genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24235436--24235464	13	2.2	13	100	0	58	51	0	6	41	1.28
24237807--24238475	344	2.0	338	91	2	1088	34	20	15	29	1.93
24243447--24243511	18	3.9	16	71	20	53	27	1	1	69	1.07
24247292--24247331	18	2.4	17	87	8	55	40	5	22	32	1.76
24247434--24247476	18	2.5	17	85	7	59	20	18	16	44	1.87
24247849--24247995	23	6.3	23	79	7	145	44	20	22	12	1.84
24253486--24253651	88	1.9	87	82	7	210	39	19	16	23	1.92
24254590--24254823	82	2.9	82	88	1	328	38	14	9	38	1.78
24257111--24257153	21	2.0	22	86	9	61	58	27	2	11	1.46
24260044--24260090	25	1.9	25	86	4	69	31	19	8	40	1.81
24271848--24272068	30	7.5	31	71	21	161	34	27	2	35	1.70
24271839--24272074	59	4.0	59	90	0	391	33	29	2	34	1.71
24276587--24276629	18	2.4	18	84	7	61	44	0	2	53	1.13
24278405--24278755	59	6.0	59	89	2	519	33	29	2	35	1.71
24278405--24278754	175	2.0	177	89	2	544	33	28	2	35	1.71
24287334--24287376	17	2.3	20	88	11	65	18	0	4	76	0.95
24289177--24289211	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
24289902--24289963	17	3.8	17	76	6	65	38	0	6	54	1.26
24289923--24289983	27	2.3	27	85	0	77	42	1	3	52	1.27
24291797--24291989	29	6.6	28	82	5	215	37	29	1	32	1.64
24291797--24291986	58	3.2	58	86	1	245	37	28	1	32	1.64
24298745--24298820	6	12.8	6	94	2	136	31	15	0	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24304383--24304412	15	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24308211--24308348	69	2.0	69	85	0	186	13	22	21	43	1.86
24308211--24308358	23	6.4	23	83	3	163	12	22	20	43	1.86
24309464--24309544	36	2.3	35	85	8	103	54	3	3	38	1.36
24314622--24314661	19	2.2	18	86	13	55	35	0	0	65	0.93
24314620--24314661	10	4.2	10	76	11	50	38	0	0	61	0.96
24318095--24318143	25	2.0	25	83	0	62	36	0	4	59	1.17
24318134--24318167	10	3.5	10	88	8	52	52	0	0	47	1.00
24318131--24318167	19	2.0	18	89	5	56	54	0	0	45	1.00
24318128--24318175	19	2.8	16	79	14	51	47	0	2	50	1.12
24319693--24319823	62	2.1	63	88	4	194	44	1	2	51	1.23
24320290--24320328	21	1.9	20	89	5	60	64	5	2	28	1.28
24320290--24320332	20	2.1	21	86	4	61	67	4	2	25	1.22
24321434--24321467	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
24321931--24322002	36	2.0	36	97	0	135	34	6	13	44	1.71
24322066--24322420	170	2.1	169	98	0	692	37	9	21	31	1.86
24326580--24326617	5	7.6	5	100	0	76	63	0	36	0	0.95
24327488--24327564	34	2.5	29	82	14	84	49	0	1	49	1.09
24327517--24327566	13	3.2	16	75	18	61	46	0	0	54	1.00
24327517--24327574	29	2.0	30	86	3	82	46	1	1	50	1.22
24327515--24327584	29	2.5	27	78	13	70	50	1	1	47	1.19
24331549--24331718	59	2.9	58	78	8	182	43	0	2	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24331885--24331932	16	3.0	16	87	0	69	29	18	6	45	1.74
24331891--24331946	16	3.5	16	81	13	62	32	17	7	42	1.77
24333644--24333701	2	29.0	2	96	0	107	48	0	1	50	1.11
24336614--24336648	14	2.5	14	90	9	54	17	2	2	77	1.02
24342181--24342331	75	2.0	75	94	0	266	23	21	21	33	1.97
24368050--24368075	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24369025--24369079	27	2.0	27	85	0	74	40	1	5	52	1.35
24369043--24369160	6	20.0	6	74	19	106	45	4	0	50	1.21
24369043--24369148	17	6.4	16	85	10	126	44	3	0	51	1.19
24369044--24369146	11	9.5	11	72	13	79	44	3	0	51	1.19
24369054--24369160	31	3.6	30	80	10	87	46	4	0	48	1.23
24369055--24369160	48	2.2	46	82	12	133	47	4	0	48	1.23
24369838--24369921	3	27.3	3	81	4	96	60	2	2	34	1.22
24370641--24370669	14	2.1	14	93	6	51	75	0	6	17	1.01
24370874--24371206	162	2.1	161	89	1	506	26	17	12	44	1.84
24371280--24371430	29	5.2	29	75	17	143	33	27	2	36	1.71
