genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25001601--25001673	3	23.3	3	76	13	67	34	4	0	61	1.15
25001580--25001628	16	3.1	15	80	16	55	36	0	2	61	1.08
25001604--25001673	16	4.6	16	70	20	51	34	4	0	61	1.16
25001955--25002006	27	1.9	27	84	0	68	32	19	13	34	1.90
25002454--25002504	24	2.1	24	88	0	75	56	1	3	37	1.29
25002438--25002486	18	2.8	17	87	12	64	55	4	2	38	1.31
25002974--25003261	49	5.8	49	72	11	196	17	26	20	36	1.94
25002958--25003401	99	4.5	98	81	7	424	15	24	21	38	1.92
25003026--25003365	48	7.0	48	77	10	244	15	25	21	38	1.92
25003127--25003506	195	1.9	196	81	7	450	15	23	21	40	1.91
25003382--25003494	50	2.3	50	83	9	133	15	21	19	43	1.88
25005266--25005297	16	2.0	16	100	0	64	12	18	12	56	1.67
25006952--25006985	11	3.2	11	91	4	52	64	0	0	35	0.94
25006940--25006989	11	3.8	13	73	23	50	64	0	0	36	0.94
25008039--25008245	29	7.1	29	78	12	144	34	27	4	33	1.77
25008039--25008210	29	5.9	29	80	9	163	36	26	4	33	1.75
25008185--25008473	116	2.5	116	82	5	298	30	25	5	38	1.79
25008228--25008473	58	4.2	57	77	11	214	30	23	5	40	1.78
25008338--25008418	29	2.8	28	68	14	74	29	25	4	39	1.77
25008228--25008473	116	2.1	117	85	5	329	30	23	5	40	1.78
25008228--25008502	116	2.3	117	82	7	326	30	23	6	39	1.79
25016491--25016829	58	5.8	57	72	9	224	39	3	24	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25016514--25016776	117	2.3	117	82	5	311	39	3	24	32	1.72
25016723--25016853	29	4.5	29	73	10	97	39	4	22	32	1.75
25016723--25016853	30	4.5	30	72	13	94	39	4	22	32	1.75
25017907--25017987	3	26.3	3	82	9	101	34	3	0	61	1.14
25017889--25017987	12	8.0	13	80	4	64	36	3	1	59	1.20
25018803--25018868	18	3.7	18	84	8	82	53	4	3	39	1.37
25018803--25018872	6	11.8	6	71	7	54	51	4	2	41	1.36
25018807--25018862	29	2.0	28	85	3	76	55	5	3	35	1.40
25018836--25018886	24	2.1	24	88	0	75	56	1	3	37	1.29
25018788--25018868	17	4.7	17	79	7	83	50	3	3	41	1.38
25021737--25021785	9	5.3	9	81	11	55	28	6	2	63	1.30
25022180--25022247	29	2.2	32	82	12	81	51	1	0	47	1.09
25025720--25025888	30	5.8	28	71	20	114	39	4	25	30	1.76
25025720--25025920	59	3.4	59	86	2	280	37	4	26	30	1.78
25026722--25026758	19	1.9	19	88	0	56	48	18	21	10	1.78
25026948--25026991	7	6.3	7	79	10	54	43	2	0	54	1.12
25026947--25027008	10	6.5	10	75	15	51	45	1	0	53	1.10
25026951--25026989	15	2.8	13	88	7	51	43	2	0	53	1.14
25026921--25027023	47	2.1	47	82	5	116	43	3	0	51	1.26
25027735--25027775	6	7.0	6	81	13	50	48	0	0	51	1.00
25029174--25029214	7	5.9	7	100	0	82	58	0	29	12	1.34
25029163--25029221	21	2.8	20	80	17	66	57	1	30	10	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25030274--25030417	23	6.2	23	81	9	157	11	25	21	41	1.87
25034018--25034055	17	2.3	17	86	4	51	76	10	5	7	1.15
25037163--25037188	7	3.7	7	100	0	52	0	42	0	57	0.98
25043010--25043049	16	2.5	16	91	0	62	32	7	30	30	1.85
25043212--25043370	58	2.7	58	83	6	207	52	1	1	43	1.23
25047823--25047861	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
25061815--25061858	6	7.3	6	89	0	61	13	65	2	18	1.36
25061802--25061843	21	2.0	21	90	0	66	11	66	2	19	1.34
25061809--25061848	12	2.9	15	75	21	50	12	67	0	20	1.22
25061908--25061942	18	1.9	18	88	0	52	11	65	2	20	1.37
25061911--25061958	21	2.3	21	78	7	53	18	62	2	16	1.42
25061962--25062002	12	3.4	12	82	0	55	29	43	12	14	1.82
25062038--25062068	3	10.3	3	100	0	62	32	67	0	0	0.91
25063196--25063264	29	2.3	29	85	5	84	57	7	2	31	1.40
25064043--25064108	29	2.3	29	84	7	82	62	6	3	28	1.34
25064416--25064472	22	2.6	21	81	10	62	54	1	0	43	1.10
25064458--25064501	19	2.2	20	88	8	63	75	0	0	25	0.81
25064458--25064502	20	2.3	18	82	17	54	73	0	0	26	0.84
