genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19183844--19183883	17	2.3	18	83	12	57	50	0	0	50	1.00
19183817--19183918	17	5.6	17	70	15	53	56	2	0	39	1.21
19184220--19184244	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
19184404--19184481	29	2.6	30	87	6	104	33	5	14	47	1.66
19196007--19196088	30	2.6	32	75	16	82	37	0	3	58	1.16
19199506--19199559	27	2.0	27	100	0	108	29	14	3	51	1.60
19206456--19206505	24	2.0	25	84	3	66	50	0	4	46	1.20
19210941--19210993	26	2.0	26	100	0	106	30	32	7	30	1.85
19211125--19211224	23	4.3	23	89	0	155	42	21	24	13	1.88
19211125--19211224	46	2.2	46	94	0	173	42	21	24	13	1.88
19221610--19221663	27	2.0	27	85	10	74	40	0	5	53	1.24
19230515--19230794	138	2.0	138	97	0	533	39	15	9	36	1.80
19230817--19230878	31	2.0	31	84	6	81	35	9	6	48	1.62
19231683--19231739	24	2.3	25	79	11	64	61	0	1	36	1.07
19235772--19235797	12	2.2	12	100	0	52	42	50	7	0	1.31
19246570--19246647	29	2.7	28	76	7	75	61	2	3	32	1.27
19246716--19246749	15	2.2	16	89	5	52	50	0	5	44	1.26
19248114--19248173	23	2.7	23	97	2	113	48	0	0	51	1.00
19248114--19248173	2	31.0	2	93	6	106	48	0	0	51	1.00
19248712--19248793	28	2.8	29	75	9	76	34	4	10	50	1.59
19254684--19254731	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
19255772--19255812	21	1.9	22	90	5	66	21	7	9	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19259369--19259407	19	2.1	19	90	0	60	48	0	0	51	1.00
19290519--19290565	24	2.0	24	83	8	60	70	2	2	25	1.10
19296684--19296732	10	5.0	10	82	5	64	14	0	0	85	0.59
19302172--19302240	21	3.1	21	74	14	59	52	0	13	34	1.40
19314729--19314769	12	3.5	12	86	3	57	53	7	0	39	1.29
19315454--19315488	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
19315466--19315526	31	1.9	32	90	9	99	44	4	3	47	1.41
19334242--19334343	31	3.3	31	70	20	79	51	3	6	37	1.47
19334723--19334774	22	2.4	22	83	3	61	23	5	13	57	1.57
19341345--19341369	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19349104--19349140	1	37.0	1	88	0	56	0	5	0	94	0.30
19349102--19349137	18	2.1	18	94	5	65	0	8	0	91	0.41
19356406--19356430	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
19361040--19361068	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
19363841--19363896	28	2.0	29	89	3	87	50	1	5	42	1.35
19365616--19365655	15	2.5	16	84	8	55	35	2	0	62	1.09
19365616--19365657	8	5.2	8	77	11	50	35	2	0	61	1.09
19369356--19369393	18	2.1	18	85	9	51	50	13	10	26	1.73
19377137--19377168	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19377149--19377331	90	2.0	90	100	0	366	52	6	5	35	1.51
19389999--19390114	40	2.9	41	81	2	144	31	6	17	45	1.72
19389999--19390121	41	3.0	41	81	2	149	30	5	16	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19390714--19390765	18	2.6	21	76	17	65	44	17	30	7	1.77
19390786--19390819	13	2.6	13	90	0	50	73	8	2	14	1.19
19392077--19392142	19	3.4	19	70	10	53	36	9	0	54	1.32
19392299--19392338	16	2.5	16	87	0	62	30	7	32	30	1.85
19392427--19392520	49	1.9	49	100	0	188	43	12	9	34	1.75
19392553--19392655	54	1.9	52	86	9	145	50	1	0	47	1.12
19392615--19392662	14	3.5	14	88	5	71	52	0	0	47	1.00
19396464--19396792	23	14.5	23	75	11	286	41	21	24	11	1.87
19396464--19396792	46	7.2	45	83	9	332	41	21	24	11	1.87
19396518--19396592	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
19396557--19396771	46	4.6	46	93	3	360	40	23	25	11	1.88
19402569--19402640	16	4.5	16	92	0	126	37	5	30	26	1.79
19402622--19402715	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
19402821--19402914	16	6.0	16	71	7	50	55	0	0	44	0.99
19402803--19402948	32	5.1	26	69	19	94	50	0	1	47	1.09
19402796--19402966	58	2.9	58	84	9	206	52	0	1	46	1.11
