genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13704430--13704606	56	3.1	57	78	7	196	38	10	18	32	1.84
13718212--13718241	11	2.6	11	94	5	51	0	3	6	90	0.56
13739425--13739449	10	2.5	10	100	0	50	56	44	0	0	0.99
13749623--13749672	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
13754130--13754191	29	2.1	29	100	0	124	33	27	3	35	1.73
13761637--13761690	22	2.4	23	81	3	56	46	3	5	44	1.44
13761630--13761690	23	2.7	23	79	2	70	47	3	4	44	1.41
13762461--13762502	21	2.1	21	86	8	61	52	0	4	42	1.22
13777810--13777841	16	2.1	16	94	5	57	18	0	15	65	1.27
13786775--13786808	15	2.3	15	89	0	50	61	2	5	29	1.34
13819069--13819186	23	5.0	23	84	11	159	11	24	22	40	1.88
13819069--13819186	48	2.5	46	88	8	175	11	24	22	40	1.88
13819151--13819225	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
13819185--13819278	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
13820698--13820860	23	7.4	23	77	10	144	44	21	21	12	1.85
13820743--13820860	45	2.6	46	82	5	132	41	22	22	13	1.89
13821768--13821827	33	1.9	30	83	10	75	6	30	3	60	1.39
13828410--13828449	22	1.9	21	85	10	55	27	10	5	57	1.52
13828958--13829067	10	11.5	10	70	13	63	61	0	1	35	1.13
13828988--13829105	58	2.1	57	85	7	161	63	2	5	28	1.29
13828988--13829084	28	3.5	28	78	12	110	62	2	4	30	1.25
13829494--13829699	87	2.4	85	78	10	206	31	4	16	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13833792--13833828	17	2.2	17	100	0	74	32	27	16	24	1.96
13839710--13839770	29	2.1	29	81	6	70	49	9	9	31	1.69
13849668--13849715	24	2.0	24	88	8	71	45	0	33	20	1.52
13853929--13853956	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
13856231--13856279	25	2.0	24	84	4	62	53	0	0	46	1.00
13857511--13857586	12	6.6	11	76	8	53	5	2	19	72	1.16
13857545--13857584	12	3.3	12	86	6	55	5	2	15	77	1.04
13870645--13870727	28	2.9	28	77	13	80	44	3	1	50	1.27
13880942--13880967	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13887660--13887695	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
13889183--13889254	28	2.6	28	93	2	128	41	8	13	36	1.75
13901784--13901815	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
13902409--13902510	51	2.0	51	100	0	204	37	13	11	37	1.82
13902951--13902999	16	3.1	17	82	8	59	48	0	0	51	1.00
13903002--13903048	24	2.0	23	83	8	58	55	2	0	42	1.12
13903005--13903074	29	2.3	30	80	11	81	55	4	0	40	1.19
13903057--13903117	8	7.6	8	71	14	54	68	0	0	31	0.89
13903057--13903116	24	2.5	24	100	0	120	70	0	0	30	0.88
13909786--13909863	6	13.0	6	98	0	111	56	0	10	33	1.33
13910795--13910830	12	3.0	12	83	0	54	8	36	0	55	1.30
13916464--13916525	27	2.3	26	81	5	70	33	4	1	59	1.28
13919541--13919617	24	3.2	24	66	20	70	36	0	18	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13919499--13919616	48	2.7	42	82	14	164	33	0	19	47	1.50
13919525--13919622	48	2.0	48	100	0	196	35	0	18	45	1.50
13920497--13920542	24	1.9	24	90	0	74	26	10	19	43	1.84
13920568--13920626	30	2.0	29	90	3	91	55	15	6	22	1.63
13928852--13928904	27	1.9	28	81	11	65	54	5	1	37	1.35
13931393--13931448	23	2.4	23	87	0	85	8	28	23	39	1.85
13931465--13931510	23	2.0	23	91	4	76	15	23	26	34	1.94
13932304--13932339	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
13933498--13933532	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
13933507--13933553	20	2.3	20	88	0	76	14	2	34	48	1.56
13933529--13933558	15	2.0	15	93	0	51	23	0	33	43	1.54
13939065--13939103	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
13940136--13940184	14	3.6	13	83	8	62	40	18	20	20	1.91
13940237--13940271	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
13940246--13940292	20	2.3	20	88	0	76	14	2	34	48	1.56
13940268--13940297	15	2.0	15	93	0	51	23	0	33	43	1.54
