genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  52  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21347936--21347996	31	2.0	31	87	3	88	34	16	3	45	1.63
21349440--21349469	13	2.2	14	94	5	53	83	0	0	16	0.65
21351563--21351591	11	2.7	11	94	5	51	0	86	0	13	0.58
21372438--21372528	46	2.0	46	84	0	119	31	12	9	46	1.74
21378159--21378191	6	5.5	6	100	0	66	30	15	0	54	1.41
21379370--21379425	19	2.9	17	80	19	58	57	3	0	39	1.16
21383142--21383190	16	3.1	16	82	8	55	38	2	0	59	1.09
21390279--21390391	55	2.1	55	96	0	208	17	17	21	43	1.88
21395676--21395772	42	2.2	47	76	17	116	44	4	7	44	1.50
21395695--21395791	44	2.3	42	91	5	151	35	6	6	52	1.51
21396678--21396726	23	2.1	24	88	3	73	42	6	14	36	1.70
21405600--21405658	25	2.3	25	82	8	66	35	0	1	62	1.05
21405912--21405955	16	2.7	15	82	6	52	79	2	4	13	0.98
21410448--21410507	28	2.1	28	90	0	93	26	11	16	45	1.82
21415146--21415210	33	2.0	32	85	8	87	52	10	4	32	1.57
21419891--21419949	29	2.1	29	93	3	102	25	25	15	33	1.95
21424637--21424689	11	4.8	11	80	15	56	20	0	1	77	0.87
21424643--21424686	21	2.2	20	83	4	52	20	0	0	79	0.73
21426144--21426186	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
21428299--21428344	23	2.0	23	83	8	58	63	0	0	36	0.95
21428861--21428891	15	2.1	15	100	0	62	45	6	6	41	1.55
21431207--21431242	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21431210--21431242	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
21431822--21431893	27	2.6	28	78	8	85	69	2	2	25	1.15
21431830--21431864	18	1.9	18	88	0	52	65	2	2	28	1.21
21444317--21444915	301	2.0	300	95	1	1083	43	20	13	23	1.86
21448283--21448311	15	1.9	15	100	0	58	17	34	20	27	1.95
21450252--21450294	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
21451770--21451803	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
21460076--21460118	21	2.2	19	83	8	50	41	9	16	32	1.80
21461228--21461276	22	2.2	22	82	10	55	42	4	2	51	1.32
21461631--21461736	37	3.2	36	65	31	99	43	0	6	49	1.35
21461631--21461759	63	2.1	63	97	1	242	43	0	6	49	1.33
21465556--21465580	7	3.6	7	100	0	50	0	44	0	56	0.99
21472128--21472152	12	2.1	12	100	0	50	8	32	0	60	1.26
21472716--21472775	28	2.1	29	82	14	81	31	5	20	43	1.73
21475287--21475479	43	4.5	43	75	3	165	29	29	16	24	1.97
21475313--21475477	86	1.9	86	82	2	206	30	27	16	25	1.97
21485247--21485271	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
21488186--21488229	21	2.0	23	91	8	74	36	0	6	56	1.26
21488189--21488238	22	2.2	22	82	10	57	44	0	6	50	1.26
21488216--21488278	24	2.6	24	74	20	60	47	0	3	49	1.17
21488225--21488278	24	2.2	25	83	6	67	46	0	1	51	1.11
21488817--21488841	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21496909--21496960	20	2.5	22	81	9	72	51	0	0	48	1.00
21497054--21497093	18	2.2	18	86	8	55	50	0	2	47	1.14
21501253--21501341	9	9.8	9	72	15	67	67	1	0	31	0.98
21501243--21501341	18	5.4	18	74	12	60	66	2	0	31	1.03
21501253--21501343	20	4.9	19	70	17	66	68	1	0	30	0.97
21501237--21501322	26	3.3	25	84	12	102	67	2	0	30	1.03
21501486--21501612	9	13.4	10	69	20	69	31	4	1	62	1.25
21501491--21501555	19	3.4	19	76	19	73	29	6	3	61	1.35
21501486--21501593	38	2.8	37	83	10	121	32	4	1	61	1.27
21501510--21501607	10	10.3	9	69	18	56	27	5	1	66	1.19
21502755--21502817	24	2.6	24	89	0	99	50	11	12	25	1.73
21506940--21507002	24	2.6	24	87	0	90	49	7	14	28	1.71
21507687--21507738	21	2.5	20	85	11	70	3	3	19	73	1.15
21507692--21507749	19	2.9	19	78	16	64	5	3	18	72	1.18
21507688--21507791	52	2.0	53	81	5	122	7	4	18	69	1.31
21507749--21507797	21	2.4	21	86	3	73	10	8	16	65	1.46
21507776--21507859	12	7.2	11	74	14	62	7	2	17	72	1.18
