genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  49  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20579500--20579762	117	2.3	116	86	5	345	34	3	30	31	1.74
20579678--20579760	29	2.8	29	78	8	87	34	4	30	30	1.78
20581723--20581759	17	2.2	17	90	0	56	37	0	2	59	1.12
20581841--20581881	15	2.8	15	81	3	57	36	19	0	43	1.51
20583556--20583593	19	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00
20583538--20583593	21	2.8	20	84	10	62	50	0	1	48	1.11
20584638--20584695	29	2.0	29	82	0	71	58	5	0	36	1.20
20587757--20587839	41	2.0	42	95	2	150	40	24	12	22	1.88
20592308--20592395	31	2.9	30	75	8	90	35	11	12	40	1.79
20602458--20602618	23	6.9	23	83	6	166	10	24	23	40	1.86
20610063--20611069	315	3.2	314	93	2	1650	29	11	20	38	1.88
20612090--20612165	39	1.9	39	89	5	118	60	5	2	31	1.33
20618227--20618279	21	2.5	21	93	3	88	20	24	9	45	1.81
20620240--20620280	17	2.4	17	87	0	55	51	2	9	36	1.48
20620822--20620885	29	2.2	30	83	8	78	56	0	7	35	1.28
20621184--20621254	32	2.2	33	95	5	128	32	14	11	42	1.81
20622223--20622282	22	2.7	22	84	5	68	23	3	25	48	1.66
20622972--20623033	23	2.7	22	80	7	61	9	20	19	50	1.76
20624954--20624980	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
20633101--20633183	26	3.2	24	70	18	69	65	6	7	21	1.40
20633518--20633635	58	2.1	57	85	9	161	34	0	15	50	1.44
20633801--20633845	13	3.6	13	77	20	51	40	20	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20637010--20637084	27	2.8	28	75	17	79	26	12	16	45	1.82
20637918--20637980	29	2.2	29	86	11	85	46	14	12	26	1.80
20639454--20639500	24	2.0	24	86	0	67	53	8	12	25	1.67
20643675--20643867	59	3.3	59	86	8	250	33	4	29	33	1.77
20643679--20643848	29	5.8	28	68	25	102	32	3	30	33	1.75
20643769--20643865	29	3.3	29	71	22	85	36	4	29	29	1.76
20644659--20644705	6	8.2	6	83	6	62	46	0	2	51	1.13
20644659--20644705	17	2.8	17	83	6	60	46	0	2	51	1.13
20645485--20645514	7	4.3	7	100	0	60	70	13	16	0	1.18
20647178--20647217	16	2.3	16	87	12	53	30	0	2	67	1.04
20648047--20648105	24	2.5	24	82	0	73	52	8	10	28	1.64
20648059--20648109	24	2.1	24	88	0	75	60	5	7	25	1.47
20650326--20650606	155	1.8	152	87	3	420	38	20	10	30	1.86
20654608--20654653	16	2.7	18	80	10	51	47	0	0	52	1.00
20654611--20654663	27	2.0	26	89	7	81	50	0	0	49	1.00
20658709--20658819	57	2.0	57	80	8	129	49	6	1	42	1.38
20665328--20665448	23	5.2	23	74	7	118	42	20	23	12	1.86
20665277--20665427	71	2.1	70	81	6	171	43	18	25	12	1.85
20681259--20681301	3	14.7	3	95	4	79	65	0	0	34	0.93
20682299--20682538	57	4.2	57	81	3	259	42	9	23	24	1.83
20682332--20682536	28	7.2	28	75	9	164	43	9	24	21	1.82
20683442--20683479	20	1.9	20	94	0	67	31	36	5	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20693090--20693153	30	2.1	29	83	11	76	29	6	12	51	1.64
20693351--20693406	29	2.0	29	85	3	78	30	8	8	51	1.64
20698957--20699013	21	2.7	20	78	10	60	54	1	1	42	1.21
20698977--20699031	16	3.4	16	73	14	58	54	1	0	43	1.10
20698978--20699048	33	2.2	33	92	0	115	56	2	1	39	1.23
20700214--20700285	30	2.4	31	88	6	103	20	13	18	47	1.82
20704709--20704740	16	1.9	17	93	6	57	43	21	6	28	1.77
20705019--20705079	23	2.6	24	71	19	58	63	4	0	31	1.15
20705249--20705299	21	2.4	22	86	3	77	58	19	11	9	1.60
20706748--20706779	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
20707513--20707706	62	3.1	60	75	17	182	52	4	1	42	1.30
20711577--20711633	7	8.7	7	77	11	59	3	12	0	84	0.75
20711578--20711633	20	2.8	19	84	7	67	3	10	0	85	0.71
20718053--20718093	14	2.9	15	78	14	50	43	0	0	56	0.99
20718682--20718729	23	2.1	23	85	11	64	64	10	2	22	1.35
20732655--20732771	60	2.0	60	87	0	171	30	17	25	25	1.97
20733977--20734050	31	2.4	31	93	0	121	29	14	14	40	1.87
