genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24015838--24015888	21	2.4	21	83	0	57	9	31	11	47	1.73
24015859--24015943	30	2.8	30	75	10	84	5	27	16	50	1.68
24015858--24015899	21	2.0	21	85	0	57	4	28	16	50	1.66
24030475--24030544	16	4.3	16	76	12	63	52	0	1	45	1.09
24030490--24030546	25	2.2	25	81	9	62	50	0	0	49	1.00
24030495--24030577	32	2.7	31	76	9	89	49	1	0	49	1.08
24030752--24030793	16	2.6	16	80	0	57	23	28	4	42	1.74
24031054--24031249	99	2.0	102	91	3	326	28	14	20	36	1.92
24030897--24031384	260	1.9	259	88	3	748	26	16	22	33	1.96
24032665--24032710	17	2.7	17	89	0	65	52	6	0	41	1.27
24032650--24032703	28	1.9	28	85	7	74	50	7	0	42	1.30
24032678--24032732	17	3.2	17	84	0	74	56	7	0	36	1.27
24033538--24033713	93	1.9	93	83	2	228	40	16	12	30	1.85
24038575--24038613	16	2.5	15	87	4	51	61	2	0	35	1.10
24041697--24041810	29	3.9	29	81	4	140	34	4	23	37	1.75
24041692--24041841	59	2.5	60	87	6	198	34	4	24	37	1.76
24041730--24041841	30	3.7	30	85	2	145	35	2	21	40	1.68
24042915--24042966	3	17.0	3	80	4	59	36	1	1	59	1.19
24043712--24043759	17	2.8	17	93	0	78	52	0	0	47	1.00
24043714--24043762	6	8.5	6	74	17	50	48	0	0	51	1.00
24043731--24043776	24	2.0	24	91	4	76	54	2	0	43	1.12
24043751--24043794	17	2.5	18	85	7	63	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24043731--24043783	24	2.3	22	87	9	70	52	3	0	43	1.19
24043733--24043776	11	3.8	11	80	11	52	56	2	0	40	1.11
24044127--24044759	201	3.1	201	85	4	817	23	23	19	33	1.97
24056731--24056957	29	7.8	29	82	5	251	36	0	23	40	1.55
24056730--24056986	29	8.8	30	81	8	248	36	0	22	40	1.57
24056730--24056957	59	3.9	58	84	6	298	36	0	23	40	1.55
24059394--24059604	23	9.4	23	77	11	195	40	22	23	12	1.89
24061688--24061746	18	3.4	17	85	4	82	54	3	1	40	1.27
24061689--24061746	11	5.0	11	78	14	55	55	3	1	39	1.27
24061688--24061746	6	10.0	6	74	17	52	54	3	1	40	1.27
24062248--24062352	44	2.5	41	79	15	110	30	9	4	55	1.53
24063529--24063557	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
24067064--24067120	29	1.9	30	89	3	89	73	3	15	7	1.18
24070136--24070160	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24079658--24080202	151	3.5	155	82	7	606	32	23	18	25	1.97
24089276--24089350	33	2.3	29	72	25	53	49	0	1	49	1.09
24089301--24089358	24	2.5	23	78	10	64	51	0	0	48	1.00
24089552--24089617	13	5.1	13	83	0	87	42	13	1	42	1.53
24107624--24107665	20	2.2	20	91	4	68	52	4	28	14	1.62
24108935--24108982	20	2.5	20	86	3	62	41	14	0	43	1.45
24110572--24110723	10	15.7	9	66	18	56	26	5	1	66	1.21
24110583--24110658	35	2.1	37	83	11	95	28	6	2	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24110627--24110721	20	4.7	20	78	8	86	26	4	0	69	1.06
24110620--24110723	10	10.7	9	68	18	57	26	3	0	69	1.06
24110627--24110721	31	3.1	30	79	11	104	26	4	0	69	1.06
24110620--24110723	21	5.3	18	69	18	57	26	3	0	69	1.06
24110789--24110956	90	1.9	89	86	1	237	36	8	18	36	1.81
24116352--24116405	22	2.4	22	93	3	90	9	22	24	44	1.81
24120872--24120906	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
24121059--24121106	18	2.8	16	87	6	51	54	0	0	45	0.99
24121070--24121106	18	2.1	17	95	5	65	51	0	0	48	1.00
24129714--24129881	43	3.9	43	79	3	158	26	20	17	35	1.94
24131023--24131058	17	2.1	17	100	0	72	47	13	5	33	1.67
24132316--24132540	41	5.7	41	73	12	193	34	20	23	21	1.96
24132404--24132539	72	1.9	72	82	0	173	34	19	22	22	1.97
24134118--24134242	43	2.9	43	78	8	130	43	20	20	15	1.88
24134357--24134408	17	3.1	17	69	2	52	9	48	9	32	1.69
24134631--24134666	18	2.0	18	94	0	63	25	0	41	33	1.55
24136324--24136365	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24143347--24143474	43	3.0	41	77	7	123	29	17	22	30	1.96
