genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28264873--28264912	21	1.9	21	100	0	80	42	0	5	52	1.23
28264876--28264922	21	2.2	21	84	0	58	40	6	6	46	1.55
28270680--28270745	27	2.5	25	76	13	69	27	37	21	13	1.91
28271020--28271061	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
28276811--28277055	52	4.7	52	88	3	323	32	24	14	28	1.95
28280624--28280663	4	10.0	4	86	8	55	25	0	2	72	0.97
28280624--28280669	22	2.0	23	87	8	67	23	0	2	73	0.94
28280587--28280770	98	1.9	96	80	12	216	21	4	7	66	1.35
28280745--28280848	40	2.6	41	70	20	94	16	9	5	68	1.37
28283467--28283902	195	2.3	192	86	5	585	28	19	25	25	1.99
28286902--28286949	24	2.0	24	100	0	96	50	4	12	33	1.59
28288787--28288830	14	3.1	14	78	18	54	72	9	0	18	1.10
28289728--28290561	414	2.0	414	90	0	1294	25	18	17	37	1.93
28295622--28295693	31	2.4	30	81	9	83	36	9	11	43	1.73
28295709--28295790	29	2.8	30	79	3	87	48	1	2	47	1.22
28295828--28295879	16	3.4	15	78	10	52	61	11	0	26	1.30
28301331--28301370	19	2.1	19	85	0	53	60	2	2	35	1.24
28304760--28304804	18	2.5	18	85	7	56	64	2	0	33	1.06
28305509--28305551	3	14.0	3	95	4	77	34	0	0	65	0.93
28312686--28312831	58	2.5	58	81	11	174	45	2	1	50	1.24
28313001--28313072	16	4.5	16	87	0	90	29	23	5	41	1.77
28315738--28315793	26	2.2	26	96	0	103	25	5	7	62	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28317057--28317082	12	2.2	12	100	0	52	57	0	11	30	1.34
28320185--28320259	20	3.7	19	77	19	80	32	13	2	52	1.54
28331940--28331995	25	2.2	26	84	12	71	32	1	1	64	1.14
28334477--28334685	92	2.3	89	83	5	258	34	9	18	37	1.83
28348461--28348538	30	2.6	30	78	6	88	35	6	23	34	1.80
28349678--28349729	13	4.1	13	85	5	52	30	1	3	63	1.23
28354974--28355003	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
28359263--28359313	22	2.2	23	80	16	61	45	0	0	54	0.99
28359277--28359320	22	2.0	22	86	0	61	47	2	2	47	1.27
28360809--28360850	18	2.3	18	80	11	50	50	0	0	50	1.00
28362759--28362934	25	7.5	22	71	19	99	12	22	21	44	1.85
28362759--28362886	23	5.4	23	76	16	111	12	21	21	44	1.85
28362783--28362933	71	2.1	69	88	9	216	13	21	20	44	1.85
28362759--28362913	25	6.4	25	81	8	146	12	22	21	43	1.86
28364250--28364291	21	2.0	21	95	0	75	45	4	14	35	1.66
28365610--28365637	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
28366624--28366733	40	2.7	41	81	6	136	36	20	20	21	1.95
28367621--28367666	13	3.4	13	88	8	65	52	2	4	41	1.33
28368778--28368811	17	2.0	17	88	0	50	52	0	14	32	1.42
28373951--28374013	24	2.6	24	82	0	81	50	7	14	26	1.70
28375928--28376026	24	4.1	24	81	1	90	53	6	11	29	1.60
28376728--28376829	46	2.2	46	91	1	170	26	2	11	58	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28387187--28387252	30	2.2	30	86	2	98	57	18	1	22	1.48
28393323--28393374	23	2.3	22	81	12	61	25	1	0	73	0.94
28393346--28393374	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
28393379--28393415	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
28399765--28399812	22	2.2	22	96	0	87	52	4	6	37	1.46
28404649--28404673	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28409209--28409679	59	8.0	59	84	4	499	34	3	29	31	1.74
28410745--28410823	3	24.3	3	80	12	77	31	3	2	62	1.27
28418092--28418431	113	3.0	113	98	0	653	22	22	15	39	1.91
28421373--28421899	59	9.0	59	86	3	599	35	1	29	32	1.69
28421552--28421706	29	5.2	31	66	25	109	34	1	31	31	1.69
28421620--28421713	30	3.2	30	65	24	72	36	2	27	34	1.69
28421694--28421792	29	3.4	29	74	18	82	38	0	29	32	1.58
28421374--28421902	176	3.0	175	86	4	685	35	1	30	32	1.69
28421372--28421902	117	4.5	116	85	5	642	35	1	30	32	1.69
28422942--28423017	3	25.3	3	76	10	75	31	2	2	63	1.22
