genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18828519--18828547	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
18852201--18852271	28	2.5	28	95	0	124	16	25	12	45	1.83
18854153--18854186	1	34.0	1	93	0	59	2	97	0	0	0.19
18859711--18859744	7	4.9	7	100	0	68	14	41	14	29	1.86
18877095--18877886	201	4.0	201	85	4	1005	20	30	18	29	1.97
18877722--18878178	162	2.8	161	89	1	682	20	31	21	26	1.98
18887258--18887295	15	2.7	14	84	8	51	36	0	0	63	0.95
18890191--18890242	9	5.4	9	79	20	61	51	1	3	42	1.31
18890191--18890250	13	4.2	14	81	12	61	51	1	5	41	1.33
18890208--18890250	22	2.0	22	90	0	68	51	2	2	44	1.27
18892250--18892291	6	7.0	6	100	0	84	16	50	33	0	1.46
18899538--18899593	14	3.9	15	72	6	53	50	0	1	48	1.11
18899536--18899569	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
18899531--18899600	27	2.7	25	74	8	77	48	0	1	50	1.09
18899656--18899733	35	2.3	35	93	2	131	21	35	0	42	1.53
18900552--18900624	30	2.5	30	95	4	132	47	0	0	52	1.00
18900585--18900627	21	2.0	23	90	9	72	53	0	0	46	1.00
18908986--18909024	17	2.3	17	95	0	69	41	10	7	41	1.68
18909004--18909598	64	9.6	60	79	10	533	28	20	14	35	1.92
18909004--18909619	62	10.0	61	81	9	635	29	20	14	35	1.93
18909781--18909840	31	1.9	31	86	0	84	21	11	21	45	1.84
18913476--18913957	86	5.6	86	90	2	736	43	5	4	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18913476--18913957	256	1.9	261	90	3	778	43	5	4	45	1.48
18914054--18914124	22	3.2	23	80	7	85	35	33	5	25	1.79
18915143--18915185	21	2.2	20	83	8	52	32	6	2	58	1.38
18915884--18915940	25	2.3	24	87	3	78	19	38	35	7	1.79
18916493--18916546	28	1.9	28	96	0	99	22	12	3	61	1.47
18917424--18917683	61	4.0	70	79	14	229	35	16	20	28	1.94
18917495--18917704	62	3.4	62	86	3	280	36	18	19	26	1.94
18917358--18917721	123	2.9	121	78	12	380	35	17	18	28	1.94
18918136--18918185	18	2.8	19	77	14	54	52	0	2	46	1.12
18923001--18923027	8	3.4	8	100	0	54	88	0	11	0	0.50
18925048--18925082	7	5.0	7	100	0	70	71	0	0	28	0.86
18926694--18926743	17	3.1	16	75	18	50	36	4	2	58	1.29
18927935--18928120	93	2.0	93	92	0	309	37	11	16	34	1.86
18928615--18928679	22	2.9	22	82	15	71	29	0	4	66	1.12
18929772--18929810	20	2.0	20	90	10	62	53	0	0	46	1.00
18932264--18932338	29	2.8	28	75	20	79	65	0	5	29	1.15
18933576--18933622	23	2.0	24	87	4	69	42	0	42	14	1.46
18933655--18933727	29	2.4	30	91	8	114	46	2	0	50	1.15
18937696--18937757	29	2.1	31	82	11	76	35	4	9	50	1.57
18937713--18937777	32	2.1	31	85	5	87	41	6	10	41	1.65
18941089--18941202	28	4.1	28	81	0	111	23	19	23	33	1.97
18941299--18941353	28	2.0	28	92	0	92	27	18	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18941637--18943254	566	2.9	565	91	1	2627	33	18	21	27	1.96
18945625--18945674	21	2.4	21	86	0	64	46	16	12	26	1.81
18950565--18950756	103	1.9	103	83	4	253	35	12	24	27	1.91
18951316--18951360	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
18952154--18952213	21	2.8	22	87	5	79	13	10	3	73	1.21
18953884--18953959	26	2.9	26	94	0	125	19	11	38	30	1.88
18966415--18966470	23	2.5	22	82	2	67	58	14	1	25	1.45
18966522--18966567	3	14.7	3	86	8	65	67	0	2	30	1.03
18967635--18967762	7	18.7	7	80	4	118	34	21	23	20	1.97
18967688--18967774	14	6.3	14	83	1	86	31	20	25	22	1.98
18967662--18967774	21	5.5	20	79	7	79	32	21	23	22	1.98
18973826--18973867	3	13.7	3	90	5	57	64	0	4	30	1.14
18974930--18975002	7	10.7	7	77	5	60	36	24	19	19	1.94
18974930--18975008	20	3.9	20	78	3	86	37	24	18	18	1.94
18974930--18975002	34	2.1	34	85	5	94	36	24	19	19	1.94
18993159--18994569	469	3.0	469	96	0	2542	26	17	18	37	1.93
19019737--19019812	6	12.7	6	72	14	50	42	5	1	51	1.33
