genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28120957--28121215	118	2.2	118	88	2	378	33	28	4	33	1.78
28120989--28121215	29	7.7	29	64	18	85	33	28	4	33	1.78
28124302--28124340	19	2.1	19	85	9	53	58	0	0	41	0.98
28124302--28124340	10	4.1	9	83	9	51	58	0	0	41	0.98
28125907--28125936	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
28127379--28127410	10	3.3	10	95	4	57	56	9	9	25	1.61
28128414--28128729	59	5.4	59	86	7	387	34	5	30	29	1.81
28128414--28128669	29	8.7	30	66	17	135	34	5	30	30	1.80
28128450--28128732	59	4.8	59	90	1	410	34	5	29	30	1.80
28128736--28128979	30	8.0	30	93	1	389	34	4	25	36	1.75
28128800--28128854	19	3.3	19	63	36	54	29	3	27	40	1.73
28130532--28130562	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
28130708--28130750	14	3.5	12	79	14	52	27	0	4	67	1.10
28130748--28130817	17	4.4	16	80	12	81	55	2	1	40	1.23
28130741--28130808	6	11.3	6	73	17	61	51	2	1	44	1.25
28130743--28130802	31	1.9	31	86	6	86	51	3	1	43	1.28
28131236--28132040	37	23.4	38	66	18	172	28	21	16	34	1.95
28131171--28132190	68	15.0	68	93	1	1593	27	20	17	34	1.95
28131171--28132186	205	5.0	204	93	1	1585	27	20	17	33	1.95
28143052--28143083	10	3.3	10	95	4	57	56	9	9	25	1.61
28144122--28144403	58	4.8	59	90	4	423	33	5	30	30	1.81
28144124--28144403	117	2.4	116	91	4	458	33	5	30	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28144407--28144618	30	7.0	30	90	1	325	33	2	26	37	1.71
28145392--28145424	16	2.1	16	94	5	59	42	24	18	15	1.88
28146169--28146199	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
28146383--28146409	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
28147571--28147692	61	2.0	61	98	0	235	46	9	12	31	1.74
28148923--28148967	3	15.0	3	90	0	72	35	2	0	62	1.08
28148251--28149725	745	2.0	725	89	4	2244	29	14	15	41	1.86
28150773--28150808	6	6.0	6	100	0	72	33	50	0	16	1.46
28150839--28150894	29	1.9	29	88	0	85	41	1	7	50	1.40
28151156--28151209	22	2.5	21	82	5	63	31	3	1	62	1.23
28151170--28151208	18	2.1	19	85	4	53	30	5	0	64	1.15
28151162--28151209	22	2.2	21	88	3	69	31	4	0	64	1.12
28157237--28157291	23	2.4	22	82	8	65	43	3	1	50	1.30
28157220--28157292	6	12.7	6	72	18	57	42	4	1	52	1.29
28157240--28157286	17	2.8	17	84	9	60	44	4	2	48	1.34
28157220--28157292	11	6.3	12	74	16	57	42	4	1	52	1.29
28157217--28157293	12	6.8	11	76	10	75	44	3	1	50	1.28
28157321--28157377	12	4.3	14	86	13	77	40	28	14	17	1.88
28157435--28157465	15	2.1	15	100	0	62	19	54	12	12	1.70
28158310--28158360	23	2.2	23	86	10	68	72	5	17	3	1.20
28159053--28159229	30	5.9	30	92	0	273	37	23	3	35	1.72
28159053--28159229	90	2.0	91	93	1	302	37	23	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28159065--28159313	90	2.8	90	80	7	233	35	26	3	34	1.73
28159242--28159338	30	3.3	30	69	7	90	32	27	4	35	1.76
28159255--28159350	29	3.2	29	68	8	77	31	30	6	32	1.82
28160358--28160389	10	3.3	10	95	4	57	28	6	9	56	1.55
28170469--28171117	68	9.5	68	94	1	1104	34	17	20	27	1.95
28171427--28171481	23	2.4	22	82	8	65	43	3	1	50	1.30
28171410--28171482	6	12.7	6	72	18	57	42	4	1	52	1.29
28171430--28171476	17	2.8	17	84	9	60	44	4	2	48	1.34
28171410--28171482	11	6.3	12	74	16	57	42	4	1	52	1.29
28171407--28171483	12	6.8	11	76	10	75	44	3	1	50	1.28
28171511--28171555	14	3.3	14	84	15	67	37	31	13	17	1.89
28171613--28171643	15	2.1	15	100	0	62	19	54	12	12	1.70
28172488--28172538	23	2.2	23	86	10	68	72	5	17	3	1.20
28173232--28173315	30	2.8	30	92	1	123	35	26	3	34	1.74
28173272--28173358	43	2.0	43	95	0	156	33	27	4	34	1.77
28173304--28173328	13	1.9	13	100	0	50	24	32	8	36	1.84
