genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27880013--27880187	30	5.9	29	78	12	151	33	20	4	41	1.71
27880027--27880186	59	2.7	59	84	4	189	35	19	3	41	1.69
27880053--27880189	30	4.7	30	81	3	163	36	18	2	41	1.66
27884191--27884350	86	1.9	84	85	2	221	26	15	21	35	1.94
27897275--27897365	38	2.4	38	88	0	137	36	20	16	26	1.94
27905362--27905395	15	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
27911521--27911566	23	2.0	23	87	4	67	26	43	10	19	1.84
27912905--27913198	30	9.8	30	75	7	179	34	23	2	39	1.68
27912991--27913146	60	2.6	60	86	2	215	37	26	1	35	1.65
27912966--27913197	90	2.6	87	79	7	241	35	24	1	38	1.66
27916070--27916190	48	2.5	48	83	0	134	38	14	21	24	1.91
27916244--27916410	85	2.0	85	82	0	208	37	15	22	24	1.93
27916118--27916563	209	2.1	209	85	2	601	38	16	21	23	1.93
27916964--27917045	43	1.9	43	85	5	112	41	4	7	46	1.53
27918335--27918669	59	5.6	59	81	5	345	36	23	0	38	1.61
27918330--27918659	30	11.1	29	80	8	308	36	23	0	38	1.61
27920257--27920291	12	2.9	12	91	0	52	20	14	14	51	1.76
27920288--27920409	55	2.2	55	94	1	210	36	3	9	51	1.50
27920317--27920480	55	3.0	54	85	6	208	27	2	12	57	1.47
27920768--27920820	12	4.4	12	74	9	54	28	13	16	41	1.86
27920768--27920851	35	2.4	36	88	6	118	32	11	17	38	1.87
27920810--27920854	23	2.0	23	82	8	56	37	11	17	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27921501--27921555	27	2.0	28	92	3	94	47	12	14	25	1.80
27924508--27924763	29	8.8	28	68	24	131	31	4	32	32	1.77
27924471--27924819	59	5.9	59	85	4	370	31	4	30	32	1.79
27924564--27924832	29	9.2	27	69	18	132	31	2	31	33	1.73
27925978--27926013	15	2.4	15	90	0	54	36	8	2	52	1.46
27926591--27926655	17	4.0	17	78	11	73	53	0	4	41	1.21
27926604--27926674	11	6.5	11	72	15	58	56	1	4	38	1.28
27926602--27926667	31	2.2	29	89	5	96	56	0	4	39	1.20
27927210--27927280	28	2.6	26	82	10	79	29	4	4	61	1.33
27932698--27932985	156	1.8	156	92	0	486	37	22	13	26	1.91
27932698--27932988	52	5.6	52	89	0	429	37	23	13	26	1.92
27933529--27933564	18	2.1	16	90	10	54	30	16	0	52	1.44
27937309--27937377	31	2.2	31	94	0	120	15	37	4	42	1.68
27938164--27938221	30	2.0	29	83	10	73	39	6	12	41	1.69
27948054--27948098	20	2.3	20	88	3	65	44	0	2	53	1.13
27950992--27951030	16	2.5	15	84	8	51	43	0	2	53	1.14
27952496--27952550	8	6.5	8	77	10	56	36	0	1	61	1.06
27952506--27952553	25	1.9	25	86	0	69	41	0	2	56	1.11
27952493--27952550	9	6.7	9	82	6	50	37	0	1	60	1.07
27955149--27955173	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27955774--27955837	28	2.3	27	78	7	74	31	3	0	65	1.08
27956971--27957014	22	2.0	22	100	0	88	27	13	36	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27956973--27957020	22	2.2	22	92	0	78	31	14	33	20	1.93
27966931--27966997	29	2.3	29	81	0	80	31	2	29	35	1.73
27966985--27967189	30	7.0	29	77	6	189	36	4	24	34	1.76
27967022--27967188	88	1.9	87	87	3	246	37	3	24	34	1.73
27968887--27969210	39	8.4	38	69	14	119	25	18	31	24	1.97
27968843--27969015	78	2.2	78	81	2	186	24	14	33	27	1.94
27968997--27969181	74	2.5	72	74	11	192	25	18	30	24	1.98
27968999--27969204	77	2.7	75	78	6	222	25	18	32	24	1.97
27969520--27969615	49	2.0	49	80	0	111	19	28	16	35	1.94
27976124--27976223	29	3.5	28	75	11	87	28	5	29	38	1.78
27976237--27976404	59	2.8	59	84	6	232	37	4	24	33	1.75
27976219--27976401	30	6.2	30	80	5	192	35	4	25	34	1.76
27978233--27978310	27	2.9	27	96	0	138	41	20	11	26	1.87
27982347--27982389	20	2.1	21	84	16	56	4	18	4	72	1.20
28002790--28002866	29	2.6	30	82	15	90	25	11	6	55	1.59
28002803--28002889	31	2.8	31	75	16	90	26	10	5	57	1.54
28003943--28004030	29	2.9	30	91	5	142	34	4	9	52	1.54
