genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   

This is table  32  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8743133--8743184	27	1.9	27	96	0	95	32	9	19	38	1.84
8745121--8745156	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8752422--8752457	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8752785--8752884	38	2.5	40	71	11	98	22	19	29	30	1.97
8759230--8759301	2	35.5	2	97	2	135	50	0	1	48	1.09
8759361--8759401	13	3.2	13	83	13	50	65	0	34	0	0.93
8759769--8759804	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8760132--8760231	38	2.5	40	71	11	98	22	19	29	30	1.97
8767949--8767989	16	2.4	18	88	8	59	39	0	2	58	1.11
8768412--8768453	20	2.0	20	86	13	57	14	2	16	66	1.35
8768412--8768451	22	1.9	20	85	10	53	12	2	17	67	1.33
8769849--8769887	20	2.0	20	85	10	53	58	5	5	30	1.41
8770265--8770427	81	2.0	81	100	0	326	46	12	19	22	1.83
8770725--8770780	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
8772460--8772520	2	31.5	2	93	6	108	49	0	0	50	1.00
8773240--8773331	6	15.2	6	74	15	82	46	1	4	47	1.29
8773257--8773331	31	2.5	30	87	8	109	50	1	4	44	1.29
8773267--8773341	17	4.6	17	80	11	86	50	2	4	42	1.35
8773254--8773368	48	2.4	49	75	16	114	47	4	2	45	1.36
8773257--8773341	37	2.2	39	81	10	104	50	2	3	43	1.32
8773321--8773359	10	3.9	10	90	9	62	48	10	0	41	1.37
8773726--8774011	38	7.6	36	70	16	195	32	18	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8773677--8774185	76	6.9	75	89	5	643	29	19	16	33	1.94
8773677--8774185	151	3.4	150	86	6	650	29	19	16	33	1.94
8773841--8774109	37	7.4	37	69	19	206	30	20	15	33	1.94
8774029--8774140	31	3.4	31	69	15	91	24	21	18	35	1.95
8773979--8774254	68	4.1	68	87	5	404	27	20	17	34	1.95
8786245--8786344	30	3.4	29	71	20	91	33	7	30	30	1.84
8786224--8786317	28	3.3	26	70	24	66	34	6	28	30	1.82
8786195--8786353	58	2.7	58	82	6	187	34	5	27	32	1.79
8786362--8786472	30	3.7	30	89	1	152	36	3	21	37	1.71
8788370--8788461	6	15.2	6	74	15	82	46	1	4	47	1.29
8788387--8788461	31	2.5	30	87	8	109	50	1	4	44	1.29
8788397--8788470	17	4.6	17	80	11	84	51	2	4	41	1.35
8788384--8788492	11	10.0	11	72	16	57	49	3	2	44	1.34
8788436--8788488	27	2.0	27	85	7	72	49	7	1	41	1.42
8789022--8789066	18	2.3	20	81	14	58	13	13	2	71	1.25
8789561--8789634	37	2.0	37	97	0	139	22	16	9	51	1.73
8791621--8791676	12	4.5	12	75	18	53	17	3	0	78	0.89
8792674--8792716	21	2.0	22	95	4	79	13	9	4	72	1.26
8800219--8800264	2	23.0	2	91	8	76	47	2	0	50	1.13
8800424--8800734	72	4.3	72	79	1	331	23	26	16	34	1.95
8800431--8800726	24	12.3	24	77	2	272	22	26	16	34	1.95
8801940--8802113	55	3.2	53	83	8	195	17	18	36	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8802786--8802894	39	2.7	39	76	5	103	39	22	15	22	1.92
8802995--8803075	29	2.8	29	83	3	83	22	14	19	43	1.88
8803414--8803466	26	2.0	26	100	0	106	33	11	28	26	1.91
8804831--8804898	29	2.4	28	100	0	118	39	5	5	48	1.52
8831084--8831117	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
8835756--8835796	21	1.9	22	95	5	75	53	4	2	39	1.35
8837577--8837641	31	2.1	31	91	0	103	26	27	24	21	1.99
8841921--8841979	22	2.7	21	80	17	75	0	23	0	76	0.79
8841926--8841979	19	2.8	20	83	5	67	0	24	0	75	0.80
8841931--8841979	14	3.7	14	84	13	68	0	22	0	77	0.77
8843518--8843575	28	2.2	25	82	17	73	62	0	0	37	0.96
8843518--8843575	26	2.3	25	82	14	66	62	0	0	37	0.96
8843893--8843976	11	8.0	11	65	15	52	41	5	1	51	1.34
8844700--8844747	21	2.3	20	82	13	53	47	4	6	41	1.48
8847808--8847889	28	2.9	28	77	13	87	28	18	25	28	1.98
