genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  17  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7842429--7842477	25	2.0	25	88	8	73	44	0	8	46	1.33
7847691--7847726	17	2.1	17	89	0	54	83	2	11	2	0.86
7847753--7847783	13	2.4	13	100	0	62	67	0	32	0	0.91
7848154--7848189	17	2.1	18	94	5	65	44	0	22	33	1.53
7857920--7857982	32	2.0	32	90	0	99	23	6	25	44	1.77
7871461--7871521	32	1.9	32	86	6	88	26	6	22	44	1.77
7871438--7871628	96	2.0	97	94	1	339	27	9	19	43	1.82
7875237--7875305	34	2.0	35	85	2	95	23	14	11	50	1.75
7886321--7886350	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
7889467--7889537	24	2.8	24	77	14	56	14	39	5	40	1.69
7889530--7889573	6	7.3	6	94	0	79	0	52	15	31	1.44
7890554--7890593	15	2.7	15	84	7	55	67	2	0	30	1.04
7898278--7898911	84	7.6	84	85	3	688	17	31	10	41	1.83
7898278--7898911	168	3.8	168	85	1	790	17	31	10	41	1.83
7898278--7898911	252	2.5	251	83	3	778	17	31	10	41	1.83
7901130--7901168	15	2.7	15	88	11	55	23	0	2	74	0.94
7909429--7909499	29	2.5	28	75	6	70	19	1	25	53	1.53
7909420--7909518	36	2.8	36	80	9	96	19	1	25	54	1.50
7909480--7909531	14	3.7	14	80	10	52	21	0	25	53	1.45
7912353--7912391	9	4.3	9	90	9	62	69	0	0	30	0.89
7912353--7912388	17	2.1	17	100	0	72	69	0	0	30	0.89
7916423--7916465	17	2.4	18	84	3	52	53	6	9	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7917351--7917380	7	4.3	7	95	0	51	13	53	3	30	1.56
7917722--7917780	25	2.3	25	79	2	64	44	1	3	50	1.28
7919194--7919219	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
7929696--7929752	29	1.9	30	85	3	80	52	10	3	33	1.53
7930464--7930489	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
7930450--7930500	16	3.0	16	78	18	50	80	3	13	1	0.94
7933278--7933469	96	2.0	98	88	4	291	44	13	16	26	1.84
7940912--7940968	22	2.6	22	100	0	114	8	12	12	66	1.44
7947825--7948030	105	2.0	105	88	3	308	15	16	17	50	1.79
7957496--7957539	23	1.9	23	86	9	63	65	2	0	31	1.05
7963761--7963785	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
7964705--7964731	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7972869--7972900	15	2.1	15	94	0	55	78	0	3	18	0.89
7977167--7977228	30	2.0	31	87	3	90	35	19	11	33	1.87
7978412--7978462	23	2.3	23	82	3	59	70	13	5	9	1.32
7991879--7991932	22	2.5	22	100	0	108	48	3	44	3	1.38
8005117--8005150	17	2.0	17	88	0	50	52	11	5	29	1.61
8007109--8007134	5	5.2	5	100	0	52	38	19	42	0	1.51
8007770--8007827	11	5.5	11	73	19	52	62	0	3	34	1.12
8007773--8007849	28	2.6	29	82	12	77	63	1	2	32	1.16
8016096--8016135	21	1.9	21	84	0	53	15	2	42	40	1.60
8039286--8039310	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8042531--8042564	12	2.8	12	95	0	59	17	44	2	35	1.64
8047425--8047467	17	2.5	17	80	20	54	23	4	2	69	1.18
8064952--8065003	26	2.0	26	100	0	104	34	23	15	26	1.94
8066346--8066407	6	10.3	6	96	0	115	16	51	0	32	1.44
8066550--8066606	27	2.2	26	81	9	62	35	3	5	56	1.39
8067303--8067361	9	7.1	9	69	30	51	50	0	0	49	1.00
8067295--8067361	20	3.3	20	73	24	61	50	0	1	47	1.10
8067304--8067369	29	2.4	28	90	7	100	51	0	0	48	1.00
8068261--8068321	30	2.1	29	85	11	81	47	1	0	50	1.10
8069163--8069204	6	7.0	6	100	0	84	16	0	0	83	0.65
8069289--8069323	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
8069293--8069338	20	2.2	20	88	3	65	52	0	0	47	1.00
8079453--8079491	17	2.2	17	86	4	51	33	10	2	53	1.48
8081713--8081763	24	2.1	24	88	0	75	39	0	3	56	1.18
8081726--8081777	24	2.2	24	82	6	61	42	0	0	57	0.98
8081813--8081860	21	2.3	21	77	0	60	52	4	0	43	1.20
8083009--8083045	10	3.7	10	100	0	74	21	0	0	78	0.75