28173242--28173388	73	2.0	73	97	0	276	34	26	3	35	1.73
28173317--28173510	30	6.5	30	96	1	354	38	25	3	32	1.72
28173523--28173619	30	3.3	30	72	7	99	32	28	3	35	1.73
28174639--28174670	10	3.3	10	95	4	57	25	9	9	56	1.61
28177694--28177751	22	2.7	22	97	2	109	44	8	0	46	1.34
28178535--28178561	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28180268--28180319	21	2.5	21	84	6	70	32	26	13	26	1.94
28180360--28180411	21	2.5	21	93	0	95	38	26	11	23	1.89
28181060--28181495	201	2.2	194	80	8	470	26	27	18	27	1.98
28183546--28183577	15	2.1	15	100	0	64	21	6	21	50	1.71
28186946--28187021	2	38.0	2	100	0	152	0	50	0	50	1.00
28188100--28188150	19	2.8	18	77	11	50	31	3	1	62	1.24
28188412--28188479	34	2.0	34	91	0	109	29	22	8	39	1.84
28190783--28190825	11	3.8	11	80	17	52	65	0	2	32	1.06
28191198--28191247	3	16.7	3	95	0	91	32	0	2	66	1.03
28197275--28197466	96	2.0	96	83	8	239	36	13	19	30	1.90
28197701--28197860	58	2.7	57	80	7	160	36	5	26	31	1.80
28197701--28197800	28	3.5	27	72	17	87	37	5	24	34	1.77
28197852--28197984	58	2.3	57	79	6	140	35	3	23	37	1.73
28197852--28198015	29	5.6	29	76	5	125	34	4	23	37	1.76
28197900--28198018	59	2.0	58	80	4	132	33	5	24	36	1.77
28199004--28199046	18	2.5	18	88	7	63	46	0	0	53	1.00
28199811--28199845	17	2.1	17	88	0	52	51	0	2	45	1.16
28200301--28200687	201	1.9	200	88	1	587	23	22	18	35	1.96
28200694--28201434	205	3.6	207	88	3	1040	22	21	20	35	1.96
28201802--28202213	49	8.4	49	83	5	402	13	26	22	36	1.92
28201800--28202090	97	3.0	98	85	3	390	15	27	21	35	1.93
28201813--28202088	146	1.9	145	87	3	403	14	27	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28201845--28202220	97	3.8	99	80	9	281	12	26	23	37	1.91
28203142--28203195	1	54.0	1	77	0	54	0	11	0	88	0.50
28203142--28203195	11	4.9	11	97	0	99	0	11	0	88	0.50
28203140--28203195	17	3.4	17	83	14	80	0	12	0	87	0.54
28208140--28208204	28	2.3	29	78	10	80	27	9	27	35	1.87
28208239--28208488	59	4.2	59	83	3	288	35	4	24	35	1.77
28208271--28208487	30	7.3	30	78	10	221	36	5	24	34	1.77
28209488--28209535	16	2.9	17	81	12	55	47	0	2	50	1.12
28209513--28209556	24	1.9	22	95	0	61	43	0	4	52	1.22
28210294--28210368	17	4.4	17	68	1	60	52	5	5	37	1.47
28210368--28210392	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28211222--28211265	23	1.9	23	86	9	63	43	4	0	52	1.22
28225060--28225108	25	2.0	25	92	4	82	40	0	4	55	1.19
28232617--28232703	24	3.6	24	84	4	95	32	25	19	22	1.98
28232706--28232835	27	4.8	27	87	3	181	31	22	17	28	1.97
28235259--28235339	37	2.2	37	86	4	110	30	11	23	34	1.90
28235429--28235546	45	2.6	45	85	2	139	28	20	23	27	1.99
28235845--28235902	19	3.2	19	81	13	77	31	3	27	37	1.73
28244562--28244600	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
28244826--28244858	17	1.9	17	100	0	66	24	27	0	48	1.51
28246441--28246479	15	2.7	15	88	7	55	66	2	30	0	1.05
28247546--28247595	18	2.8	18	78	0	55	76	2	18	4	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250490--28250514	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28250751--28250818	29	2.4	29	76	11	77	29	5	5	58	1.45
28251600--28251689	26	3.5	26	79	10	87	22	7	8	61	1.51
28251619--28251690	26	2.8	26	87	2	101	20	9	8	61	1.53
28262001--28262558	49	11.5	49	71	9	275	44	17	18	19	1.87
28262003--28262447	98	4.5	97	77	6	333	44	17	18	18	1.87
28262003--28262534	196	2.7	194	79	5	513	44	17	18	19	1.87
28262470--28262583	49	2.3	49	83	1	129	42	20	16	20	1.89
28262962--28262987	13	2.0	13	100	0	52	76	7	15	0	0.99
28264772--28264805	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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