genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23322465--23322642	76	2.3	76	94	0	311	22	21	17	38	1.93
23322550--23323208	209	3.2	206	84	2	825	24	20	16	38	1.93
23323337--23324184	39	21.8	39	69	7	326	25	18	30	25	1.98
23323351--23324223	78	11.2	78	79	3	828	25	18	30	25	1.98
23323348--23324224	117	7.5	117	69	9	419	25	18	30	25	1.98
23323329--23324223	156	5.7	156	80	4	921	25	18	30	25	1.98
23324497--23324684	98	1.9	98	81	2	225	18	28	18	34	1.94
23324517--23324852	50	6.8	49	78	9	238	18	30	17	33	1.94
23324517--23324854	99	3.4	99	76	6	317	18	30	17	33	1.94
23325762--23325846	6	13.7	6	72	20	52	2	14	2	81	0.90
23325762--23325807	14	3.3	14	84	6	58	0	13	2	84	0.71
23325773--23325851	17	4.9	15	70	19	52	2	13	2	81	0.91
23325764--23325852	9	9.6	9	72	16	65	2	14	2	80	0.90
23325776--23325852	24	3.5	22	76	15	70	2	14	2	80	0.93
23325761--23325849	29	3.2	29	82	9	105	3	13	2	80	0.93
23325762--23325849	36	2.5	36	79	13	94	2	13	2	81	0.88
23326709--23326748	14	2.9	14	88	7	55	0	20	0	80	0.72
23326707--23326750	22	2.0	23	86	4	63	0	20	0	79	0.73
23331631--23331709	29	2.7	30	80	9	83	35	3	22	37	1.73
23331634--23331754	30	4.1	28	74	17	95	35	3	23	38	1.71
23348180--23348239	24	2.6	23	89	2	93	30	11	5	53	1.58
23348181--23348239	23	2.5	24	88	2	93	30	11	5	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23351676--23351709	13	2.6	13	95	0	59	26	17	14	41	1.88
23357693--23357766	30	2.5	31	79	16	93	20	6	0	72	1.06
23365929--23365958	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
23365931--23365964	14	2.3	15	90	5	52	50	8	0	41	1.34
23365931--23365966	15	2.4	15	90	0	54	50	8	0	41	1.33
23366574--23366874	30	10.1	30	76	6	123	36	20	2	39	1.68
23366595--23366874	60	4.7	58	79	6	267	37	20	2	40	1.66
23366595--23366874	90	3.1	87	82	7	296	37	20	2	40	1.66
23368700--23368774	27	2.7	29	76	15	79	40	1	0	58	1.06
23368754--23368804	19	2.6	19	70	14	50	43	1	0	54	1.11
23374617--23374656	20	1.9	20	85	10	53	45	10	12	32	1.75
23374650--23374701	20	2.7	20	81	3	61	50	11	7	30	1.67
23377852--23377909	29	2.0	29	96	0	107	22	24	13	39	1.90
23391060--23391220	59	2.7	58	78	5	153	38	3	28	29	1.74
23391192--23391398	30	6.9	29	84	4	243	33	4	24	37	1.75
23391200--23391400	90	2.2	89	86	8	273	33	4	23	37	1.75
23392260--23392297	15	2.5	15	91	0	58	18	36	0	44	1.50
23394117--23394150	15	2.3	15	90	5	52	38	2	5	52	1.41
23400535--23400772	52	4.6	52	86	2	311	22	17	26	34	1.96
23401575--23401627	21	2.5	21	78	0	61	30	11	26	32	1.91
23405823--23406104	52	5.5	52	88	2	410	24	15	23	35	1.94
23410745--23410958	109	2.0	110	80	6	247	29	13	16	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23419014--23419067	23	2.3	23	80	0	63	29	22	20	27	1.98
23428851--23428902	23	2.3	23	89	0	77	28	26	23	21	1.99
23430662--23430775	40	2.8	40	86	5	151	42	14	18	23	1.87
23430788--23431019	41	5.7	41	88	3	301	29	18	30	21	1.97
23430865--23430936	23	3.4	23	63	28	59	25	22	33	19	1.97
23430788--23431019	81	2.9	83	84	5	303	29	18	30	21	1.97
23430832--23431019	40	4.6	41	86	6	136	29	18	30	21	1.97
23446651--23446696	18	2.3	21	85	10	62	34	0	2	63	1.07
23446651--23446699	19	2.5	19	75	15	55	34	0	2	63	1.06
23449842--23449876	18	1.9	18	88	11	54	34	5	14	45	1.68
23453346--23453385	21	1.9	21	84	0	53	27	5	15	52	1.63
23454299--23454337	13	3.0	13	80	0	51	41	0	0	58	0.98
23456011--23456097	41	2.1	41	93	0	147	28	17	31	22	1.97
23461942--23461978	14	2.7	14	80	19	51	48	0	0	51	1.00
23462309--23462351	13	3.2	13	75	12	50	69	11	0	18	1.17
23470369--23470412	20	2.2	20	100	0	88	40	13	9	36	1.76
23471067--23471092	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
