genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  3  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655228--655298	22	3.1	22	75	4	70	33	28	22	15	1.95
658756--658799	21	2.0	21	83	12	54	36	11	11	40	1.77
669747--669803	30	1.9	30	85	3	80	31	10	29	28	1.90
669761--669825	28	2.2	30	86	5	89	27	7	29	35	1.85
669836--669894	31	2.0	29	90	6	91	35	5	18	40	1.73
669811--669974	29	5.4	30	73	18	92	37	3	23	35	1.72
669881--670165	29	9.6	29	70	17	138	43	4	19	32	1.71
669864--670160	59	4.9	59	78	5	274	44	4	18	32	1.69
670167--670197	13	2.3	14	94	5	55	19	32	0	48	1.49
670542--670611	35	2.0	36	83	8	90	44	1	1	52	1.18
670578--670625	15	3.2	15	77	11	53	47	0	2	50	1.12
675121--675167	25	2.0	23	87	8	67	31	0	6	61	1.21
676154--676290	60	2.3	59	83	7	179	36	3	24	35	1.73
676249--676532	30	9.4	29	82	6	300	39	2	18	39	1.64
676242--676532	60	4.8	59	83	9	338	39	2	19	38	1.65
676249--676533	90	3.2	90	86	5	391	39	2	18	39	1.64
678347--678419	17	4.3	17	80	0	83	53	4	0	42	1.20
678349--678415	34	2.0	34	87	0	98	53	4	0	41	1.21
681677--681952	29	9.4	29	82	6	283	35	26	3	34	1.74
681677--681955	59	4.8	59	85	4	284	35	25	3	34	1.75
681677--681953	88	3.2	88	82	4	274	35	25	3	35	1.74
682016--682207	87	2.2	87	87	0	276	31	26	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685870--685968	21	4.8	20	75	8	74	52	3	6	38	1.42
685849--685968	42	2.9	41	75	8	120	50	3	5	40	1.43
687138--687288	29	5.1	28	65	20	85	35	28	0	35	1.62
687138--687302	59	2.8	59	90	1	262	34	27	0	36	1.62
687195--687288	30	3.2	29	69	24	79	36	29	0	34	1.58
687281--687324	22	2.0	22	95	0	79	27	25	0	47	1.52
687221--687382	80	2.0	81	85	5	222	32	29	0	37	1.62
687162--687436	139	2.0	139	78	9	292	32	28	2	37	1.69
701163--701219	30	1.9	30	82	3	71	43	7	5	43	1.54
701663--701706	23	2.0	22	86	4	61	47	0	4	47	1.22
709076--709122	24	2.0	24	83	4	60	36	6	4	53	1.46
713488--713534	19	2.6	18	87	9	69	25	0	6	68	1.13
716161--716502	30	11.6	30	73	6	189	34	5	26	34	1.79
716236--716396	85	1.9	85	84	2	216	31	2	29	36	1.71
716320--716545	120	1.9	120	79	1	256	34	6	25	34	1.81
717289--717319	16	1.9	16	93	0	53	12	0	6	80	0.89
717550--717611	25	2.4	25	77	17	65	30	6	1	61	1.31
721264--721309	19	2.4	19	92	0	74	26	2	8	63	1.35
725175--725205	6	5.2	6	100	0	62	48	35	0	16	1.46
726771--726826	22	2.5	22	97	0	103	10	10	5	73	1.25
726903--726945	22	2.0	22	81	9	52	27	25	2	44	1.66
727931--728035	6	17.0	6	72	15	72	46	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727968--728030	31	2.0	31	87	0	90	50	3	0	46	1.17
727945--728024	42	1.9	42	82	14	103	47	2	0	50	1.14
736278--736337	17	3.5	17	75	13	52	45	1	3	50	1.28
736292--736338	17	2.8	16	84	9	58	42	2	4	51	1.33
738159--738519	30	12.1	29	81	11	367	37	22	1	38	1.62
738159--738694	59	9.0	58	76	12	371	35	24	2	37	1.71
738159--738518	89	4.0	88	78	13	335	37	22	1	38	1.62
738596--738731	29	4.7	30	70	16	99	30	26	6	36	1.82
738560--738724	28	5.7	30	69	23	95	31	26	6	35	1.82
738329--738806	30	16.2	28	68	17	110	33	24	4	37	1.76
738323--738810	58	8.3	57	76	9	240	33	24	4	36	1.76
738182--738813	119	5.4	116	79	7	363	34	24	3	37	1.74
745497--745659	72	2.3	72	88	2	240	36	9	7	47	1.64
745497--745691	72	2.8	68	77	13	175	33	10	8	47	1.68
746038--746082	24	1.9	23	86	13	65	33	6	11	48	1.65
746024--746088	24	2.6	24	75	18	62	30	4	7	56	1.48
