genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21638071--21638131	13	4.5	13	73	18	52	39	1	4	54	1.32
21638581--21638627	25	1.9	24	91	4	76	21	8	51	19	1.73
21638836--21638874	11	3.4	12	89	6	55	53	7	0	38	1.30
21638822--21638924	17	6.1	17	80	7	95	54	4	0	40	1.22
21638855--21638905	26	2.0	26	84	7	68	56	3	0	39	1.18
21638835--21638909	6	12.5	6	74	16	66	52	5	0	42	1.24
21642315--21642341	13	2.1	13	100	0	54	0	18	37	44	1.50
21643096--21643134	20	2.0	20	90	5	62	38	0	7	53	1.30
21643516--21643582	26	2.6	25	76	4	62	56	2	1	38	1.24
21645660--21645716	29	2.0	29	82	0	69	54	7	1	36	1.38
21645943--21646069	59	2.3	55	80	11	141	41	14	10	33	1.80
21646648--21646781	56	2.4	56	86	3	189	40	12	16	30	1.86
21646705--21646999	114	2.6	113	73	14	266	36	11	18	33	1.88
21647666--21647744	34	2.3	34	100	0	158	50	2	2	44	1.29
21649713--21649755	3	14.7	3	95	4	79	69	0	30	0	0.88
21650442--21650484	18	2.3	19	80	19	54	39	6	0	53	1.28
21652728--21652767	6	6.7	6	82	0	53	45	0	2	52	1.14
21653681--21653760	29	2.7	29	88	1	97	37	22	1	38	1.62
21653685--21653947	30	8.9	29	84	6	284	36	28	1	34	1.67
21665875--21666000	62	2.0	62	98	0	243	57	15	19	8	1.64
21671037--21671386	171	2.0	171	96	0	646	32	18	26	22	1.97
21671553--21671602	23	2.3	21	82	6	55	28	2	16	54	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21673609--21673909	103	3.0	101	88	5	423	36	10	22	30	1.89
21677459--21677743	59	4.9	59	88	6	422	35	2	28	33	1.71
21677548--21677705	28	5.4	29	69	18	114	36	2	27	34	1.71
21677459--21677743	117	2.4	118	89	5	436	35	2	28	33	1.71
21679477--21679525	14	3.5	14	86	8	64	12	14	28	44	1.81
21679485--21679524	13	3.0	13	88	3	53	12	10	27	50	1.72
21679577--21679664	17	5.5	17	76	15	89	54	2	0	43	1.12
21679593--21679664	11	6.4	11	85	4	81	54	2	0	43	1.15
21680393--21680432	21	1.9	21	100	0	80	35	7	5	52	1.51
21684098--21684192	38	2.5	37	91	1	154	31	15	12	40	1.85
21686287--21686319	16	2.1	16	94	0	57	36	15	15	33	1.88
21689358--21689489	28	4.8	27	72	18	112	31	7	6	53	1.55
21689406--21689518	28	3.8	30	73	15	101	33	7	5	53	1.50
21689439--21689519	31	2.8	29	77	7	83	33	7	4	54	1.50
21689367--21689519	57	2.7	57	82	10	165	33	7	6	51	1.57
21689463--21689526	31	2.1	30	85	2	83	37	6	4	51	1.48
21690457--21690491	18	1.9	18	88	0	52	48	2	0	48	1.16
21695927--21696026	50	2.0	50	98	0	191	57	6	13	24	1.58
21699762--21699803	20	2.0	21	86	4	59	28	9	7	54	1.59
21707315--21707375	21	2.9	21	87	0	86	26	18	24	31	1.97
21707609--21707672	28	2.2	28	81	8	67	29	9	9	51	1.65
21710752--21710776	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21715716--21715806	45	2.0	45	97	0	173	32	24	19	23	1.97
21719939--21719977	4	9.8	4	83	10	53	79	0	20	0	0.73
21720411--21720437	11	2.5	11	100	0	54	0	0	7	92	0.38
21730895--21730943	13	3.5	13	74	15	53	46	0	0	53	1.00
21730892--21730959	29	2.3	31	89	5	104	51	0	1	47	1.09
21730898--21730969	29	2.5	28	82	12	85	51	0	1	47	1.09
21730979--21731010	11	2.8	12	90	9	57	15	25	0	59	1.36
21731994--21732036	23	2.0	22	86	13	63	53	0	0	46	1.00
21731961--21732033	29	2.5	29	82	14	96	47	1	0	50	1.09
21739827--21739898	36	2.1	34	82	15	85	16	6	11	65	1.45
21744271--21744311	22	2.0	22	90	9	68	29	0	4	65	1.13
21744756--21744932	92	1.9	91	80	7	207	45	11	15	27	1.80
21744821--21744882	31	2.0	32	87	9	92	41	9	19	29	1.83
21747478--21747503	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
21752599--21752631	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
21762314--21762349	17	2.1	17	89	0	54	66	11	5	16	1.40
21763280--21763337	20	3.0	20	72	12	57	27	3	5	63	1.31
