genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25855776--25855828	25	2.1	25	85	0	70	64	9	9	16	1.49
25858023--25858047	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25867506--25867564	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
25867524--25867683	58	2.8	56	79	14	166	45	1	1	50	1.23
25867862--25867906	16	2.8	16	89	0	63	28	28	0	42	1.56
25867977--25868015	14	2.7	14	88	4	51	38	5	5	51	1.46
25867982--25868030	14	3.3	15	83	10	57	38	4	4	53	1.39
25867989--25868037	15	3.3	15	85	2	64	38	2	4	55	1.31
25868485--25869068	182	3.2	182	92	3	948	26	23	15	33	1.95
25877722--25877767	20	2.3	20	88	0	65	23	8	4	63	1.42
25877738--25877781	20	2.2	20	88	8	63	13	15	6	63	1.49
25878031--25878091	28	2.3	27	83	13	74	34	0	1	63	1.04
25878718--25878763	15	2.8	17	72	21	53	34	2	6	56	1.37
25882132--25882219	15	6.2	15	67	25	57	11	11	13	63	1.52
25882132--25882300	25	6.9	23	78	15	112	11	12	14	62	1.55
25882156--25882295	5	27.8	5	71	20	78	8	14	15	61	1.56
25882147--25882189	20	2.2	20	95	0	77	11	13	11	62	1.54
25882126--25882290	50	3.3	49	82	7	172	10	12	14	62	1.55
25882156--25882305	25	6.0	25	88	4	221	9	13	15	62	1.55
25882508--25882590	24	3.3	24	65	12	67	22	12	2	62	1.41
25882503--25882608	52	2.0	52	94	3	187	25	13	4	56	1.56
25883386--25883433	20	2.4	20	82	0	60	0	14	22	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25883390--25883430	15	2.8	15	92	3	66	0	14	24	60	1.34
25883442--25883555	27	4.6	27	71	20	88	8	10	12	68	1.40
25883422--25883518	43	2.3	43	90	3	151	10	12	11	65	1.46
25883459--25883492	16	2.1	16	94	0	59	8	11	11	67	1.42
25883417--25883545	22	5.7	22	76	11	118	9	11	12	66	1.44
25883480--25883550	27	2.6	27	95	0	124	5	12	12	69	1.36
25891122--25891154	17	1.9	17	88	11	50	36	21	0	42	1.53
25893252--25893290	8	4.8	8	84	6	51	5	10	0	84	0.76
25893252--25893293	17	2.5	17	88	11	68	7	9	0	83	0.81
25898121--25898211	42	2.1	43	95	2	166	25	23	31	19	1.98
25905497--25905583	31	2.8	30	86	6	120	12	12	19	55	1.69
25905764--25905852	21	4.1	21	77	9	90	58	10	19	12	1.62
25912105--25912150	23	2.0	23	95	4	85	67	17	4	10	1.37
25913132--25913171	20	2.0	20	90	0	62	80	5	0	15	0.88
25915922--25915971	13	3.8	14	76	12	52	74	2	2	22	1.03
25919766--25919925	26	6.2	26	88	2	225	30	15	25	28	1.96
25924348--25924642	26	11.5	26	77	3	274	33	15	23	27	1.95
25926397--25926440	22	2.0	23	86	8	65	36	18	2	43	1.63
25940905--25940943	20	2.0	20	89	0	60	30	20	20	28	1.98
25945413--25945582	89	1.9	87	86	2	241	51	17	16	15	1.77
25946375--25946839	101	4.6	100	76	8	345	35	18	19	26	1.94
25946476--25946645	50	3.4	50	66	15	116	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25948385--25948438	25	2.2	25	83	6	65	25	7	1	64	1.30
25948492--25948531	4	9.8	4	89	5	62	20	2	2	75	1.04
25948644--25948698	29	1.9	28	85	3	74	27	18	0	54	1.44
25954687--25954848	30	5.5	30	73	18	128	34	3	29	32	1.73
25954711--25954854	30	5.0	28	76	12	148	34	3	30	31	1.75
25954687--25954876	58	3.3	58	88	3	249	34	3	28	33	1.73
25955572--25955600	11	2.5	12	94	5	51	0	20	0	79	0.74
25955934--25956009	9	8.0	9	74	12	64	39	2	3	53	1.33
25955916--25955974	19	3.1	19	85	4	66	44	1	0	54	1.10
25956048--25956086	3	12.7	3	83	5	51	66	2	2	28	1.18
25956047--25956086	19	2.1	19	90	0	62	67	2	2	27	1.16
25956809--25956877	17	4.2	17	83	10	90	57	1	2	37	1.22
25956817--25956844	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
25956809--25956877	6	11.7	6	72	14	54	57	1	2	37	1.22
25956809--25956878	11	6.0	11	75	15	52	58	1	2	37	1.22
25957242--25957311	30	2.3	31	76	11	74	51	7	4	37	1.49
25961196--25961252	23	2.7	20	73	19	53	40	7	1	50	1.40
