genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  72  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20879615--20879649	13	2.7	13	100	0	70	11	8	45	34	1.71
20879813--20879969	26	6.6	24	72	19	125	40	0	7	51	1.34
20879813--20879961	72	2.1	72	93	2	255	41	0	7	50	1.35
20880538--20880569	11	2.9	11	100	0	64	37	15	28	18	1.92
20884702--20884726	7	3.6	7	100	0	50	64	12	0	24	1.27
20884716--20884755	21	1.9	21	85	10	55	65	7	2	25	1.32
20885372--20885769	41	9.8	41	83	4	425	20	23	17	38	1.93
20885372--20885755	163	2.3	164	83	4	465	20	23	17	38	1.93
20885319--20885755	122	3.6	122	83	4	488	20	23	18	37	1.94
20890318--20890374	23	2.5	23	100	0	114	66	0	3	29	1.08
20926158--20926195	14	2.7	14	84	11	51	10	18	2	68	1.30
20931084--20931149	33	2.0	33	85	11	91	34	6	22	36	1.79
20933076--20933115	19	2.1	19	90	0	62	40	15	20	25	1.90
20949270--20949311	17	2.5	16	85	11	57	80	0	14	4	0.86
20958636--20958682	18	2.6	18	86	6	51	31	29	17	21	1.96
20968621--20968664	21	2.1	21	82	0	52	56	4	38	0	1.20
20977131--20977178	20	2.4	18	78	18	51	54	0	0	45	0.99
20977137--20977178	20	2.0	20	90	9	66	50	0	0	50	1.00
20978191--20978229	6	6.3	6	85	5	51	38	2	56	2	1.27
20978275--20978317	21	2.1	20	86	4	59	55	2	0	41	1.12
20995006--20995062	30	1.9	29	85	3	78	78	5	5	10	1.06
21012094--21012130	17	2.2	17	90	0	56	16	10	16	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21016994--21017018	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
21018451--21018591	26	5.4	26	80	9	171	34	17	22	25	1.96
21047045--21047082	19	2.0	19	85	10	51	57	10	2	28	1.45
21066892--21066935	14	3.3	14	75	12	56	70	6	9	13	1.33
21066889--21066939	26	2.0	26	96	0	93	70	5	7	15	1.30
21069880--21069920	22	1.9	22	90	5	66	63	7	4	24	1.40
21070537--21070583	24	2.0	24	84	12	62	51	10	12	25	1.72
21103450--21103509	3	20.0	3	80	19	72	66	0	33	0	0.92
21103450--21103509	24	2.5	25	84	13	81	66	0	33	0	0.92
21108359--21108403	22	2.0	22	82	0	54	17	46	20	15	1.84
21109353--21109446	45	2.1	45	82	4	109	29	15	26	27	1.96
21116922--21117047	45	2.8	45	82	0	153	26	20	30	22	1.98
21124854--21124903	24	2.1	24	100	0	100	32	22	28	18	1.97
21128144--21128343	78	2.6	77	80	5	233	22	13	26	38	1.91
21128116--21128343	26	8.8	26	79	5	194	22	13	26	38	1.91
21133512--21133540	15	1.9	15	100	0	58	51	0	13	34	1.42
21133510--21133545	15	2.6	13	84	16	54	50	0	13	36	1.43
21137560--21137604	17	2.6	17	82	0	54	20	20	13	46	1.83
21138170--21138218	18	2.8	18	84	9	57	77	0	20	2	0.87
21143240--21143281	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
21151370--21151410	3	13.7	3	80	19	50	0	34	2	63	1.08
21151370--21151410	15	2.7	15	85	10	57	0	34	2	63	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21167919--21167980	3	20.0	3	80	6	70	32	4	1	61	1.27
21167919--21167978	16	3.8	16	82	2	77	33	5	1	60	1.29
21168755--21168799	22	2.1	21	83	4	54	48	2	8	40	1.47
21168512--21169046	150	3.6	150	87	3	722	42	3	11	43	1.56
21170091--21170396	161	1.9	159	90	4	490	37	6	12	43	1.68
21174743--21175391	42	15.5	42	89	1	926	21	18	24	35	1.95
21175860--21175886	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21176412--21176947	149	3.6	150	87	2	756	42	2	10	44	1.53
21176691--21176745	21	2.6	21	79	2	65	36	0	3	60	1.15
21177842--21178154	159	2.0	159	92	2	522	38	5	13	42	1.68
21180516--21180564	19	2.5	20	80	12	57	44	2	16	36	1.59
21209530--21209758	59	3.9	59	77	11	218	41	2	21	34	1.65
21209530--21209763	30	7.9	29	77	8	172	40	2	22	34	1.68
21209526--21209740	118	1.8	118	85	7	301	40	2	22	34	1.67
21212217--21212260	12	3.7	12	84	0	61	68	0	31	0	0.90
21213309--21213345	19	1.9	19	89	10	58	78	0	18	2	0.87
