genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8256604--8256937	162	2.1	162	93	0	560	44	11	17	26	1.83
8256604--8257024	162	2.6	161	85	5	478	47	10	16	25	1.79
8258460--8258561	6	18.0	6	75	17	76	56	2	0	40	1.14
8258461--8258569	11	9.7	11	74	17	91	56	2	0	40	1.13
8258462--8258569	17	6.4	17	83	8	114	57	2	0	39	1.13
8262237--8262296	31	1.9	32	82	3	77	45	6	6	41	1.57
8262307--8262372	31	2.3	27	76	19	62	42	9	6	42	1.61
8262589--8262631	21	2.1	20	82	4	50	62	0	2	34	1.08
8262944--8263000	22	2.6	23	78	10	57	47	1	1	49	1.22
8262919--8262997	23	3.4	24	72	6	65	44	2	3	49	1.34
8268953--8268994	20	2.2	19	87	8	59	66	0	7	26	1.17
8271045--8271127	41	2.0	41	100	0	166	26	4	18	50	1.66
8272030--8272084	29	2.0	26	86	13	76	52	3	10	32	1.54
8272831--8272916	6	15.0	6	75	18	85	45	0	1	53	1.07
8272831--8272910	17	4.7	17	92	0	133	45	0	1	53	1.08
8272831--8272910	34	2.4	34	97	0	151	45	0	1	53	1.08
8272844--8272923	23	3.6	22	80	14	53	45	0	1	53	1.08
8272927--8272952	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
8274536--8274988	30	15.3	30	71	11	208	35	24	1	37	1.67
8274534--8274785	89	2.8	88	81	6	294	34	22	1	41	1.65
8274534--8274897	29	12.3	29	74	10	224	35	23	1	39	1.65
8274534--8274924	59	6.6	58	78	7	292	36	23	1	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8274617--8275071	117	3.9	117	80	6	386	35	25	2	36	1.70
8274705--8275071	59	6.2	59	84	5	354	37	25	2	34	1.70
8274792--8275129	29	11.5	29	72	16	196	35	25	5	33	1.79
8274645--8275123	59	8.1	59	81	9	283	35	25	3	35	1.75
8274731--8275109	117	3.2	118	81	6	317	35	26	3	33	1.75
8285164--8285193	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8286174--8286245	34	2.1	34	97	0	135	52	4	2	40	1.35
8310072--8310106	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
8327421--8327509	44	2.0	44	95	0	160	37	12	22	28	1.90
8337214--8337242	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8343361--8343407	21	2.2	21	77	7	51	63	2	0	34	1.06
8348151--8348177	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8348668--8348701	5	6.8	5	100	0	68	0	17	0	82	0.67
8356572--8356622	28	2.0	26	85	14	70	33	1	3	60	1.26
8367652--8367776	58	2.2	58	85	5	164	52	2	0	44	1.13
8367786--8367842	27	2.2	26	78	6	62	45	0	3	50	1.18
8377296--8377331	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
8377350--8377420	15	4.6	15	72	16	56	47	1	2	47	1.25
8377931--8377976	23	2.1	21	84	8	56	58	6	2	32	1.36
8380382--8380417	18	2.0	18	100	0	72	33	11	0	55	1.35
8380753--8380803	23	2.2	23	78	0	57	56	0	5	37	1.23
8400367--8400416	24	2.0	24	84	3	64	40	8	2	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8404031--8404087	27	2.2	25	79	14	62	59	0	5	35	1.20
8414447--8414490	18	2.4	19	81	7	56	54	0	2	43	1.12
8414926--8414955	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8415785--8415842	31	1.9	31	89	3	91	53	1	1	43	1.21
8416079--8416125	21	2.2	23	77	14	55	68	0	0	31	0.90
8416085--8416127	21	2.0	20	86	8	59	62	0	0	37	0.95
8426153--8426216	30	2.2	28	83	5	83	45	3	0	51	1.17
8426492--8426522	16	1.9	16	93	0	53	22	3	0	74	0.96
8454031--8454108	39	2.0	39	97	0	147	21	19	12	46	1.83
8464209--8464237	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
8470414--8470447	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
8471683--8471719	18	2.1	17	90	5	56	35	0	0	64	0.94
8478369--8478436	28	2.4	28	82	9	66	50	4	0	45	1.22
8489068--8489095	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8494173--8494234	21	3.0	21	70	21	51	25	3	1	69	1.13
8499952--8500005	25	2.2	25	86	0	72	51	14	7	25	1.68
