genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22387674--22387728	24	2.4	23	85	8	69	25	7	32	34	1.83
22400017--22400059	16	2.6	17	82	17	56	34	4	0	60	1.17
22400023--22400059	15	2.4	16	90	4	58	32	5	0	62	1.18
22402946--22402990	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
22413295--22413319	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
22414356--22414386	6	5.2	6	100	0	62	0	0	48	51	1.00
22415341--22415411	8	8.5	8	70	14	54	60	0	0	39	0.97
22415334--22415402	18	3.9	18	78	10	81	59	0	0	40	0.97
22415336--22415399	27	2.4	28	79	10	80	57	0	0	42	0.98
22415334--22415388	10	6.0	9	76	18	51	60	0	0	40	0.97
22415348--22415429	32	2.4	34	82	15	107	60	0	1	37	1.04
22415348--22415440	35	2.7	33	80	15	109	59	0	2	38	1.10
22415465--22415519	28	2.1	26	83	10	67	58	12	0	29	1.35
22415550--22415603	26	2.1	25	86	3	72	27	0	11	61	1.30
22415643--22415687	22	2.0	22	87	12	65	33	0	4	62	1.15
22415718--22415780	7	8.6	7	77	19	58	31	1	0	66	1.01
22415653--22415773	37	3.2	36	73	23	99	33	2	0	62	1.14
22417241--22417279	20	2.0	20	85	10	53	23	0	7	69	1.14
22433525--22433570	23	2.0	23	83	8	58	52	19	6	21	1.69
22437573--22437605	11	2.8	12	86	13	50	72	3	0	24	0.98
22437564--22437611	24	2.0	25	83	4	62	70	4	0	25	1.04
22446583--22446621	21	1.9	21	84	5	53	35	23	10	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22448426--22448468	18	2.4	18	100	0	86	53	0	0	46	1.00
22450692--22450772	18	4.5	18	66	10	58	44	2	12	40	1.55
22452320--22452356	15	2.4	16	82	13	51	81	8	0	10	0.89
22457350--22457401	14	3.9	13	90	9	79	38	30	15	15	1.88
22457349--22457401	7	8.2	6	93	6	70	37	30	15	16	1.90
22457829--22457861	6	5.5	6	96	0	57	3	36	45	15	1.61
22463578--22463611	14	2.4	14	85	5	50	82	0	0	17	0.67
22464385--22464419	17	2.1	17	88	0	52	40	2	5	51	1.40
22469670--22469720	21	2.4	21	86	0	75	54	9	1	33	1.44
22479106--22479242	28	4.9	27	68	21	95	48	16	3	31	1.64
22479120--22479250	41	3.1	41	69	20	126	47	17	4	30	1.68
22479103--22479286	84	2.2	83	98	0	350	46	17	4	30	1.70
22480370--22480411	17	2.5	17	88	0	66	40	28	7	23	1.81
22480989--22481039	26	2.0	26	84	7	68	62	5	5	25	1.41
22487729--22487756	7	4.0	7	100	0	56	28	28	0	42	1.56
22489685--22489761	17	4.6	17	81	3	93	35	2	5	57	1.35
22489687--22489776	11	8.0	11	72	14	60	37	3	4	54	1.37
22489687--22489777	6	16.0	6	70	14	50	38	3	4	53	1.37
22491547--22491995	29	15.4	29	75	9	229	36	25	3	34	1.74
22491673--22491968	88	3.4	86	78	9	253	36	27	3	33	1.74
22491542--22491920	59	6.4	59	75	9	258	36	26	3	34	1.73
22491945--22492016	29	2.5	29	81	6	83	33	20	4	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22492706--22493659	475	2.0	474	98	0	1863	31	17	13	37	1.89
22495553--22495585	16	1.9	18	88	11	52	33	0	3	63	1.10
22497183--22497536	192	1.8	194	80	7	434	45	9	6	38	1.63
22499230--22499302	30	2.2	33	86	11	98	46	2	1	49	1.24
22500706--22500758	13	4.1	13	82	0	61	33	5	22	37	1.78
22503123--22503161	3	13.0	3	88	0	60	33	5	33	28	1.79
22511194--22511233	16	2.6	15	85	14	55	62	2	0	35	1.09
22511212--22511260	24	2.0	24	84	4	62	48	4	0	46	1.20
22511996--22512046	15	3.5	15	72	5	50	58	3	3	33	1.35
22512230--22512263	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
22517537--22517566	13	2.2	14	94	5	53	16	10	6	66	1.41
22521379--22521416	19	2.0	19	94	0	67	15	2	5	76	1.08
22523507--22523560	3	18.3	3	96	3	101	33	0	0	66	0.92
22523495--22523534	17	2.4	17	86	0	53	37	5	0	57	1.21
22530978--22531007	14	2.1	15	93	6	53	46	6	23	23	1.75
22537951--22538042	31	3.0	31	100	0	184	32	9	15	42	1.79
22540286--22540366	40	2.0	40	100	0	162	23	14	9	51	1.72