28423703--28423740	11	3.5	11	92	0	58	57	2	0	39	1.12
28423997--28424044	22	2.2	22	85	7	62	39	14	0	45	1.45
28437812--28437856	21	2.1	21	87	0	63	62	0	0	37	0.96
28439382--28439431	23	2.2	23	89	7	75	66	2	0	32	1.03
28440290--28440378	36	2.5	36	81	3	99	15	26	22	34	1.94
28442211--28442240	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28442384--28442425	16	2.5	17	81	14	52	26	0	9	64	1.24
28442968--28443026	9	7.1	9	69	30	51	50	0	0	49	1.00
28442960--28443026	20	3.3	20	73	24	61	50	0	1	47	1.10
28442969--28443028	29	2.1	28	90	9	95	53	0	0	46	1.00
28443666--28443720	23	2.3	23	87	9	76	49	29	1	20	1.59
28446480--28446523	22	2.0	21	82	4	52	50	13	2	34	1.55
28448022--28448082	30	2.0	30	100	0	122	42	13	19	24	1.87
28461323--28461357	14	2.5	14	85	0	52	62	0	2	34	1.10
28465091--28465130	16	2.4	17	95	4	73	35	5	5	55	1.44
28472295--28472340	24	1.9	24	100	0	92	47	15	17	19	1.82
28474638--28474723	28	3.1	28	81	6	79	37	0	9	53	1.33
28474672--28474723	26	2.0	26	84	0	68	32	0	7	59	1.26
28475817--28476124	43	7.2	43	84	1	345	28	29	18	24	1.98
28476943--28476971	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
28476986--28477486	250	2.0	250	99	0	993	37	16	12	33	1.87
28482527--28482722	70	2.8	69	89	4	304	40	1	11	46	1.47
28482690--28482719	12	2.6	12	94	5	53	56	0	0	43	0.99
28482667--28482956	113	2.5	112	86	7	373	40	1	7	50	1.40
28484764--28484803	20	2.0	20	95	0	71	40	2	45	12	1.56
28484989--28485120	41	3.2	41	85	4	158	21	23	19	35	1.96
28486522--28486882	41	8.8	41	79	1	323	25	28	16	29	1.97
28486655--28486967	82	3.8	81	80	3	234	22	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28486769--28486967	40	4.9	40	80	5	184	20	24	20	34	1.96
28488471--28488570	36	2.8	36	90	3	157	23	26	17	34	1.96
28491359--28491403	5	8.8	5	90	4	54	73	0	0	26	0.84
28491752--28491776	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
28491740--28491783	23	1.9	23	85	0	61	2	29	0	68	1.02
28493056--28493086	1	31.0	1	93	0	53	0	0	96	3	0.21
28498918--28498955	19	2.0	19	100	0	76	21	5	31	42	1.75
28500652--28500697	23	2.0	23	83	8	58	52	0	17	30	1.45
28508876--28509041	23	7.2	22	78	6	116	16	19	21	42	1.89
28508892--28509047	46	3.4	46	90	0	231	16	18	20	44	1.86
28508892--28509038	69	2.1	69	82	2	188	15	19	21	42	1.88
28510863--28511048	51	3.6	51	88	3	241	29	20	14	35	1.93
28517136--28517360	51	4.5	51	84	4	287	29	21	13	35	1.92
28517178--28517360	99	1.8	99	94	0	321	29	21	14	34	1.93
28536518--28536552	17	2.1	17	89	5	54	37	0	0	62	0.95
28536906--28536956	26	2.0	26	88	7	79	58	1	0	39	1.09
28542810--28542840	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
28552032--28552059	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
28559163--28559201	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
28563782--28563811	11	2.7	11	100	0	60	40	20	16	23	1.91
28571199--28571228	10	3.1	10	95	4	53	43	0	0	56	0.99
28579683--28579716	18	2.0	16	88	11	50	70	2	14	11	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28582202--28582232	15	2.1	15	93	0	53	77	0	12	9	0.99
28584384--28584421	20	1.9	20	88	0	58	50	2	5	42	1.39
28587874--28587912	17	2.3	17	86	0	51	15	10	25	48	1.76
28592044--28592086	21	2.1	21	87	8	63	41	23	9	25	1.84
28592676--28592795	26	4.6	27	80	7	113	31	20	20	28	1.97
28592676--28592795	52	2.3	52	77	1	132	31	20	20	28	1.97
28594553--28594587	17	2.1	17	100	0	70	0	20	0	80	0.72
28594888--28594919	3	11.0	3	93	6	57	0	0	34	65	0.93
28595091--28595121	16	2.0	16	93	6	55	48	32	0	19	1.49
28595096--28595164	21	3.3	21	91	2	113	50	33	1	14	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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