25963550--25963589	14	2.8	15	79	20	50	62	5	10	22	1.46
25963598--25963639	18	2.3	18	87	4	57	73	0	4	21	1.01
25963702--25964038	30	11.6	28	77	12	204	34	2	26	35	1.72
25963713--25964007	29	10.1	30	77	12	215	35	3	25	35	1.73
25963722--25964046	58	5.6	60	75	12	168	34	3	25	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25965472--25965551	34	2.4	34	95	0	151	42	15	12	30	1.83
25965991--25966040	17	2.9	17	79	8	57	62	2	2	34	1.18
25966504--25966610	39	2.8	37	70	5	97	28	17	29	24	1.97
25966647--25967299	39	16.8	38	70	7	400	24	20	32	22	1.98
25966729--25967299	78	7.4	77	86	2	750	23	20	32	22	1.98
25966729--25967299	310	1.8	310	86	3	835	23	20	32	22	1.98
25967564--25968005	50	9.0	50	71	7	231	18	28	17	34	1.94
25975048--25975089	15	2.7	15	88	3	57	54	2	7	35	1.41
25976302--25976489	29	6.4	29	74	14	163	36	26	1	35	1.66
25976263--25976469	59	3.6	56	76	12	168	36	26	2	33	1.72
25976259--25976490	88	2.6	87	76	15	228	35	26	2	35	1.70
25981980--25982044	20	3.1	21	86	8	80	78	1	16	3	0.96
25981986--25982044	7	8.7	6	77	22	55	77	1	16	3	0.98
25981996--25982039	15	3.1	14	81	15	54	79	2	15	2	0.93
25983255--25983688	98	4.4	97	82	4	447	40	21	23	14	1.90
25983812--25984065	100	2.5	101	94	1	447	35	16	17	30	1.92
25984155--25984645	78	6.3	78	80	3	513	24	30	19	25	1.98
25984155--25984645	156	3.1	155	84	5	616	24	30	19	25	1.98
25984155--25984645	39	12.6	39	67	12	247	24	30	19	25	1.98
25984675--25985199	201	2.7	200	87	3	724	35	19	23	21	1.96
25985639--25985671	15	2.3	15	89	5	50	63	12	15	9	1.51
25986443--25986732	29	9.9	29	71	15	188	36	24	2	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25986509--25986732	58	3.8	59	80	8	237	35	24	2	37	1.68
25993856--25993914	15	4.1	15	76	10	61	15	1	8	74	1.13
25993850--25993914	28	2.3	29	77	22	75	16	1	7	73	1.13
25997648--25997686	16	2.8	13	79	20	51	28	20	10	41	1.85
25997702--25997750	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
26002868--26003055	52	3.6	51	89	2	286	26	12	24	36	1.91
26005516--26005563	20	2.3	21	75	3	53	18	14	12	54	1.71
26013391--26013610	28	7.8	28	78	6	174	23	27	14	35	1.93
26013391--26013619	86	2.7	84	75	10	198	23	27	13	34	1.93
26015452--26016062	59	10.3	59	79	8	469	38	2	22	37	1.66
26015570--26016074	29	17.1	29	74	11	305	37	1	22	38	1.64
26017166--26017209	9	4.7	9	81	10	52	36	0	4	59	1.18
26017981--26018080	6	17.0	6	66	15	57	49	2	3	46	1.28
26018011--26018076	17	3.7	18	82	9	82	54	3	1	40	1.25
26018494--26019058	50	11.4	50	69	15	305	12	25	21	40	1.89
26018570--26018754	96	1.9	97	82	7	234	10	23	25	41	1.86
26018494--26018762	146	1.8	148	87	3	400	10	23	23	42	1.86
26018593--26019058	100	4.7	100	81	6	450	12	26	21	39	1.89
26026933--26026964	10	3.1	10	95	4	55	37	12	31	18	1.88
26030657--26030944	29	10.0	29	70	15	102	35	5	24	34	1.78
26030665--26031295	58	10.8	56	73	11	303	36	3	24	36	1.71
26030778--26031360	117	5.0	116	80	7	540	35	3	24	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26030778--26031360	58	9.9	59	79	3	500	35	3	24	37	1.72
26030863--26031299	29	15.0	29	73	10	284	35	1	25	37	1.67
26030922--26031364	30	15.1	30	74	10	240	35	2	24	37	1.67
26030875--26031360	29	16.6	30	70	16	229	34	2	24	38	1.69
26032466--26032503	16	2.4	16	86	8	51	34	0	5	60	1.19
26032475--26032509	3	11.0	3	88	11	52	34	0	2	62	1.10
26032475--26032509	10	3.7	9	92	3	52	34	0	2	62	1.10
26033314--26033380	17	3.8	17	84	6	71	53	4	2	38	1.36
26033347--26033400	25	2.2	25	83	6	65	57	1	3	37	1.27
26033962--26034303	49	6.9	50	74	7	182	43	18	17	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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