genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18624214--18624289	34	2.2	35	81	6	84	46	2	1	50	1.24
18626060--18626266	30	7.0	30	76	14	135	33	26	3	37	1.73
18626059--18626375	59	5.4	60	76	15	224	32	25	5	36	1.78
18626135--18626300	29	5.6	30	75	14	125	33	25	4	35	1.77
18631886--18631916	1	31.0	1	93	0	53	3	0	0	96	0.21
18640881--18640979	33	2.9	34	73	21	84	49	1	1	48	1.14
18641862--18641902	21	2.0	21	85	0	55	29	12	14	43	1.82
18642396--18642447	9	5.6	9	80	8	50	26	0	1	71	0.97
18653330--18653388	30	1.9	31	89	3	93	22	13	10	54	1.69
18653635--18653676	17	2.6	16	82	10	50	69	4	7	19	1.31
18654021--18654050	15	1.9	15	93	6	51	23	3	6	66	1.30
18654798--18654848	17	2.8	18	82	8	59	31	0	3	64	1.11
18658180--18658253	28	2.6	29	97	2	141	51	8	13	27	1.69
18658180--18658268	28	3.1	29	85	6	94	53	7	13	24	1.66
18662895--18662960	29	2.2	29	83	2	78	30	15	12	42	1.83
18666662--18666699	17	2.2	18	80	4	51	44	0	7	47	1.32
18666965--18667005	18	2.4	17	87	4	55	56	4	2	36	1.34
18671060--18671122	26	2.4	26	81	0	81	22	19	0	58	1.39
18671079--18671344	136	1.9	138	84	6	362	24	15	8	52	1.70
18671588--18671681	47	2.0	47	97	0	179	42	24	9	23	1.84
18675632--18675678	15	3.1	15	96	3	85	76	0	6	17	0.98
18681674--18681723	21	2.4	19	78	18	55	46	8	24	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18684792--18684816	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
18685346--18685375	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18688811--18688923	58	1.9	58	89	3	174	32	0	20	46	1.57
18689744--18689805	2	31.5	2	96	3	117	48	0	0	51	1.00
18690720--18690899	37	4.9	37	90	0	272	12	21	32	32	1.91
18690818--18690877	21	3.1	20	68	22	56	11	21	31	35	1.90
18691339--18691383	23	2.0	23	86	4	65	42	2	13	42	1.56
18692126--18692184	31	1.9	31	82	0	73	38	10	15	35	1.81
18692963--18693031	27	2.5	27	83	9	77	37	2	1	57	1.22
18692963--18693040	38	2.0	39	80	7	88	38	2	2	56	1.27
18693845--18693890	21	2.2	21	92	0	74	52	0	2	45	1.13
18694887--18695140	29	8.5	30	76	7	178	37	27	3	32	1.73
18694931--18695150	90	2.5	89	81	8	250	37	25	2	34	1.70
18700775--18700845	12	5.8	12	78	20	60	81	4	12	1	0.90
18700798--18700831	15	2.3	15	94	0	59	88	8	2	0	0.62
18700786--18700844	16	3.6	16	81	9	66	83	5	10	1	0.88
18702125--18702385	50	5.2	50	69	12	169	38	19	26	14	1.91
18702119--18702387	101	2.7	101	86	3	366	39	19	26	14	1.90
18702397--18702898	92	5.5	92	94	0	896	32	14	19	33	1.93
18703156--18703196	16	2.5	16	88	4	55	39	4	2	53	1.35
18703153--18703208	28	2.0	28	85	0	76	39	3	1	55	1.28
18703173--18703228	11	5.0	11	82	4	67	41	1	1	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18703155--18703227	6	12.8	6	72	16	57	41	2	2	53	1.29
18703159--18703228	17	4.2	16	83	8	77	41	2	2	52	1.31
18703176--18703240	34	1.9	34	84	6	87	41	1	3	53	1.25
18705129--18705404	29	9.4	29	79	8	238	37	23	2	36	1.68
18705129--18705428	59	5.1	59	80	7	283	37	24	2	35	1.70
18705129--18705428	88	3.4	87	83	1	325	37	24	2	35	1.70
18705229--18705439	29	7.3	29	77	12	96	34	28	3	33	1.74
18705539--18705599	28	2.1	29	88	8	90	32	27	11	27	1.91
18705539--18705609	28	2.5	28	84	11	74	29	26	11	32	1.91
18705648--18705707	28	2.1	29	87	9	88	31	26	10	31	1.89
18705833--18705906	28	2.6	28	85	6	78	29	28	9	32	1.88
18707653--18707700	13	3.5	13	85	8	60	68	0	2	29	1.01
18710714--18711002	59	4.9	59	82	4	325	35	1	25	38	1.63
18710683--18711005	30	10.9	29	82	6	337	35	1	26	36	1.66
18711888--18711934	14	3.2	14	80	16	51	14	6	0	78	0.93
18711896--18711930	16	2.2	16	90	10	54	11	5	0	82	0.82
18712554--18712593	12	3.3	12	86	10	55	52	2	0	45	1.14
