genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  86  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26106491--26107147	52	12.7	52	86	0	852	34	23	15	27	1.94
26114329--26114368	21	2.0	20	85	5	53	42	10	15	32	1.79
26118882--26119754	39	21.5	41	74	11	685	30	26	17	25	1.97
26118889--26119754	81	10.7	81	82	2	977	30	26	17	25	1.97
26126194--26126241	18	2.6	19	76	3	53	33	22	22	20	1.97
26133616--26133658	21	2.0	22	86	4	61	32	18	4	44	1.71
26134596--26134674	18	4.3	19	83	3	81	24	22	21	31	1.98
26134609--26134677	18	3.8	18	84	1	93	24	24	24	26	2.00
26135810--26136176	39	9.1	39	80	7	410	28	29	17	23	1.97
26135810--26136170	81	4.5	81	87	0	524	28	29	17	24	1.97
26141334--26141385	14	3.6	14	78	14	52	76	1	7	13	1.07
26147943--26147969	7	3.9	7	100	0	54	11	29	0	59	1.32
26149960--26150443	218	2.2	216	80	8	525	34	12	11	41	1.79
26150340--26150548	114	1.9	109	82	5	256	28	15	17	38	1.90
26151552--26151609	13	4.5	13	77	0	62	32	22	3	41	1.71
26158728--26158858	36	3.7	36	82	5	167	32	7	22	37	1.83
26158722--26158871	72	2.1	71	86	3	203	31	7	23	38	1.82
26158722--26158881	36	4.5	35	81	3	133	32	6	22	38	1.81
26161582--26161804	36	6.2	36	86	0	302	30	10	23	34	1.89
26162202--26162258	23	2.4	23	80	13	80	33	1	15	49	1.55
26164972--26165022	21	2.4	21	80	6	59	82	3	11	1	0.89
26164938--26165021	10	7.7	10	70	18	53	77	3	13	5	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26169700--26169829	43	2.9	44	87	6	181	29	20	25	25	1.99
26170705--26170747	21	2.0	22	82	13	54	58	6	16	18	1.60
26172216--26172370	79	2.0	78	84	6	206	29	16	17	36	1.91
26184423--26184468	14	3.4	14	76	5	51	71	4	0	23	1.03
26190627--26190667	18	2.3	18	83	8	57	51	7	17	24	1.70
26200399--26200446	18	2.7	18	87	6	62	41	18	18	20	1.90
26201754--26201788	17	2.1	17	94	0	61	45	28	14	11	1.79
26213142--26213189	24	1.9	26	83	8	64	43	27	8	20	1.80
26215628--26215662	9	3.7	10	88	11	56	0	17	0	82	0.66
26215628--26215669	18	2.3	19	84	8	52	2	19	0	78	0.86
26230279--26230321	15	2.8	15	85	3	50	65	0	32	2	1.06
26231382--26231415	17	2.1	16	88	5	50	76	0	20	2	0.92
26241408--26241561	35	4.4	35	82	1	175	40	16	16	27	1.89
26241407--26241561	70	2.2	70	85	0	202	40	16	16	27	1.90
26246536--26246594	17	3.5	17	79	4	66	40	1	3	54	1.27
26248221--26248651	29	14.7	30	80	8	419	40	22	1	35	1.64
26248221--26248651	59	7.4	59	82	6	443	40	22	1	35	1.64
26248221--26248651	88	4.9	86	79	8	358	40	22	1	35	1.64
26254647--26254710	20	3.2	20	78	12	71	15	26	23	34	1.95
26254640--26254709	32	2.2	31	82	14	81	17	27	22	32	1.96
26261057--26261105	21	2.3	21	79	10	55	42	20	8	28	1.80
26261873--26262270	94	4.3	93	82	4	419	31	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26261894--26262245	188	1.9	188	85	3	494	31	21	18	29	1.96
26264310--26264414	37	2.7	39	72	5	97	28	24	19	27	1.98
26264310--26264467	76	2.1	76	87	0	226	31	23	18	26	1.98
26272656--26272694	17	2.4	16	82	4	51	5	30	5	58	1.41
26273571--26273604	17	1.9	18	88	5	52	29	5	26	38	1.80
26279707--26279838	35	3.8	35	81	0	129	41	15	15	26	1.88
26279743--26279933	70	2.8	67	72	18	176	43	15	14	26	1.84
26279740--26279940	35	5.7	35	73	15	146	44	15	13	26	1.84
26279839--26279941	29	3.3	29	75	15	98	45	16	11	26	1.81
26281509--26281882	29	12.8	28	69	14	150	33	5	26	35	1.78
26281542--26281993	59	7.7	59	81	6	394	35	4	25	34	1.77
26281523--26281969	117	3.8	114	78	11	399	34	4	25	34	1.78
26281572--26281993	29	14.5	29	69	19	195	36	4	24	34	1.77
26281831--26282025	58	3.4	57	87	6	241	39	5	25	30	1.77
26283869--26283941	11	5.9	11	72	21	56	57	4	1	36	1.26
26283891--26283941	11	4.5	11	85	7	66	58	1	1	37	1.20
