genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  171  ( 20472 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047689--23047813	59	2.1	58	82	5	153	38	20	4	36	1.72
23047718--23047946	29	7.8	30	77	12	185	37	24	2	35	1.70
23047837--23047960	29	4.2	29	79	5	124	33	29	4	32	1.76
23047981--23048167	29	6.3	29	73	6	115	31	28	6	33	1.82
23071468--23071493	7	3.7	7	100	0	52	84	0	15	0	0.62
23072554--23072588	18	1.9	18	88	0	52	48	17	2	31	1.61
23075439--23075482	14	2.8	16	80	16	56	47	0	0	52	1.00
23087043--23087067	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23087851--23087922	2	35.5	2	81	13	67	43	1	5	50	1.34
23088651--23088838	93	2.0	93	97	0	358	28	10	7	53	1.62
23088771--23088837	28	2.4	28	81	16	84	25	5	4	64	1.36
23099691--23099775	28	3.0	29	71	6	75	34	1	12	51	1.48
23100125--23100152	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
23100218--23100263	25	1.9	24	91	8	76	34	4	8	52	1.52
23101100--23101175	17	4.8	16	71	12	66	44	2	1	51	1.23
23101100--23101147	11	4.3	11	78	2	51	43	2	0	54	1.12
23101904--23101933	13	2.3	13	94	0	51	56	0	0	43	0.99
23102953--23103301	60	5.9	58	82	8	339	38	21	3	36	1.71
23102949--23103298	30	11.7	29	80	8	307	39	21	3	35	1.70
23103249--23103367	29	4.1	28	72	15	91	35	31	1	31	1.68
23103276--23103412	58	2.3	58	88	1	202	31	32	2	34	1.70
23103286--23103382	30	3.3	29	65	20	69	29	34	1	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23115458--23115501	23	1.9	23	85	0	61	59	0	2	38	1.10
23116868--23117099	30	7.9	29	82	5	259	32	6	25	36	1.81
23116868--23117099	59	3.9	58	81	6	252	32	6	25	36	1.81
23116861--23117085	89	2.5	88	78	7	276	32	6	24	36	1.80
23117351--23117422	35	2.1	35	94	0	126	26	26	18	29	1.98
23118058--23118115	29	2.0	29	82	3	71	50	10	3	36	1.54
23127081--23127130	25	2.0	26	92	4	84	40	24	16	20	1.91
23127767--23127844	42	1.9	39	91	0	102	28	21	1	48	1.58
23131718--23131747	14	2.1	14	100	0	60	40	26	6	26	1.81
23135807--23135908	23	4.4	23	86	4	127	43	22	21	12	1.86
23135806--23135908	46	2.2	45	86	8	145	43	22	21	12	1.86
23142942--23143061	23	5.2	23	81	7	120	43	20	23	12	1.86
23142941--23143043	46	2.2	45	84	8	136	44	21	21	12	1.85
23146370--23146459	20	4.5	19	76	6	81	28	8	33	28	1.87
23147988--23148339	29	12.1	29	78	6	311	32	3	27	36	1.74
23148007--23148379	58	6.4	58	77	11	295	32	3	27	36	1.75
23148094--23148374	87	3.2	85	78	10	284	33	2	26	37	1.71
23150013--23150147	41	3.3	40	85	4	182	16	10	30	42	1.81
23150219--23150308	17	5.4	17	80	7	94	53	5	3	37	1.41
23150741--23151158	39	10.7	39	71	10	262	25	19	32	23	1.98
23150780--23151158	78	4.9	78	81	0	380	25	19	32	22	1.98
23150740--23150963	117	1.9	117	84	1	297	23	20	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23152092--23152129	16	2.2	18	90	9	62	60	0	0	39	0.97
23153130--23153171	17	2.4	18	80	15	52	52	0	23	23	1.47
23165225--23165504	29	9.6	28	75	11	210	32	2	29	35	1.72
23165279--23165501	87	2.5	86	85	7	279	31	3	29	35	1.73
23165235--23165530	58	5.0	56	77	8	243	31	3	28	36	1.73
23166578--23166624	21	2.3	20	85	7	67	34	0	0	65	0.93
23166580--23166622	15	2.9	15	86	10	54	37	0	0	62	0.95
23167296--23167385	17	5.4	17	80	7	94	53	5	3	37	1.41
23171281--23171365	28	3.0	29	71	6	75	34	2	11	51	1.51
23174658--23174726	30	2.4	29	75	11	72	31	0	14	53	1.41
23175034--23175073	17	2.4	17	86	0	53	37	5	5	52	1.45
23175069--23175101	12	2.6	13	85	9	50	27	0	12	60	1.32
23175166--23175211	25	1.9	24	91	8	76	34	4	8	52	1.52
23176196--23176229	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23182071--23182110	21	1.9	21	84	0	53	30	7	2	60	1.38
23185037--23185061	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