22566193--22566318	31	4.0	31	80	6	121	43	12	12	30	1.80
22566254--22566328	31	2.4	31	85	12	93	40	14	12	33	1.83
22566193--22566327	62	2.2	63	78	9	143	41	14	13	31	1.84
22570431--22570458	4	7.0	4	100	0	56	75	25	0	0	0.81
22571147--22571248	35	2.9	35	98	1	197	22	8	5	62	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22576147--22576173	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
22579815--22579872	30	1.9	30	96	0	107	44	13	0	41	1.44
22579816--22579872	16	3.6	16	73	20	57	45	14	0	40	1.44
22582405--22582438	13	2.5	13	90	4	50	58	0	0	41	0.98
22600457--22600517	23	2.7	22	87	5	77	27	13	19	39	1.89
22600457--22600495	12	3.3	12	78	7	53	20	15	23	41	1.90
22600484--22600529	23	2.0	23	87	8	67	39	8	17	34	1.80
22601231--22601282	9	5.8	9	82	13	63	73	1	0	25	0.94
22601228--22601282	18	3.0	20	79	15	73	69	3	0	27	1.05
22601328--22601397	10	7.9	9	74	16	58	62	2	1	32	1.18
22601234--22601397	19	8.7	18	68	21	52	62	3	2	31	1.26
22601348--22601409	18	3.4	18	80	4	61	61	1	1	35	1.16
22601708--22601757	17	3.1	17	81	16	61	68	0	0	32	0.90
22601708--22601749	8	5.0	8	86	11	57	69	0	0	30	0.89
22601711--22601763	17	3.1	18	82	12	51	67	0	0	32	0.91
22602375--22602408	15	2.3	15	90	10	52	52	0	0	47	1.00
22602374--22602412	16	2.5	17	84	16	57	53	0	0	46	1.00
22602397--22602435	10	3.8	10	83	6	51	48	0	0	51	1.00
22604514--22604562	16	3.1	17	77	11	50	51	2	0	46	1.12
22605138--22605199	30	2.2	26	83	11	70	29	4	9	56	1.52
22605206--22605259	24	2.2	24	93	0	90	40	12	14	31	1.84
22608564--22608631	6	11.5	6	79	7	77	39	0	2	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22608571--22608627	11	5.0	11	82	4	60	40	0	1	57	1.09
22608536--22608664	17	7.4	16	78	14	116	40	2	3	53	1.32
22608536--22608664	35	3.7	33	82	12	143	40	2	3	53	1.32
22609353--22609411	25	2.4	23	86	10	82	47	1	1	49	1.21
22609353--22609413	24	2.5	25	89	7	90	47	1	1	49	1.21
22610363--22610406	13	3.5	12	81	9	52	77	2	15	4	1.04
22610357--22610406	22	2.1	25	85	10	70	76	2	16	6	1.08
22611199--22611299	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
22616488--22616532	24	2.0	24	86	8	67	77	2	15	4	1.02
22617318--22617449	29	4.5	29	69	16	85	35	28	2	33	1.70
22617444--22617481	10	3.8	10	85	0	58	39	7	2	50	1.46
22618519--22618641	29	4.2	29	68	20	87	37	28	2	31	1.70
22618578--22618729	30	5.1	30	65	21	86	34	32	2	30	1.72
22618548--22618744	59	3.3	59	86	6	283	34	32	2	30	1.69
22618548--22618782	59	4.0	60	82	8	184	32	31	3	31	1.76
22622979--22623003	12	2.1	12	100	0	50	52	8	32	8	1.60
22630814--22631013	38	5.3	38	67	21	141	33	16	18	33	1.92
22630812--22631375	76	7.3	76	73	13	411	32	15	18	33	1.92
22631295--22631472	92	1.9	93	85	3	243	32	15	19	32	1.93
22631929--22632039	17	6.4	17	88	7	161	40	0	2	55	1.20
22631929--22632039	35	3.2	34	91	5	161	40	0	2	55	1.20
22631957--22632039	6	14.2	6	76	13	84	42	0	1	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22631957--22632037	11	7.0	11	76	12	58	41	0	1	56	1.07
22631929--22632039	52	2.1	52	88	6	163	40	0	2	55	1.20
22632053--22632109	29	2.0	29	96	0	105	45	7	19	28	1.76
22633693--22633723	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
22633698--22633742	16	2.9	16	83	6	56	53	4	0	42	1.21
22634289--22634350	30	2.2	26	83	11	70	29	4	9	56	1.52
22634350--22634421	24	3.0	23	85	2	90	43	12	12	31	1.80
22639354--22639763	175	2.4	173	87	1	568	33	15	13	37	1.87
22642116--22642277	30	5.4	30	86	3	204	40	3	19	36	1.69
22643407--22643456	22	2.4	21	90	9	77	52	6	0	42	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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