genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24458553--24458594	15	2.9	15	82	13	52	9	0	19	71	1.13
24459856--24459900	16	2.8	15	83	10	54	28	0	0	71	0.87
24460703--24460757	19	2.9	18	84	7	65	9	7	16	67	1.40
24460724--24460768	19	2.3	19	80	3	54	8	8	17	64	1.47
24460773--24460812	21	1.9	21	84	0	53	12	5	12	70	1.33
24467136--24467238	30	3.7	29	75	19	85	49	3	0	45	1.27
24473775--24473828	16	3.2	16	70	14	54	42	3	5	48	1.44
24473758--24473828	35	2.0	35	97	0	133	42	4	5	47	1.46
24473758--24473815	19	3.2	19	69	14	59	44	3	5	46	1.42
24483335--24483703	49	7.6	49	68	14	217	17	23	19	40	1.91
24483322--24483752	98	4.4	98	85	2	555	17	23	19	39	1.92
24488977--24489034	22	2.6	22	80	0	80	18	15	39	25	1.91
24492143--24492213	30	2.4	30	85	0	97	26	16	26	29	1.97
24492241--24492297	20	3.0	20	84	7	73	45	0	3	50	1.18
24492247--24492304	9	6.0	9	78	13	62	44	0	1	53	1.10
24492247--24492304	29	2.0	29	93	0	98	44	0	1	53	1.10
24492241--24492304	20	3.2	20	82	10	69	46	0	3	50	1.17
24495492--24495543	25	2.1	25	88	0	77	44	11	7	36	1.70
24497769--24497929	30	5.5	29	68	18	102	37	3	25	33	1.74
24497764--24497960	59	3.4	58	86	4	279	35	4	27	32	1.77
24497866--24497958	28	3.2	27	71	15	80	31	6	27	34	1.82
24497940--24498137	30	6.6	30	90	1	301	32	3	26	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24498234--24498558	162	2.0	162	86	4	460	47	12	14	25	1.80
24498281--24498629	161	2.2	161	80	5	384	50	11	14	23	1.75
24500122--24500210	6	15.0	6	76	18	89	51	0	3	44	1.18
24500143--24500193	11	4.8	11	76	9	52	52	0	5	41	1.25
24500134--24500210	37	2.0	38	82	9	95	53	0	3	42	1.19
24500122--24500210	17	5.4	16	81	14	101	51	0	3	44	1.18
24500509--24501017	68	7.4	68	92	1	838	27	20	17	34	1.95
24500509--24501021	137	3.8	136	95	1	884	27	19	17	34	1.95
24500509--24501021	273	1.9	273	93	0	893	27	19	17	34	1.95
24512954--24513144	58	3.3	58	87	8	246	31	9	31	26	1.89
24512958--24513053	29	3.3	29	66	5	77	32	12	33	21	1.91
24513045--24513209	29	5.7	30	69	17	125	30	6	30	32	1.82
24512985--24513238	59	4.4	59	85	5	295	30	7	31	31	1.84
24513242--24513448	29	7.2	29	84	13	216	37	1	21	38	1.65
24513242--24513502	59	4.5	58	85	9	313	37	2	21	37	1.68
24513242--24513469	30	7.9	30	84	7	276	37	2	21	38	1.66
24514255--24514290	18	1.9	19	88	5	56	8	13	2	75	1.15
24514247--24514295	21	2.3	23	79	13	59	6	16	6	71	1.27
24515357--24515434	6	13.2	6	73	17	65	53	3	0	42	1.19
24515356--24515425	31	2.3	30	85	7	88	51	4	0	44	1.21
24515392--24515434	16	2.6	17	88	3	70	58	2	0	39	1.11
24515753--24516364	69	9.0	69	86	8	837	28	19	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24515830--24516159	38	9.4	36	67	22	186	30	20	16	33	1.94
24516167--24516347	72	2.6	72	90	5	273	28	20	16	34	1.94
24528397--24528557	29	5.4	29	69	19	118	37	4	25	32	1.76
24528392--24528647	59	4.4	59	90	2	374	34	4	28	32	1.78
24528421--24528645	29	7.7	30	72	13	173	35	4	27	32	1.77
24528627--24528768	30	4.7	30	81	3	171	33	5	26	34	1.80
24528668--24528780	60	1.9	60	88	3	174	32	7	26	32	1.85
24528861--24529185	162	2.0	162	89	2	492	46	12	15	25	1.80
24528908--24529256	161	2.2	161	81	5	411	50	12	15	22	1.76
24529645--24529685	13	3.1	13	86	6	55	0	26	0	73	0.84
24530752--24530840	6	15.0	6	76	18	89	51	0	3	44	1.18
24530773--24530823	11	4.8	11	76	9	52	52	0	5	41	1.25
24530764--24530840	37	2.0	38	82	9	95	53	0	3	42	1.19
24530752--24530840	17	5.4	16	81	14	101	51	0	3	44	1.18
24531252--24531530	29	9.5	29	67	20	91	37	3	23	35	1.71
24531307--24531414	29	3.7	29	71	16	98	33	2	31	32	1.72
24531253--24531413	59	2.7	59	82	2	191	37	2	26	33	1.70
