genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357943--2358062	61	2.0	60	87	4	172	20	17	16	45	1.86
2376005--2376033	5	5.8	5	100	0	58	58	0	41	0	0.98
2378059--2378171	23	5.0	23	85	4	108	40	24	22	12	1.88
2385898--2385959	24	2.5	24	82	7	72	37	8	4	50	1.54
2385971--2386019	21	2.3	22	79	10	57	55	8	4	32	1.48
2388891--2388944	23	2.4	23	78	3	65	57	1	1	38	1.20
2397177--2397209	15	2.1	16	94	5	59	57	0	0	42	0.98
2397680--2397727	20	2.5	19	82	3	60	56	2	2	39	1.23
2412830--2412864	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2428562--2428603	17	2.5	17	81	11	52	57	14	0	28	1.38
2429839--2429959	24	5.2	23	73	9	86	71	13	4	10	1.26
2429832--2429947	12	9.8	12	69	13	62	70	15	3	10	1.28
2447277--2447326	21	2.5	20	80	9	57	20	4	26	50	1.66
2454786--2454841	22	2.6	21	80	8	67	37	0	7	55	1.27
2456668--2456710	22	2.0	22	90	9	70	58	0	0	41	0.98
2465734--2465833	32	3.2	32	64	16	91	13	16	24	47	1.81
2465717--2465842	62	2.0	62	100	0	252	14	15	23	46	1.83
2471966--2471990	12	2.1	12	100	0	50	40	16	28	16	1.89
2476464--2476502	15	2.7	15	92	4	62	51	0	2	46	1.14
2478071--2478121	25	2.0	25	96	0	93	50	15	9	23	1.73
2482811--2482841	15	2.0	16	93	6	55	64	0	9	25	1.24
2484819--2484862	10	4.3	10	82	11	54	61	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503679--2503719	18	2.5	17	81	14	50	36	0	0	63	0.95
2507006--2507039	3	11.3	3	93	0	59	32	2	32	32	1.73
2515797--2515822	6	4.3	6	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2521536--2521569	16	2.1	16	88	0	50	61	2	8	26	1.40
2522320--2522361	20	2.1	19	91	8	66	23	9	0	66	1.21
2522952--2523003	26	2.0	26	92	0	86	46	5	17	30	1.71
2529133--2529163	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2530684--2530738	28	1.9	29	85	3	76	47	0	9	43	1.35
2539044--2539091	3	16.3	3	95	4	89	68	0	0	31	0.90
2540140--2540226	7	12.7	7	80	9	99	35	27	20	16	1.94
2540147--2540226	20	4.0	20	88	1	115	36	27	20	16	1.93
2540190--2540252	21	3.0	21	83	2	74	36	31	17	14	1.90
2540213--2540281	21	3.3	20	82	6	77	30	30	21	17	1.96
2540237--2540281	10	4.4	10	85	2	54	28	28	22	20	1.98
2540318--2540347	15	2.0	15	93	0	51	20	3	33	43	1.68
2540331--2540398	21	3.2	21	93	2	118	23	0	32	44	1.54
2540769--2540837	11	6.0	11	73	15	59	69	0	24	5	1.10
2540769--2540841	23	3.1	23	75	11	67	69	0	24	5	1.09
2546204--2546236	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
2547315--2547353	20	2.0	20	100	0	78	33	25	25	15	1.95
2547308--2547353	7	6.7	7	90	5	76	32	26	26	15	1.95
2547361--2547408	10	4.7	10	86	2	69	25	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547320--2547408	20	4.3	21	81	8	87	29	29	24	16	1.97
2547458--2547525	21	3.2	21	93	2	118	23	0	32	44	1.54
2547896--2547964	11	6.0	11	69	15	50	71	0	23	5	1.08
2563330--2563364	18	1.9	18	94	0	61	37	2	0	60	1.12
2563919--2563969	24	2.1	24	82	7	59	23	58	3	13	1.52
2585249--2585285	16	2.3	17	86	9	51	27	0	2	70	1.01
2589383--2589456	23	3.3	23	75	7	71	41	24	17	16	1.89
2589448--2589498	23	2.2	23	89	0	84	41	19	27	11	1.86
2589984--2590014	10	2.9	11	90	9	55	19	9	6	64	1.45
2595385--2595468	30	2.8	28	81	12	87	38	1	9	51	1.42
2606848--2606898	19	2.6	19	77	20	52	47	3	3	45	1.40
2617942--2617981	17	2.4	17	83	4	55	77	10	10	2	1.08
2637547--2637613	31	2.2	31	83	0	80	35	8	20	34	1.84
2641085--2641130	2	22.0	2	86	8	65	47	4	2	45	1.34
2643201--2643297	51	1.9	51	95	0	176	21	14	41	22	1.89
2643201--2643310	51	2.3	46	87	9	150	20	15	41	22	1.89
2643324--2643364	21	2.0	21	90	0	64	17	4	56	21	1.60
2648869--2648939	2	36.5	2	88	5	110	47	0	1	50	1.09