21215104--21215336	51	4.5	51	86	3	299	32	23	13	30	1.93
21221478--21221720	51	4.5	52	82	13	296	32	27	12	27	1.92
21223995--21224087	48	1.9	48	89	4	143	24	21	15	38	1.92
21223925--21224211	124	2.3	122	88	1	412	23	20	17	38	1.93
21224120--21224212	48	1.9	48	82	4	116	25	19	15	39	1.90
21224133--21224296	85	1.9	85	84	0	220	24	21	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21224004--21224583	209	2.8	208	88	3	826	24	20	16	38	1.93
21224339--21224503	85	1.9	85	82	2	206	23	22	15	38	1.93
21225575--21225694	41	2.9	42	80	11	138	13	26	14	45	1.81
21225575--21225693	44	2.8	41	82	8	123	13	26	14	46	1.81
21226954--21226983	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
21236503--21236694	30	6.4	30	82	5	210	37	3	26	33	1.72
21236502--21236694	90	2.1	91	82	6	232	37	3	25	33	1.72
21238610--21238634	7	3.6	7	100	0	50	0	60	0	40	0.97
21239917--21239961	19	2.3	19	85	11	56	60	6	0	33	1.23
21239983--21240021	18	2.0	20	85	9	55	41	0	2	56	1.13
21245851--21245975	57	2.2	57	94	0	223	35	14	13	36	1.86
21251226--21251250	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
21256972--21257017	18	2.6	18	76	13	58	36	15	13	34	1.86
21257599--21257653	26	2.1	26	100	0	110	41	7	25	25	1.81
21267735--21267771	13	2.9	13	88	11	51	78	0	2	18	0.87
21268948--21269018	21	3.4	21	84	0	88	26	12	14	46	1.80
21270325--21270357	16	2.1	16	94	5	59	69	0	12	18	1.18
21276242--21276342	36	2.8	36	93	0	166	39	15	24	19	1.91
21276841--21277081	116	2.1	116	89	3	369	26	9	28	36	1.87
21280016--21280052	14	2.6	15	83	12	51	78	0	8	13	0.96
21291010--21291054	22	2.0	22	87	8	65	22	4	22	51	1.66
21293745--21293796	27	2.0	26	88	11	79	21	34	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21310640--21310682	18	2.4	18	96	0	77	9	4	39	46	1.57
21315911--21315986	24	3.2	24	94	0	134	27	22	23	26	1.99
21324223--21324318	43	2.2	43	94	0	165	40	9	26	23	1.85
21324205--21324401	43	4.7	42	79	5	130	37	11	25	25	1.90
21329449--21329501	21	2.6	21	82	8	65	28	11	30	30	1.91
21329449--21329522	21	3.6	21	80	5	62	27	12	25	35	1.91
21331423--21331467	21	2.2	20	84	4	54	28	2	2	66	1.15
21335785--21335866	39	2.1	38	80	6	94	37	3	3	54	1.35
21335815--21335964	54	2.7	56	83	10	182	42	1	3	53	1.26
21336139--21336184	16	2.9	16	73	0	56	28	21	6	43	1.77
21340184--21340248	25	2.6	25	85	2	76	66	12	0	21	1.24
21340203--21340242	19	2.0	21	90	9	66	70	12	0	17	1.18
21340613--21340675	27	2.3	27	86	0	81	25	22	22	30	1.99
21340632--21340700	27	2.6	27	86	4	86	26	26	23	24	2.00
21347878--21347912	12	2.9	12	91	0	52	37	2	2	57	1.29
21347869--21347912	18	2.4	18	76	0	52	34	4	4	56	1.40
21358858--21358925	36	1.9	35	85	8	93	54	13	2	29	1.53
21359969--21360017	19	2.5	20	83	3	55	46	14	18	20	1.83
21363336--21363456	46	2.6	46	79	7	122	23	13	17	46	1.83
21367088--21367125	20	1.9	20	84	10	51	23	7	15	52	1.69
21368359--21368426	32	2.1	32	91	0	109	33	10	17	38	1.84
21369057--21369173	46	2.5	46	84	2	146	24	17	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21371409--21371457	25	2.0	25	91	0	80	18	18	28	34	1.94
21372504--21372539	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
21373516--21373557	19	2.2	19	91	0	66	54	21	2	21	1.56
21375698--21375769	33	2.3	30	80	7	72	15	6	6	70	1.30
21375804--21375858	25	2.2	25	87	6	76	16	0	7	76	1.00
21375803--21375854	15	3.5	15	80	12	63	17	0	7	75	1.03
21375804--21375865	25	2.4	26	84	7	65	16	1	8	74	1.13
21379822--21379870	23	2.1	23	81	7	55	42	12	0	44	1.41
21381360--21381418	17	3.4	17	70	25	59	57	3	3	35	1.32
21383587--21383627	21	1.9	22	85	5	57	43	2	0	53	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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