genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21099408--21099442	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
21099417--21099523	20	5.2	20	89	2	133	21	0	30	46	1.58
21101770--21101834	24	2.7	24	78	0	76	24	12	10	52	1.71
21105020--21105067	18	2.5	19	76	10	53	75	0	20	4	0.97
21117784--21117824	21	2.0	21	85	4	57	31	2	2	63	1.20
21118418--21118477	27	2.2	27	83	13	79	38	5	0	56	1.21
21128253--21128296	21	2.0	22	86	4	63	50	15	6	27	1.70
21132384--21132411	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21132951--21132996	19	2.4	20	75	10	51	41	2	6	50	1.40
21134337--21134534	87	2.2	90	84	4	258	39	20	8	31	1.82
21135325--21135369	19	2.3	20	81	14	58	68	2	11	17	1.29
21135325--21135367	20	2.2	20	83	8	52	72	2	9	16	1.21
21135536--21135571	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
21135536--21135571	11	3.2	12	88	11	58	50	0	0	50	1.00
21135662--21135706	21	2.0	23	83	8	58	37	4	26	31	1.76
21139517--21139591	29	2.5	29	82	6	87	50	12	4	33	1.58
21170628--21170666	20	2.0	20	84	0	51	64	0	7	28	1.21
21171401--21171462	6	11.0	6	78	13	69	41	0	1	56	1.09
21171409--21171464	11	5.1	11	79	12	53	37	0	1	60	1.07
21171403--21171462	17	3.6	17	93	2	104	40	0	1	58	1.08
21171401--21171464	23	2.9	23	77	13	80	40	0	1	57	1.08
21173072--21173257	28	6.4	29	83	6	200	36	29	1	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21173069--21173237	56	3.0	56	87	7	234	34	30	1	33	1.68
21173215--21173309	30	3.2	28	81	12	86	38	21	2	37	1.65
21173244--21173309	30	2.2	30	86	5	89	37	18	3	40	1.66
21176481--21176538	17	3.3	17	80	17	73	27	0	17	55	1.42
21176488--21176544	17	3.2	17	80	7	69	31	0	15	52	1.43
21177466--21177495	16	1.9	15	93	6	51	20	3	16	60	1.50
21180073--21180119	17	2.7	17	87	9	60	40	4	6	48	1.48
21180089--21180135	17	2.8	16	87	6	58	42	2	4	51	1.33
21180816--21180871	24	2.3	24	87	6	78	55	5	7	32	1.50
21180838--21180875	15	2.5	15	91	0	58	60	2	7	28	1.38
21182029--21182253	30	7.4	30	91	2	369	36	24	3	36	1.71
21182037--21182283	60	4.1	59	89	4	277	35	25	3	36	1.74
21182235--21182549	59	5.3	59	89	1	427	30	28	6	35	1.81
21182264--21182549	30	9.7	28	63	19	82	30	28	5	35	1.80
21182261--21182586	59	5.5	59	83	6	276	29	29	6	35	1.82
21190793--21191519	68	10.5	68	91	4	1127	34	17	20	27	1.95
21191123--21191270	80	1.9	80	97	0	278	34	16	20	28	1.94
21190793--21191473	283	2.5	279	91	3	1076	34	17	20	28	1.95
21191833--21191877	18	2.6	17	89	3	63	44	2	4	48	1.35
21191849--21191926	6	13.2	6	72	17	65	44	1	3	50	1.28
21191833--21191926	17	5.7	16	76	13	84	44	2	5	47	1.37
21191850--21191926	31	2.4	32	84	8	102	45	1	3	49	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21192613--21192668	24	2.3	24	84	6	69	53	5	7	33	1.51
21192635--21192672	15	2.5	15	87	8	51	57	2	7	31	1.41
21193418--21193733	161	2.0	161	85	5	433	25	15	13	44	1.84
21193835--21194083	30	8.3	30	92	0	392	36	24	3	35	1.72
21194066--21194436	59	6.4	58	88	3	523	30	27	7	34	1.83
21194066--21194436	117	3.2	116	89	2	530	30	27	7	34	1.83
21202540--21202579	12	3.4	12	79	6	55	17	12	7	62	1.52
21208508--21208562	27	2.1	26	86	10	76	65	1	1	30	1.13
21208513--21208615	35	3.0	35	74	20	99	64	5	1	28	1.28
21216300--21216350	25	2.0	25	92	0	84	31	13	17	37	1.89
21216426--21216484	24	2.5	24	85	0	82	57	6	6	28	1.50
21229094--21229290	23	8.5	23	80	9	195	43	21	23	11	1.85
21229094--21229290	69	2.8	69	83	7	222	43	21	23	11	1.85
21233601--21233682	20	4.2	20	72	17	73	47	0	0	52	1.00
21233595--21233684	9	9.1	11	69	25	51	50	0	1	48	1.08
21233611--21233693	39	2.1	39	88	4	123	48	0	0	51	1.00
21234280--21234463	97	1.9	98	91	1	307	37	11	30	20	1.88
