genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24799523--24799785	29	9.1	31	78	16	221	37	4	23	34	1.75
24799584--24799785	87	2.3	87	83	9	250	37	3	23	35	1.72
24801674--24801746	6	13.0	6	73	13	66	53	2	1	42	1.23
24801674--24801746	17	4.4	17	85	1	103	53	2	1	42	1.23
24801692--24801755	11	5.7	11	77	3	56	54	4	1	39	1.31
24801675--24801735	23	2.7	24	80	12	76	52	3	1	42	1.27
24801674--24801746	34	2.2	33	92	2	119	53	2	1	42	1.23
24806539--24806705	81	2.0	83	96	3	311	30	8	29	31	1.87
24813827--24813869	23	2.0	23	90	9	72	65	9	4	20	1.40
24813846--24813902	21	2.6	22	75	10	55	70	7	5	17	1.29
24813937--24813978	19	2.3	18	95	4	75	73	11	4	9	1.22
24816930--24817188	30	8.6	30	90	0	394	35	4	24	36	1.75
24817332--24817392	33	1.9	31	83	6	77	60	6	13	19	1.54
24818181--24818207	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24819027--24819103	6	13.7	6	76	13	74	58	1	0	40	1.06
24819018--24819109	27	3.3	27	82	7	105	55	2	1	41	1.19
24819034--24819115	11	7.4	11	76	14	71	59	2	0	37	1.11
24819027--24819103	17	4.6	17	79	11	79	58	1	0	40	1.06
24819492--24819610	31	3.7	31	71	14	107	28	20	17	33	1.95
24819447--24820222	68	10.9	68	86	8	964	28	19	17	33	1.95
24819390--24820222	220	3.9	218	86	7	1052	29	19	17	32	1.95
24819999--24820178	31	5.4	31	69	14	135	28	20	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24832323--24832610	30	9.7	30	92	2	424	34	3	24	36	1.74
24833596--24833622	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24834441--24834517	6	13.7	6	76	13	74	58	1	0	40	1.06
24834432--24834523	27	3.3	27	82	7	105	55	2	1	41	1.19
24834448--24834529	11	7.4	11	76	14	71	59	2	0	37	1.11
24834441--24834517	17	4.6	17	79	11	79	58	1	0	40	1.06
24835523--24835578	24	2.2	25	81	15	71	37	1	5	55	1.33
24835863--24835978	57	2.0	57	98	0	223	48	6	10	35	1.62
24844607--24844672	29	2.3	29	76	5	71	60	1	0	37	1.06
24844607--24844707	9	10.6	9	70	18	62	59	1	2	35	1.24
24846987--24847050	17	3.8	17	75	2	58	34	1	6	57	1.33
24848914--24849201	30	9.8	29	69	20	165	32	27	3	37	1.72
24848923--24849235	59	5.3	57	83	7	369	31	26	3	38	1.73
24848917--24849236	58	5.4	59	83	7	373	31	26	3	38	1.73
24853457--24853498	21	2.0	21	100	0	84	14	42	9	33	1.78
24856528--24856861	51	6.5	51	95	0	596	32	24	14	29	1.94
24860305--24860357	26	2.0	26	100	0	106	15	30	11	43	1.81
24861608--24861650	22	2.0	21	86	4	59	60	0	0	39	0.97
24865560--24865856	49	6.1	49	67	15	168	17	21	18	41	1.90
24865559--24865794	98	2.4	99	86	0	321	18	21	17	41	1.90
24878514--24878544	14	2.3	13	94	5	53	51	0	3	45	1.17
24880864--24881055	50	3.8	50	82	8	219	32	4	10	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24880865--24881055	99	1.9	104	84	5	266	32	4	10	52	1.56
24881514--24881709	81	2.4	83	86	4	283	27	12	13	46	1.79
24887455--24887480	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24891332--24891365	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
24893656--24893769	6	19.0	6	74	16	76	49	3	0	46	1.25
24893656--24893727	17	4.5	16	84	11	94	40	2	1	55	1.23
24893646--24893735	11	7.9	11	71	11	56	43	2	2	52	1.26
24893663--24893733	37	1.9	37	83	11	92	42	2	1	53	1.24
24895503--24895812	59	5.3	57	84	7	390	32	30	2	34	1.70
24895448--24895784	29	11.5	28	70	22	160	33	28	3	34	1.75
24895709--24895813	30	3.6	29	71	21	94	30	26	2	40	1.71
24895496--24895812	177	1.8	176	88	4	453	33	29	2	34	1.70
24895503--24895812	118	2.6	117	85	4	453	32	30	2	34	1.70
24913641--24913759	38	3.2	38	66	20	104	30	15	22	31	1.95
24913641--24914319	76	9.2	76	84	8	866	33	15	20	30	1.94
24913641--24914233	221	2.7	221	93	2	997	33	15	21	30	1.94