2653655--2653685	12	2.5	12	94	5	53	48	0	0	51	1.00
2663262--2663353	29	3.1	29	62	25	66	38	9	20	31	1.85
2663236--2663354	59	2.0	59	98	0	229	37	12	18	31	1.88
2674998--2675033	15	2.4	15	86	13	56	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679049--2679100	12	4.2	13	79	13	56	32	1	0	65	1.04
2679072--2679109	19	2.1	19	90	5	60	36	2	0	60	1.11
2684316--2684346	2	15.5	2	100	0	62	0	0	51	48	1.00
2695084--2695108	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2695842--2695868	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2696709--2696761	27	2.0	26	92	3	88	28	0	3	67	1.07
2705444--2705490	25	1.9	24	86	4	67	55	0	2	42	1.12
2705454--2705494	20	2.0	22	85	9	59	58	0	2	39	1.11
2705448--2705503	29	1.9	29	82	7	69	62	0	1	35	1.06
2716049--2716076	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2717542--2717619	40	2.0	40	92	0	129	41	5	17	35	1.72
2719868--2719901	16	2.1	16	89	10	52	23	2	2	70	1.15
2720781--2721201	118	3.6	117	78	12	459	28	21	15	34	1.94
2720781--2721201	60	7.2	56	73	16	263	28	21	15	34	1.94
2720771--2721201	58	7.4	59	77	14	339	27	21	16	34	1.94
2724902--2724949	12	3.7	12	77	20	51	47	0	10	41	1.37
2725080--2725436	83	4.3	83	93	0	572	37	4	3	54	1.38
2725258--2725391	45	3.1	45	64	22	115	36	4	5	53	1.44
2725618--2725675	20	2.9	20	84	0	80	12	29	22	36	1.90
2725598--2725675	40	2.0	40	87	5	113	14	30	21	33	1.93
2727870--2727961	30	3.1	30	84	6	98	26	6	5	61	1.42
2728730--2729130	60	6.8	57	79	11	384	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728730--2729130	55	6.8	55	78	13	326	33	15	18	32	1.92
2728730--2729133	117	3.5	115	85	7	469	33	15	18	32	1.92
2733042--2733077	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2735671--2735744	28	2.6	27	83	10	87	55	2	0	41	1.14
2760901--2760956	17	3.4	17	69	20	55	39	16	12	32	1.85
2760902--2760966	33	2.0	32	96	3	121	36	16	12	33	1.87
2762283--2762407	62	2.0	62	98	0	241	40	21	14	24	1.90
2776095--2776136	21	2.0	21	86	9	59	64	0	0	35	0.94
2776239--2776291	20	2.6	19	85	8	70	60	3	0	35	1.15
2776096--2776499	154	2.6	155	97	0	756	50	2	3	43	1.34
2776393--2776445	20	2.6	19	85	8	70	60	3	0	35	1.15
2776460--2776503	19	2.4	18	85	11	54	52	2	0	45	1.13
2776705--2776757	15	3.3	15	76	19	61	41	0	1	56	1.10
2776796--2776825	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
2776859--2776889	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2776953--2776978	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2780634--2780668	17	2.1	17	94	0	61	20	0	0	80	0.72
2785439--2785507	27	2.6	26	78	19	72	62	0	7	30	1.22
2804206--2804235	15	1.9	16	93	6	53	0	10	0	90	0.47
2806696--2806729	6	5.7	6	100	0	68	50	0	32	17	1.47
2808886--2808918	15	2.2	15	100	0	66	36	18	6	39	1.75
2808681--2809492	403	2.0	403	100	0	1624	36	12	12	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809289--2809321	15	2.2	15	100	0	66	36	18	6	39	1.75
2836230--2836292	18	3.4	17	78	8	54	39	1	1	57	1.18
2837078--2837144	29	2.3	28	85	7	89	46	1	14	37	1.55
2837741--2837795	27	2.0	27	85	0	74	21	21	30	25	1.98
2837902--2837968	25	2.7	25	90	6	109	49	4	19	26	1.67
2844142--2844241	23	4.3	23	87	9	148	12	24	24	40	1.88
2844142--2844241	48	2.1	46	89	7	148	12	24	24	40	1.88
2844206--2844280	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
2854786--2854819	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2856840--2856983	71	2.0	70	80	6	157	17	8	12	61	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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