19019726--19019809	43	2.0	41	81	9	98	44	4	1	50	1.31
19020331--19020361	4	7.5	4	96	3	53	25	0	3	70	1.02
19021323--19021638	118	2.7	119	78	6	336	37	26	1	34	1.68
19021323--19021638	60	5.3	60	80	6	297	37	26	1	34	1.68
19021331--19021638	30	10.4	28	77	11	224	36	26	1	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19025969--19026033	17	3.8	17	79	16	71	67	7	0	24	1.16
19042410--19042470	32	1.9	32	86	6	88	27	6	9	55	1.57
19042856--19042962	51	2.2	48	83	5	124	32	3	9	54	1.50
19043591--19043721	23	5.7	23	78	9	106	44	20	22	12	1.85
19045367--19045528	79	2.1	79	100	0	324	27	25	8	38	1.85
19047006--19047134	54	2.3	56	87	7	176	29	17	19	34	1.94
19047148--19047572	60	7.1	59	75	12	341	27	19	16	36	1.93
19047148--19047572	61	7.1	59	76	11	323	27	19	16	36	1.93
19047193--19047572	61	6.4	59	76	10	337	26	19	16	37	1.93
19047620--19047666	23	2.0	24	87	4	69	59	0	12	27	1.34
19048175--19048266	30	3.1	30	88	3	123	30	4	3	61	1.31
19048176--19048257	18	4.2	18	70	22	58	31	3	2	62	1.26
19049067--19049253	59	3.2	59	78	9	195	41	14	17	26	1.88
19049271--19049503	60	4.0	57	77	10	188	36	15	18	28	1.92
19049400--19049516	54	2.2	53	86	6	164	29	16	19	34	1.94
19051244--19051282	19	2.0	20	90	9	64	69	5	12	12	1.35
19051289--19051322	17	2.0	17	88	11	52	70	2	2	23	1.15
19063499--19063550	11	4.6	11	90	2	77	51	0	1	46	1.12
19063501--19063550	5	8.8	6	85	14	63	50	0	2	48	1.12
19063508--19063550	17	2.6	16	85	7	59	51	0	0	48	1.00
19064726--19064758	15	2.2	15	94	0	57	15	18	21	45	1.85
19065181--19065254	32	2.3	33	84	9	91	20	9	8	62	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19065560--19065850	29	9.9	30	79	5	281	37	24	3	34	1.72
19065560--19065843	59	4.8	59	82	5	279	37	23	3	35	1.71
19065644--19065904	59	4.5	59	81	5	176	33	23	5	37	1.78
19065745--19065897	29	5.3	29	71	9	105	28	24	7	38	1.83
19066030--19066129	28	3.5	28	68	10	67	35	22	5	38	1.76
19065893--19066107	117	1.8	117	84	2	297	30	23	5	40	1.77
19067847--19067880	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
19067892--19067927	16	2.2	16	90	0	54	47	2	0	50	1.15
19068907--19068948	7	6.1	7	91	2	68	54	0	2	42	1.13
19068907--19068968	14	4.4	14	82	11	56	56	1	4	37	1.30
19073232--19073294	31	2.0	31	87	0	90	44	7	11	36	1.69
19074938--19074985	24	2.0	25	91	4	80	50	6	10	33	1.62
19074948--19074995	24	2.1	23	88	7	71	56	6	8	29	1.53
19075296--19075327	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
19083769--19083890	65	1.9	65	89	3	192	36	14	18	30	1.91
19085404--19085468	27	2.4	27	80	7	71	41	0	3	55	1.15
19089781--19089843	31	2.0	31	96	0	117	41	1	9	47	1.45
19090174--19090223	24	2.1	24	96	0	91	16	26	14	44	1.85
19094732--19094785	26	2.1	26	100	0	108	40	14	14	29	1.86
19108955--19109383	213	2.0	213	96	0	795	31	20	14	33	1.92
19110557--19110594	20	1.9	20	94	0	67	60	0	10	28	1.30
19113403--19113446	22	1.9	24	86	9	65	34	4	2	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19114052--19114088	19	1.9	19	89	10	58	45	2	13	37	1.58
19126341--19126378	3	12.7	3	94	0	67	31	31	0	36	1.58
19129216--19129254	15	2.5	16	83	4	53	79	2	2	15	0.95
19130218--19130370	59	2.6	59	91	1	243	47	11	16	24	1.80
19130218--19130370	31	5.1	30	68	24	99	47	11	16	24	1.80
19160416--19160480	30	2.2	30	94	5	114	52	0	0	47	1.00
19160416--19160487	29	2.4	29	86	6	101	50	0	0	50	1.00
19161491--19161534	22	2.0	22	86	8	63	50	2	0	47	1.13
19167422--19167524	23	4.5	22	80	3	116	11	16	24	47	1.80
19167422--19167524	46	2.2	46	87	0	143	11	16	24	47	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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