genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27425111--27425201	41	2.2	41	86	0	128	35	12	29	23	1.91
27425644--27425693	25	2.0	25	100	0	100	28	12	16	44	1.83
27429022--27429152	43	3.1	42	85	5	174	29	17	24	28	1.97
27431828--27431978	66	2.3	66	79	2	169	31	17	23	26	1.97
27442762--27442933	89	1.9	89	89	3	265	44	11	15	27	1.81
27443972--27444241	57	4.7	58	74	12	207	39	4	22	32	1.76
27444135--27444251	30	3.9	29	67	8	74	39	5	23	32	1.76
27444164--27444238	30	2.5	30	80	10	82	40	4	18	37	1.70
27445351--27445392	3	14.3	3	80	5	50	38	0	0	61	0.96
27445357--27445391	9	3.9	9	100	0	70	42	0	0	57	0.99
27446096--27446171	6	13.0	6	67	10	50	52	2	3	40	1.34
27446096--27446172	12	6.6	12	72	11	61	53	2	3	40	1.33
27446096--27446171	18	4.4	17	73	9	64	52	2	3	40	1.34
27446098--27446188	46	2.0	46	80	4	103	53	6	3	36	1.43
27448836--27448895	31	1.9	31	93	0	102	51	10	25	13	1.71
27449763--27449902	40	3.3	41	71	11	106	40	12	27	20	1.88
27453769--27453930	43	3.7	43	78	6	168	30	16	24	27	1.97
27453851--27453947	43	2.3	43	83	3	115	26	21	23	27	1.99
27462006--27462096	45	2.0	45	93	6	157	43	12	16	27	1.83
27462109--27462231	40	3.0	40	76	4	138	40	13	25	20	1.89
27462141--27462291	42	3.6	42	73	7	137	39	12	25	22	1.89
27462121--27462252	40	3.3	39	73	14	115	40	12	25	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27462265--27462350	41	2.1	41	84	0	109	34	10	27	26	1.89
27462117--27462350	82	2.9	82	81	2	274	37	11	26	23	1.90
27470300--27470348	18	3.0	17	77	14	50	42	2	16	38	1.60
27470545--27470705	23	7.3	23	77	14	135	10	24	21	42	1.84
27470628--27470701	39	1.9	38	88	2	112	10	22	22	43	1.84
27471180--27471223	22	2.0	22	100	0	88	22	31	18	27	1.97
27473066--27473145	23	3.5	22	87	3	106	36	28	22	12	1.91
27473062--27473164	45	2.3	46	81	6	138	38	25	24	11	1.89
27473063--27473161	23	4.4	22	80	8	101	39	25	23	12	1.89
27483962--27483990	14	2.0	15	93	6	51	24	0	6	68	1.13
27487366--27487404	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
27491784--27491951	89	1.9	89	88	3	257	47	10	14	26	1.77
27492961--27493029	29	2.4	29	85	0	75	39	4	23	33	1.74
27493077--27493199	30	4.2	29	75	13	112	34	2	26	37	1.70
27494294--27494346	3	17.3	3	76	3	52	37	1	0	60	1.08
27494295--27494345	9	5.9	9	82	17	72	39	1	0	58	1.09
27494295--27494362	34	2.0	34	82	5	84	42	1	1	54	1.18
27495046--27495153	42	2.7	40	71	16	96	40	14	25	19	1.90
27498680--27498804	66	1.9	66	81	3	153	40	15	26	17	1.89
27499078--27499220	43	3.3	43	75	5	153	29	16	24	30	1.96
27502584--27502649	30	2.2	30	84	10	82	28	21	22	27	1.99
27502595--27502762	36	5.0	36	63	17	101	29	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27507364--27507457	47	2.0	47	93	0	161	42	11	17	28	1.84
27507480--27507658	82	2.2	83	84	1	225	41	13	24	20	1.89
27507480--27507674	40	4.8	40	72	8	131	38	13	26	21	1.90
27513828--27513862	16	2.2	17	90	10	56	54	5	11	28	1.59
27514452--27514493	21	2.0	21	90	0	66	40	16	11	30	1.85
27521739--27521921	42	4.5	42	77	9	189	40	14	27	17	1.88
27521745--27521895	79	1.9	81	84	5	209	39	13	27	19	1.89
27521738--27522166	40	10.5	40	71	9	154	38	17	24	20	1.93
27525644--27525683	14	2.9	14	88	7	55	47	15	20	17	1.83
27531505--27531598	43	2.2	43	79	5	109	30	15	23	29	1.96
27534535--27534593	30	2.0	30	89	0	91	30	18	20	30	1.96
27534530--27534700	66	2.6	66	76	7	184	31	16	25	26	1.96
27539978--27540310	158	2.1	158	85	3	438	22	23	24	30	1.99
27542940--27543299	186	1.9	186	94	0	630	39	11	15	33	1.84
27556768--27556819	17	2.9	18	78	15	63	28	1	3	65	1.21
27556876--27556919	9	4.7	9	81	10	52	63	0	6	29	1.20
27562885--27562986	33	3.3	31	74	18	97	38	1	1	57	1.21