23192576--23192619	23	1.9	23	85	0	61	59	0	2	38	1.10
23193995--23194226	29	7.9	29	80	6	243	32	6	24	36	1.81
23193995--23194226	59	3.9	58	81	6	261	32	6	24	36	1.81
23193988--23194212	88	2.5	88	79	7	285	32	6	24	36	1.80
23203909--23203958	25	2.0	26	92	4	84	40	24	16	20	1.91
23204594--23204671	42	1.9	39	91	0	102	28	21	1	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23212656--23212757	23	4.4	23	86	4	127	43	22	21	12	1.86
23212655--23212757	46	2.2	45	86	8	145	43	22	21	12	1.86
23219792--23219894	46	2.2	45	86	8	145	43	22	21	12	1.86
23219793--23219912	23	5.2	23	83	7	129	42	21	23	12	1.87
23234036--23234315	29	9.6	28	75	11	201	32	2	28	35	1.72
23234046--23234312	58	4.6	58	77	7	222	31	2	28	37	1.72
23234090--23234312	87	2.5	86	85	7	279	31	3	29	36	1.73
23234046--23234356	58	5.3	59	74	10	167	31	3	28	36	1.74
23235390--23235436	21	2.3	20	85	7	67	34	0	0	65	0.93
23235392--23235434	15	2.9	15	86	10	54	37	0	0	62	0.95
23236108--23236197	17	5.4	17	80	7	94	53	5	3	37	1.41
23240109--23240193	28	3.0	29	71	6	75	34	2	11	51	1.51
23240610--23240664	24	2.3	24	100	0	110	50	7	23	18	1.71
23249259--23249613	29	12.1	30	75	9	211	36	3	25	34	1.75
23249256--23249629	87	4.2	86	77	8	299	35	4	25	34	1.75
23249507--23249651	29	4.9	28	75	12	91	38	3	22	35	1.71
23250054--23250132	36	2.2	35	90	2	131	25	21	18	34	1.96
23250760--23250807	13	3.8	12	83	10	60	39	0	0	60	0.97
23251380--23251431	21	2.5	21	93	3	88	25	3	13	57	1.53
23251429--23251521	6	15.8	6	69	8	57	55	4	1	38	1.26
23251420--23251474	23	2.3	24	75	12	60	54	3	1	40	1.28
23251431--23251501	35	2.1	34	97	2	133	59	5	0	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23251431--23251517	17	5.1	17	84	2	102	57	4	1	36	1.27
23251981--23252448	39	12.1	39	72	15	262	24	20	31	23	1.98
23252064--23252566	78	6.5	78	82	3	507	25	19	31	24	1.98
23251989--23252428	117	3.8	116	77	8	462	25	20	31	22	1.98
23252064--23252550	155	3.1	156	82	4	529	25	19	31	23	1.98
23252544--23252622	39	2.1	38	87	2	113	30	21	15	32	1.94
23252870--23253506	49	12.9	49	80	4	613	16	33	17	32	1.92
23252877--23253513	197	3.2	195	80	5	681	16	32	17	33	1.92
23252864--23253506	148	4.3	147	81	5	704	16	32	17	33	1.92
23255873--23255917	21	2.1	21	95	0	81	24	4	11	60	1.49
23261819--23261857	17	2.3	17	86	0	51	17	12	23	46	1.83
23262934--23263285	59	5.9	58	77	9	318	32	6	24	36	1.81
23262934--23263285	89	4.0	89	76	6	354	32	6	24	36	1.81
23262950--23263277	119	2.8	119	91	1	507	32	6	24	35	1.81
23263539--23263610	35	2.1	35	94	0	126	25	26	19	29	1.99
23271759--23271793	12	2.9	12	86	0	52	25	17	17	40	1.90
23273808--23273841	10	3.5	10	84	8	52	14	0	2	82	0.79
23273874--23273939	28	2.3	27	82	10	78	45	0	3	51	1.16
23278498--23278668	49	3.4	49	69	8	121	18	25	15	40	1.90
23278704--23278863	50	3.2	50	68	15	141	15	25	18	41	1.89
23278432--23278860	99	4.4	99	80	7	466	18	25	17	39	1.91
23292447--23292471	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23292640--23292686	18	2.8	16	81	12	58	70	6	0	23	1.10
23292865--23293104	30	8.1	29	82	6	178	32	8	23	36	1.85
23292872--23293104	60	3.9	60	77	6	242	31	8	23	36	1.85
23314389--23314465	2	38.5	2	100	0	154	0	49	0	50	1.00
23316360--23316696	168	2.0	166	90	1	530	27	10	25	35	1.89
23320041--23320195	29	5.4	28	71	17	88	38	1	25	34	1.67
23320020--23320249	30	7.8	30	75	11	165	36	1	25	36	1.66
23320090--23320249	59	2.7	58	75	11	137	36	0	26	36	1.61
23321005--23321048	21	2.1	21	83	8	54	13	6	4	75	1.17
23322378--23322454	39	2.0	39	92	0	127	25	28	14	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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