genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23535522--23535837	121	2.6	122	85	2	429	21	19	17	41	1.90
23535248--23535884	327	1.9	329	90	0	999	22	20	18	39	1.92
23535811--23535881	37	1.9	37	88	0	106	25	23	16	33	1.96
23535697--23536003	159	1.9	159	89	0	470	22	21	17	38	1.93
23535576--23536164	281	2.1	280	90	0	919	21	20	18	39	1.93
23535856--23536120	122	2.2	122	90	0	413	21	21	16	39	1.92
23534933--23536939	608	3.3	608	97	0	3780	21	20	18	39	1.92
23536046--23536208	84	1.9	84	83	2	211	22	21	17	39	1.92
23536144--23536445	121	2.5	120	86	2	426	21	19	17	41	1.90
23536419--23536489	37	1.9	37	91	0	115	23	23	18	33	1.96
23536305--23536611	159	1.9	159	89	1	472	22	21	17	38	1.93
23536464--23536728	122	2.2	122	90	1	415	21	21	16	39	1.92
23536184--23536772	281	2.1	280	90	1	912	21	20	18	39	1.93
23536654--23536816	84	1.9	84	83	2	211	22	21	17	39	1.92
23536906--23536976	37	1.9	37	85	0	97	22	19	19	38	1.94
23534933--23537563	608	4.3	607	91	3	3747	22	20	17	39	1.92
23536531--23537563	207	5.0	208	87	0	1407	22	21	16	39	1.92
23537066--23537225	85	1.9	85	85	2	223	24	23	13	38	1.90
23536531--23537557	415	2.5	413	86	2	1427	22	21	16	39	1.92
23537491--23537612	48	2.5	48	82	2	147	25	25	13	36	1.92
23537367--23538076	171	4.2	171	89	2	948	23	20	15	40	1.91
23537662--23537784	48	2.6	48	82	2	140	25	25	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23537831--23537952	48	2.5	48	77	7	140	27	22	9	40	1.85
23537367--23538076	339	2.1	342	85	2	948	23	20	15	40	1.91
23538086--23538136	26	1.9	27	88	4	77	29	23	11	35	1.90
23538113--23538232	48	2.5	48	91	1	188	26	26	12	34	1.92
23538205--23538306	37	2.8	37	93	0	177	24	24	17	33	1.96
23538157--23538493	123	2.8	120	76	8	340	22	21	17	37	1.94
23538549--23539193	42	15.7	41	82	9	646	28	16	27	27	1.97
23538530--23539191	81	8.1	80	80	10	621	28	16	27	27	1.97
23538530--23539193	123	5.4	123	84	7	744	28	16	27	27	1.97
23539623--23539863	98	2.5	100	81	7	296	17	29	17	35	1.93
23539624--23539863	49	4.9	49	80	6	263	17	29	17	35	1.93
23540389--23540422	17	2.0	17	100	0	68	23	17	17	41	1.90
23540833--23540880	10	4.8	10	83	16	64	0	20	0	79	0.74
23540833--23540878	20	2.2	21	96	3	85	0	19	0	80	0.71
23540833--23540889	11	5.4	11	83	10	66	0	19	0	80	0.71
23540820--23540888	30	2.3	28	83	14	77	1	21	0	76	0.86
23540832--23540887	20	2.9	18	80	17	67	0	21	0	78	0.75
23546492--23546723	30	8.0	30	80	9	225	37	1	24	36	1.64
23546501--23546723	59	3.8	59	78	9	228	36	1	24	37	1.64
23547700--23547750	17	3.1	16	83	13	59	13	9	25	50	1.72
23557590--23557650	31	2.0	31	93	0	104	34	9	11	44	1.74
23560506--23560618	43	2.6	43	82	0	154	21	22	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23566212--23566280	29	2.3	29	82	2	75	33	5	27	33	1.81
23566247--23566450	59	3.5	57	76	8	185	31	4	28	35	1.77
23566213--23566468	30	8.6	30	77	8	179	32	4	27	35	1.78
23568209--23568417	30	7.0	30	76	11	155	31	3	26	38	1.73
23568222--23568400	59	3.0	59	82	4	200	31	2	25	39	1.70
23568214--23568398	89	2.1	90	83	5	232	33	3	24	38	1.71
23568222--23568400	30	6.0	30	81	5	202	31	2	25	39	1.70
23569129--23569191	30	2.1	31	82	5	76	38	3	22	36	1.70
23570283--23570325	20	2.2	20	95	4	79	55	0	0	44	0.99
23570285--23570329	15	3.1	15	84	9	58	53	0	0	46	1.00
23571285--23571958	209	3.3	208	86	5	874	21	22	18	37	1.94
23581770--23581836	29	2.3	29	87	2	91	28	7	23	40	1.82
23581830--23582094	30	8.9	30	78	9	215	33	3	25	36	1.74
23581828--23582094	59	4.5	59	79	9	249	33	3	25	37	1.74
23583199--23583236	19	2.0	20	94	5	69	52	0	2	44	1.14
23583204--23583243	15	2.7	15	84	7	55	50	0	2	47	1.14
