genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25535542--25535707	51	3.4	49	81	4	190	11	25	23	39	1.88
25535542--25535783	49	4.9	49	79	6	240	11	25	23	38	1.89
25535541--25535783	99	2.5	100	86	6	334	12	25	23	38	1.90
25541686--25541951	59	4.6	59	79	10	176	37	6	25	30	1.81
25541826--25542014	30	6.4	28	76	13	150	33	3	25	36	1.74
25541786--25542006	58	3.8	58	84	7	270	35	4	26	34	1.75
25541786--25542004	117	1.9	116	85	6	309	35	4	26	34	1.75
25543101--25543155	3	18.7	3	78	17	62	34	0	0	65	0.93
25543093--25543152	18	3.5	17	84	15	79	33	0	0	66	0.92
25549568--25549608	18	2.2	19	86	4	57	46	14	0	39	1.45
25551032--25551067	15	2.3	16	95	4	65	47	0	0	52	1.00
25557411--25557485	29	2.5	30	86	4	107	26	0	18	54	1.44
25557499--25557618	59	2.1	59	84	6	156	28	14	9	48	1.74
25557847--25557918	32	2.2	33	85	7	94	51	8	16	23	1.71
25558518--25558562	3	15.3	3	90	4	74	62	0	2	35	1.08
25558520--25558560	20	2.0	20	95	0	73	63	0	2	34	1.08
25558518--25558562	23	2.0	23	95	0	81	62	0	2	35	1.08
25559110--25559158	21	2.3	21	79	6	55	38	18	8	34	1.80
25559463--25559496	6	5.3	6	89	10	50	79	0	2	17	0.86
25559553--25559606	21	2.7	20	76	2	54	66	3	1	27	1.19
25560054--25560108	20	2.9	18	82	17	67	36	0	3	60	1.15
25561525--25561570	24	1.9	24	86	0	65	39	4	45	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25569624--25569805	96	1.9	96	85	6	253	37	13	17	30	1.89
25570113--25570257	58	2.5	59	85	4	186	39	10	22	28	1.86
25570244--25570407	30	5.5	29	76	5	114	35	3	24	37	1.71
25570272--25570414	29	4.8	29	82	4	160	34	3	25	36	1.73
25570273--25570384	31	3.7	30	84	9	149	33	2	27	35	1.71
25571549--25571601	17	3.1	17	87	12	74	32	0	0	67	0.91
25571556--25571600	9	5.2	8	86	7	54	35	0	0	64	0.94
25572335--25572361	11	2.5	11	100	0	54	25	0	29	44	1.54
25572690--25573276	206	2.9	202	88	6	804	22	23	18	34	1.96
25572909--25573336	194	2.2	194	90	1	678	23	24	18	34	1.96
25573386--25573561	49	3.5	50	79	8	187	10	24	24	40	1.87
25574771--25574839	8	8.0	8	75	15	50	0	17	2	79	0.85
25574771--25574839	16	4.5	15	77	12	70	0	17	2	79	0.85
25574770--25574833	15	4.4	14	77	11	65	0	18	3	78	0.89
25575587--25575702	53	2.1	54	90	4	180	18	12	11	57	1.64
25580524--25580726	58	3.5	58	79	12	168	38	7	23	30	1.82
25580665--25580853	30	6.4	28	75	11	157	32	4	26	35	1.76
25580625--25580843	58	3.8	58	85	5	273	35	4	26	33	1.77
25580625--25580843	117	1.9	116	85	6	309	35	4	26	33	1.77
25581958--25582025	3	23.7	3	80	14	81	35	0	0	64	0.94
25581960--25582024	16	4.0	16	84	9	78	33	0	0	66	0.92
25581954--25582025	25	2.8	25	89	4	108	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25582807--25582843	17	2.2	17	95	0	65	48	0	2	48	1.15
25588467--25588507	18	2.2	19	86	4	57	46	14	0	39	1.45
25589935--25589969	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
25596367--25596441	29	2.5	30	86	4	107	26	0	18	54	1.44
25596455--25596563	57	1.9	57	83	9	141	28	16	8	46	1.75
25596542--25596594	28	1.9	27	92	3	88	39	11	3	45	1.58
25596455--25596581	57	2.2	57	78	13	134	29	16	7	45	1.76
25596952--25597020	11	6.0	11	74	12	59	5	24	0	69	1.10
25596953--25597020	23	2.9	22	80	10	64	5	23	0	70	1.09
25597391--25597437	21	2.2	22	96	3	87	44	31	0	23	1.54
25597421--25597450	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
25597485--25597541	20	2.8	20	75	0	69	22	22	26	28	1.99
25597543--25597600	7	8.4	7	90	3	82	15	24	27	32	1.95
25604046--25604120	11	6.5	11	75	11	62	5	25	0	69	1.09
25604053--25604117	23	2.8	22	79	11	58	6	24	0	69	1.11
25604491--25604558	21	3.2	21	89	2	109	44	30	0	25	1.54
25604542--25604571	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