21763377--21763422	19	2.4	20	75	10	60	36	4	0	58	1.18
21763385--21763426	18	2.3	18	88	8	59	33	4	0	61	1.17
21763371--21763455	28	3.0	27	75	16	82	36	2	0	61	1.09
21766492--21766658	23	7.2	22	76	14	92	43	22	21	12	1.86
21768465--21768520	22	2.5	22	91	5	87	67	0	1	30	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21768467--21768523	11	5.1	12	69	14	50	70	0	1	28	0.98
21768594--21768640	20	2.6	17	75	18	58	42	0	0	57	0.98
21768632--21768665	17	2.0	17	88	11	52	41	2	0	55	1.15
21769011--21769128	10	11.6	10	70	19	57	39	4	0	55	1.19
21769181--21769263	31	2.7	31	81	9	98	55	7	0	37	1.28
21774646--21774981	59	5.7	59	95	1	570	36	3	26	32	1.75
21775139--21775442	161	1.9	159	86	5	434	47	14	15	23	1.81
21776083--21776126	19	2.3	19	80	7	54	6	9	4	79	1.04
21777062--21777136	29	2.6	29	76	2	80	22	12	22	42	1.86
21777179--21777244	6	11.2	6	78	15	66	51	3	0	45	1.16
21777179--21777209	11	2.7	11	95	5	53	51	0	0	48	1.00
21777520--21778399	69	12.8	69	90	1	1329	29	21	16	32	1.95
21777520--21778399	277	3.2	276	90	1	1374	29	21	16	32	1.95
21777536--21778399	206	4.2	207	94	0	1462	29	21	16	32	1.95
21786802--21786841	16	2.5	16	88	8	55	20	35	10	35	1.86
21790438--21790657	29	7.5	29	70	13	148	38	5	25	31	1.77
21790319--21790657	59	5.7	59	86	7	433	39	4	24	31	1.75
21790314--21790657	121	2.9	118	85	9	416	38	4	25	30	1.76
21790637--21790721	30	2.8	31	84	10	113	30	4	27	37	1.77
21790829--21791121	161	1.8	162	89	2	466	46	15	15	22	1.83
21790854--21791218	161	2.3	160	81	7	409	47	13	15	22	1.81
21791768--21791811	19	2.3	19	84	0	61	6	9	4	79	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792729--21792763	15	2.2	17	90	10	56	20	8	28	42	1.81
21792857--21792923	6	11.2	6	80	12	75	52	2	0	44	1.16
21792898--21792947	27	1.9	25	84	15	66	60	6	2	32	1.32
21796582--21796722	59	2.4	58	79	10	160	35	4	28	31	1.77
21796616--21796715	29	3.4	29	69	19	80	35	5	31	29	1.79
21797751--21797797	22	2.3	20	85	10	60	46	8	2	42	1.46
21798572--21798616	16	2.7	17	86	6	65	57	2	0	40	1.11
21800947--21800985	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
21807577--21807681	53	2.0	54	84	5	142	30	25	21	21	1.99
21807714--21807743	3	10.3	3	92	7	53	70	0	30	0	0.88
21807741--21807814	36	2.1	36	84	5	96	33	14	28	22	1.94
21820810--21820856	24	1.9	25	91	4	78	70	6	8	14	1.32
21833164--21833295	65	2.0	65	95	0	237	38	18	15	28	1.90
21834540--21834774	30	7.6	30	68	17	106	32	5	28	33	1.79
21834564--21834673	29	3.8	29	74	11	100	33	4	29	32	1.78
21834541--21834777	59	3.8	59	80	9	276	33	5	28	32	1.79
21834541--21834688	29	5.0	29	69	14	97	34	5	29	31	1.80
21834868--21834998	30	4.4	30	88	3	194	36	2	22	38	1.67
21834875--21834998	59	2.1	59	92	3	205	35	2	22	39	1.67
21835089--21835418	161	2.0	163	85	4	452	46	13	15	25	1.82
21836213--21836246	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
21836217--21836305	34	2.6	35	75	13	94	40	8	3	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21836812--21836838	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
21836874--21836981	6	18.0	6	73	14	80	47	1	0	50	1.18
21836904--21836966	31	2.0	31	87	0	90	50	3	0	46	1.17
21837354--21837497	39	3.7	39	94	1	236	25	19	21	34	1.97
21837471--21837651	31	5.4	31	65	25	100	28	20	16	34	1.94
21837462--21837683	69	3.2	69	98	0	419	29	22	15	32	1.95
21838462--21838517	21	2.7	21	97	0	103	48	33	0	17	1.48
21838591--21838632	7	6.1	7	77	5	50	16	26	23	33	1.96
21838591--21838632	21	2.0	20	95	4	75	16	26	23	33	1.96
21839661--21839701	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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