8083102--8083200	30	3.3	31	71	7	96	39	0	11	49	1.38
8083106--8083259	60	2.5	60	85	3	193	42	0	9	47	1.41
8088837--8088901	22	3.0	22	88	0	94	41	24	23	10	1.86
8112728--8112941	23	9.5	23	73	14	160	42	21	24	11	1.86
8112729--8112941	48	4.8	44	76	13	168	41	21	24	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8112782--8112856	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
8119173--8119386	23	9.5	23	73	15	153	42	21	24	11	1.86
8119227--8119301	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
8119266--8119386	48	2.6	46	87	7	172	41	23	23	11	1.87
8143150--8143245	9	10.0	9	68	14	50	27	3	3	66	1.21
8143164--8143248	19	4.4	19	73	15	68	24	3	3	68	1.22
8143153--8143216	19	3.2	20	76	14	69	25	3	3	68	1.18
8143152--8143248	38	2.5	40	81	6	110	26	3	3	67	1.21
8143367--8143606	90	2.7	88	81	9	297	33	7	19	39	1.80
8161056--8161115	29	2.1	29	87	6	86	46	21	0	31	1.52
8163746--8163798	23	2.5	22	82	14	58	67	0	5	26	1.12
8168971--8169003	16	2.1	16	88	5	50	69	0	0	30	0.88
8175771--8175965	31	6.4	30	66	19	102	24	16	13	45	1.84
8176601--8176634	17	2.0	17	88	0	50	58	0	41	0	0.98
8177089--8177121	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8178431--8178591	58	2.7	59	80	3	175	50	11	12	25	1.73
8181004--8181051	23	2.0	25	84	11	66	41	0	4	54	1.20
8181665--8181707	8	5.5	8	83	5	61	55	0	2	41	1.12
8181660--8181706	15	3.1	15	87	3	67	55	0	2	42	1.12
8187394--8187422	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8188244--8188281	18	2.1	18	100	0	76	10	34	10	44	1.73
8192810--8192844	17	2.1	17	89	10	54	62	0	14	22	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8193263--8193292	13	2.3	13	94	0	51	0	16	0	83	0.65
8201006--8201032	6	4.5	6	100	0	54	0	33	14	51	1.43
8210080--8210142	31	2.0	31	84	12	83	49	4	4	41	1.45
8210893--8210926	3	11.7	3	90	6	52	73	0	26	0	0.83
8210893--8210928	14	2.5	15	86	9	56	75	0	25	0	0.81
8210896--8210928	17	1.9	17	100	0	66	75	0	24	0	0.80
8211065--8211098	6	5.7	6	92	0	59	14	38	0	47	1.45
8212734--8212828	45	2.1	45	90	0	145	31	4	21	43	1.71
8231405--8231454	26	1.9	26	83	0	64	50	2	2	46	1.24
8232290--8232331	20	2.2	19	87	12	59	61	2	0	35	1.09
8232293--8232333	5	8.2	5	80	20	50	60	2	0	36	1.10
8233290--8233322	15	2.1	16	88	5	50	51	0	3	45	1.16
8233626--8233705	29	2.7	29	71	7	72	56	7	11	25	1.60
8234558--8234627	23	3.0	23	80	2	86	27	10	20	42	1.83
8234611--8234656	23	2.0	23	87	8	67	41	8	15	34	1.78
8235600--8235658	26	2.3	26	85	5	75	50	0	3	45	1.18
8236750--8236784	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
8240729--8240775	22	2.1	22	88	7	69	27	0	2	70	0.99
8243071--8243122	24	2.2	23	86	3	68	65	0	0	34	0.93
8247732--8247873	30	4.8	30	86	0	169	38	2	24	35	1.68
8247710--8247825	60	1.9	60	85	0	160	39	3	24	32	1.72
8249431--8249473	22	1.9	23	90	4	70	27	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8249497--8249551	24	2.2	26	93	6	96	38	1	0	60	1.08
8250178--8250204	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8252315--8252590	30	9.4	29	71	20	148	34	27	3	35	1.73
8252326--8252692	59	6.3	58	81	8	322	34	26	2	35	1.72
8252533--8252633	29	3.5	28	71	20	91	34	26	1	36	1.68
8254147--8254198	24	2.2	23	86	3	68	65	0	0	34	0.93
8256195--8256255	28	2.1	28	84	3	77	26	11	32	29	1.91
8256254--8256328	38	2.0	38	89	0	114	34	6	29	29	1.83
8256311--8256544	29	7.9	29	74	16	205	34	2	29	32	1.71
8256309--8256530	59	3.7	59	93	0	363	35	1	28	34	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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