28005299--28005395	50	1.9	50	83	4	124	41	19	11	27	1.86
28012402--28012436	16	2.2	16	94	0	61	34	8	11	45	1.71
28022931--28022973	22	2.0	22	86	9	61	58	6	0	34	1.25
28023389--28023422	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
28025964--28026025	26	2.3	26	81	13	65	62	1	1	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28027663--28027742	40	2.0	40	87	0	115	35	15	7	42	1.75
28051977--28052019	23	2.0	20	86	13	59	25	4	20	48	1.69
28054912--28054950	15	2.5	16	83	4	53	53	0	0	46	1.00
28054916--28054969	26	2.2	25	78	15	60	53	1	0	44	1.11
28058257--28058300	21	2.0	22	86	4	63	63	0	2	34	1.07
28058587--28058657	30	2.4	29	75	15	72	40	1	5	52	1.34
28058559--28058717	84	1.9	83	79	7	178	41	4	5	48	1.47
28060284--28060352	31	2.2	31	84	5	95	36	4	7	52	1.49
28060865--28060896	12	2.7	12	95	0	55	56	0	0	43	0.99
28062277--28062345	27	2.4	29	79	13	72	52	5	7	34	1.53
28064400--28064444	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
28068312--28068356	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
28069409--28069436	7	4.0	7	100	0	56	0	57	0	42	0.99
28071054--28071323	43	6.3	43	86	3	366	30	27	18	23	1.98
28071054--28071323	85	3.2	85	86	2	371	30	27	18	23	1.98
28071056--28071323	128	2.1	128	89	2	405	29	27	18	23	1.98
28073820--28074195	41	9.0	41	83	9	431	17	29	22	31	1.96
28073916--28073985	24	3.2	24	64	26	64	18	30	22	28	1.98
28074048--28074130	24	3.4	24	73	6	76	16	30	21	31	1.96
28074093--28074214	40	3.0	40	86	1	145	15	28	20	35	1.93
28075714--28075784	31	2.4	29	88	4	97	39	4	0	56	1.19
28075712--28075782	11	6.5	11	73	15	58	39	4	0	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28075761--28075795	17	2.1	17	88	0	52	45	2	0	51	1.16
28077420--28077894	162	2.9	162	96	0	880	25	16	13	44	1.84
28078022--28078159	29	4.8	28	71	18	104	29	31	5	34	1.79
28078021--28078159	59	2.4	59	90	3	210	29	30	5	33	1.81
28090221--28090699	68	6.8	69	86	7	515	34	16	19	30	1.94
28090303--28090482	37	5.2	37	70	15	168	33	15	21	30	1.93
28090334--28090514	31	5.5	31	70	14	146	35	16	19	27	1.94
28090493--28090695	76	2.7	76	88	3	284	33	17	17	31	1.93
28091038--28091071	17	2.0	17	100	0	68	41	23	23	11	1.87
28092624--28093098	162	2.9	162	95	0	862	25	15	13	45	1.83
28093226--28093481	29	8.8	27	72	19	178	31	30	4	33	1.78
28093226--28093481	59	4.4	58	89	4	372	31	30	4	33	1.78
28093226--28093516	118	2.5	117	90	2	433	30	30	5	34	1.80
28093226--28093519	59	5.0	59	80	9	314	30	30	5	34	1.80
28096264--28096323	30	2.0	30	96	0	111	15	10	21	53	1.70
28102710--28102810	36	2.8	36	90	0	130	38	18	26	15	1.91
28113784--28113822	18	2.1	19	85	4	53	64	0	5	30	1.15
28113783--28113830	22	2.2	22	88	3	71	64	0	4	31	1.12
28114096--28114154	30	2.0	30	86	0	82	49	6	1	42	1.39
28114185--28114220	6	6.0	6	100	0	72	16	0	50	33	1.46
28119084--28119180	11	8.5	11	73	13	61	47	0	2	50	1.12
28119102--28119193	37	2.5	34	83	11	103	50	0	1	48	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28119084--28119171	31	3.0	30	82	9	101	44	0	2	53	1.13
28119084--28119170	11	7.5	11	74	18	70	43	0	2	54	1.13
28119094--28119201	6	18.0	6	76	14	98	49	0	0	49	1.13
28119237--28119275	12	2.9	14	81	14	55	38	28	17	15	1.91
28119319--28119358	20	2.0	21	90	5	64	20	45	17	17	1.86
28120777--28120977	30	6.7	30	93	3	309	36	25	3	33	1.73
28120777--28120977	59	3.4	59	90	2	305	36	25	3	33	1.73
28120771--28121001	59	3.9	57	82	9	257	36	24	3	35	1.74
28120989--28121208	30	7.5	31	66	13	106	33	26	4	35	1.77
28120957--28121215	59	4.4	59	85	0	340	33	28	4	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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