19402846--19402938	15	6.3	15	68	19	52	49	0	0	50	1.00
19406618--19406666	25	2.0	25	100	0	98	28	20	6	44	1.75
19407484--19407900	139	3.0	139	93	4	704	42	20	14	23	1.88
19408707--19408797	39	2.4	35	75	20	92	38	9	35	16	1.82
19413134--19413178	18	2.4	19	88	7	65	13	26	0	60	1.34
19414906--19414948	15	2.9	15	77	16	54	76	0	11	11	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19427328--19427387	29	2.0	31	87	6	88	46	11	15	26	1.79
19430656--19430695	21	1.9	21	84	0	53	12	10	2	75	1.15
19433595--19433650	29	1.9	30	89	7	89	28	0	12	58	1.34
19435050--19435109	29	2.1	28	87	6	84	41	1	1	55	1.20
19435067--19435110	14	3.0	15	80	6	63	36	4	0	59	1.18
19435064--19435109	15	3.1	15	81	6	67	39	2	0	58	1.10
19437602--19437635	17	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
19437624--19437684	31	1.9	32	90	3	97	50	1	4	42	1.33
19439468--19439498	3	10.3	3	92	0	53	67	29	0	3	1.06
19439470--19439501	15	2.1	15	100	0	64	68	25	0	6	1.12
19440605--19440737	50	2.7	50	87	0	203	27	14	17	40	1.88
19446307--19446359	25	2.1	26	86	10	74	41	20	24	13	1.88
19454302--19454343	2	21.5	2	90	4	68	47	0	0	52	1.00
19454552--19454587	19	1.9	19	88	5	56	22	8	5	63	1.43
19457372--19457406	7	4.9	7	89	3	52	34	0	0	65	0.93
19461345--19461400	29	1.9	29	82	7	69	25	3	3	67	1.22
19472649--19472810	85	1.9	86	96	1	299	20	25	12	41	1.87
19474279--19474316	20	1.9	20	84	10	51	50	0	13	36	1.42
19474749--19474808	20	3.0	20	70	18	54	45	0	3	51	1.17
19474967--19475000	7	4.9	7	85	0	50	14	11	41	32	1.82
19478541--19478578	20	1.9	20	84	10	51	50	0	13	36	1.42
19479012--19479071	20	3.0	20	70	18	54	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19479229--19479262	7	4.9	7	85	0	50	14	11	41	32	1.82
19480865--19481107	131	1.9	131	97	0	459	37	12	18	30	1.89
19484038--19484096	27	2.2	27	87	0	82	37	11	13	37	1.82
19485533--19485574	21	2.0	21	85	0	57	35	23	9	30	1.87
19493100--19493158	31	1.9	31	89	0	91	44	13	16	25	1.85
19499146--19499185	21	1.9	21	89	0	62	52	2	0	45	1.14
19499334--19499388	16	3.4	16	80	12	60	30	29	3	36	1.75
19500191--19500224	14	2.4	14	90	0	50	20	0	11	67	1.21
19502619--19502654	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
19504276--19504318	22	2.0	22	90	0	68	60	2	4	32	1.30
19507328--19507359	16	2.0	16	100	0	64	25	12	25	37	1.91
19507382--19507486	52	2.0	52	100	0	210	34	13	19	33	1.90
19511583--19511627	18	2.3	20	81	14	58	31	2	4	62	1.27
19512335--19512376	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
19517712--19517748	17	2.2	17	90	0	56	56	0	24	18	1.41
19522561--19522590	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
19526275--19526308	17	1.9	18	88	5	52	61	11	2	23	1.43
19527577--19527601	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
19533236--19533265	12	2.6	12	94	5	53	36	0	0	63	0.95
19536964--19537094	59	2.2	59	87	6	183	25	21	17	35	1.95
19538492--19538525	12	2.8	12	86	0	50	8	17	38	35	1.81
19540438--19540944	80	6.3	80	89	4	729	51	4	7	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19540438--19540944	157	3.1	157	89	6	725	51	4	7	36	1.49
19541087--19541129	16	2.7	16	100	0	86	44	9	0	46	1.35
19544551--19544812	59	4.4	60	83	5	286	32	16	20	29	1.95
19544727--19544853	56	2.3	54	90	2	191	29	16	23	30	1.96
19544727--19544853	54	2.3	55	89	2	175	29	16	23	30	1.96
19545581--19545650	26	2.7	26	97	0	131	38	4	0	57	1.19
19548687--19548751	24	2.8	23	86	6	78	38	18	12	30	1.88
19554715--19554755	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
19568707--19569009	150	2.0	150	100	0	606	28	21	17	32	1.96
19578868--19578902	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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