genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  1  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--311	7	44.9	7	92	5	192	28	48	16	6	1.70
284--1595	7	190.7	7	95	3	1524	41	48	2	7	1.45
1593--1631	7	5.6	7	100	0	78	12	61	25	0	1.31
1593--1665	14	5.2	14	83	0	83	23	56	19	1	1.50
985--1672	28	24.6	28	88	4	260	37	51	6	4	1.47
1590--1638	21	2.3	21	85	0	80	22	57	20	0	1.41
1548--1647	21	4.8	21	82	0	56	34	50	10	6	1.60
1607--1714	35	3.1	35	77	7	94	28	50	12	8	1.70
1654--1773	42	2.9	42	90	5	154	33	40	10	15	1.83
1682--1748	21	3.2	21	66	8	64	32	37	11	17	1.87
1632--1762	42	3.5	35	75	18	104	34	42	9	12	1.77
1708--1777	21	3.3	21	68	7	70	34	40	11	14	1.82
1780--1828	21	2.3	21	89	0	71	34	32	12	20	1.90
1815--1846	14	2.3	14	94	0	55	43	28	9	18	1.81
1824--1902	14	5.6	14	71	5	52	41	30	3	24	1.72
1840--1880	21	2.0	21	85	0	55	41	29	2	26	1.69
2528--2656	18	7.2	18	81	3	143	29	20	22	27	1.98
2529--2656	54	2.4	54	89	7	190	29	19	22	28	1.98
29905--29948	20	2.2	20	88	4	63	38	11	9	40	1.73
38111--38238	67	1.9	67	88	3	195	37	10	10	42	1.73
42083--42114	17	1.9	17	93	6	57	56	0	9	34	1.32
51604--51651	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56249--56302	6	9.0	6	95	0	90	16	20	16	46	1.84
57362--57421	32	1.9	31	82	3	75	58	5	3	33	1.36
58714--58754	22	2.0	22	85	9	59	43	17	4	34	1.70
59021--59071	19	2.7	19	75	6	50	35	7	7	49	1.61
59491--59535	23	2.0	23	86	8	65	46	2	20	31	1.62
62164--62220	24	2.4	23	94	5	96	8	26	1	63	1.34
71024--71048	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
73477--73506	5	6.0	5	92	0	51	20	76	0	3	0.92
74900--75237	169	2.0	169	91	0	550	37	10	20	31	1.87
78213--78262	6	8.3	6	84	0	64	44	16	36	4	1.66
78282--78316	18	1.9	18	94	0	61	42	5	51	0	1.25
84111--84198	45	2.0	45	86	0	122	39	17	26	17	1.91
87016--87050	18	2.1	16	89	10	52	40	0	8	51	1.33
105542--105593	22	2.4	22	87	6	70	11	25	19	44	1.84
107145--107174	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
108274--108336	32	2.0	32	83	0	81	30	17	1	50	1.55
115164--115217	16	3.4	16	92	0	90	38	3	29	27	1.74
115398--115491	16	6.0	16	71	7	50	55	0	0	44	0.99
115380--115525	32	5.1	26	69	19	94	50	0	1	47	1.09
115373--115543	58	2.9	58	84	9	206	52	0	1	46	1.11
115423--115515	15	6.3	15	68	19	52	49	0	0	50	1.00
133400--133446	12	3.8	12	76	18	51	38	0	14	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135877--135919	21	2.1	20	83	12	52	23	2	2	72	1.08
141102--141140	16	2.4	16	82	0	51	20	0	2	76	0.90
147937--147970	17	1.9	18	88	5	52	67	5	0	26	1.13
154482--154525	23	1.9	23	81	9	54	45	6	6	40	1.57
157007--157044	11	3.5	11	85	7	51	44	0	0	55	0.99
162306--162354	23	2.1	23	84	3	62	44	20	26	8	1.79
168235--168276	17	2.4	17	80	15	50	52	0	23	23	1.47
173014--173067	28	2.0	26	82	7	63	48	1	3	46	1.30
173456--173497	17	2.4	17	80	15	50	52	0	23	23	1.47
177323--177385	33	1.9	33	83	6	83	28	0	12	58	1.35
186859--186970	56	2.0	56	91	0	179	28	5	18	47	1.71
190642--190675	18	1.9	18	88	5	52	26	2	20	50	1.63
193911--193985	25	3.0	25	64	16	64	58	14	8	18	1.60
193903--194035	70	1.9	71	86	13	195	60	15	6	17	1.56
194265--194289	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
194623--194667	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
195475--195640	46	3.6	46	83	3	217	25	15	16	42	1.88