23586494--23586597	43	2.4	43	85	0	136	20	20	28	30	1.97
23594477--23594521	23	2.0	23	95	0	81	26	13	11	48	1.75
23604286--23604352	28	2.4	28	82	0	80	40	0	8	50	1.34
23604271--23604325	17	3.2	17	84	0	74	34	0	9	56	1.31
23604271--23604359	34	2.6	34	78	0	88	39	0	8	51	1.33
23604299--23604355	17	3.4	17	95	0	96	42	0	8	49	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23604432--23604473	21	2.0	21	86	4	59	38	33	4	23	1.76
23604983--23605025	18	2.6	16	92	7	68	58	0	2	39	1.11
23616469--23616617	40	3.4	41	70	19	131	31	21	20	26	1.98
23616450--23617175	92	7.9	92	93	0	1181	33	20	18	27	1.96
23616450--23617175	183	4.0	184	92	0	1181	33	20	18	27	1.96
23617436--23617520	28	3.0	28	78	0	80	37	0	8	54	1.31
23617450--23617522	17	4.4	17	91	1	85	42	0	6	50	1.29
23617599--23617640	21	2.0	21	86	4	59	38	33	4	23	1.76
23618264--23618306	18	2.6	16	92	7	68	58	0	2	39	1.11
23618350--23618387	14	2.6	14	80	19	51	42	0	10	47	1.38
23618958--23618992	16	2.3	15	90	5	52	74	0	8	17	1.06
23619419--23619626	30	7.0	30	87	0	265	38	21	0	39	1.60
23619419--23619626	90	2.3	90	89	0	301	38	21	0	39	1.60
23619452--23619647	30	6.6	30	86	7	141	37	23	1	37	1.64
23622947--23623246	60	5.0	60	80	4	264	39	3	23	34	1.72
23622944--23623246	30	10.1	29	78	4	221	38	3	23	34	1.72
23622983--23623243	91	2.9	88	79	5	261	40	3	21	34	1.70
23627135--23627204	30	2.3	30	85	7	97	64	2	0	32	1.08
23629660--23629697	18	2.1	18	90	0	58	39	13	13	34	1.83
23630026--23630130	32	3.3	30	77	10	102	48	16	3	31	1.64
23629987--23630132	34	4.5	33	76	9	106	47	14	4	33	1.65
23631965--23632054	26	3.5	26	90	0	144	24	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23631939--23632053	52	2.2	52	84	0	149	24	26	18	30	1.98
23632878--23632916	16	2.4	16	82	0	51	28	7	0	64	1.21
23635160--23635197	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
23638945--23638981	19	1.9	19	89	10	58	32	2	5	59	1.34
23644885--23644930	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
23646204--23646251	22	2.2	22	96	0	87	20	18	50	10	1.76
23646980--23647073	30	3.1	29	77	7	89	32	25	5	36	1.79
23652698--23652741	20	2.2	20	83	0	52	84	2	11	2	0.81
23653675--23653800	49	2.5	50	79	6	139	44	22	22	11	1.84
23653768--23653833	33	2.0	33	96	0	123	46	18	22	12	1.81
23653805--23653927	51	2.4	51	93	0	201	46	21	21	10	1.81
23653864--23653991	64	2.0	64	93	0	220	46	17	24	11	1.82
23653939--23654082	51	2.9	49	80	5	148	39	20	26	13	1.90
23655160--23655197	6	6.3	6	84	9	51	44	0	5	50	1.24
23655164--23655197	17	2.0	17	100	0	68	47	0	5	47	1.26
23655164--23655207	17	2.6	17	89	7	54	47	2	6	43	1.42
23656978--23657050	30	2.4	30	82	11	87	45	26	0	28	1.54
23656986--23657059	29	2.5	29	81	14	89	40	24	0	35	1.55
23656978--23657060	30	2.8	30	78	14	82	40	24	0	34	1.55
23657815--23657905	17	5.3	18	79	9	84	53	4	1	40	1.28
23657825--23657905	34	2.3	35	85	2	110	55	4	1	38	1.29
23658155--23659406	92	13.6	92	90	0	1941	33	17	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23659003--23659158	40	3.6	40	69	25	129	35	16	14	33	1.89
23659350--23659462	56	2.0	56	94	0	199	26	18	18	36	1.94
23659166--23659646	240	2.0	240	91	1	786	31	16	17	34	1.92
23658890--23659922	516	2.0	516	93	0	1780	32	16	17	33	1.93
23659263--23659547	148	1.9	148	93	0	489	31	18	16	32	1.93
23659520--23659766	40	5.6	40	66	24	131	34	14	15	34	1.89
23660165--23660411	40	5.6	40	65	27	117	34	17	15	32	1.91
23661455--23661609	40	3.6	40	70	23	125	34	17	14	33	1.90
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23664861--23665016	40	3.6	40	68	22	118	33	16	16	33	1.91

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