genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25411562--25411616	20	2.8	20	91	0	83	30	29	21	18	1.97
25411653--25411682	15	2.0	15	93	0	51	20	3	33	43	1.68
25411666--25411733	21	3.2	21	89	2	109	25	0	30	44	1.54
25412112--25412176	12	5.5	12	72	17	55	72	0	21	6	1.06
25412104--25412178	22	3.3	23	78	12	66	70	0	24	5	1.07
25412104--25412178	11	6.5	11	71	14	53	70	0	24	5	1.07
25417560--25417592	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
25418625--25418676	20	2.6	20	85	8	70	38	19	25	17	1.93
25418631--25418681	7	7.6	7	78	8	52	37	21	25	15	1.93
25418625--25418676	13	3.9	13	82	5	68	38	19	25	17	1.93
25418757--25418786	15	2.0	15	93	0	51	20	3	33	43	1.68
25418773--25418835	21	3.0	21	90	2	99	26	0	26	46	1.54
25419208--25419282	11	6.5	11	72	14	53	68	0	25	6	1.14
25419441--25419491	13	3.8	13	80	14	68	45	19	3	31	1.69
25420526--25420560	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
25421989--25422029	19	2.2	19	86	4	57	39	0	14	46	1.45
25422063--25422089	11	2.5	11	100	0	54	37	7	0	55	1.28
25427607--25427631	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25427666--25427702	17	2.2	17	95	0	65	48	2	0	48	1.15
25428485--25428541	3	19.7	3	79	16	59	64	0	0	35	0.93
25428495--25428549	17	3.1	17	84	10	74	67	0	0	32	0.91
25428485--25428549	17	4.0	16	79	16	71	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25429647--25429859	29	7.4	29	73	13	147	36	26	4	33	1.76
25429646--25429869	58	3.9	57	78	11	201	35	25	4	35	1.75
25429770--25429968	58	3.5	58	80	13	184	29	23	7	39	1.82
25434783--25434909	54	2.3	56	89	5	195	61	10	11	16	1.56
25435665--25435738	8	9.0	8	77	11	62	81	2	16	0	0.81
25435699--25435741	15	2.9	14	80	10	50	79	4	16	0	0.90
25436937--25437177	49	4.9	49	85	5	301	39	25	25	9	1.86
25437485--25437637	79	1.9	79	84	5	202	24	30	19	24	1.98
25437571--25437659	39	2.3	39	86	2	115	24	35	15	23	1.94
25437481--25437659	79	2.3	79	79	5	200	24	32	17	25	1.96
25438647--25438716	17	4.2	17	74	1	52	34	4	7	54	1.47
25438649--25438714	34	2.0	33	87	3	96	31	4	7	56	1.48
25438689--25438722	16	2.1	16	88	0	50	44	2	0	52	1.16
25438655--25438724	17	4.2	17	75	3	70	38	4	4	52	1.41
25439502--25439554	17	3.2	17	86	10	67	62	0	0	37	0.96
25439509--25439558	17	3.1	17	88	11	70	68	0	0	32	0.90
25439503--25439556	14	4.0	14	74	13	51	64	0	0	35	0.94
25440684--25440864	29	6.1	29	79	8	150	34	28	3	33	1.76
25440719--25440830	30	3.7	31	88	4	176	35	28	2	33	1.71
25440689--25440834	29	4.9	30	83	5	170	36	27	3	32	1.74
25440846--25440989	60	2.4	58	81	10	159	27	24	9	38	1.85
25441296--25441477	96	1.9	96	86	6	262	31	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25452621--25452847	30	7.7	29	64	17	94	30	7	32	29	1.86
25452589--25452838	59	4.3	58	89	4	258	31	9	32	27	1.88
25452679--25452847	30	5.7	30	70	15	129	30	6	31	31	1.83
25452621--25452876	59	4.4	59	88	2	320	30	7	31	30	1.84
25452828--25453149	30	10.7	30	85	3	373	37	2	23	36	1.67
25453894--25453942	18	2.8	17	84	6	53	4	22	4	69	1.23
25453904--25453955	22	2.3	23	78	18	56	5	15	5	73	1.22
25455033--25455117	17	5.2	17	75	11	70	54	4	0	41	1.21
25455030--25455098	31	2.3	30	87	5	95	52	4	0	43	1.21
25455031--25455107	6	13.2	6	75	15	72	54	3	0	41	1.19
25455031--25455107	17	4.4	17	76	15	77	54	3	0	41	1.19
25455426--25456037	69	9.0	69	90	5	926	29	19	17	33	1.95
25455503--25455832	38	9.4	37	68	22	198	30	20	16	32	1.95
25467933--25467978	24	1.9	24	86	0	65	10	45	4	39	1.59
25470930--25470972	3	14.3	3	95	0	77	34	2	0	62	1.08
25471572--25471642	32	2.2	33	85	7	92	23	16	8	50	1.73
25471864--25471990	59	2.2	58	83	5	159	46	9	15	28	1.77