24371266--24371532	59	4.6	59	84	3	324	29	29	4	35	1.78
24371266--24371526	116	2.2	117	85	2	353	30	28	4	36	1.77
24371455--24371561	29	3.8	27	75	19	85	27	30	10	31	1.90
24371514--24371572	27	2.1	27	87	9	84	30	28	13	27	1.94
24383640--24383897	38	6.8	38	69	14	183	32	16	17	33	1.92
24383640--24384246	76	7.8	76	78	9	666	34	15	17	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24383640--24384246	152	3.9	152	86	7	856	34	15	17	32	1.91
24383976--24384246	38	7.1	37	67	13	156	35	13	18	33	1.89
24383716--24384187	243	2.0	241	92	1	793	34	15	18	32	1.92
24383632--24384241	319	1.9	320	92	0	1033	34	15	17	32	1.92
24384535--24384596	11	5.8	11	77	7	56	40	4	1	53	1.32
24384545--24384617	6	12.0	6	70	18	53	46	5	0	47	1.25
24385405--24385731	162	2.0	160	89	1	492	26	16	11	44	1.82
24385810--24386018	29	7.1	29	66	23	107	35	27	0	36	1.64
24385796--24386118	59	5.5	59	85	2	443	32	27	2	36	1.71
24385797--24386123	177	1.8	177	92	0	555	32	27	3	36	1.72
24387895--24387964	4	17.2	4	79	8	70	64	0	34	1	1.03
24387895--24387964	33	2.2	32	89	2	104	64	0	34	1	1.03
24391095--24391141	21	2.2	21	88	0	67	29	17	31	21	1.96
24391250--24391274	12	2.1	12	100	0	50	0	48	0	52	1.00
24393145--24393193	16	3.2	16	75	16	59	34	0	6	59	1.22
24393386--24394026	95	6.8	95	92	2	1001	47	12	2	38	1.53
24393998--24394040	21	2.1	21	86	4	61	58	13	2	25	1.48
24394639--24394690	27	1.9	27	88	0	77	11	30	23	34	1.90
24395265--24395304	21	1.9	21	90	10	64	57	0	7	35	1.27
24396848--24396888	18	2.3	18	91	0	64	39	9	12	39	1.76
24401498--24401579	41	2.0	41	100	0	164	53	9	7	29	1.60
24402818--24402869	21	2.4	22	81	15	56	53	7	5	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24404169--24404217	24	2.0	24	100	0	98	51	16	8	24	1.71
24405349--24405396	23	2.1	23	100	0	96	29	0	37	33	1.58
24407411--24407463	27	1.9	28	85	11	74	43	3	1	50	1.30
24407802--24407874	31	2.4	31	100	0	146	26	5	16	52	1.65
24408690--24408730	15	2.6	16	75	21	50	60	12	2	24	1.43
24414455--24414512	29	2.0	29	93	0	98	50	13	10	25	1.74
24416305--24416364	21	2.9	21	82	0	66	35	3	3	58	1.31
24416376--24416421	20	2.3	20	84	0	56	43	13	2	41	1.55
24417502--24417541	15	2.7	16	77	14	50	22	5	2	70	1.19
24419304--24419366	27	2.4	27	94	2	110	34	30	3	31	1.74
24420281--24420353	36	2.0	36	94	0	128	50	1	20	27	1.56
24423311--24423353	11	3.9	11	78	0	50	18	13	11	55	1.68
24424207--24424263	20	2.8	21	75	20	59	52	1	0	45	1.11
24426252--24426296	12	3.9	12	80	13	51	51	0	0	48	1.00
24426224--24426342	63	1.9	62	86	5	170	49	3	2	44	1.32
24426262--24426304	22	1.9	23	81	13	54	48	0	0	51	1.00
24426251--24426306	20	2.5	22	78	13	62	51	0	0	48	1.00
24426749--24426797	18	2.7	18	83	0	62	34	20	8	36	1.82
24427784--24427823	11	3.5	11	89	3	62	52	2	0	45	1.14
24427784--24427832	22	2.2	21	86	13	64	51	2	0	46	1.12
24428567--24428597	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
24429214--24429244	8	3.8	8	91	8	53	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24429217--24429246	9	3.4	9	95	4	53	66	0	33	0	0.92
24429792--24430004	29	7.2	30	75	9	159	35	21	5	38	1.76
24429792--24430004	59	3.6	58	75	6	185	35	21	5	38	1.76
24431169--24431220	21	2.6	20	81	6	61	55	1	9	32	1.43
24442104--24442134	10	3.0	10	90	9	53	0	12	0	87	0.55
24444177--24444648	49	9.6	49	67	8	258	17	24	18	39	1.92
24444205--24444652	99	4.5	99	85	2	596	18	24	17	39	1.92
24444205--24444651	197	2.3	198	87	1	646	18	24	17	39	1.92
24452801--24452846	23	2.0	23	82	0	56	34	10	19	34	1.87
24453055--24453138	42	2.0	42	93	4	143	47	20	0	32	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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