8854948--8854986	21	1.9	21	89	5	62	46	0	0	53	1.00
8856133--8856168	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8857769--8857801	14	2.4	14	85	5	50	42	0	0	57	0.98
8866451--8866485	14	2.5	14	100	0	70	42	5	14	37	1.69
8870761--8870812	28	1.9	27	92	7	88	28	11	30	28	1.92
8870793--8870960	30	5.7	29	67	18	87	38	4	27	29	1.77
8870792--8871167	59	6.4	58	89	2	529	35	3	28	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8870792--8871167	117	3.2	117	90	1	549	35	3	28	32	1.73
8872148--8872190	14	3.1	14	80	3	52	39	0	0	60	0.97
8872153--8872198	20	2.3	21	85	7	60	43	0	0	56	0.99
8872193--8872240	25	2.0	24	84	12	62	37	6	4	52	1.46
8872897--8872921	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
8872963--8873015	17	3.1	16	76	10	52	52	7	1	37	1.41
8876910--8876943	6	5.7	6	100	0	68	50	14	0	35	1.44
8877836--8877898	15	4.1	15	76	15	74	53	1	0	44	1.10
8877821--8877927	56	1.9	56	81	11	130	56	1	0	41	1.17
8894882--8894914	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
8896638--8896693	24	2.3	24	78	6	60	53	7	19	19	1.68
8901649--8901704	24	2.4	24	84	3	69	23	17	5	53	1.64
8908773--8908835	23	2.7	23	87	0	90	14	20	23	41	1.89
8909562--8909643	17	5.4	17	68	26	67	39	18	15	26	1.91
8909548--8909646	29	3.4	29	87	2	137	40	18	15	26	1.89
8909636--8909686	23	2.2	23	89	0	75	37	17	23	21	1.94
8909749--8909850	40	2.5	40	77	0	105	25	16	19	38	1.92
8914348--8914416	30	2.3	30	80	7	77	21	13	15	49	1.79
8914668--8914707	21	1.9	21	89	0	62	32	15	7	45	1.74
8919723--8919761	14	2.8	14	88	0	60	41	12	0	46	1.42
8928623--8928674	22	2.4	22	83	6	70	42	1	0	55	1.10
8931216--8931246	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8934601--8934643	21	2.0	21	82	8	52	32	20	13	32	1.92
8936613--8936650	7	5.3	7	85	14	51	44	0	2	52	1.14
8936613--8936651	15	2.7	15	92	4	62	43	0	5	51	1.24
8937563--8937629	30	2.2	30	89	0	98	23	17	29	28	1.97
8938505--8938544	10	3.8	10	87	12	62	30	0	0	70	0.88
8938505--8938548	22	2.0	22	95	0	79	29	0	0	70	0.88
8938505--8938548	11	4.1	11	85	2	63	29	0	0	70	0.88
8942026--8942065	21	1.9	21	85	10	55	37	10	0	52	1.35
8944178--8944216	18	2.2	18	90	0	60	28	17	7	46	1.76
8946123--8946623	152	3.4	146	81	7	562	45	9	2	43	1.48
8946372--8946415	22	2.0	22	81	0	52	36	6	2	54	1.40
8947059--8947127	3	22.7	3	76	2	66	57	7	2	31	1.40
8948012--8948072	29	2.1	28	82	8	70	34	3	4	57	1.36
8949857--8949969	26	4.3	26	87	2	147	24	25	17	31	1.97
8951597--8951638	15	2.4	18	81	18	54	45	4	0	50	1.23
8957542--8957588	19	2.5	19	86	3	60	31	0	2	65	1.04
8957541--8957586	10	4.7	10	76	12	51	28	0	2	69	1.00
8958849--8958916	30	2.3	30	79	5	75	41	0	7	51	1.30
8959485--8959564	38	2.1	39	83	4	99	38	1	2	57	1.20
8960437--8960517	31	2.6	32	77	11	89	22	7	12	58	1.59
8965261--8965317	19	2.9	20	76	10	55	36	3	1	57	1.26
8965304--8965377	21	3.6	20	75	10	69	31	2	1	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8968184--8968217	15	2.4	14	90	5	50	17	2	2	76	1.04
8969138--8969168	6	5.0	6	92	7	53	64	0	0	35	0.94
8969138--8969181	13	3.5	13	87	9	56	59	2	2	36	1.23
8971221--8971364	23	5.9	22	81	13	110	10	26	22	40	1.86
8971219--8971364	46	3.0	49	72	16	124	10	26	22	39	1.87
8971304--8971364	28	2.2	28	94	5	108	11	27	19	40	1.86
8972939--8972992	13	4.2	13	74	25	51	44	24	14	16	1.85
8972943--8972993	26	1.9	27	92	4	86	41	27	13	17	1.87
8978819--8978848	6	4.8	6	92	8	51	66	0	0	33	0.92
8978819--8978861	12	3.4	13	84	12	54	62	2	0	34	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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