13942375--13942432	23	2.6	21	75	22	55	50	6	1	41	1.39
13945962--13945998	16	2.3	16	100	0	74	40	8	13	37	1.74
13946014--13946102	41	2.2	39	80	7	97	22	15	22	39	1.92
13946103--13946208	40	2.6	39	80	2	104	24	16	16	42	1.88
13946686--13946825	43	3.3	43	89	1	219	27	30	18	23	1.98
13948208--13948238	14	2.2	14	100	0	62	45	38	6	9	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13951397--13951600	41	5.0	41	90	2	320	16	29	21	32	1.95
13955359--13955447	31	2.8	31	84	6	108	56	13	4	25	1.56
13978440--13978499	28	2.1	29	81	6	70	48	10	0	41	1.37
13979943--13980219	61	4.6	60	85	7	323	30	19	17	32	1.95
13979967--13980219	59	4.2	60	85	8	295	28	20	17	32	1.96
13979999--13980219	120	1.8	120	89	6	349	30	18	17	33	1.94
13981102--13981193	30	3.1	30	83	9	98	63	4	6	26	1.38
13983372--13983409	20	1.9	20	94	0	67	31	23	34	10	1.89
13983380--13983441	20	3.1	20	76	0	52	24	24	32	19	1.98
13983600--13985031	83	17.3	83	91	1	2173	52	4	5	37	1.44
13989241--13989331	41	2.2	41	84	9	123	39	12	20	27	1.88
13989534--13989647	57	2.0	57	80	10	126	31	17	10	40	1.84
13989888--13989922	17	2.1	17	100	0	70	71	5	11	11	1.30
13989992--13990051	31	1.9	31	89	0	93	21	11	23	43	1.85
13991389--13991436	21	2.3	20	75	10	51	22	2	0	75	0.91
13992469--13992564	30	3.2	30	85	5	106	26	7	5	61	1.43
13993403--13993718	59	5.5	57	70	14	175	35	14	19	30	1.92
13993374--13993710	117	2.9	115	82	9	418	34	16	18	30	1.93
13993389--13993768	117	3.3	112	80	9	415	35	15	18	30	1.92
13993389--13993755	56	6.3	56	72	9	236	36	15	19	28	1.92
13994838--13995196	61	6.0	61	78	9	314	29	20	15	34	1.93
13994876--13995193	123	2.7	119	81	7	358	31	19	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13995280--13995462	61	3.1	55	79	15	199	36	13	20	30	1.91
13995305--13995474	55	3.0	55	80	12	191	34	12	21	31	1.91
13995305--13995555	114	2.2	115	82	7	303	35	14	21	28	1.93
13996123--13996184	30	2.1	30	84	6	81	40	3	8	48	1.49
13999369--13999442	31	2.4	30	82	10	87	35	14	6	43	1.72
14010496--14010598	36	3.1	32	70	25	88	58	3	6	31	1.42
14010529--14010596	33	2.2	30	82	17	77	60	4	7	27	1.43
14010504--14010591	17	5.1	17	73	19	67	59	4	7	28	1.46
14010504--14010678	71	2.5	71	81	10	191	56	2	8	33	1.41
14020918--14020950	10	3.3	10	95	0	57	60	0	6	33	1.21
14021024--14021083	30	2.0	30	83	0	75	61	5	1	31	1.27
14026241--14026272	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
14037624--14037657	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
14038000--14038067	27	2.5	27	81	11	68	36	2	1	58	1.22
14038030--14038072	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
14039569--14039632	31	2.0	33	82	14	80	37	0	0	62	0.95
14041032--14041083	21	2.5	21	80	17	63	63	0	0	36	0.95
14041040--14041083	23	2.0	20	87	12	61	63	0	0	36	0.95
14046693--14046885	93	2.1	92	96	1	359	37	17	8	35	1.81
14059878--14059948	32	2.3	29	78	19	74	49	2	1	46	1.25
14072671--14072703	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
14072651--14072740	24	3.7	24	70	20	71	56	2	0	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14073633--14073662	13	2.3	13	94	0	51	53	10	3	33	1.51
14080686--14080718	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
14083816--14083892	30	2.7	29	79	16	88	63	3	0	32	1.12
14083831--14083892	28	2.1	31	82	11	76	62	3	0	33	1.11
14085832--14085898	27	2.4	28	80	11	68	64	1	1	32	1.12
14086017--14086044	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
14089883--14089912	13	2.2	14	94	5	53	90	3	6	0	0.56
14089883--14089912	14	2.1	14	93	0	51	90	3	6	0	0.56
14105504--14105535	3	10.7	3	93	0	55	3	34	0	62	1.11
14113330--14113370	16	2.7	15	82	17	50	58	4	2	34	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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