18713069--18713211	42	3.4	41	83	5	180	26	13	30	29	1.94
18713471--18713983	49	10.5	49	76	5	421	18	24	17	38	1.93
18713507--18714013	98	5.2	98	87	0	701	19	25	17	37	1.93
18716066--18716109	8	5.4	8	81	13	54	0	20	0	79	0.73
18716067--18716107	21	2.0	21	90	0	64	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18720307--18720571	29	8.9	30	71	13	158	37	1	25	35	1.67
18720315--18720571	30	8.6	30	75	7	193	36	1	26	35	1.68
18720307--18720569	59	4.4	61	81	3	295	37	1	25	35	1.67
18725501--18725541	3	14.7	3	85	14	61	0	29	0	70	0.87
18725499--18725541	20	2.1	21	91	4	70	0	27	0	72	0.85
18725501--18725541	11	3.7	11	93	6	66	0	29	0	70	0.87
18726226--18726250	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18727753--18727807	28	2.0	28	85	7	76	69	3	9	18	1.30
18727753--18727807	27	2.0	26	86	10	74	69	3	9	18	1.30
18731555--18731585	6	5.2	6	92	0	53	0	0	12	87	0.55
18732254--18732315	26	2.4	26	81	10	65	54	8	4	32	1.51
18736124--18736506	140	2.7	139	83	7	506	27	20	20	31	1.97
18736490--18736753	36	7.3	36	80	5	264	26	23	13	35	1.92
18736495--18736752	72	3.6	73	82	5	301	27	23	13	35	1.92
18736829--18736859	14	2.2	14	94	0	53	51	19	3	25	1.62
18739612--18739903	36	8.1	35	80	7	291	26	23	14	35	1.93
18739612--18739903	144	2.0	145	86	3	401	26	23	14	35	1.93
18742551--18742591	3	13.7	3	94	0	73	0	31	2	65	1.05
18749430--18749456	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18753156--18753199	7	6.3	7	100	0	88	72	0	0	27	0.85
18767719--18767757	3	12.7	3	94	5	69	33	0	30	35	1.58
18774168--18774240	26	2.8	26	75	6	76	41	32	4	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782932--18782974	17	2.7	15	82	13	50	48	6	0	44	1.29
18782948--18782983	8	4.4	8	96	3	63	52	0	2	44	1.15
18784139--18784192	22	2.4	22	81	3	63	55	5	1	37	1.34
18787394--18787442	23	2.1	24	88	3	73	20	0	8	71	1.11
18787394--18787448	24	2.2	25	84	9	69	20	0	7	72	1.07
18788189--18788262	6	13.0	6	69	25	54	48	0	1	50	1.09
18788189--18788262	17	4.4	17	77	10	80	48	0	1	50	1.09
18790036--18790160	29	4.2	30	68	17	82	32	32	4	31	1.76
18790079--18790181	28	3.4	30	76	12	106	33	28	4	33	1.78
18790050--18790190	61	2.4	61	85	7	193	34	29	3	33	1.75
18794511--18794568	10	6.1	10	75	15	52	72	1	1	24	1.03
18794511--18794568	19	3.1	18	80	11	64	72	1	1	24	1.03
18801359--18801619	95	2.8	93	81	4	305	40	18	8	32	1.81
18803827--18803861	12	2.9	12	86	0	52	0	54	0	45	0.99
18803821--18803857	18	2.1	18	89	0	56	0	56	0	43	0.99
18806763--18806800	2	19.5	2	89	5	60	0	47	0	52	1.00
18808608--18808660	8	6.4	9	75	18	53	58	0	0	41	0.98
18808693--18808758	24	2.7	24	75	13	62	46	7	0	45	1.31
18808744--18808800	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
18818764--18819248	72	6.7	72	75	7	316	14	29	12	42	1.83
18818749--18819368	144	4.3	141	78	8	531	15	30	12	41	1.84
18819907--18820391	72	6.8	72	71	10	228	15	30	12	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18819892--18820395	144	3.5	143	77	7	398	15	30	12	41	1.84
18819882--18820510	287	2.2	283	81	4	694	15	30	12	40	1.85
18821035--18821653	72	8.7	72	75	4	491	15	30	13	40	1.85
18821039--18821651	144	4.3	143	76	6	562	15	30	13	40	1.86
18822176--18822800	72	8.7	72	75	3	497	15	29	12	42	1.84
18823335--18823739	72	5.6	71	74	8	291	15	29	12	42	1.83
18823650--18823911	135	2.0	131	85	10	347	13	29	15	41	1.85
18824007--18824070	18	3.5	19	79	10	71	0	25	18	56	1.42
18827603--18827661	25	2.3	26	76	5	66	64	5	3	27	1.30
18827831--18827898	31	2.3	31	79	5	77	55	4	13	26	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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