27567891--27567955	12	5.6	11	72	15	51	38	3	3	55	1.31
27567900--27567977	18	4.4	18	84	6	72	41	1	2	55	1.22
27567899--27567977	35	2.3	35	84	8	99	40	1	2	55	1.21
27567899--27567977	17	4.5	17	81	10	97	40	1	2	55	1.21
27568986--27569023	18	2.1	18	90	0	58	52	13	7	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27570913--27571229	28	11.0	29	80	6	288	34	3	23	38	1.71
27570933--27571229	58	5.1	57	80	8	307	35	2	23	38	1.69
27571204--27571251	25	1.9	25	95	0	87	37	0	29	33	1.58
27571494--27571562	29	2.3	31	80	9	81	55	10	14	20	1.68
27573164--27573201	6	6.5	6	82	17	53	55	0	2	42	1.14
27573169--27573212	11	3.9	11	84	3	52	54	2	2	40	1.25
27573578--27574487	200	4.5	200	90	1	1403	20	22	21	36	1.95
27585227--27585289	28	2.2	29	86	10	87	31	9	28	30	1.89
27585389--27585835	30	15.5	30	75	12	205	36	2	23	37	1.69
27585389--27585805	58	7.2	57	76	8	283	35	2	23	37	1.70
27585389--27585835	28	15.5	28	75	10	226	36	2	23	37	1.69
27585389--27585835	87	5.2	86	76	9	322	36	2	23	37	1.69
27586063--27586133	29	2.4	30	81	9	83	59	9	11	19	1.59
27587747--27587779	11	2.8	12	90	9	59	63	0	0	36	0.95
27587711--27587768	18	3.4	17	76	9	55	51	6	1	39	1.39
27587731--27587800	29	2.5	28	83	2	77	65	5	0	28	1.15
27588919--27588969	20	2.6	19	78	6	57	60	1	7	29	1.36
27594072--27594108	12	3.1	12	84	0	56	56	16	5	21	1.59
27599203--27599346	23	6.2	23	85	9	168	11	26	22	39	1.88
27599203--27599335	71	1.9	69	87	6	196	12	27	22	38	1.89
27599311--27599385	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
27600675--27600719	12	3.6	12	85	8	54	11	13	2	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605260--27605386	23	5.5	22	75	11	112	43	20	22	14	1.87
27605268--27605316	25	1.9	26	87	4	73	38	20	26	14	1.91
27605267--27605417	23	6.4	22	75	15	108	42	20	23	13	1.87
27605248--27605384	69	2.0	66	86	11	186	43	20	21	13	1.86
27605299--27605417	23	5.1	23	82	8	125	42	21	23	12	1.86
27605267--27605417	46	3.2	45	74	15	126	42	20	23	13	1.87
27612556--27612707	23	6.5	23	75	11	114	46	20	19	13	1.83
27612556--27612705	69	2.1	67	83	11	178	46	20	20	13	1.83
27616796--27616833	18	2.1	18	85	9	51	28	7	10	52	1.64
27620586--27620618	13	2.4	14	90	10	50	42	3	0	54	1.15
27637108--27637166	12	5.0	12	82	10	68	27	15	13	44	1.84
27637123--27637167	23	1.9	23	90	4	72	20	15	13	51	1.76
27637260--27637352	23	4.0	23	84	1	105	27	9	19	43	1.82
27642681--27642736	22	2.6	21	75	18	53	37	0	1	60	1.07
27643184--27643231	10	5.2	10	78	11	50	62	0	0	37	0.95
27643193--27643230	11	3.9	10	86	13	53	68	0	0	31	0.90
27648443--27648522	39	2.0	40	95	2	144	30	22	17	30	1.97
27648447--27648539	39	2.4	38	83	7	98	30	22	17	30	1.96
27652276--27652301	6	4.3	6	100	0	52	0	53	0	46	1.00
27654240--27654376	72	1.9	71	89	1	211	18	26	22	32	1.97
27658013--27658087	24	3.1	24	82	0	87	29	21	21	28	1.98
27662965--27663017	27	1.9	28	84	3	72	3	18	3	73	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27666793--27667021	30	7.9	26	71	18	65	37	2	26	33	1.69
27666881--27667285	30	13.6	30	87	3	532	36	2	23	37	1.69
27666910--27667283	149	2.5	149	89	3	583	36	2	22	37	1.69
27669118--27669193	16	4.8	16	80	11	84	56	2	1	39	1.21
27669095--27669188	6	15.8	6	72	14	70	50	1	2	46	1.20
27669152--27669206	27	2.0	27	89	0	83	54	5	0	40	1.23
27669444--27669570	65	2.0	65	87	0	182	30	19	14	34	1.92
27669706--27670998	68	18.9	68	95	0	2136	28	20	16	34	1.94
27669550--27670998	411	3.5	411	95	1	2549	28	20	16	34	1.94
27682816--27683148	30	11.2	30	88	2	424	36	2	23	38	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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