24913641--24914313	145	4.6	146	84	8	843	33	15	20	30	1.94
24914290--24914384	50	1.9	50	84	4	129	38	20	17	23	1.93
24914646--24914748	6	17.0	6	71	20	54	50	3	1	43	1.31
24914646--24914688	17	2.6	17	96	3	79	41	2	0	55	1.12
24916427--24916530	29	3.6	29	79	7	86	35	25	6	32	1.82
24916479--24916809	29	11.2	29	68	25	153	32	31	2	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24916481--24916892	59	7.0	59	82	3	483	31	31	3	33	1.74
24916481--24916857	177	2.1	176	87	3	544	31	31	2	33	1.73
24916746--24916851	30	3.6	30	72	16	105	31	27	2	38	1.71
24925462--24925520	20	2.9	20	76	18	59	49	38	0	11	1.40
24930572--24930632	18	3.4	18	95	0	113	55	0	0	44	0.99
24937244--24937336	48	2.0	47	89	6	143	9	53	3	33	1.50
24954894--24955382	58	8.4	58	85	4	628	34	4	28	31	1.77
24954894--24955382	29	16.8	29	70	22	266	34	4	28	31	1.77
24954925--24955382	117	3.9	117	89	2	656	34	4	28	31	1.77
24956401--24956465	31	2.1	32	85	8	89	46	4	3	46	1.39
24957224--24957284	6	10.0	6	84	15	81	52	0	0	47	1.00
24957224--24957277	20	2.8	20	91	8	85	51	0	0	48	1.00
24957645--24958321	76	8.9	76	87	4	926	32	19	15	33	1.93
24957918--24958267	38	9.3	37	67	23	169	31	18	15	34	1.92
24957645--24958321	151	4.5	150	87	3	939	32	19	15	33	1.93
24970304--24970359	27	2.1	26	80	9	60	30	8	26	33	1.87
24970340--24971063	58	12.4	57	86	5	868	36	2	29	32	1.72
24970405--24971062	29	22.6	28	70	22	366	36	2	28	32	1.72
24970340--24971063	116	6.2	115	85	5	965	36	2	29	32	1.72
24972072--24972136	31	2.1	32	85	8	89	46	4	3	46	1.39
24972879--24972993	11	9.8	11	71	18	72	48	0	2	48	1.15
24972895--24972993	6	16.8	6	74	22	86	51	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24972910--24972988	17	4.9	16	84	10	108	55	0	2	41	1.13
24974348--24974399	25	2.1	25	100	0	104	36	11	3	48	1.58
24974358--24974411	25	2.2	25	86	0	72	40	11	1	46	1.50
24976240--24976283	9	4.7	9	81	10	52	29	6	0	63	1.20
24976338--24976389	17	2.9	18	81	15	63	65	3	3	26	1.27
24976712--24976791	37	2.2	37	97	0	151	13	18	42	25	1.87
24977577--24977628	20	2.6	19	72	16	52	36	3	1	57	1.28
24977680--24977736	26	2.4	23	78	16	62	57	0	0	42	0.98
24979016--24979064	17	2.9	17	81	0	53	36	8	24	30	1.85
24985152--24985437	153	1.9	154	90	0	466	35	15	17	32	1.90
24985969--24986180	29	7.2	29	63	24	79	32	4	31	32	1.77
24985951--24986243	59	4.9	60	80	9	300	34	4	29	32	1.76
24985951--24986207	118	2.2	118	85	1	345	33	4	29	32	1.77
24986157--24986243	30	2.9	30	72	14	81	36	3	27	32	1.74
24987406--24987456	25	2.0	27	85	14	72	58	1	0	39	1.09
24987424--24987461	10	3.9	10	93	3	60	57	0	0	42	0.98
24987505--24987533	11	2.5	12	88	11	51	51	0	6	41	1.28
24988194--24988227	17	2.1	17	94	5	61	58	5	0	35	1.22
24989418--24989748	158	2.1	158	89	1	493	30	24	23	21	1.99
24989994--24990028	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
24991775--24992055	146	1.9	145	87	3	413	39	6	21	31	1.80
24991993--24992083	29	3.1	30	71	20	84	39	4	20	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24992066--24992198	28	4.7	29	78	12	125	32	3	27	36	1.75
24992061--24992198	58	2.4	58	84	8	174	31	3	27	36	1.74
24992061--24992199	29	4.8	29	79	10	135	31	3	27	37	1.74
24992061--24992198	57	2.4	58	82	10	176	31	3	27	36	1.74
24994045--24994100	17	3.2	17	82	12	53	57	0	1	41	1.09
24994076--24994121	16	2.6	17	83	13	58	58	2	2	36	1.22
24998405--24998737	158	2.1	158	81	2	393	31	24	21	23	1.98
25000311--25000455	59	2.4	60	81	2	175	35	4	28	30	1.78
25000410--25000536	29	4.4	29	73	10	100	34	2	26	36	1.70
25000432--25000571	58	2.4	59	83	7	162	40	1	22	35	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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