196810--196967	52	3.0	52	90	0	244	36	22	14	27	1.93
202232--202280	11	4.5	11	77	12	57	67	0	2	30	1.02
202232--202279	21	2.3	21	82	7	53	68	0	2	29	1.01
202729--202827	45	2.2	44	83	7	128	53	1	3	42	1.23
202752--202790	20	2.1	18	85	9	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208570--208608	19	2.1	19	95	0	69	38	10	7	43	1.67
211343--211407	29	2.2	30	84	10	89	41	1	3	53	1.25
211343--211416	30	2.5	29	83	12	89	40	1	2	55	1.22
225742--225775	15	2.3	15	89	0	50	50	26	20	2	1.63
227785--227850	34	1.9	34	82	11	82	53	16	1	28	1.52
228475--228508	14	2.4	14	90	0	50	67	5	0	26	1.13
228502--228545	22	2.0	22	95	0	79	56	9	13	20	1.64
230774--230815	22	1.9	22	90	0	66	14	16	14	54	1.71
233340--233410	32	2.2	32	87	2	99	26	1	7	64	1.27
233351--233425	32	2.4	31	84	6	89	29	0	6	64	1.19
237330--237443	9	11.8	9	71	22	72	53	0	0	45	1.06
237328--237368	22	1.9	21	90	5	64	51	0	2	46	1.14
237331--237438	30	3.7	29	87	6	139	52	0	0	46	1.06
237477--237504	14	2.0	14	100	0	56	0	64	0	35	0.94
238110--238150	18	2.3	18	87	8	57	51	0	48	0	1.00
238110--238138	6	4.8	6	100	0	58	48	0	51	0	1.00
238196--238267	9	8.8	9	67	29	54	44	0	0	55	0.99
238193--238266	26	2.6	28	82	16	91	43	0	0	56	0.99
238195--238242	12	3.4	16	75	24	54	37	0	0	62	0.95
238195--238247	16	3.7	15	76	23	60	41	0	0	58	0.98
257566--257590	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
261756--261815	2	30.5	2	93	3	104	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261579--261993	221	1.9	220	85	4	581	42	15	5	37	1.70
270876--271045	90	1.9	89	80	1	196	30	12	13	44	1.81
271167--271451	137	2.1	137	100	0	570	39	14	15	30	1.87
278918--278971	27	2.0	27	100	0	108	33	25	14	25	1.95
280513--282880	285	8.4	283	86	5	2812	34	10	9	45	1.71
283400--284101	274	2.5	277	82	5	826	35	12	9	42	1.75
287439--287505	25	2.8	23	82	10	82	46	5	1	46	1.36
287443--287505	26	2.6	24	82	9	76	46	6	1	46	1.38
288236--288276	18	2.3	18	83	4	57	68	2	0	29	1.03
288110--288683	162	3.4	162	70	18	523	44	11	5	37	1.66
288956--290482	275	5.5	279	80	8	1578	35	10	9	45	1.71
288956--290389	553	2.6	553	85	5	1826	35	10	9	45	1.71
290329--290621	155	1.9	152	85	3	399	37	11	10	40	1.76
291148--291172	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
292654--292705	27	1.9	27	84	7	70	34	0	3	61	1.14
298283--298460	28	6.1	28	66	18	87	33	4	28	33	1.77
298296--298480	30	6.3	28	70	18	112	35	4	29	30	1.77
298367--298460	29	3.2	29	69	16	77	37	1	25	36	1.63
298324--298522	59	3.4	59	84	6	244	35	3	28	32	1.74
298935--298987	22	2.3	22	81	15	63	24	3	3	67	1.23
299468--299524	17	3.3	17	83	9	71	49	1	1	47	1.22
303469--303596	63	2.0	63	100	0	256	30	32	9	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310059--310101	24	1.9	22	86	13	61	20	18	55	4	1.60
318178--318248	24	2.9	24	87	6	90	70	14	7	8	1.33
318178--318250	23	3.1	23	77	11	69	71	13	6	8	1.30
318201--318284	34	2.4	34	82	5	98	70	15	5	8	1.32
318189--318308	57	2.2	53	82	5	132	70	15	5	9	1.33
318267--318327	20	3.0	20	85	7	77	68	18	6	6	1.33
318257--318339	22	3.9	22	80	6	98	69	18	6	6	1.30
320719--320767	17	2.9	17	80	14	57	32	6	0	61	1.21
320753--320858	21	5.2	20	69	14	58	34	3	0	60	1.21
320753--320870	20	5.8	19	70	16	60	36	4	0	58	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132