746190--746230	14	2.9	15	76	23	52	29	7	0	63	1.21
746220--746575	181	2.0	176	81	10	417	38	7	5	47	1.56
747349--747518	72	2.4	72	84	2	225	34	10	10	45	1.72
748536--748618	32	2.6	32	84	5	96	49	10	12	27	1.73
755901--755929	13	2.2	13	100	0	58	0	37	20	41	1.53
756267--756309	20	2.2	20	86	0	59	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765796--765847	25	2.1	24	86	10	70	30	3	0	65	1.10
765801--765854	25	2.2	25	77	9	58	33	1	0	64	1.04
766435--766471	19	1.9	19	94	0	65	24	2	10	62	1.41
767009--767046	19	2.0	20	89	5	60	31	0	2	65	1.06
768187--768380	72	2.7	71	82	7	239	35	13	6	45	1.68
770290--770351	21	2.9	22	82	4	81	32	0	17	50	1.47
771124--771186	30	2.1	31	93	3	110	42	0	9	47	1.36
771242--771315	26	2.8	27	72	15	73	29	5	6	58	1.47
771337--771366	15	1.9	16	93	6	53	53	16	0	30	1.44
771365--771463	48	2.1	48	86	3	137	55	21	5	18	1.61
773871--774064	72	2.7	71	82	7	239	35	13	6	45	1.68
775971--776031	21	2.9	22	80	7	72	31	0	19	49	1.49
776596--776677	28	2.9	29	72	1	76	34	14	3	47	1.62
776805--776864	30	2.0	31	93	3	104	38	0	11	50	1.39
777044--777142	48	2.1	48	86	3	137	54	20	6	19	1.65
780811--780937	51	2.4	52	80	6	141	36	18	12	32	1.89
781875--781962	40	2.2	40	91	0	140	39	22	18	19	1.92
786189--786292	54	2.0	51	86	5	145	33	22	15	28	1.94
794519--794584	31	2.1	31	88	5	98	36	10	9	43	1.71
796163--796214	24	2.1	25	86	10	72	15	17	1	65	1.36
804376--804416	17	2.3	18	84	12	50	34	2	2	60	1.23
804681--804739	31	1.9	30	93	3	100	52	11	0	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805334--805394	30	2.0	30	100	0	122	55	8	9	26	1.60
816446--816574	30	4.3	29	81	7	127	33	4	21	40	1.74
819939--819985	16	2.9	16	83	3	58	25	2	4	68	1.19
822698--822738	15	2.6	16	84	7	57	63	0	0	36	0.95
836430--836461	15	2.1	15	94	0	55	34	9	0	56	1.32
839331--839566	101	2.3	102	88	3	350	23	22	20	34	1.97
839621--839736	62	1.9	62	91	7	193	31	18	16	33	1.93
840558--840627	30	2.3	30	85	4	88	61	4	5	28	1.38
842860--842897	10	3.8	10	85	0	58	23	28	34	13	1.92
843118--843250	45	3.1	44	62	27	106	52	6	4	36	1.46
843061--843421	83	4.3	83	90	3	494	53	3	5	37	1.41
843061--843421	165	2.2	169	88	4	527	53	3	5	37	1.41
847299--847767	122	3.9	121	81	6	463	34	14	19	31	1.92
847299--847753	59	7.5	61	79	7	428	34	15	20	29	1.93
847562--847803	59	4.1	55	73	13	175	34	17	18	30	1.94
853061--853116	17	3.3	17	76	16	53	71	0	7	21	1.09
853067--853116	16	2.9	17	72	22	50	74	0	8	18	1.06
863275--863307	10	3.4	10	83	8	50	60	0	0	39	0.97
869004--869055	19	2.7	18	80	14	50	63	0	1	34	1.06
872133--872174	22	1.9	22	85	0	57	64	9	0	26	1.24
874667--874698	15	2.1	15	100	0	64	31	25	6	37	1.81
878642--878672	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890177--890236	29	2.1	29	96	0	111	56	0	6	36	1.26
890189--890236	24	2.0	23	92	4	78	56	0	6	37	1.25
894110--894150	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
906063--906106	21	2.0	22	86	4	63	45	2	2	50	1.27
915591--915627	18	2.1	18	89	0	56	29	5	10	54	1.57
929632--929681	21	2.4	20	75	24	50	30	2	2	66	1.14
933686--933735	19	2.7	18	79	11	57	26	4	2	68	1.18
933745--933788	18	2.5	17	82	10	52	47	0	4	47	1.22
933750--933798	18	2.6	18	84	12	55	44	0	4	51	1.20
946704--946730	13	2.1	13	100	0	54	51	11	7	29	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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