21242991--21243015	9	2.8	9	100	0	50	0	44	20	36	1.52
21245069--21245107	17	2.3	18	87	12	57	48	5	0	46	1.24
21245655--21245724	29	2.4	31	80	9	92	40	0	8	51	1.33
21247628--21247691	31	2.1	31	85	8	87	35	12	12	39	1.81
21260730--21260769	21	1.9	21	85	10	55	50	12	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21264333--21264409	28	2.8	27	74	4	73	20	23	23	32	1.98
21264069--21265751	456	3.7	452	81	5	1727	33	14	14	36	1.88
21265684--21265776	28	3.3	28	81	0	105	32	19	13	34	1.91
21276640--21276928	52	5.6	52	87	1	384	27	16	22	33	1.95
21276639--21276928	103	2.8	104	87	1	413	27	16	22	33	1.95
21276647--21276927	155	1.8	155	88	1	429	28	16	22	33	1.95
21277621--21277674	21	2.6	21	81	0	72	25	14	29	29	1.95
21282311--21282341	6	5.2	6	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21284058--21284088	12	2.6	12	94	0	53	54	19	0	25	1.44
21284440--21284482	17	2.4	19	80	11	54	41	9	13	34	1.77
21290802--21291029	29	7.8	29	69	17	132	33	4	28	32	1.78
21290802--21291059	59	4.4	58	83	5	315	33	4	28	32	1.78
21290802--21291027	59	3.9	58	86	2	319	34	4	28	32	1.78
21290802--21291027	117	1.9	117	88	1	337	34	4	28	32	1.78
21291009--21291187	30	6.0	30	96	0	313	35	2	24	36	1.70
21291282--21291625	162	2.1	161	84	6	455	47	11	15	25	1.79
21292469--21292511	19	2.3	19	88	8	61	41	0	2	55	1.12
21292469--21292520	3	16.7	3	76	7	50	42	0	1	55	1.10
21293258--21293334	11	6.8	11	75	11	75	50	2	3	42	1.34
21293260--21293321	23	2.7	22	80	9	70	51	3	4	40	1.39
21293623--21293857	68	3.5	68	85	2	339	28	20	15	35	1.94
21293824--21293890	33	2.0	33	97	0	125	22	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21293763--21293946	101	1.8	100	91	3	307	27	22	15	35	1.94
21293858--21294745	68	13.6	68	88	6	1254	27	20	16	34	1.95
21293958--21294071	37	3.2	37	72	14	123	28	21	15	34	1.94
21306645--21306748	29	3.5	30	71	10	81	36	3	26	32	1.75
21306638--21306893	59	4.4	59	79	3	268	35	6	26	32	1.81
21306846--21306943	29	3.3	30	92	4	164	35	3	27	33	1.73
21307027--21307372	163	2.1	163	85	4	484	46	11	15	25	1.80
21308218--21308269	3	16.7	3	84	7	68	38	0	1	59	1.08
21308218--21308272	22	2.5	22	88	2	85	40	0	1	58	1.09
21309016--21309087	6	12.7	6	77	14	73	52	0	4	43	1.20
21309015--21309090	11	6.8	11	80	8	91	51	0	3	44	1.20
21308999--21309090	17	5.5	16	78	11	87	50	1	3	45	1.25
21311048--21311090	15	3.1	15	74	19	56	32	0	0	67	0.91
21311889--21311948	28	2.1	29	84	9	79	58	8	11	21	1.59
21322973--21324061	59	18.5	58	72	14	609	27	15	15	40	1.88
21322967--21324061	120	9.3	118	71	15	487	28	15	15	40	1.88
21325406--21325512	30	3.6	30	82	3	99	26	4	3	65	1.29
21326448--21326986	116	4.5	117	81	12	516	38	16	18	25	1.92
21326451--21326985	179	3.0	174	79	10	561	38	16	18	25	1.92
21326448--21326940	121	4.1	120	82	9	530	39	16	17	25	1.90
21326481--21326989	58	8.6	57	77	12	410	38	17	19	25	1.92
21329397--21329430	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21332350--21332575	58	3.9	58	87	3	269	22	16	13	47	1.82
21332438--21332533	28	3.4	28	64	21	72	23	17	14	43	1.86
21332350--21332575	116	1.9	117	84	6	298	22	16	13	47	1.82
21332751--21332916	90	1.9	89	83	3	217	46	12	16	24	1.81
21333038--21333142	53	2.0	54	92	1	176	40	21	9	28	1.85
21336356--21336381	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21336423--21336471	19	2.4	21	83	12	59	28	8	0	63	1.23
21336396--21336471	20	3.9	19	77	13	66	28	7	0	63	1.23
21342877--21342915	13	2.9	13	85	7	51	41	0	2	56	1.13
21342965--21343054	38	2.3	39	86	3	119	55	3	3	37	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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