genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25670426--25670482	16	3.5	16	75	13	53	40	3	3	52	1.35
25673907--25673938	10	3.2	10	90	0	55	25	9	0	65	1.22
25673971--25674014	21	2.0	22	86	4	63	9	15	4	70	1.30
25673926--25674050	66	1.9	67	84	1	171	14	15	7	63	1.51
25673950--25674107	56	2.9	56	80	12	161	17	14	5	62	1.50
25674253--25674308	27	2.1	27	86	6	78	35	1	0	62	1.06
25675394--25675493	30	3.5	29	73	13	91	17	13	11	59	1.62
25675440--25675494	15	3.7	15	76	9	58	20	14	9	56	1.65
25675397--25675589	25	7.9	25	71	13	107	14	12	10	62	1.55
25675466--25675543	20	3.9	20	87	0	102	14	12	8	64	1.50
25675465--25675611	40	3.3	42	76	18	138	14	11	10	63	1.51
25675495--25675554	10	6.0	10	71	7	50	13	10	11	65	1.49
25675545--25675593	20	2.5	20	86	0	62	14	10	8	67	1.42
25675496--25675593	50	2.0	50	93	0	169	13	10	10	66	1.45
25675460--25675611	25	6.6	22	69	22	73	13	11	10	63	1.51
25675582--25675662	40	2.1	39	84	11	103	13	9	11	65	1.47
25675665--25675717	28	1.9	27	96	3	97	11	9	13	66	1.46
25675665--25675727	27	2.3	28	89	8	94	12	9	12	65	1.48
25675692--25675785	42	2.2	42	85	7	120	14	14	10	59	1.61
25675692--25675785	22	4.5	20	80	11	109	14	14	10	59	1.61
25675692--25675785	20	4.5	19	78	13	89	14	14	10	59	1.61
25675956--25676014	29	2.1	27	90	6	91	35	0	1	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25677470--25677510	15	2.7	15	80	0	55	12	12	9	65	1.46
25679408--25679441	15	2.4	14	90	5	50	23	2	14	58	1.50
25682409--25682458	15	3.4	14	83	10	55	64	14	14	8	1.50
25682398--25682452	25	2.1	26	83	12	69	63	12	10	12	1.52
25682451--25682544	27	3.5	25	74	20	84	61	15	11	10	1.56
25682470--25682511	22	1.9	22	85	9	59	61	11	14	11	1.56
25682532--25682742	5	41.4	5	70	12	92	62	19	13	5	1.50
25682510--25682668	58	2.6	62	84	7	195	66	14	11	6	1.43
25683787--25683814	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
25689214--25689259	25	1.9	25	86	8	69	34	4	6	54	1.46
25690360--25690391	14	2.4	13	90	10	55	25	3	0	71	1.00
25693093--25693137	6	7.3	6	80	5	54	15	2	2	80	0.92
25693091--25693137	13	3.5	13	80	14	51	17	2	2	78	0.94
25694076--25694139	17	3.6	18	78	15	53	81	1	10	6	0.94
25694110--25694140	15	2.0	16	93	6	55	83	3	12	0	0.75
25694089--25694132	20	2.2	20	87	0	61	86	0	9	4	0.70
25694089--25694139	26	2.0	25	84	3	66	84	1	9	3	0.83
25700033--25700125	30	3.2	28	75	17	84	13	16	4	65	1.42
25700047--25700090	21	2.0	22	91	4	72	9	15	2	72	1.19
25700047--25700142	26	3.5	25	76	18	77	14	14	4	66	1.39
25700033--25700183	56	2.8	56	82	9	154	16	13	5	64	1.45
25700329--25700384	27	2.1	27	86	6	78	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25701486--25701559	20	3.5	20	73	10	67	10	17	10	60	1.57
25701676--25701728	22	2.4	21	87	6	70	11	16	11	60	1.59
25701692--25701727	17	2.1	18	89	5	56	11	16	8	63	1.49
25701902--25701959	29	2.1	27	90	6	89	34	0	1	63	1.04
25704085--25704125	15	2.7	15	80	0	55	12	12	9	65	1.46
25709005--25709058	15	3.6	14	85	9	63	66	12	12	7	1.43
25708973--25709051	25	3.1	25	78	10	79	64	11	10	13	1.50
25709042--25709141	27	3.7	27	76	10	89	60	16	15	9	1.59
25709104--25709251	5	29.2	5	69	16	65	63	15	13	7	1.50
25709103--25709275	22	7.8	22	76	13	142	61	16	13	8	1.54
25709187--25709238	27	1.9	27	92	0	86	71	13	11	3	1.28
25709244--25709290	20	2.4	19	85	3	58	51	27	14	6	1.67
25717476--25717509	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
25718895--25719076	91	2.0	91	100	0	364	30	8	16	43	1.78
25721206--25721271	23	2.8	24	74	6	62	15	10	12	62	1.55
25721781--25721839	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