23480920--23480967	18	2.5	20	83	13	64	35	0	2	62	1.07
23486769--23486928	59	2.7	58	84	5	187	39	1	23	35	1.63
23486689--23487059	117	3.2	114	79	8	313	34	2	26	36	1.71
23486689--23487059	58	6.4	58	77	8	272	34	2	26	36	1.71
23486674--23487056	29	13.1	30	72	15	200	35	3	25	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23486739--23487054	29	10.8	29	76	10	216	36	1	24	37	1.67
23488735--23488798	6	11.0	6	81	6	78	56	1	0	42	1.09
23488717--23488823	17	6.2	17	85	5	135	53	2	0	42	1.22
23488736--23488794	11	5.2	11	80	10	66	55	1	0	42	1.09
23492969--23493044	34	2.2	32	78	13	80	36	5	6	51	1.51
23492988--23493058	17	4.2	17	75	0	70	38	4	4	53	1.40
23494692--23494896	30	6.9	29	68	11	105	34	22	2	39	1.70
23494692--23494901	59	3.6	59	79	9	198	34	24	2	38	1.70
23494819--23494959	59	2.4	59	83	2	167	36	26	3	32	1.74
23494822--23494963	30	4.8	29	65	21	73	37	27	4	30	1.76
23499953--23500000	25	2.0	24	88	12	71	81	4	10	4	0.97
23499950--23499992	16	2.7	15	82	10	50	83	4	9	2	0.87
23501251--23501491	48	5.0	48	84	4	295	39	24	24	10	1.87
23501238--23501491	98	2.6	97	84	3	321	40	24	24	10	1.87
23501417--23501573	82	1.9	82	84	2	208	35	25	28	10	1.89
23501498--23502132	48	13.1	48	83	2	748	36	25	26	11	1.90
23501368--23501616	130	1.9	130	91	1	410	35	25	28	10	1.89
23501498--23502132	98	6.5	96	82	3	732	36	25	26	11	1.90
23501498--23502118	146	4.3	146	87	1	852	36	25	26	11	1.89
23502323--23502518	101	1.9	101	87	4	288	33	15	19	31	1.94
23502642--23502768	39	3.3	39	72	20	111	22	27	24	25	2.00
23502573--23502770	78	2.5	78	85	0	243	23	27	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23503168--23503242	34	2.2	32	77	13	78	37	5	8	49	1.55
23503187--23503257	17	4.2	17	75	0	70	39	4	5	50	1.45
23503181--23503247	34	2.0	34	90	0	107	32	4	8	53	1.52
23504943--23505119	58	3.0	57	80	5	178	35	23	6	35	1.81
23504973--23505062	29	3.1	29	81	10	114	36	25	5	32	1.79
23504973--23505078	29	3.7	28	78	13	108	34	26	4	33	1.77
23504968--23505119	59	2.6	57	81	7	182	34	25	5	34	1.80
23505022--23505215	96	2.0	96	81	2	228	34	26	7	31	1.84
23505124--23505199	30	2.6	30	76	14	77	32	26	9	31	1.88
23514385--23514516	29	4.6	28	66	13	79	32	9	25	33	1.87
23514462--23514848	29	13.2	31	77	15	228	34	4	26	35	1.76
23514424--23514840	58	7.1	60	79	11	348	34	5	25	35	1.78
23514468--23514848	59	6.5	59	80	11	291	34	4	26	35	1.76
23516537--23516611	6	13.0	6	76	8	75	57	2	0	40	1.13
23516519--23516611	17	5.4	17	85	3	123	54	2	1	41	1.19
23516538--23516596	11	5.2	11	76	10	57	55	3	0	40	1.16
23516540--23516600	23	2.7	23	82	12	72	59	3	0	37	1.14
23516539--23516616	11	7.5	11	72	21	53	60	2	0	37	1.11
23519125--23519163	19	2.2	18	86	9	53	58	0	35	5	1.20
23523090--23523116	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23526732--23526757	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
23532757--23532901	29	4.9	29	80	9	168	40	0	22	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23532757--23532927	59	2.9	58	84	2	198	40	1	21	36	1.61
23532757--23532927	30	5.8	30	80	6	179	40	1	21	36	1.61
23534888--23534995	48	2.2	48	85	3	137	25	23	15	35	1.94
23534752--23535117	170	2.2	169	87	2	520	22	19	17	40	1.92
23534907--23535236	121	2.7	122	84	4	432	22	20	16	40	1.91
23535203--23535273	37	1.9	37	88	0	106	25	23	16	33	1.96
23535089--23535395	159	1.9	159	89	0	470	22	21	17	38	1.93
23534747--23535556	281	2.8	281	88	3	1147	22	20	18	39	1.92
23535248--23535512	122	2.2	122	90	0	413	21	21	16	39	1.92
23535315--23537561	206	11.0	206	74	12	1751	22	20	17	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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