26284499--26284636	39	3.6	38	70	15	111	23	18	32	25	1.97
26284495--26284689	78	2.5	78	80	5	225	26	18	29	24	1.98
26284748--26285236	102	4.8	102	92	1	795	31	18	15	34	1.92
26284748--26285236	203	2.4	203	94	0	854	31	18	15	34	1.92
26285219--26286122	102	8.9	102	96	0	1621	30	18	16	34	1.93
26286243--26286480	48	4.9	48	78	7	212	14	27	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26286209--26286677	99	4.8	100	83	6	530	15	26	20	37	1.93
26287935--26288027	47	2.0	47	81	8	109	2	15	3	79	0.95
26287935--26288023	9	9.9	9	73	9	65	1	14	3	80	0.89
26288742--26288781	21	1.9	21	89	0	62	0	22	0	77	0.77
26288743--26288787	11	4.3	11	83	8	58	0	17	0	82	0.68
26293525--26293951	59	7.2	59	81	6	259	37	4	24	33	1.75
26293592--26293867	29	9.4	28	69	16	125	35	3	24	35	1.74
26293621--26293957	29	11.4	29	69	11	148	38	3	24	34	1.71
26293784--26293983	29	6.7	30	70	20	127	41	4	24	30	1.73
26295015--26295053	16	2.5	15	84	12	51	28	0	0	71	0.86
26295796--26295857	17	3.7	16	77	12	70	58	4	1	35	1.29
26295793--26295861	34	2.0	34	86	5	95	59	4	1	34	1.26
26297129--26297199	24	3.0	24	81	4	81	23	9	9	56	1.62
26299075--26299143	24	2.9	24	95	0	120	24	8	8	57	1.57
26305189--26305260	34	2.1	34	94	0	126	22	30	6	40	1.80
26305543--26305629	23	3.8	23	70	3	68	31	13	18	36	1.90
26306089--26306125	16	2.3	16	90	0	56	45	5	5	43	1.49
26308849--26309023	52	3.4	52	87	3	273	24	13	25	36	1.92
26320576--26320621	17	2.6	18	74	22	51	52	10	19	17	1.74
26322121--26322171	8	6.5	8	79	20	54	5	13	1	78	1.02
26322120--26322170	15	3.4	14	77	20	50	7	13	1	76	1.09
26322753--26322796	18	2.5	18	88	3	63	61	15	9	13	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26323213--26323249	9	3.9	10	82	13	51	2	35	0	62	1.10
26323776--26323819	17	2.7	16	79	6	52	0	38	0	61	0.96
26340539--26340583	6	7.3	6	80	5	54	64	0	20	15	1.29
26340539--26340581	18	2.3	18	92	4	68	62	0	20	16	1.32
26359508--26359532	13	1.9	13	100	0	50	64	0	32	4	1.12
26359991--26360028	18	2.2	17	90	4	58	13	18	13	55	1.69
26360622--26360650	12	2.3	13	94	5	51	79	0	20	0	0.74
26363789--26363836	20	2.3	22	82	13	66	35	33	16	14	1.89
26363873--26363911	19	2.1	19	90	0	60	17	17	17	46	1.85
26363881--26363923	19	2.3	19	91	0	68	20	20	16	41	1.90
26378057--26378103	12	3.8	12	81	13	60	0	38	0	61	0.96
26378056--26378110	24	2.3	24	81	6	67	3	36	0	60	1.15
26391701--26391737	17	2.1	17	90	5	56	18	2	2	75	1.04
26399421--26399452	13	2.4	14	94	5	57	0	65	0	34	0.93
26406880--26406979	38	2.6	38	82	6	123	16	15	27	42	1.87
26406951--26407025	38	2.0	38	86	0	105	18	18	26	36	1.94
26409807--26409833	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26409833--26409867	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
26411195--26411249	27	2.1	26	82	3	65	50	3	21	23	1.64
26411224--26411271	19	2.5	19	79	3	51	47	0	18	33	1.49
26412050--26412086	18	1.9	19	89	10	58	43	0	0	56	0.99
26412552--26412576	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26418832--26418916	20	4.2	20	65	15	50	30	7	14	48	1.70
26421641--26421681	22	2.0	22	85	9	59	29	9	14	46	1.77
26427271--26427324	21	2.6	21	80	11	74	48	11	18	22	1.79
26430307--26430350	12	3.8	12	81	6	54	61	0	0	38	0.96
26430714--26430782	21	3.3	20	76	9	75	44	5	23	26	1.75
26437318--26437415	42	2.3	42	91	0	151	25	24	29	20	1.99
26440567--26440909	170	2.0	170	98	0	659	31	15	11	41	1.82
26442693--26443006	94	3.3	93	86	3	387	31	25	17	25	1.97
26443584--26443614	16	1.9	16	93	0	53	25	19	3	51	1.62
26444803--26444835	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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