genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  4  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1294735--1294766	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1300824--1300852	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1305228--1305267	17	2.3	17	87	12	55	37	0	2	60	1.11
1305226--1305269	18	2.4	18	82	17	56	38	0	2	59	1.10
1311716--1311838	54	2.3	54	84	6	160	49	11	7	31	1.66
1312279--1312312	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
1312576--1312643	34	1.9	34	82	5	82	36	4	1	57	1.28
1315718--1315770	18	2.9	18	75	10	63	50	5	22	20	1.69
1315872--1315972	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
1317237--1317378	70	2.0	70	100	0	284	40	19	5	34	1.75
1320624--1320649	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
1324377--1324433	27	2.1	28	81	12	66	64	1	10	22	1.34
1325112--1325139	13	2.2	13	100	0	56	28	7	35	28	1.84
1330207--1330263	24	2.4	24	90	0	87	52	8	12	26	1.67
1332912--1332940	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1333535--1333576	20	2.1	20	100	0	84	30	19	4	45	1.71
1334399--1334443	23	2.0	23	91	4	74	28	0	2	68	1.01
1334430--1334468	20	1.9	21	94	5	71	51	0	0	48	1.00
1339010--1339177	59	2.8	60	76	9	182	42	1	2	52	1.24
1339343--1339411	16	4.3	16	74	7	68	28	24	5	40	1.78
1340708--1340870	58	2.7	59	75	9	170	26	21	15	36	1.93
1340879--1341025	58	2.6	56	77	9	127	40	14	11	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349671--1349709	18	2.2	18	90	0	60	53	2	2	41	1.28
1355268--1355298	6	5.2	6	100	0	62	16	51	0	32	1.44
1355636--1355660	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1372162--1372187	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
1386623--1386658	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1404917--1404945	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1409254--1409365	54	2.1	54	100	0	224	19	23	14	42	1.88
1409268--1409353	27	3.2	27	61	12	68	20	19	16	43	1.88
1431504--1431529	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1437146--1437211	31	2.2	31	91	2	107	40	24	12	22	1.88
1438662--1438734	30	2.4	31	86	6	96	20	13	17	47	1.81
1441377--1441416	12	3.3	12	92	0	62	25	0	42	32	1.55
1441377--1441417	3	13.7	3	84	0	55	26	0	41	31	1.56
1446153--1446183	16	1.9	16	93	0	53	38	0	22	38	1.54
1446422--1446472	27	1.9	27	92	4	86	49	3	11	35	1.58
1447420--1447498	33	2.4	34	79	10	85	62	1	1	35	1.12
1448111--1448177	27	2.5	27	87	0	89	19	29	31	19	1.96
1448130--1448192	27	2.3	27	91	0	99	20	33	30	15	1.94
1448362--1448392	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1459918--1459946	6	4.8	6	100	0	58	0	65	17	17	1.27
1475263--1475310	23	2.1	24	84	7	64	62	10	0	27	1.27
1477038--1477067	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1481298--1481346	19	2.5	19	76	6	53	48	14	2	34	1.55
1488729--1488826	23	4.2	23	82	10	126	11	24	22	41	1.86
1488730--1488806	25	3.2	25	76	14	72	10	25	20	42	1.84
1492867--1493012	23	6.4	22	87	7	161	11	23	22	42	1.86
1492888--1493058	23	7.4	23	85	6	213	12	22	22	43	1.86
1492867--1493061	46	4.2	44	82	9	205	11	23	21	43	1.85
1492888--1493061	69	2.5	69	87	5	237	12	21	21	44	1.85
1508058--1508115	22	2.8	20	80	10	62	56	5	0	37	1.21
1509663--1509714	23	2.3	23	74	6	54	42	0	1	55	1.10
1514272--1514305	17	2.0	17	100	0	68	41	5	17	35	1.74
1514301--1514325	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
1517514--1517543	15	2.0	15	100	0	60	20	6	0	73	1.05
1528159--1528184	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
1529118--1529159	22	2.0	22	85	4	59	30	4	7	57	1.47
1539005--1539033	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