25472004--25472077	30	2.5	30	88	2	114	54	18	0	27	1.44
25475817--25475921	50	2.1	50	85	0	138	20	24	27	27	1.99
25478440--25478474	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
25479898--25479938	19	2.2	19	86	4	57	39	0	14	46	1.45
25485508--25485578	17	4.2	17	77	0	79	39	4	4	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25485502--25485568	34	2.0	34	90	0	107	32	4	7	55	1.48
25486361--25486412	3	17.7	3	77	18	56	65	0	0	34	0.93
25486360--25486420	17	3.5	18	85	14	76	65	0	0	34	0.93
25486360--25486420	18	3.5	17	85	14	81	65	0	0	34	0.93
25487503--25487648	29	5.0	29	79	8	161	34	28	2	33	1.72
25487503--25487673	59	2.9	58	86	6	220	34	26	4	34	1.76
25487541--25487721	58	3.1	58	84	7	199	33	27	4	34	1.78
25487504--25487671	29	5.8	28	74	15	119	33	27	3	35	1.74
25487542--25487671	30	4.5	29	71	17	92	32	28	3	35	1.75
25492591--25492717	54	2.3	55	89	5	193	62	11	10	16	1.54
25493474--25493530	15	3.9	15	78	19	50	77	3	19	0	0.92
25493467--25493537	8	9.0	8	76	11	58	78	2	18	0	0.86
25493498--25493540	15	2.9	14	80	10	50	79	4	16	0	0.90
25494749--25494939	49	3.9	48	83	5	231	37	25	26	10	1.88
25495251--25495402	79	1.9	78	85	1	205	24	30	20	25	1.99
25495336--25495423	39	2.2	39	85	2	113	25	35	15	23	1.95
25495247--25495423	79	2.2	78	80	3	201	24	32	18	25	1.97
25495454--25496300	194	4.3	193	84	6	1005	34	18	23	23	1.96
25495495--25496301	201	4.0	204	85	4	989	34	18	23	23	1.96
25496650--25496720	17	4.2	17	77	0	79	39	4	4	52	1.41
25496644--25496710	34	2.0	34	90	0	107	32	4	7	55	1.48
25497500--25497554	9	6.2	9	78	19	62	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25497499--25497553	17	3.2	17	87	12	78	67	0	0	32	0.91
25498688--25498862	29	5.9	29	78	8	138	35	27	3	33	1.74
25498688--25498848	30	5.4	30	80	4	155	37	26	3	32	1.74
25498841--25498988	60	2.6	56	83	9	172	27	22	9	40	1.85
25498841--25499003	59	2.8	56	80	9	175	27	20	9	42	1.83
25499296--25499480	96	1.9	96	86	6	268	32	17	12	37	1.88
25506630--25506821	100	1.9	99	86	7	273	42	13	17	27	1.86
25509563--25509608	24	1.9	24	86	0	65	10	45	4	39	1.59
25511020--25511079	19	2.9	19	77	20	59	61	3	0	35	1.12
25511476--25511520	14	3.0	15	80	9	56	33	0	0	66	0.92
25511529--25511575	21	2.3	21	78	14	53	34	2	0	63	1.06
25511531--25511573	20	2.2	20	83	8	52	32	2	0	65	1.06
25512522--25512550	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
25513196--25513284	32	2.8	31	79	15	94	24	14	10	50	1.74
25513489--25513616	58	2.2	59	83	4	161	47	9	14	28	1.75
25513630--25513701	28	2.5	29	84	4	101	52	18	1	27	1.53
25514012--25514071	23	2.6	23	83	2	75	55	6	0	38	1.27
25517479--25517574	50	1.9	50	84	0	129	21	23	25	29	1.99
25518703--25518758	19	2.8	21	76	13	64	37	0	1	60	1.07
25519934--25520011	39	2.0	39	85	5	104	25	15	17	41	1.89
25520126--25520171	24	1.9	24	86	0	65	39	4	45	10	1.59
25525270--25525326	2	28.5	2	96	0	105	49	49	1	0	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25531060--25531240	96	1.9	95	85	5	249	39	13	17	30	1.87
25531592--25531816	29	7.6	29	79	8	134	35	4	24	35	1.77
25531621--25531821	29	6.7	30	78	8	187	35	4	24	35	1.76
25531616--25531814	59	3.3	60	81	9	194	35	4	24	35	1.75
25532960--25533001	17	2.5	17	92	7	68	33	0	0	66	0.92
25533783--25533853	17	4.2	17	77	0	79	52	4	4	39	1.41
25533793--25533859	34	2.0	34	90	0	107	55	7	4	32	1.48
25534218--25535005	206	3.9	204	85	5	991	22	23	19	34	1.96
25534231--25535053	194	4.1	196	85	6	1002	22	23	19	34	1.96
25534292--25535050	395	1.9	394	87	6	1102	22	23	19	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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