21507766--21507859	33	2.8	32	84	9	84	8	3	15	72	1.22
21507782--21507858	24	3.5	22	80	18	81	6	2	18	72	1.17
21507811--21507900	32	2.9	31	83	8	94	11	2	17	68	1.29
21520971--21521045	37	2.0	37	100	0	150	45	22	13	18	1.84
21521093--21521149	29	1.9	30	89	3	89	35	8	14	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21523991--21524037	15	3.2	15	78	6	60	36	10	2	51	1.49
21534494--21534702	92	2.3	92	98	0	400	52	8	9	30	1.62
21538531--21538563	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
21541433--21541465	7	4.9	7	96	3	59	30	15	39	15	1.88
21543860--21543917	15	4.0	15	72	17	59	48	0	1	50	1.11
21544905--21544956	19	2.7	20	77	11	54	63	7	3	25	1.38
21550624--21550651	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
21551050--21551084	15	2.4	14	86	13	52	77	0	0	22	0.78
21551471--21551503	17	1.9	17	88	11	50	51	9	3	36	1.49
21552960--21553022	33	1.9	33	81	12	76	47	7	6	38	1.58
21554182--21554221	15	2.5	16	84	8	55	35	2	0	62	1.09
21559452--21559482	15	2.1	15	100	0	62	29	32	12	25	1.93
21559982--21560012	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
21561697--21561741	22	2.1	21	83	4	54	48	0	0	51	1.00
21565748--21565782	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
21569634--21569733	29	3.6	28	78	12	91	52	0	1	47	1.07
21569672--21569708	17	2.2	16	90	4	56	45	0	0	54	1.00
21570468--21570501	11	3.1	11	91	0	50	64	0	0	35	0.94
21581933--21581973	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
21597547--21597601	17	3.6	15	77	22	53	47	3	1	47	1.30
21598356--21598395	21	1.9	21	85	10	55	42	5	0	52	1.23
21599494--21599764	29	9.4	29	71	15	170	33	32	2	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21599491--21599764	58	4.7	59	84	4	344	33	32	2	31	1.70
21599721--21599790	27	2.6	27	84	6	81	35	34	0	30	1.58
21603340--21603387	25	1.9	25	83	8	62	37	2	0	60	1.09
21613920--21613979	29	2.1	29	100	0	120	38	23	16	21	1.93
21614745--21614923	88	2.1	85	82	7	209	38	16	7	37	1.76
21615298--21615384	37	2.3	38	80	9	97	34	3	1	60	1.21
21615388--21615432	22	2.0	23	86	8	65	48	6	0	44	1.29
21615460--21615662	89	2.3	89	86	0	273	31	7	20	40	1.81
21616302--21616387	42	2.0	42	100	0	172	33	6	23	36	1.82
21616547--21616587	14	3.0	14	82	3	57	39	0	0	60	0.96
21620822--21620877	24	2.3	24	75	6	60	46	5	8	39	1.58
21623156--21623330	30	6.0	30	80	7	182	43	1	20	35	1.59
21623162--21623349	59	3.2	58	82	8	213	43	2	18	35	1.62
21623169--21623342	89	2.0	88	82	6	210	43	1	18	35	1.61
21624429--21624478	21	2.3	21	86	3	64	40	4	0	56	1.18
21624497--21624541	22	2.0	22	86	0	63	35	4	2	57	1.31
21625283--21625346	6	11.0	6	70	12	53	53	3	0	43	1.16
21625283--21625353	17	4.1	17	85	3	88	53	4	0	42	1.20
21625701--21626234	201	2.6	200	85	4	687	20	22	20	36	1.95
21626669--21627138	201	2.3	205	87	3	666	21	22	19	35	1.96
21625332--21628042	903	3.0	903	98	0	5235	21	22	19	36	1.95
21627506--21628148	201	3.2	202	84	4	796	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21628639--21629388	100	7.5	100	88	0	1020	15	25	21	37	1.92
21630606--21630642	16	2.3	16	90	0	56	0	2	10	86	0.67
21630601--21630648	13	3.8	12	83	8	60	0	4	10	85	0.73
21636522--21636547	11	2.4	11	100	0	52	46	7	19	26	1.77
21636697--21636866	57	3.0	56	84	9	195	37	3	27	31	1.74
21636733--21636823	27	3.3	26	68	15	74	39	2	28	29	1.69
21636853--21637027	30	5.9	29	77	8	174	42	2	18	36	1.63
21636853--21637027	59	3.0	60	86	3	248	42	2	18	36	1.63
21636875--21637050	30	5.9	30	77	8	83	40	2	20	36	1.67
21637964--21638028	23	2.9	23	80	15	73	33	3	1	61	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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