genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24606079--24606285	30	6.9	30	91	0	315	38	1	22	37	1.66
24607042--24607090	18	2.8	17	84	6	53	4	22	4	69	1.23
24607052--24607103	22	2.3	23	78	18	56	5	15	5	73	1.22
24608178--24608254	6	13.2	6	77	15	81	54	2	0	42	1.14
24608180--24608264	17	5.2	17	77	11	79	54	3	0	42	1.17
24608177--24608239	31	2.0	31	90	0	99	52	3	0	44	1.17
24611904--24611936	14	2.5	13	86	13	50	39	0	0	60	0.97
24613950--24613982	8	4.2	8	92	3	50	15	39	0	45	1.46
24616308--24616373	27	2.4	28	80	14	75	27	0	7	65	1.20
24616328--24616393	18	3.6	18	77	20	57	31	1	4	62	1.25
24616308--24616393	10	9.4	9	69	18	54	27	1	5	65	1.23
24616316--24616382	27	2.5	28	83	11	79	28	0	7	64	1.21
24617383--24617449	22	3.0	22	82	10	91	29	31	17	20	1.96
24618814--24618852	19	2.0	20	85	5	53	46	0	2	51	1.14
24619187--24619219	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
24621146--24621210	31	2.2	31	83	5	80	43	7	13	35	1.73
24625528--24625803	41	6.8	41	76	4	227	26	28	15	30	1.96
24628814--24628859	20	2.3	20	82	14	51	54	0	6	39	1.26
24635571--24635606	18	2.0	18	88	0	54	41	0	2	55	1.14
24637933--24637964	15	2.1	16	88	11	50	50	0	0	50	1.00
24638408--24638454	23	2.0	23	87	0	67	53	4	0	42	1.20
24643664--24643700	19	1.9	19	88	0	56	32	5	0	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24645650--24645864	107	2.0	107	100	0	430	50	9	8	31	1.64
24645749--24645778	15	2.0	15	93	0	51	56	13	0	30	1.37
24647669--24647714	24	1.9	24	82	8	58	43	13	21	21	1.86
24653567--24653615	22	2.5	18	77	22	62	40	4	20	34	1.71
24653575--24653620	22	2.1	22	100	0	92	45	4	17	32	1.68
24653865--24653943	37	2.1	38	83	2	97	22	20	25	31	1.98
24665006--24665044	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
24673370--24673504	58	2.3	59	85	3	175	25	14	19	40	1.90
24673475--24673579	31	3.4	31	90	0	147	20	17	20	42	1.89
24673943--24674023	6	13.8	6	71	14	62	41	2	2	53	1.27
24673943--24674022	17	4.6	17	79	11	90	41	2	2	53	1.27
24673943--24674023	11	7.5	11	71	12	60	41	2	2	53	1.27
24675868--24676195	29	11.3	29	82	6	328	36	26	2	34	1.70
24676208--24676355	59	2.5	58	78	6	145	33	21	7	37	1.81
24676234--24676697	146	3.2	144	81	5	506	30	25	8	35	1.85
24683066--24683185	27	4.2	27	77	17	86	32	6	28	32	1.83
24683105--24683275	30	5.8	29	70	20	115	35	3	28	32	1.74
24683105--24683185	29	2.8	28	78	17	85	35	4	28	30	1.78
24683106--24683363	59	4.4	59	84	3	324	34	2	29	34	1.70
24683201--24683362	29	5.6	27	70	15	110	33	1	29	35	1.66
24683403--24683768	162	2.3	162	88	3	515	42	15	18	23	1.88
24683475--24683768	162	1.8	162	96	0	543	44	14	17	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24685438--24685537	6	17.0	6	71	18	77	55	1	2	42	1.18
24685438--24685530	11	8.5	11	73	20	63	55	0	2	41	1.11
24685450--24685539	31	3.0	29	88	4	117	57	1	2	38	1.18
24685800--24685893	48	1.9	48	89	4	143	31	19	13	35	1.91
24685845--24686531	76	9.1	76	93	1	1103	32	15	15	35	1.90
24686128--24686236	34	3.1	34	67	19	96	31	15	18	34	1.92
24687037--24687076	20	2.1	19	85	4	53	47	2	20	30	1.63
24698598--24698657	28	2.1	28	87	6	86	26	11	28	33	1.91
24698644--24699013	59	6.3	59	85	5	419	35	2	27	34	1.71
24698724--24699010	29	9.8	29	66	23	129	33	3	29	33	1.73
24698638--24699013	177	2.1	176	82	4	472	34	2	28	33	1.72
24699084--24699415	161	2.1	161	90	2	517	43	13	18	24	1.86
24701044--24701073	13	2.2	14	94	5	53	33	3	13	50	1.58
24701084--24701150	17	4.0	17	88	3	91	50	0	1	47	1.10
24701095--24701180	6	15.0	6	73	17	76	54	1	1	43	1.15
24701096--24701173	11	7.0	11	79	16	65	56	0	1	42	1.07
24701113--24701182	29	2.4	29	88	4	97	58	1	1	38	1.16