24531291--24531442	58	2.6	58	82	7	148	35	3	26	34	1.73
24531425--24531652	30	7.6	30	76	5	228	38	3	19	39	1.67
24531426--24531662	60	4.0	60	82	3	282	38	2	19	39	1.67
24533039--24533095	11	4.8	12	74	10	55	50	3	0	45	1.18
24533039--24533095	6	9.7	6	77	9	55	50	3	0	45	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24533047--24533095	17	2.8	17	84	3	71	53	4	0	42	1.20
24546010--24546175	59	2.8	59	81	5	203	37	3	27	31	1.74
24546009--24546204	59	3.3	59	74	11	179	36	4	27	31	1.76
24546163--24546264	30	3.4	30	86	1	89	40	4	17	37	1.71
24546187--24546311	30	4.2	30	84	8	139	36	5	22	35	1.78
24546572--24546655	32	2.7	29	83	10	89	60	3	8	27	1.42
24547758--24547806	17	2.8	17	84	3	71	53	4	0	42	1.20
24548313--24548392	24	3.3	23	75	6	70	67	20	5	7	1.34
24548311--24548392	12	6.8	12	73	5	58	68	19	4	7	1.32
24548410--24548471	22	2.8	22	71	9	63	66	22	4	6	1.35
24548377--24548482	55	1.9	54	83	5	133	65	21	5	7	1.40
24549337--24549384	25	2.1	23	85	14	64	43	6	4	45	1.48
24549681--24549723	15	2.9	15	80	10	52	37	4	6	51	1.50
24550513--24550652	51	2.8	50	79	5	140	25	19	22	32	1.97
24550513--24550643	50	2.6	50	80	6	140	25	19	24	31	1.98
24551658--24551701	7	6.4	7	81	5	54	47	27	0	25	1.52
24553111--24553149	21	2.0	21	85	10	55	53	5	5	35	1.45
24557228--24557421	23	8.3	23	82	8	198	43	21	23	11	1.85
24557228--24557421	69	2.8	69	84	7	225	43	21	23	11	1.85
24564620--24564813	23	8.3	23	82	8	198	43	21	23	11	1.85
24564620--24564813	69	2.8	69	84	7	225	43	21	23	11	1.85
24567765--24567908	69	2.1	69	92	0	234	32	27	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24571468--24571749	30	9.4	30	78	3	273	37	21	1	39	1.63
24571446--24571751	60	5.1	60	89	3	429	37	22	1	37	1.66
24571481--24571751	90	3.0	88	78	8	305	38	21	1	39	1.61
24571754--24571890	59	2.3	59	87	1	184	29	24	4	40	1.75
24571551--24571968	30	14.1	29	74	12	161	35	24	2	37	1.70
24571723--24572011	147	2.0	145	80	6	325	31	26	3	38	1.73
24571789--24571969	88	2.1	88	83	4	231	33	27	3	35	1.75
24571663--24571911	59	4.2	59	76	11	160	31	25	4	38	1.74
24571877--24572014	59	2.4	57	79	6	152	34	28	2	34	1.72
24583798--24584485	92	7.5	92	91	0	1081	33	17	18	30	1.94
24584092--24584339	52	5.2	51	64	25	148	34	16	18	29	1.94
24584133--24584287	40	3.6	40	66	23	98	31	16	18	33	1.93
24584752--24584806	17	3.4	16	85	9	67	50	0	0	49	1.00
24586619--24586838	30	7.4	30	77	8	225	37	19	2	41	1.64
24586619--24586838	59	3.7	59	87	4	300	37	19	2	41	1.64
24586792--24586975	88	2.1	87	79	5	208	35	24	2	37	1.70
24586762--24587001	29	8.2	29	72	15	122	35	24	2	37	1.69
24586907--24587044	59	2.4	59	76	10	149	34	28	2	34	1.72
24586813--24587015	88	2.3	88	81	7	232	32	26	3	37	1.73
24590549--24590766	29	7.5	28	71	10	159	35	5	27	32	1.78
24590569--24590769	30	6.8	30	69	14	141	33	5	28	32	1.80
24590512--24590769	59	4.4	59	86	0	349	34	5	27	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24590760--24590979	30	7.3	30	89	3	327	37	2	22	37	1.69
24591742--24591790	18	2.8	17	84	6	53	4	22	4	69	1.23
24591752--24591803	22	2.3	23	78	18	56	5	15	5	73	1.22
24592878--24592954	6	13.2	6	77	15	81	54	2	0	42	1.14
24592880--24592964	17	5.2	17	77	11	79	54	3	0	42	1.17
24592877--24592939	31	2.0	31	90	0	99	52	3	0	44	1.17
24593273--24594091	69	12.0	69	90	4	1263	29	20	17	33	1.95
24605788--24606078	58	5.0	58	81	9	258	32	6	30	30	1.82
24605830--24606047	30	7.5	28	67	22	119	33	5	28	32	1.79
24605823--24606078	58	4.4	59	87	4	358	32	5	30	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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