319--22762363	21	2.2	21	92	4	74	73	15	0	11	1.10
22762388--22762450	21	3.1	20	77	8	65	60	26	7	4	1.45
22762388--22762450	20	3.1	19	76	13	63	60	26	7	4	1.45
22763822--22763861	20	2.0	20	85	0	53	32	32	7	27	1.85
22764068--22764125	20	2.9	20	76	0	62	34	22	10	32	1.88
22765721--22765789	21	2.9	25	73	22	67	59	4	2	33	1.32
22765725--22765776	21	2.5	21	93	0	86	57	5	1	34	1.33
22768052--22768109	31	1.9	30	86	6	82	32	12	15	39	1.84
22768299--22768357	29	2.0	30	83	3	75	49	16	6	27	1.71
22769455--22769855	41	9.8	42	80	7	407	23	26	25	23	2.00
22769433--22769855	83	5.2	81	79	8	430	25	26	26	22	2.00
22769434--22769850	165	2.5	164	82	6	486	24	26	26	22	2.00
22774728--22774803	4	18.8	4	70	17	50	52	1	0	46	1.08
22774728--22774761	14	2.6	13	90	9	52	55	0	0	44	0.99
22774838--22774907	13	5.8	12	71	20	56	52	0	1	45	1.09
22774071--22776252	425	5.1	429	88	7	3221	45	2	4	47	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775259--22775331	13	5.5	13	69	16	51	53	0	1	45	1.09
22775687--22775748	12	5.0	12	75	13	63	51	0	3	45	1.17
22774087--22776196	18	118.9	18	63	19	292	45	2	4	47	1.36
22775905--22775973	14	5.6	12	70	17	52	50	0	1	47	1.09
22774077--22776318	532	4.2	527	86	9	3032	45	2	4	47	1.36
22774548--22776229	102	15.8	110	81	12	1858	45	2	4	47	1.37
22776361--22776432	32	2.3	32	95	2	128	43	5	8	43	1.58
22781935--22782090	66	2.4	66	89	1	233	42	17	25	14	1.87
22782076--22782118	21	2.0	21	95	0	77	30	23	46	0	1.52
22782084--22782128	21	2.1	21	91	0	72	33	22	44	0	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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