25604565--25604623	25	2.4	25	97	0	109	49	33	5	11	1.62
25604633--25604678	10	4.5	10	80	2	56	19	28	28	23	1.98
25604669--25604721	13	4.0	13	85	4	79	15	20	24	39	1.91
25604669--25604718	7	7.4	7	80	8	50	16	22	26	36	1.94
25605769--25605806	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25606094--25606168	33	2.2	34	86	6	100	52	8	16	24	1.70
25606765--25606800	3	12.3	3	94	5	65	63	0	0	36	0.94
25607349--25607400	21	2.5	22	84	12	74	40	13	7	38	1.73
25607791--25607844	21	2.7	20	76	2	54	66	3	1	27	1.19
25607848--25607893	14	3.0	16	75	12	51	63	2	0	34	1.07
25607853--25607897	15	3.0	15	80	9	56	66	0	0	33	0.92
25608294--25608348	20	2.9	18	82	17	67	36	0	3	60	1.15
25609547--25609624	39	2.0	39	82	5	95	26	15	17	39	1.90
25614888--25614932	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
25620624--25620805	96	1.9	96	86	6	262	37	13	18	30	1.89
25621167--25621258	29	3.2	28	66	21	73	38	7	22	31	1.82
25621252--25621418	30	5.7	30	82	3	189	34	4	25	35	1.77
25621237--25621413	29	6.0	30	77	11	150	34	4	25	35	1.77
25621252--25621418	59	2.8	59	82	6	198	34	4	25	35	1.77
25622546--25622601	17	3.5	17	79	16	66	33	0	0	66	0.92
25622557--25622604	14	3.6	13	86	10	62	35	0	0	64	0.94
25622556--25622602	9	5.8	9	76	20	50	34	0	0	65	0.93
25623383--25623453	17	4.2	17	77	0	79	52	4	4	39	1.41
25623393--25623459	34	2.0	34	90	0	107	55	7	4	32	1.48
25624454--25624621	39	4.3	39	73	3	131	26	19	31	23	1.98
25624475--25624626	79	1.9	78	85	1	205	25	20	30	24	1.99
25624939--25625180	49	4.9	49	86	5	310	9	25	25	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25624938--25625180	100	2.5	100	88	4	359	9	25	25	39	1.87
25626381--25626451	8	9.0	8	73	14	67	0	16	2	80	0.83
25626388--25626444	14	3.9	15	78	19	50	0	17	3	78	0.88
25626380--25626444	15	4.4	14	77	12	67	0	18	3	78	0.88
25627173--25627218	11	4.4	11	81	8	60	2	15	0	82	0.76
25627204--25627328	54	2.3	54	89	8	189	16	12	12	60	1.60
25632143--25632341	58	3.5	58	80	13	184	39	7	23	29	1.82
25632252--25632466	29	7.4	29	74	12	165	33	4	25	36	1.75
25632240--25632457	58	3.8	57	82	8	239	36	4	24	35	1.75
25633573--25633627	3	18.7	3	77	17	53	32	0	0	67	0.91
25633565--25633617	17	3.1	16	84	12	70	30	0	0	69	0.88
25634410--25634446	17	2.2	17	95	0	65	48	0	2	48	1.15
25640019--25640045	11	2.5	11	100	0	54	55	0	7	37	1.28
25640079--25640119	18	2.2	19	86	4	57	46	14	0	39	1.45
25647157--25647737	182	3.2	183	91	2	926	33	15	23	27	1.95
25648183--25648217	15	2.3	15	85	0	52	60	2	0	37	1.12
25648313--25648357	16	2.8	16	89	0	63	42	0	28	28	1.56
25648536--25648662	57	2.2	58	85	4	177	49	2	0	48	1.14
25648654--25648704	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
25653707--25653738	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25658187--25658211	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25660065--25660106	22	1.9	22	85	0	57	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25660077--25660132	16	3.8	15	73	20	55	42	1	1	53	1.21
25662126--25662340	29	7.3	29	82	7	220	38	23	2	35	1.69
25662126--25662380	88	2.9	88	78	8	281	38	24	2	34	1.69
25662126--25662369	117	2.1	116	86	5	332	38	23	2	34	1.68
25662126--25662381	29	8.8	28	79	10	214	37	24	2	35	1.69
25663241--25663363	61	2.0	61	98	0	237	43	17	26	12	1.84
25669324--25670101	92	8.5	92	92	0	1297	31	15	19	33	1.93
25670368--25670409	22	1.9	22	85	0	57	38	0	7	54	1.28
25670388--25670436	18	2.5	20	93	6	84	40	2	0	57	1.10
25670384--25670474	39	2.4	38	75	14	89	38	3	2	56	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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