24143436--24143535	42	2.4	42	77	3	112	29	20	23	28	1.98
24145551--24145603	22	2.4	22	93	0	88	24	32	11	32	1.91
24147195--24147265	21	3.4	21	71	11	74	32	12	14	40	1.83
24149597--24149639	3	14.3	3	85	0	50	30	2	4	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24149591--24149641	24	2.1	24	88	0	75	31	5	3	58	1.40
24151323--24151363	13	2.8	15	75	17	50	26	0	2	70	0.99
24152185--24152239	22	2.5	22	79	5	58	72	1	3	21	1.09
24155938--24155972	18	1.9	18	100	0	70	22	28	5	42	1.76
24156113--24156164	18	2.9	18	79	0	59	25	36	5	32	1.80
24157533--24157650	3	40.7	3	69	17	54	27	2	3	66	1.20
24157533--24157653	11	11.0	11	72	10	88	27	2	3	66	1.19
24157610--24157659	18	2.7	19	82	11	52	32	0	2	66	1.03
24158981--24159042	30	2.1	30	100	0	124	25	9	19	45	1.81
24171925--24171958	17	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
24172691--24172754	29	2.2	29	91	0	101	26	4	4	64	1.33
24174060--24174119	21	2.7	21	78	17	59	51	1	5	41	1.33
24175528--24175573	18	2.4	18	85	7	56	67	6	4	21	1.32
24175551--24175590	20	2.0	20	95	4	73	72	2	5	20	1.15
24175572--24175637	19	3.7	18	77	15	66	60	3	3	33	1.27
24175538--24175797	9	28.1	9	65	17	79	60	5	4	30	1.37
24175538--24175683	19	7.9	18	69	20	56	63	4	2	29	1.27
24175663--24175717	28	2.0	28	82	13	69	56	1	3	38	1.28
24175728--24175798	29	2.4	29	79	4	72	66	7	4	22	1.34
24176282--24176306	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24176368--24176414	10	4.5	11	82	15	55	29	0	0	70	0.88
24176368--24176415	21	2.3	22	82	13	57	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24176363--24176415	19	2.6	21	80	17	67	35	0	0	64	0.94
24177006--24177056	10	5.4	10	81	13	56	68	1	0	29	1.00
24176993--24177045	18	3.1	16	78	13	52	67	0	0	32	0.91
24177006--24177066	27	2.2	28	80	11	72	67	3	0	29	1.07
24177032--24177063	9	3.4	10	91	8	50	68	6	0	25	1.12
24177110--24177163	26	2.1	26	85	0	72	53	9	3	33	1.50
24178438--24178462	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24187638--24187691	21	2.6	21	77	11	65	24	18	9	48	1.77
24190320--24190372	21	2.5	22	81	9	65	33	11	24	30	1.90
24208312--24208341	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
24209735--24209768	3	11.3	3	87	0	50	2	29	0	67	1.05
24215092--24215161	11	5.9	11	70	15	50	42	1	1	54	1.18
24215954--24215997	3	14.0	3	90	9	70	65	2	0	31	1.05
24215954--24216000	22	2.1	23	96	4	69	65	2	0	31	1.04
24215954--24215997	13	3.5	12	90	9	70	65	2	0	31	1.05
24215947--24216008	23	2.5	26	80	20	87	61	1	0	37	1.06
24217023--24217133	29	3.8	29	75	8	91	35	25	6	33	1.81
24217082--24217391	59	5.3	58	86	5	362	34	29	2	33	1.71
24217080--24217391	30	10.7	28	67	19	122	33	29	2	34	1.71
24217082--24217431	118	3.0	118	82	7	426	32	29	4	34	1.76
24217082--24217430	59	5.9	59	82	7	340	32	29	4	33	1.76
24228654--24228692	19	2.0	20	95	5	71	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24229605--24229730	38	3.3	38	69	13	105	34	16	16	31	1.92
24229711--24230537	69	11.9	69	93	1	1325	35	15	20	28	1.94
24229559--24230537	138	6.9	138	91	3	1388	34	16	19	29	1.94
24229559--24230537	207	4.6	207	90	3	1406	34	16	19	29	1.94
24230873--24230960	6	15.0	6	70	17	60	44	1	2	52	1.21
24231736--24231773	3	12.0	3	89	10	58	65	2	0	31	1.06
24231729--24231784	20	2.6	23	78	21	75	60	1	0	37	1.07
24232766--24232868	29	3.6	27	78	12	100	39	24	2	33	1.70
24232855--24233195	29	11.7	28	68	17	160	32	27	3	36	1.73
24232765--24233193	59	7.3	59	82	6	450	34	27	3	34	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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