25721813--25721953	57	2.4	58	79	11	155	45	2	2	50	1.25
25722128--25722183	16	3.5	16	87	4	78	26	30	5	37	1.79
25722278--25722311	15	2.3	15	85	5	52	35	0	2	61	1.11
25722758--25723340	182	3.2	182	92	3	948	26	24	15	33	1.95
25731293--25731335	18	2.4	18	88	7	61	25	34	18	20	1.96
25731989--25732034	20	2.3	20	88	0	65	23	8	4	63	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25732005--25732048	20	2.2	20	88	8	63	13	15	6	63	1.49
25732320--25732364	22	2.0	23	86	4	65	31	0	0	68	0.89
25733086--25733132	22	2.1	22	96	0	85	31	0	8	59	1.27
25736491--25736588	25	3.9	24	83	2	88	13	13	11	62	1.55
25736491--25736586	50	1.9	50	89	0	147	13	13	11	61	1.57
25736506--25736639	25	5.4	25	76	3	135	15	13	11	59	1.61
25736793--25736898	52	2.0	52	90	3	169	26	14	4	54	1.59
25737697--25738017	5	61.4	5	67	13	69	8	13	14	63	1.52
25737733--25737883	22	6.5	22	78	16	144	9	12	11	66	1.45
25737728--25737829	43	2.4	43	91	0	159	9	12	12	64	1.49
25737680--25738012	27	13.4	27	68	18	183	9	12	15	63	1.52
25737840--25737967	52	2.6	47	73	11	130	9	12	13	64	1.49
25753373--25753406	15	2.3	15	94	0	59	14	35	26	23	1.94
25756231--25756263	15	2.2	15	94	0	57	63	9	18	9	1.49
25756226--25756287	20	3.3	20	76	21	80	59	8	16	16	1.59
25757456--25757502	3	15.7	3	90	0	67	63	2	0	34	1.06
25758795--25758836	3	14.3	3	90	5	68	66	2	0	30	1.04
25762214--25762321	5	21.6	5	71	14	62	6	12	12	67	1.40
25762214--25762271	15	3.9	15	84	8	82	5	12	15	67	1.39
25762214--25762341	25	4.9	25	73	16	89	8	11	12	67	1.43
25762220--25762331	35	3.2	35	80	9	131	8	12	12	66	1.43
25762299--25762331	15	2.2	15	100	0	66	12	12	12	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25762284--25762345	10	6.7	10	73	17	62	16	9	9	64	1.48
25762243--25762345	20	5.7	18	69	23	65	11	10	10	66	1.44
25762357--25762453	15	6.8	15	76	15	107	61	12	13	12	1.56
25762402--25762476	25	3.0	25	88	0	114	58	16	14	10	1.62
25762402--25762460	5	11.8	5	74	13	50	61	15	15	8	1.56
25762993--25763157	39	4.2	39	86	0	213	22	20	20	37	1.94
25762957--25763119	78	2.1	78	80	6	179	25	19	17	38	1.93
25769757--25769980	39	5.7	39	77	3	173	23	17	19	39	1.92
25769797--25769980	78	2.4	78	77	1	199	22	16	20	40	1.91
25771323--25771520	20	10.4	20	70	22	133	62	12	13	12	1.55
25771340--25771456	15	7.5	15	69	14	69	64	11	11	12	1.51
25771355--25771456	10	10.3	10	70	6	64	63	11	11	12	1.52
25771345--25771392	25	1.9	25	86	0	69	68	10	8	12	1.39
25771325--25771435	39	2.7	40	83	8	125	63	9	13	13	1.51
25771375--25771513	35	4.0	36	75	15	121	61	12	12	13	1.56
25772603--25772646	15	2.9	15	78	21	56	61	11	11	15	1.57
25772618--25772729	25	4.3	25	73	10	80	60	13	13	12	1.59
25772633--25772705	30	2.4	30	81	0	92	58	17	13	9	1.61
25772622--25772805	55	3.4	54	75	10	171	59	13	14	13	1.62
25772732--25772791	15	4.0	15	78	8	68	60	10	13	16	1.59
25772669--25772780	25	4.5	25	71	4	91	59	9	16	13	1.59
25772744--25772838	30	3.2	30	81	0	109	58	13	14	12	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25772759--25772838	20	4.0	20	74	9	74	58	15	15	11	1.63
25772595--25772812	35	6.4	35	74	9	123	59	12	15	12	1.62
25773230--25773530	15	19.7	15	72	16	185	61	12	14	10	1.57
25773259--25773532	5	54.8	5	68	20	92	61	12	15	10	1.56
25773259--25773400	44	2.9	49	77	16	152	61	14	16	7	1.53
25773343--25773532	20	9.7	20	71	20	107	61	12	14	12	1.58
25773244--25773380	25	5.3	25	73	17	118	62	13	16	8	1.54
25773479--25773545	20	3.3	20	80	12	75	59	10	16	13	1.60
25773611--25773641	16	1.9	16	93	0	53	51	9	9	29	1.66
25779361--25779386	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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