24708022--24708171	40	3.5	40	68	23	106	32	14	19	34	1.91
24707544--24708185	92	7.0	92	94	0	1126	33	16	18	31	1.93
24708654--24708712	17	3.3	19	81	13	65	44	3	1	50	1.28
24710499--24710790	29	10.0	30	84	6	325	36	26	2	34	1.71
24710499--24710790	87	3.3	88	85	3	358	36	26	2	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24710906--24711162	117	2.2	118	87	2	356	30	28	7	34	1.83
24711086--24711190	28	3.7	28	71	14	97	33	25	5	35	1.80
24710994--24711176	58	3.1	58	73	9	192	31	27	7	33	1.84
24710994--24711203	117	1.8	117	84	5	293	32	27	7	32	1.84
24720634--24720729	22	4.6	20	69	22	56	42	5	1	51	1.31
24722788--24722819	16	2.0	16	93	0	55	28	0	0	71	0.86
24728709--24728738	14	2.1	14	100	0	60	66	6	13	13	1.43
24740371--24740405	17	2.1	17	94	0	61	31	5	2	60	1.35
24740672--24740712	6	6.8	6	100	0	82	31	0	68	0	0.90
24741867--24741915	21	2.2	23	82	13	59	48	0	6	44	1.27
24745526--24745591	13	5.1	13	80	7	62	34	3	21	40	1.68
24745536--24745591	26	2.2	26	90	0	85	39	1	19	39	1.62
24746496--24746525	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24751924--24751956	11	3.1	11	86	4	50	36	0	0	63	0.95
24751913--24751956	21	2.0	22	86	4	63	31	2	2	63	1.19
24751961--24752018	18	3.1	19	82	12	66	34	1	5	58	1.30
24754222--24754268	16	2.9	16	75	12	51	70	2	2	25	1.10
24754273--24754333	29	2.0	31	87	12	92	52	3	3	40	1.34
24754320--24754365	20	2.5	20	86	10	62	71	0	2	26	0.97
24754320--24754368	9	5.3	9	79	13	55	73	0	2	24	0.94
24754988--24755029	19	2.3	19	88	12	61	35	0	4	59	1.19
24756558--24756611	27	2.0	27	100	0	108	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24757523--24757582	15	3.7	15	80	10	57	40	3	0	56	1.16
24768787--24768815	14	2.1	14	100	0	58	31	13	27	27	1.94
24768903--24768974	11	6.5	11	78	12	58	38	1	2	56	1.22
24768903--24768993	17	5.4	16	82	10	76	39	1	3	56	1.23
24768903--24768993	6	16.2	6	75	19	54	39	1	3	56	1.23
24769701--24769764	6	11.0	6	75	12	53	53	0	3	43	1.16
24769706--24769750	9	5.2	9	75	20	51	57	0	2	40	1.11
24769703--24769750	18	2.9	16	85	14	71	58	0	2	39	1.10
24769779--24769812	16	2.1	16	88	0	50	58	2	0	38	1.13
24782821--24782971	40	3.5	40	69	23	117	35	19	17	27	1.94
24782813--24783092	92	3.0	92	94	0	497	35	18	17	28	1.94
24782948--24783233	141	2.0	142	90	2	450	36	18	17	28	1.93
24783090--24783325	92	2.6	92	90	0	375	35	19	17	27	1.94
24782856--24783433	233	2.5	232	92	2	957	35	18	17	28	1.94
24783277--24783391	49	2.3	49	86	5	160	35	20	16	27	1.94
24783705--24783759	11	5.0	11	86	8	76	40	0	3	56	1.17
24783696--24783775	17	4.8	16	83	6	79	40	0	5	55	1.22
24783703--24783772	5	13.0	5	78	16	61	40	0	4	55	1.19
24784486--24784549	6	11.0	6	75	12	53	53	0	3	43	1.16
24784491--24784535	9	5.2	9	75	20	51	57	0	2	40	1.11
24784488--24784535	18	2.9	16	85	14	71	58	0	2	39	1.10
24784564--24784597	16	2.1	16	88	0	50	58	2	0	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24787669--24787720	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
24790446--24790525	6	14.0	6	73	15	71	52	3	1	42	1.27
24790481--24790525	17	2.6	17	89	0	72	55	2	2	40	1.24
24790457--24790514	24	2.5	23	88	5	89	51	5	1	41	1.34
24791130--24792172	92	11.4	92	92	3	1743	34	19	14	32	1.92
24791415--24791555	40	3.5	39	72	17	133	34	21	14	29	1.93
24791927--24792161	46	5.1	46	64	25	120	34	18	15	31	1.92
24791958--24792103	40	3.3	40	70	23	123	35	20	13	30	1.91
24792167--24792414	50	4.9	50	67	11	155	14	24	20	40	1.90
24792167--24792411	101	2.4	101	85	1	330	15	24	19	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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