1541998--1542063	34	1.9	34	81	6	80	65	6	1	27	1.25
1561739--1561774	5	7.2	5	93	0	54	0	0	16	83	0.65
1563510--1563552	22	1.9	23	90	4	70	44	13	2	39	1.57
1564930--1564984	24	2.3	24	81	9	69	40	0	7	52	1.29
1566294--1566337	23	1.9	23	90	0	70	25	4	25	45	1.72
1567444--1567494	14	3.8	14	71	7	52	54	0	0	45	0.99
1567433--1567496	27	2.4	26	80	10	76	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1570087--1570512	59	7.2	59	88	3	592	35	3	27	32	1.75
1570080--1570512	235	1.8	235	91	1	715	35	4	28	31	1.76
1571214--1571263	18	2.6	19	87	6	66	40	8	0	52	1.31
1572400--1572500	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
1580301--1580376	6	12.8	6	72	13	59	55	1	3	39	1.27
1580302--1580376	17	4.6	17	83	9	93	56	1	4	38	1.27
1581272--1581317	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
1609840--1609874	11	3.1	11	91	4	52	65	0	2	31	1.07
1610128--1610173	22	2.0	25	83	12	62	41	0	6	52	1.27
1614075--1614379	149	2.0	149	97	0	574	25	15	16	41	1.88
1622165--1622196	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
1624692--1624758	32	2.1	32	83	13	84	13	23	0	62	1.30
1630334--1630363	3	10.0	3	100	0	60	0	0	66	33	0.92
1630707--1630837	39	3.4	39	90	0	190	16	3	60	19	1.51
1630935--1630993	24	2.5	24	86	5	75	22	3	57	16	1.54
1635100--1635137	17	2.2	18	90	9	62	34	2	0	63	1.09
1648152--1648185	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
1648515--1648581	31	2.2	31	83	5	82	40	7	13	38	1.73
1648670--1648729	23	2.7	23	84	5	79	33	0	3	63	1.11
1649687--1649879	96	2.0	96	97	0	368	29	25	19	26	1.98
1659528--1659671	71	2.0	71	89	2	218	40	6	2	49	1.44
1667633--1667696	30	2.1	30	82	5	76	45	3	1	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1669172--1669222	22	2.3	21	80	10	57	54	11	3	29	1.54
1670550--1670588	15	2.5	16	87	4	53	74	2	0	23	0.94
1669909--1670675	395	2.0	391	88	5	1145	43	8	10	37	1.69
1671482--1671508	11	2.5	11	100	0	54	37	14	7	40	1.74
1673620--1673660	6	6.8	6	100	0	82	14	34	0	51	1.43
1675612--1675637	12	2.2	12	100	0	52	26	15	23	34	1.94
1677240--1677268	7	4.1	7	100	0	58	31	13	41	13	1.84
1686385--1686434	23	2.1	25	85	14	70	62	4	2	32	1.25
1686505--1686557	28	2.0	26	85	7	70	58	1	7	32	1.37
1697582--1697644	29	2.2	28	83	13	83	34	3	1	60	1.22
1703963--1704003	19	2.1	19	86	9	55	4	17	21	56	1.60
1706648--1706705	25	2.6	21	74	25	57	31	3	6	58	1.41
1708571--1708604	14	2.3	15	90	5	52	52	2	0	44	1.16
1723549--1723690	74	1.9	74	88	0	212	22	22	13	41	1.88
1728113--1728159	24	2.0	24	83	8	60	48	0	4	46	1.21
1740753--1740783	16	1.9	16	93	0	53	41	12	9	35	1.76
1743071--1743163	36	2.6	36	85	0	132	12	47	20	19	1.82
1747199--1747237	17	2.3	17	90	0	60	64	2	7	25	1.33
1747839--1747875	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1752485--1752515	6	5.2	6	92	0	53	51	0	45	3	1.17
1766055--1766083	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
1766049--1766098	9	5.8	9	75	15	52	50	2	2	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1775292--1775360	29	2.4	27	80	17	77	42	2	4	50	1.37
1783134--1783171	20	1.9	20	100	0	76	47	10	2	39	1.52
1785765--1785789	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
1801646--1801672	5	5.4	5	100	0	54	81	18	0	0	0.69
1815748--1815792	3	15.3	3	81	4	56	57	2	35	4	1.31
1820260--1820284	4	6.2	4	100	0	50	0	48	24	28	1.52
1821085--1821111	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
1825565--1825603	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
1831262--1831318	28	2.0	28	96	0	105	29	31	7	31	1.84
1832745--1832777	16	2.0	17	94	5	59	15	0	6	78	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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