20734308--20734338	16	2.0	15	93	6	53	45	6	3	45	1.45
20734820--20734847	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20736014--20736054	15	2.8	15	88	3	57	68	4	0	26	1.10
20736210--20736272	27	2.3	27	97	0	117	14	31	34	19	1.91
20736210--20736290	27	3.0	27	87	3	110	16	30	32	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20736645--20736703	27	2.2	27	90	0	91	15	27	35	22	1.94
20736738--20736815	28	2.9	26	82	14	88	51	5	21	21	1.67
20736781--20736838	26	2.2	26	84	0	71	55	5	29	10	1.55
20739709--20739766	28	2.1	28	83	6	73	36	1	12	50	1.50
20739872--20739936	6	10.8	6	90	6	105	66	15	1	16	1.34
20740369--20740393	6	4.2	6	100	0	50	16	32	36	16	1.90
20742327--20742358	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
20743328--20743389	27	2.3	27	97	0	115	24	41	24	9	1.84
20744164--20744197	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
20744488--20744521	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
20746126--20746318	96	2.0	96	93	0	332	26	12	15	45	1.81
20753579--20753643	22	3.0	22	93	0	103	9	23	24	43	1.83
20758198--20758330	23	5.7	23	81	10	162	12	23	23	40	1.89
20758198--20758331	72	1.9	70	87	9	200	12	23	23	41	1.88
20758198--20758420	23	9.8	23	71	16	160	13	23	21	42	1.87
20758307--20758381	39	1.9	39	83	0	96	13	22	20	44	1.86
20761501--20761568	31	2.2	31	84	5	84	41	8	8	41	1.67
20771298--20771336	15	2.6	15	87	0	51	35	2	30	30	1.71
20779772--20779812	21	2.0	21	100	0	82	29	7	29	34	1.84
20802524--20802593	12	6.1	12	85	9	83	40	0	2	57	1.14
20802524--20802593	6	12.2	6	79	8	74	40	0	2	57	1.14
20802528--20802593	23	2.9	23	88	4	98	40	0	3	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20802551--20802599	17	2.8	17	81	3	62	46	2	0	51	1.12
20804581--20804749	29	5.7	29	88	4	223	36	23	2	37	1.70
20804581--20804750	59	2.8	59	87	6	227	35	23	2	37	1.70
20804581--20804775	59	3.3	58	83	6	214	35	22	3	39	1.70
20804942--20804987	15	3.0	16	75	12	51	23	15	6	54	1.64
20810471--20810598	67	1.9	66	85	1	175	34	17	16	31	1.93
20811242--20811280	14	2.9	14	84	3	53	17	12	30	38	1.88
20814942--20814989	6	8.0	6	97	0	87	16	14	33	35	1.89
20816157--20816208	21	2.4	20	78	15	59	28	3	19	48	1.66
20817581--20817609	15	2.0	15	93	6	51	0	17	6	75	1.01
20826468--20826510	15	2.9	15	73	13	52	30	4	6	58	1.45
20831511--20831558	22	2.2	21	82	10	53	54	6	0	39	1.26
20831910--20831981	20	3.3	22	72	14	76	40	2	4	52	1.35
20834511--20834559	4	12.2	4	91	0	62	51	8	40	0	1.32
20835088--20835123	16	2.2	17	90	5	56	47	5	8	38	1.57
20842948--20842987	19	2.1	19	85	4	53	55	7	10	27	1.60
20844298--20844338	17	2.4	17	91	4	64	29	0	2	68	1.03
20851943--20851974	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
20858547--20858763	107	2.0	106	83	7	271	27	12	10	49	1.73
20870690--20870737	25	1.9	25	87	8	71	41	0	2	56	1.11
20872332--20872391	26	2.2	28	88	5	88	36	3	5	55	1.38
20883809--20883863	24	2.3	24	80	0	65	43	3	3	49	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20883849--20883881	17	1.9	17	100	0	66	36	0	9	54	1.32
20883933--20883989	27	2.1	27	100	0	114	42	24	14	19	1.88
20883928--20883987	12	4.5	14	82	15	74	38	26	16	18	1.92
20884512--20884572	7	9.3	7	75	13	58	49	1	3	45	1.28
20884511--20884570	13	4.2	13	70	29	50	48	1	3	46	1.28
20885711--20885878	30	5.6	30	88	1	230	39	25	1	33	1.63
20885830--20886021	59	3.2	58	73	12	158	34	26	4	35	1.76
20885861--20886028	59	2.8	59	84	3	223	30	27	5	35	1.81
20885866--20886021	30	5.2	29	66	19	81	31	26	5	36	1.78
20898045--20898793	68	11.0	68	87	6	1020	35	18	19	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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