25065279--25065304	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25067679--25067757	41	1.9	41	84	0	104	39	11	7	41	1.70
25068445--25068584	9	14.7	10	70	19	86	34	0	3	62	1.13
25068473--25068585	28	4.0	26	75	14	93	35	0	2	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25068435--25068583	28	5.2	28	75	13	81	32	0	4	63	1.13
25068617--25068673	19	3.1	18	77	7	60	28	0	5	66	1.13
25068820--25068871	25	2.1	25	82	7	61	30	5	3	59	1.39
25078995--25079143	23	6.4	24	88	6	148	11	22	22	43	1.85
25079016--25079151	46	2.9	46	91	3	211	12	20	22	44	1.84
25079016--25079164	69	2.2	69	84	6	194	12	21	22	44	1.85
25086357--25086505	23	6.4	24	88	6	148	11	22	22	43	1.85
25086378--25086513	46	2.9	46	91	3	211	12	20	22	44	1.84
25086378--25086526	69	2.2	69	84	6	194	12	21	22	44	1.85
25093938--25094016	39	2.0	39	97	0	149	49	16	5	29	1.67
25094120--25094431	96	3.2	97	85	3	387	38	16	25	18	1.92
25094170--25094482	48	6.4	48	76	9	285	38	17	25	19	1.93
25094307--25094579	50	5.5	50	78	8	209	40	16	24	18	1.90
25102912--25102992	29	2.7	29	80	5	90	51	16	3	28	1.61
25103752--25103802	25	2.0	25	88	0	75	56	9	7	25	1.58
25106117--25106175	21	2.8	22	92	5	88	13	33	28	23	1.93
25107460--25107503	22	1.9	24	86	9	65	43	2	0	54	1.12
25108329--25108373	25	1.9	22	86	13	63	35	15	13	35	1.87
25116635--25116676	16	2.6	17	77	11	52	23	28	0	47	1.52
25121009--25121057	18	2.6	19	77	6	55	69	2	4	24	1.17
25121160--25121201	18	2.3	18	83	0	57	50	7	0	42	1.30
25140185--25140222	18	2.1	18	90	0	58	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25142337--25142369	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25146209--25146238	14	2.1	15	93	6	53	0	0	56	43	0.99
25148433--25148654	113	2.0	112	94	2	392	41	15	10	31	1.81
25153430--25153463	11	3.1	11	91	0	59	35	14	20	29	1.93
25154796--25154843	19	2.5	19	80	6	53	29	0	6	64	1.18
25159215--25159247	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
25167173--25167626	156	2.9	156	90	2	687	26	19	22	31	1.98
25181931--25181971	17	2.4	17	83	0	55	29	7	12	51	1.66
25182637--25182686	23	2.2	22	82	3	55	72	2	0	26	0.96
25183192--25183236	23	2.0	23	90	0	72	13	15	4	66	1.39
25183199--25183242	23	1.9	23	90	0	70	18	13	4	63	1.46
25183345--25183584	119	2.0	123	85	7	330	29	15	10	45	1.79
25189263--25189607	29	11.9	29	79	6	299	34	26	3	35	1.73
25189318--25189596	87	3.2	88	88	5	399	34	25	2	37	1.71
25190893--25190947	17	3.2	17	89	5	83	56	0	1	41	1.10
25191181--25191229	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
25193529--25193569	19	2.2	19	86	0	55	29	12	21	36	1.90
25196115--25196150	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
25201448--25201516	24	2.8	24	74	12	68	43	0	0	56	0.99
25202105--25202163	19	3.2	19	79	13	61	69	3	0	27	1.04
25208292--25208321	14	2.1	14	93	0	51	73	0	3	23	0.98
25219607--25219689	6	14.0	6	74	20	68	43	3	1	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25219616--25219681	25	2.8	23	78	13	71	42	4	1	51	1.31
25231434--25231841	76	5.5	75	83	7	483	33	16	18	31	1.93
25231521--25231792	38	7.4	37	64	24	121	33	16	18	31	1.93
25231434--25231841	144	2.7	149	82	8	490	33	16	18	31	1.93
25232208--25232274	6	11.0	6	74	19	59	44	4	0	50	1.22
25232208--25232265	25	2.4	23	91	5	89	41	5	0	53	1.23
25235957--25236001	19	2.4	19	85	11	65	35	0	0	64	0.94
25238591--25238636	23	2.0	23	87	12	67	52	4	2	41	1.33
25238658--25238703	22	2.1	22	91	0	74	50	36	4	8	1.53
25238744--25238800	16	3.6	16	83	2	71	24	40	15	19	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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