8503820--8503874	26	2.1	26	89	0	83	52	12	5	29	1.61
8515531--8515577	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
8516819--8516866	24	2.0	23	84	4	60	47	6	0	45	1.27
8519206--8519270	18	3.5	18	70	19	53	49	1	0	49	1.10
8519201--8519281	38	2.2	37	91	4	128	46	1	0	51	1.08
8519218--8519283	22	3.3	21	76	24	79	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8519224--8519259	9	4.2	9	89	10	58	44	0	0	55	0.99
8519222--8519289	20	3.5	20	74	22	72	47	1	0	51	1.09
8522482--8522534	27	1.9	28	81	11	65	22	13	3	60	1.49
8527151--8527203	26	1.9	28	85	11	74	58	3	1	35	1.27
8532527--8532568	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8535943--8535968	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8539719--8539758	14	2.7	15	84	11	55	52	0	0	47	1.00
8540968--8541027	27	2.2	27	96	0	111	25	10	18	46	1.79
8540891--8541104	104	2.1	104	95	0	383	27	12	14	46	1.79
8540995--8541223	77	3.1	76	82	14	336	26	12	13	48	1.77
8541064--8541190	65	2.0	65	96	0	236	25	9	14	50	1.73
8543455--8543506	13	3.7	14	77	7	52	19	15	42	23	1.89
8543672--8543719	18	2.7	17	87	6	69	60	6	0	33	1.22
8548033--8548075	20	2.1	21	86	4	61	69	25	0	4	1.07
8548047--8548093	12	3.9	12	88	0	58	74	19	0	6	1.03
8548047--8548117	24	3.0	24	76	9	58	73	21	1	4	1.08
8548083--8548135	20	2.7	20	77	14	56	75	16	1	5	1.08
8560215--8560303	11	7.2	13	72	17	57	41	1	1	56	1.14
8560214--8560308	48	2.0	46	82	13	113	43	1	1	54	1.14
8571532--8571588	28	2.0	28	86	0	78	42	7	3	47	1.47
8575596--8575625	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8584544--8584578	17	2.1	17	88	0	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8585537--8585617	23	3.5	23	89	0	117	50	28	11	9	1.70
8585923--8585970	25	2.0	25	83	4	62	60	2	4	33	1.27
8587369--8587395	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
8598499--8598526	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
8599346--8599394	18	2.8	16	82	17	53	51	0	2	46	1.12
8601325--8601444	57	2.1	57	95	0	213	24	14	13	48	1.79
8606878--8606904	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
8609082--8609139	23	2.5	23	81	10	73	65	1	0	32	1.03
8609699--8609748	21	2.3	21	82	6	55	32	2	2	64	1.16
8630074--8630136	24	2.6	24	87	0	90	50	9	14	25	1.72
8632162--8632196	5	7.0	5	100	0	70	0	60	20	20	1.37
8632992--8633075	15	5.9	14	70	16	66	21	64	0	14	1.29
8633044--8633108	24	2.7	24	97	0	121	23	64	0	12	1.27
8633010--8633108	30	3.5	30	81	17	140	22	65	0	12	1.25
8633026--8633148	24	4.9	25	73	10	83	24	58	3	13	1.50
8645781--8645807	7	3.9	7	100	0	54	55	14	0	29	1.40
8650655--8650704	26	2.0	23	85	11	64	60	10	2	28	1.40
8651892--8651922	11	2.8	11	90	0	53	77	19	3	0	0.90
8651870--8651959	34	2.6	34	80	0	99	66	18	5	8	1.39
8651893--8651935	20	2.2	19	87	4	59	74	16	4	4	1.16
8651969--8652009	21	2.1	19	90	9	64	75	21	0	2	0.92
8675283--8675322	19	2.1	19	86	9	55	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8676909--8676985	37	2.1	37	100	0	154	37	7	12	41	1.73
8679821--8679865	23	2.0	23	83	16	58	53	2	6	37	1.40
8689619--8689653	17	2.1	17	88	0	52	17	0	11	71	1.14
8691048--8691082	17	2.1	17	100	0	70	45	11	5	37	1.64
8697313--8697373	30	2.0	30	96	0	113	26	18	22	32	1.97
8701655--8701731	37	2.1	37	100	0	154	37	7	12	41	1.73
8702755--8702790	18	2.0	18	88	0	54	30	30	13	25	1.94
8707154--8707199	21	2.2	21	84	0	56	43	23	17	15	1.87
8707167--8707222	27	2.1	27	83	6	69	42	28	23	5	1.76
8719419--8719456	5	7.6	5	93	0	58	44	0	52	2	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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